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面向管理的克隆代码研究综述 被引量:8
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作者 苏小红 张凡龙 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2018年第3期628-651,共24页
软件复用作为一种常见的软件开发手段,会导致大量克隆代码的产生,这无疑增加了软件维护的代价.对克隆代码的维护需求引发了一系列关于克隆代码的研究,如克隆检测、克隆分析、克隆维护等.但是,上述克隆研究无法解决克隆代码维护困难的问... 软件复用作为一种常见的软件开发手段,会导致大量克隆代码的产生,这无疑增加了软件维护的代价.对克隆代码的维护需求引发了一系列关于克隆代码的研究,如克隆检测、克隆分析、克隆维护等.但是,上述克隆研究无法解决克隆代码维护困难的问题.为了避免克隆代码维护困难,提高软件的可维护性,克隆代码管理势在必行.然而,目前的克隆管理与克隆检测、克隆分析、克隆维护等过程彼此之间是相互独立的,也没有与软件开发过程相结合,无法有效解决克隆代码维护困难的问题.首先,该文分析了克隆代码研究领域的热点和趋势,以及克隆检测、分析和维护的研究进展.其次,该文对克隆管理的研究现状进行了分析,重点对克隆代码研究内容之间的关系以及现有的克隆管理存在的不足和难点问题进行了分析,指出只有将克隆检测、分析和维护等过程与软件开发过程有机地结合为一个整体,才能有效降低克隆维护的代价,但这势必增加了克隆管理的难度.为此,在未来的研究展望中,该文给出了一个面向软件开发过程的克隆管理方法,将克隆检测、克隆分析和克隆维护等与软件开发过程紧密结合,以实现边开发、边维护和边管理克隆代码.最后,该文分析了克隆代码研究领域未来的研究方向和发展趋势.克隆管理为克隆代码研究注入了新的活力,现已引起学术界和工业界的广泛关注,对于提高软件的可维护性、可理解性以及软件质量都具有重要意义. 展开更多
关键词 克隆代码 克隆管理 克隆检测 克隆分析 克隆维护
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葡萄休眠相关基因DAMs的克隆分析及对单氰胺的响应
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作者 张永福 李小琴 +4 位作者 莫丽玲 谯祖勤 刘朝 王凯 陶兴梅 《中外葡萄与葡萄酒》 北大核心 2024年第2期1-9,共9页
DAM基因是真核生物转录因子之一,在木本果树的芽休眠中起着重要的调控作用,且在不同物种间数量不同。以‘水晶’葡萄为试材,于冬芽休眠期间采集枝条后均匀涂抹2.5%单氰胺,在处理后的不同时间采集冬芽,用于克隆VvDAMs基因序列,对其进行... DAM基因是真核生物转录因子之一,在木本果树的芽休眠中起着重要的调控作用,且在不同物种间数量不同。以‘水晶’葡萄为试材,于冬芽休眠期间采集枝条后均匀涂抹2.5%单氰胺,在处理后的不同时间采集冬芽,用于克隆VvDAMs基因序列,对其进行生物信息学和荧光定量分析,并测定冬芽激素含量。结果表明,克隆获得的VvDAM1、VvDAM2和VvDAM3基因的开放阅读框的长度分别为690、696、702 bp,分别编码229、231、233个氨基酸和1个终止密码子,相对分子量分别为25.96、26.76、25.99 kD,理论等电点分别为7.71、10.49、9.10;三者的二级结构形式均呈现α-螺旋>无规则卷曲>延伸链的规律;VvDAM1、VvDAM2、VvDAM3氨基酸序列上有一定的同一性,VvDAM1与欧洲李PsDAM1、VvDAM2与樱桃李PcDAM2、VvDAM3与李PsDAM3之间的同源性均达到98%以上;此外,冬芽休眠解除期间,VvDAM 1、VvDAM 2、VvDAM 3基因的表达量逐渐下降,IAA、GA3+4、ZR的含量和GA3+4/ABA逐渐上升,ABA含量和IAA/ZR逐渐下降,单氰胺处理后使其变化提前且幅度增大,从而使芽提前萌发,为葡萄冬芽破眠、早熟栽培等提供理论依据和实践意义。 展开更多
关键词 葡萄 休眠 DAMS 克隆分析 单氰胺
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An Empirical Study of Code Clone Clustering Based on Clone Evolution
