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扶桑绵粉蚧转录组分析 被引量：16
1
作者 胡俊杰 孟翔 +3 位作者 周佳滨 杨陆兴 刘善海 李润钊 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期9-17,共9页
【目的】建立扶桑绵粉蚧Phenacoccus solenopsis Tinsley的转录组数据库,揭示扶桑绵粉蚧转录组的整体表达特征。【方法】采用Illumina Hi SeqTM40`00测序平台开展对扶桑绵粉蚧雌成虫转录组测定,对原始数据进行过滤和组装。【结果】共获... 【目的】建立扶桑绵粉蚧Phenacoccus solenopsis Tinsley的转录组数据库,揭示扶桑绵粉蚧转录组的整体表达特征。【方法】采用Illumina Hi SeqTM40`00测序平台开展对扶桑绵粉蚧雌成虫转录组测定,对原始数据进行过滤和组装。【结果】共获得58 322 258条序列读取片段(reads),共9.48 Gb(Gen Bank登录号:SAMN06130426)57 422 032条有效转录组数据。进一步组装拼接后,共获得94 475个单基因簇(unigene),平均长度为700 bp。将unigene与数据库中的序列进行BLASTX比对,成功注释20 949个unigenes,其中,Nr注释的unigenes与豌豆蚜Acyrthosiphon pisum unigenes同源性最高,达18.69%。扶桑绵粉蚧转录组unigenes根据GO功能注释大致可分为细胞组分、分子功能和生物过程三大类55个分支,与结合活性、催化活性、细胞进程和代谢进程相关的unigenes较多。此外,本研究还筛选到20条与脂类代谢相关的途径和与性信息素代谢相关的序列。并通过与Nr和Swiss-prot蛋白质数据库比对,获得了15 037条编码序列(CDS)片段。【结论】本研究初步阐明扶桑绵粉蚧雌成虫转录组的整体表达模式,为进一步研究扶桑绵粉蚧的基因功能及性信息素的代谢途径奠定了基础。 展开更多
关键词 扶桑绵粉蚧 转录组 基因注释 GO数据库 编码序列 性信息素
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基于CDS..join特征域的Exon/Intron数据库的构建 被引量：2
2
作者 金鹰 邓小元 《华南师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2009年第1期91-94,共4页
基因进化的研究和重构通常是在序列水平上进行的,包括比对它们的基因序列或蛋白序列.而对基因外显子/内含子结构的分析能够提供更多有价值的信息,比如绘制更为可靠的系统发生图谱,或更精确地阐明内含子的进化.为此,本文设计了相应的Per... 基因进化的研究和重构通常是在序列水平上进行的,包括比对它们的基因序列或蛋白序列.而对基因外显子/内含子结构的分析能够提供更多有价值的信息,比如绘制更为可靠的系统发生图谱,或更精确地阐明内含子的进化.为此,本文设计了相应的Perl脚本程序来提取、比较和搜索基因说明文档中CDS..join特征域的Exon/Intron结构.通过该方法,可构建相关物种的Exon/Intron数据库(EID),其主要内容包括内含子的相位,Exon或Intron的数量和大小,剪接位点的模式以及选择性剪接(Alternative splicing,AS)的相关信息. 展开更多
关键词 编码序列 外显子 内含子 外显子/内含子数据库 选择性剪接
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双孢蘑菇As2796全长cDNA文库的构建及鉴定 被引量：2
3
作者 陈美元 《福建农业学报》 CAS 2012年第11期1201-1204,共4页
双孢蘑菇As2796是我国的主栽品种。为方便获得相关的目的基因,构建了该菌株的全长cDNA文库,文库初始库容达3.3×106 cfu.mL-1,插入片段长度范围0.7～4.0kb,平均长度约1.5kb,重组率约82%,全长率约35%。文库扩增出了5个目的基因全长... 双孢蘑菇As2796是我国的主栽品种。为方便获得相关的目的基因,构建了该菌株的全长cDNA文库,文库初始库容达3.3×106 cfu.mL-1,插入片段长度范围0.7～4.0kb,平均长度约1.5kb,重组率约82%,全长率约35%。文库扩增出了5个目的基因全长编码序列(CDS),表明该文库的有效性,今后可用于扩增所需的双孢蘑菇基因的全长cDNA或CDS。 展开更多
关键词 食用菌 基因文库 编码序列
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藏猪与大约克夏猪Mx1基因CDS区多态性及生物信息学分析 被引量：1
4
作者 董世雄 王浩田 +4 位作者 姚雨民 徐士军 王向东 张健 商鹏 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第4期35-41,133,134,共9页