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作者 Fanlong Zhang Xiaohong Su +1 位作者 Wen Zhao Tiantian Wang 《Journal of Harbin Institute of Technology(New Series)》 EI CAS 2017年第2期10-18,共9页
There are lots of code clones appearing in software,which are similar code fragments with each other. In the past decades,researchers have proposed some state-of-the-art methods to detect clones. The code clones have ... There are lots of code clones appearing in software,which are similar code fragments with each other. In the past decades,researchers have proposed some state-of-the-art methods to detect clones. The code clones have showing some relationship with the evolution of software. In order to explore relationships between clones and their evolution,we propose a framework to cluster clones with a Fuzzy C-means clustering method.Firstly,we detect all the clones using Ni Cad,and build the clone genealogies for multiple versions software.Secondly,we extract some metrics to describe the clones and their evolution. Finally,we cluster all clone's vectors,which are generated with the different metrics for different proposes. Experimental results on six open source software packages have shown the relationships among the clone life,the number of change times,the clone pattern and et al. can help developers to understand clones. 展开更多
关键词 code clones clone clustering clone analysis clone evolution empirical study
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基于依赖图的程序克隆分析及近似解求解方法 被引量:3
4
作者 吴军华 王佳利 《南京工业大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2013年第5期52-56,共5页
大型软件系统中的代码复制和修改现象可能导致程序缺陷的扩大以及无用代码的存在,克隆代码检测分析则有助于抽取可复用的软件组件和模式,在软件重构和软件演化中起重要的作用。在给出了一种基于子图同构进行克隆代码检测的方法基础上,... 大型软件系统中的代码复制和修改现象可能导致程序缺陷的扩大以及无用代码的存在,克隆代码检测分析则有助于抽取可复用的软件组件和模式,在软件重构和软件演化中起重要的作用。在给出了一种基于子图同构进行克隆代码检测的方法基础上,加入依赖边类型约束求近似解的算法,以改善算法的时间复杂性。 展开更多
关键词 程序缺陷 克隆代码 程序依赖图 克隆分析 软件演化
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代码克隆检测研究进展综述 被引量:2
5
作者 乐乔艺 刘建勋 +1 位作者 孙晓平 张祥平 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2021年第S02期509-522,共14页
软件系统中两个或两个以上的相似代码片段被称为代码克隆(code clone)。有研究表明,代码克隆在软件系统中大量存在,并且随着时间推移不断增长。随着代码开源成为潮流,代码克隆占比越来越高。已有研究工作发现软件系统中的代码克隆是有害... 软件系统中两个或两个以上的相似代码片段被称为代码克隆(code clone)。有研究表明,代码克隆在软件系统中大量存在,并且随着时间推移不断增长。随着代码开源成为潮流,代码克隆占比越来越高。已有研究工作发现软件系统中的代码克隆是有害的,会导致系统稳定性降低,造成代码库冗余和软件缺陷传播等问题。为了提高代码质量,目前学术界和工业界已经提出了多种代码克隆检测方法,按照获取代码的信息程度不同分为基于文本、词法、语法、语义、和度量值5种方法,不同的方法具有不同的性能和应用场景。文中分析了软件克隆出现的原因及优缺点,对软件系统中的代码克隆问题进行了分类,评价了5种不同类型检测方法各自的优势,详细介绍了部分方法的核心思想、检测语言、验证所用数据集及检测效果等技术特征。文章最后总结了克隆检测技术所适用的不同应用场景,对代码克隆检测方法和应用的发展方向做出了展望。 展开更多
关键词 代码克隆 克隆检测 克隆分析
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克隆代码分析方法研究 被引量:1
6
作者 王克朝 朱宸光 +1 位作者 王甜甜 苏小红 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2017年第3期748-751,共4页
针对已有克隆代码检测工具只输出克隆组形式的检测结果,而难以分析克隆代码对软件质量的影响问题,提出了危害软件质量的关键克隆代码的识别方法。定义了克隆代码的统一表示形式,使之可以分析各种克隆检测工具的检测结果,然后解析源程序... 针对已有克隆代码检测工具只输出克隆组形式的检测结果,而难以分析克隆代码对软件质量的影响问题,提出了危害软件质量的关键克隆代码的识别方法。定义了克隆代码的统一表示形式,使之可以分析各种克隆检测工具的检测结果,然后解析源程序和克隆检测结果,识别标志符命名不一致性潜在缺陷,定义了克隆关联图,在此基础上检测跨越多个实现不同功能的文件、危害软件可维护性的克隆代码,最后对检测结果进行可视化统计分析。克隆代码分析工具被应用于分析开源代码httpd,检测出了1组标志符命名不一致的克隆代码和44组危害软件可维护性的关键克隆类。实验结果表明,该方法可以有效辅助软件开发和维护人员分析、维护克隆代码。 展开更多
关键词 克隆代码 克隆代码分析 克隆代码维护 缺陷检测
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禽致病性大肠杆菌O2株跨膜输出蛋白基因组文库的构建与分析
7
作者 李永霞 谭双 +5 位作者 刘蕾 赵俊皓 刘金泽 王明晓 胡永浩 余旭平 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期410-412,共3页
为构建禽致病性大肠杆菌(APEC)跨膜输出蛋白基因组文库,本研究以APEC O2菌株基因组DNA为模板,采用基因随机片段PCR方法扩增,纯化约250 bp^500 bp的片段构建APEC O2菌株跨膜输出蛋白基因组文库。共获得约1.8×10~5个克隆容量的基因... 为构建禽致病性大肠杆菌(APEC)跨膜输出蛋白基因组文库,本研究以APEC O2菌株基因组DNA为模板,采用基因随机片段PCR方法扩增,纯化约250 bp^500 bp的片段构建APEC O2菌株跨膜输出蛋白基因组文库。共获得约1.8×10~5个克隆容量的基因组文库,经氨苄/卡那/阿拉伯糖平板筛选到318个克隆。ORF及Signal P分析显示318个克隆插入片段均含有信号肽序列,其中,78个克隆预测为膜蛋白;启动子分析显示144个克隆含有完整启动子,除去29个能自主表达的克隆,推测其余115个克隆的启动子在实验培养条件下沉默,可能需要特殊条件诱导才能表达;GO功能分析克隆插入片段所对应全长基因的ORF显示,其参与的生物过程主要集中于定位、转运;从分子功能角度分析,其主要集中于催化和结合;从细胞组成角度分析,其主要集中于细胞膜、周间质、外膜等与外壳相关的结构中。本实验将为进一步研究APEC的致病性机理奠定基础。 展开更多