为了解藏猪与大约克夏猪Mx1基因编码序列(coding sequence, CDS)多态性,试验选择健康的成年(180日龄以上)大约克夏猪20头和藏猪30头为试验动物,采用PCR法扩增两个猪群的Mx1基因CDS区,测序分析其单核苷酸多态性(single nucleotide polymo... 为了解藏猪与大约克夏猪Mx1基因编码序列(coding sequence, CDS)多态性,试验选择健康的成年(180日龄以上)大约克夏猪20头和藏猪30头为试验动物,采用PCR法扩增两个猪群的Mx1基因CDS区,测序分析其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs),采用生物信息学方法分析Mx1基因CDS区编码蛋白质的理化性质、疏水性、磷酸化位点、二级结构、三级结构和与其他蛋白质的相互作用,分析SNPs位点对Mx1基因编码蛋白的上述指标的影响。结果表明:在藏猪Mx1基因CDS区存在C867G、A923C、A1241G和C1324A 4个SNP位点,在大约克夏猪中存在A1241G和C1324A 2个SNP位点;其中C867G、A923C和A1241G位点属于错义突变,分别使第289位由天冬氨酸变为谷氨酸,第308位由谷氨酸变为丙氨酸,第414位由赖氨酸变为精氨酸;C1324A为同义突变。Mx1基因CDS区共编码663个氨基酸,编码蛋白质呈酸性、亲水性,二级结构以α螺旋为主;共有55个磷酸化位点,其中有37个丝氨酸(Ser)磷酸化位点,13个苏氨酸(Thr)磷酸化位点,5个酪氨酸(Tyr)磷酸化位点;与干扰素刺激基因15(interferon stimulated exonuclease gene15,ISG15)、泛素特异性肽酶18(ubiquitin specific peptidase 18,USP18)、DDX解旋酶58(DEAD-box helicase58,DDX58)、真核翻译起始因子2α激酶2(eukaryotic translation initiation factor 2 alpha kinase 2,EIF2AK2)、干扰素诱导的GTP结合蛋白2(myxovirus resistance dynamin like GTPase 2,Mx2)、结构域包含蛋白5(HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase 5,HERC5)、2′,5′-寡腺苷酸合成酶1(2′,5′-oligoadenylate synthetase 1,OAS1)、Janus激酶1(JAK1)、cub2结构域蛋白(IRG6)、OAS样蛋白(OASL)存在互作关系。Mx1基因CDS的SNPs导致的氨基酸变化只引起蛋白质的二级结构、疏水性和磷酸化位点发生改变,没有改变其三级结构。说明Mx1基因编码蛋白依旧发挥原始功能。 展开更多
关键词 藏猪 大约克夏猪 Mx1基因 单核苷酸多态性 生物信息学 磷酸化位点 编码序列
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大鼠Hrh1基因的编码区单核苷酸多态性研究
5
作者 杨天燕 贺澎 +1 位作者 韦锦斌 王乃平 《广西医科大学学报》 CAS 2009年第5期657-660,共4页
目的:对大鼠Hrh1基因编码区进行单核苷酸多态性(SNP)检测及定位。方法:提取健康SD大鼠全血基因组DNA,聚合酶链式反应(PCR)高保真扩增Hrh1基因的编码区(CDS)全长序列,结合DNA测序方法进行cSNP(codingSNP)筛查。结果:在大鼠Hrh1CDS全长146... 目的:对大鼠Hrh1基因编码区进行单核苷酸多态性(SNP)检测及定位。方法:提取健康SD大鼠全血基因组DNA,聚合酶链式反应(PCR)高保真扩增Hrh1基因的编码区(CDS)全长序列,结合DNA测序方法进行cSNP(codingSNP)筛查。结果:在大鼠Hrh1CDS全长1461bp中,共有4个cSNP位点,分别为:①237位C/T多态;②928位A/G多态;③1041位C/T多态;④1342位A/G多态。其中928位、1342位为非同义cSNP,237位、1041位为同义cSNP。结论:大鼠Hrh1基因编码区内4个cSNP位点中928位A/G多态与1342位A/G多态引起的错义突变,可造成编码氨基酸多肽链一级结构的改变,从而可能影响受体蛋白的特性和功能。大鼠Hrh1928cSNP与1342cSNP可能导致大鼠Hrh1基因遗传多态性,表现出Hrh1受体活性的个体差异。 展开更多
关键词 Hrh1基因 编码区 编码区单核苷酸多态性
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鹅AKR1D1基因编码区克隆、序列分析及在卵泡中的表达特性研究
6
作者 张文捷 李欣欣 +1 位作者 刘贺贺 王继文 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2016年第3期365-373,共9页
【目的】克隆鹅AKR1D1基因编码区序列，预测其蛋白结构、功能，并研究其在鹅各等级卵泡中的表达特性。【方法】以天府肉鹅母系为材料，采用RT—PCR技术克隆鹅AKR1D1基因编码区序列，利用多种生物信息学分析软件预测其结构与功能，并应... 【目的】克隆鹅AKR1D1基因编码区序列，预测其蛋白结构、功能，并研究其在鹅各等级卵泡中的表达特性。【方法】以天府肉鹅母系为材料，采用RT—PCR技术克隆鹅AKR1D1基因编码区序列，利用多种生物信息学分析软件预测其结构与功能，并应用荧光定量PCR技术检测其在各等级卵泡中的表达特性。【结果】结果表明：鹅AKR1D1基因编码区全长981bp，编码326个氨基酸，氨基酸水平上与鸡相似性高达95．71％；氨基酸序列分析表明鹅AKR1D1蛋白相对分子量为37263．7Da，主要定位在细胞质和线粒体内，属于水溶性蛋白；预测鹅AKR1D1氨基酸含有磷酸化位点18个、糖基化位点3个；其二级结构以无规则卷曲为主，三级结构呈弯曲螺旋结构；荧光定量PCR结果显示，AKR1D1在鹅2-4mm卵泡颗粒层和膜层表达最高，在膜层F5和颗粒层F1中表达最低。【结论]AKR1D1可能通过调控类固醇激素的动态平衡从而对卵泡募集、筛选、闭锁以及排卵起到重要作用。 展开更多
关键词 鹅 AKR1D1基因 编码区 荧光定量PCR
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