关键词 大肠杆菌 跨膜输出蛋白基因 基因文库 克隆分析
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香蕉RuBPCase小亚基基因全长cDNA的克隆和分析 被引量:5
8
作者 刘德兵 魏军亚 +1 位作者 李绍鹏 彭明 《热带作物学报》 CSCD 2007年第3期57-61,共5页
利用RACE和RT-PCR技术,从香蕉中克隆出编码RuBPCase小亚基的全长cDNA,并与GenBank中已经报道的其他部分香蕉rbcS基因的核苷酸和推导的氨基酸序列进行同源性分析,为进一步研究香蕉RUBPCase的功能与结构提供依据。
关键词 香蕉 RUBPCase小亚基基因 克隆 分析
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四翅滨藜Osmotin-like Protein基因的克隆、序列分析及其原核表达
9
作者 王升阳 张勇 +3 位作者 王健 刘言志 刘金亮 潘洪玉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期106-110,共5页
在构建四翅滨藜(Atriplex canescens)全长cDNA文库中通过随机克隆测序并进行EST分析基础上,得到四翅滨藜osmotin-like protein的1个cDNA序列,命名为AcOLP。AcOLPcDNA包含一个全长为687 bp完整开放阅读框,编码229个氨基酸,属于GH64-TLP-S... 在构建四翅滨藜(Atriplex canescens)全长cDNA文库中通过随机克隆测序并进行EST分析基础上,得到四翅滨藜osmotin-like protein的1个cDNA序列,命名为AcOLP。AcOLPcDNA包含一个全长为687 bp完整开放阅读框,编码229个氨基酸,属于GH64-TLP-SF超家族,是一种病程相关5(PR-5)蛋白,其核酸序列与大洋洲滨藜(Atriplex nummularia)的osmotin-likeprotein基因的同源性为94%,对应编码氨基酸序列同源性为87%。将得到的序列提交GenBank,序列号为JN632587.1。与其他植物PR-5蛋白的氨基酸序列比对,AcOLP具有保守的半胱氨酸残基,与二硫键的形成有关。对AcOLP与其他植物的氨基酸序列的进化分析表明,其与大洋洲滨藜的亲缘关系较近。将AcOLP基因与原核表达载体pET-28a连接,进行融合表达,在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达出分子质量约29 kD的蛋白。 展开更多
关键词 四翅滨藜 Osmotin-like PROTEIN 基因克隆 序列分析 原核表达
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新城疫病毒B_(95)株HN蛋白基因的克隆及序列分析 被引量:6
10
作者 田兴华 陈燕军 +1 位作者 郝勤宗 裘孝良 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2003年第10期7-10,共4页
根据 NDV  HN蛋白已知基因序列设计一对引物 ,以提取的澳大利亚布里斯班 NDV分离株 B95基因组 RNA为模板 ,利用 RT- PCR技术扩增得到一条约 1.9kb的条带。将扩增产物克隆到 PGEM- T- easy载体中 ,并对重组质粒进行酶切分析、PCR鉴定 ,... 根据 NDV  HN蛋白已知基因序列设计一对引物 ,以提取的澳大利亚布里斯班 NDV分离株 B95基因组 RNA为模板 ,利用 RT- PCR技术扩增得到一条约 1.9kb的条带。将扩增产物克隆到 PGEM- T- easy载体中 ,并对重组质粒进行酶切分析、PCR鉴定 ,结果证明我们得到了 HN基因的阳性重组子 ,随后采用 Sanger's双脱氧末端终止法对阳性重组子进行核苷酸序列测定 ,获得该基因全长序列 ,并进行同源性分析。 B95株与其他毒株核苷酸同源性为 95 .1%~ 87% ,氨基酸同源性为96 .1%~ 92 .1%。 展开更多
关键词 新城疫病毒 B95株 HN蛋白基因 克隆 序列分析 NDV RT—PCR 重组质粒 氨基酸 同源性分析 核苷酸
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甘蔗与河八王、五节芒、滇蔗茅属间交配性及杂种F_1无性系的形态学和同工酶分析 被引量:25
11
作者 黄家雍 廖江雄 诸葛莹 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 1997年第3期92-98,共7页
用甘蔗近缘植物河八王、五节芒、滇蔗茅与甘蔗栽培品种进行属间有性杂交,结果都获得了杂种实生苗,没有出现完全不可交配性。大多数杂种F1无性系分蘖多,生长旺盛,耐旱性、抗病性、抗虫性和宿根性强;茎硬度大,空心或蒲心,汁少;... 用甘蔗近缘植物河八王、五节芒、滇蔗茅与甘蔗栽培品种进行属间有性杂交,结果都获得了杂种实生苗,没有出现完全不可交配性。大多数杂种F1无性系分蘖多,生长旺盛,耐旱性、抗病性、抗虫性和宿根性强;茎硬度大,空心或蒲心,汁少;主要性状如茎径、锤度介于双亲之间,而株高、节间长度则表现超亲现象。茎、节间、芽、叶的形状和叶鞘57号毛群等性状可作为识别杂种的形态标记。杂种F1无性系酶谱表型复杂,除包含来自双亲部分同源酶带外,还产生1~5条新酶带,酶谱表型有双亲酶带互补偏母本型和杂种型两种模式。 展开更多
关键词 甘蔗 属间交配性 杂种 无性系 形态学 同功酶
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‘红巴梨’果皮UFGT基因的克隆及表达分析 被引量:18
12
作者 李俊才 李天忠 +1 位作者 王志刚 李宝江 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期30-34,共5页
以‘巴梨’红色芽变品种‘红巴梨’果皮为材料,采用同源克隆技术和RACE结合的方法,克隆了UFGT(UDP-葡萄糖:类黄酮3-O-葡萄糖基转移酶)蛋白的部分cDNA,命名为Pc UFGT。结果表明:该cDNA片段长为1 089 bp,与苹果UFGT基因序列一致性达89%,... 以‘巴梨’红色芽变品种‘红巴梨’果皮为材料,采用同源克隆技术和RACE结合的方法,克隆了UFGT(UDP-葡萄糖:类黄酮3-O-葡萄糖基转移酶)蛋白的部分cDNA,命名为Pc UFGT。结果表明:该cDNA片段长为1 089 bp,与苹果UFGT基因序列一致性达89%,氨基酸序列同源性为85%,含有糖基转移酶的UDPGT、COG1819和MGT等保守域。荧光实时定量PCR分析表明,该基因在‘红巴梨’幼果期表达强度约为‘巴梨’的2倍,而果实成熟期表达强度略低于‘巴梨’;该基因在‘红巴梨’果肉中不表达。 展开更多
关键词 红巴梨 红色果皮 UDP-葡萄糖 类黄酮3-O-葡萄糖基转移酶 基因克隆 表达分析
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甜菜ATP合酶β亚基基因atpB的克隆、序列分析及进化 被引量:13
13
作者 崔杰 徐德昌 +2 位作者 李滨胜 杨谦 孙璟晗 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期583-588,共6页
atpB基因编码ATP合酶β亚基,是光合作用中的重要基因。ATP合酶是生物体内能量代谢的关键酶,参与氧化磷酸化和光合磷酸化反应。利用植物叶绿体基因组在进化过程中高度保守的特点,根据已知植物烟草、水稻和菠菜等的叶绿体基因组全序列,设... atpB基因编码ATP合酶β亚基,是光合作用中的重要基因。ATP合酶是生物体内能量代谢的关键酶,参与氧化磷酸化和光合磷酸化反应。利用植物叶绿体基因组在进化过程中高度保守的特点,根据已知植物烟草、水稻和菠菜等的叶绿体基因组全序列,设计并合成了一对引物,以甜菜叶绿体DNA为模板,PCR扩增得到包含atpB完整基因(GenBank登录号为DQ067451)在内的一段序列,测序与序列分析表明:该克隆片段全长2 293 bp,其中包括有1 497 bp的编码区序列,推测编码498个氨基酸。同源性比较,该克隆基因与烟草、菠菜、油菜、水稻atpB基因的核苷酸序列同源性分别为90.92%、95.79%、87.71%和86.37%,推测的氨基酸序列同源性分别为94.58%、97.19%、92.17%和91.97%。同时,建立了几种植物的氨基酸序列系统进化树。 展开更多
关键词 甜菜 叶绿体基因组 αtpB基因 克隆与序列分析
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叶用银杏种源、性别及无性系的因子和聚类分析 被引量:12
14
作者 邢世岩 吴德军 +1 位作者 有祥亮 李忠岐 《中南林学院学报》 CSCD 2000年第2期26-31,共6页
从种源、性别及无性系 3个层次 ,采用随机区组及电子计算机技术 ,对我国银杏叶 5个产量指标进行了多元统计分析 .R型因子及 Q型聚类结果表明 :( 1) 12个种源可分为 6类 ,山东、江苏、广西及福建属优良种源 ,山东和福建的雄株及江苏的雌... 从种源、性别及无性系 3个层次 ,采用随机区组及电子计算机技术 ,对我国银杏叶 5个产量指标进行了多元统计分析 .R型因子及 Q型聚类结果表明 :( 1) 12个种源可分为 6类 ,山东、江苏、广西及福建属优良种源 ,山东和福建的雄株及江苏的雌株为性别最佳群体 ;( 2 )全国 12个省 86个无性系可以分成 6类 ,其中山东 45号、5 8号、5 9号及 67号雄株、5 2号雌株及江苏的 83号雌株为优良无性系 ,雄株优良无性系达 4.65 %;( 3 )我国叶用银杏的种源、性别及无性系间具有广泛的遗传基础 ,目前叶用良种选育应遵循先确定种源 ,然后在种源内选择雄性或雌性无性系的原则 ;( 4 )雄株和雌株二大群体内均存有优良叶用资源 ,但雄株内筛选出高产叶用品种的可能性更大 ;( 5 )叶用银杏的地理生态型不明显 ,我国东部的山东。 展开更多
关键词 银杏 种源 无性系 因子分析 聚类分析
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人白细胞介素18cDNA编码区存在基因变异 被引量:8
15
作者 王倩 刘世德 +1 位作者 陈浩 宋国兴 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期24-26,共3页
目的 :为了获得中国人白细胞介素 18cDNA。方法 :采用RT PCR方法从中国人 7种组织标本中获取IL 18cDNA。结果 :7种组织中有 6种组织标本IL 18cDNA序列与报道序列存在有意义突变。结论 :IL 18基因在人体多种组织表达 。
关键词 白细胞介素18 RT-PCR 基因克隆 序列分析 CDNA
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萼脊兰AP1-like基因的克隆与表达分析 被引量:12
16
作者 崔波 蒋素华 +3 位作者 刘佳 田云芳 袁秀云 马杰 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期1739-1744,共6页
采用RT-PCR和RACE技术从萼脊兰(Sedirea japonica)花瓣中分离到1个MADS-box A类基因,该基因命名为AP1-like(登录号JQ776636)。AP1-like基因的cDNA全长1 221bp,包含1个753bp的开放阅读框(ORF),共编码250个氨基酸。蛋白序列比对和进化树... 采用RT-PCR和RACE技术从萼脊兰(Sedirea japonica)花瓣中分离到1个MADS-box A类基因,该基因命名为AP1-like(登录号JQ776636)。AP1-like基因的cDNA全长1 221bp,包含1个753bp的开放阅读框(ORF),共编码250个氨基酸。蛋白序列比对和进化树分析表明,AP1-like蛋白与蝴蝶兰ORAP11蛋白的一致性为96%,进化距离最近。二级结构分析表明,该蛋白分子属于亲水性蛋白,其中有53.60%的α螺旋、7.20%的延伸链、39.20%的不规则折叠。实时荧光定量PCR分析表明,萼脊兰AP1-like基因在盛花期的根和叶中表达量最高;在生殖器官中花蕾期花葶的表达量最高,其次是花蕾;盛花期中花葶的表达量最高,子房和合蕊柱的表达量次之,萼片、花瓣、唇瓣均有微量表达。研究认为,AP1-like可能在调控植物由营养生长向生殖生长过渡阶段及子房的建成中起重要作用。 展开更多
关键词 萼脊兰 MADS-BOX基因 实时荧光定量PCR 克隆和表达分析
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PRRSV广西分离株GXYL-1403全基因克隆与序列分析 被引量:11
17
作者 林思远 洪绍锋 +4 位作者 黄加滨 韦莹 陈樱 黄伟坚 韦祖樟 《动物医学进展》 北大核心 2016年第2期44-49,共6页
对本实验室所分离的1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)毒株GXYL-1403进行全基因组克隆和序列分析。参考已发表的扩增全长PRRSV序列的13对特异性引物,用RT-PCR方法对病毒基因组进行分段扩增。将扩增得到的PCR片段克隆到pMD18-T载体上,... 对本实验室所分离的1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)毒株GXYL-1403进行全基因组克隆和序列分析。参考已发表的扩增全长PRRSV序列的13对特异性引物,用RT-PCR方法对病毒基因组进行分段扩增。将扩增得到的PCR片段克隆到pMD18-T载体上,获得的重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定。通过软件对所扩增序列进行拼接,获得GXYL-1403的全长序列,并对GXYL-1403进行比较和遗传进化分析。结果表明GXYL1403株基因序列全长为15 018bp,与国内外多株PRRSV毒株进行同源性比较发现,与VR-2332的相似性为89.1%,与TJ、JXA1、HEB1、HUB1、HUB2、TP株同源性达到了97.9%~98.1%。另外,GXYL-1403分离株nsp2蛋白含有高致病性PRRSV特异的1+29个氨基酸的缺失。特别重要的是,在缺失29个氨基酸区域的上游,含有连续20个氨基酸缺失,在下游出现了连续74个氨基酸的缺失。遗传进化分析发现美洲型PRRSV主要分为3个亚群,GXYL-1403跟高致病性PRRSV毒株属于同一分支,证实了GXYL-1403株为美洲型PRRSV毒株。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 克隆 序列分析 遗传进化分析
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花生FUSCA3基因的克隆与表达分析 被引量:11
18
作者 潘丽娟 刘风珍 +7 位作者 万勇善 迟晓元 陈娜 陈明娜 王通 王冕 杨珍 禹山林 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1044-1051,共8页
为了挖掘花生品质性状相关功能基因,本研究以花生品种花育17号为试材,根据c DNA文库中已知的FUSCA3基因全长序列设计引物,通过RT-PCR克隆到该基因,命名为Ah FUSCA3。Ah FUSCA3全长为1 532 bp,开放阅读框ORF为1 134 bp,对应的基因组序列3... 为了挖掘花生品质性状相关功能基因,本研究以花生品种花育17号为试材,根据c DNA文库中已知的FUSCA3基因全长序列设计引物,通过RT-PCR克隆到该基因,命名为Ah FUSCA3。Ah FUSCA3全长为1 532 bp,开放阅读框ORF为1 134 bp,对应的基因组序列3 892 bp,由6个外显子和5个内含子组成,内含子剪接方式符合GT-AG剪接规则。根据编码区预测Ah FUSCA3编码一条378个氨基酸组成的多肽,预测分子量为42.3 k D,等电点为5.58。预测该基因编码的蛋白含有B3保守结构域,可能定位于细胞核中。蛋白序列比对和进化树分析表明,花生与大豆(Glycine max)、菜豆(Phaseolus vulgaris)、鹰嘴豆(Cicer arietinum)和苜蓿(Medicago truncatula)等豆科植物中的FUSCA3序列相似性最高,亲缘关系最近。荧光定量PCR结果显示,Ah FUSCA3基因表达量在花生荚果、种子发育的过程中呈现先增后降的趋势,推测Ah FUSCA3基因在花生胚胎形成和发育过程中发挥重要作用。本研究为阐明花生胚胎发育过程和油脂代谢机制提供了理论基础,为花生品质改良育种提供了新的基因资源。 展开更多
关键词 花生 FUSCA3基因 克隆 系统发育分析 荧光定量PCR
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两种包装市售冷却牛肉中微生物多样性的比较分析 被引量:8
19
作者 李正堂 李柏林 +1 位作者 赵勇 欧杰 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期64-70,共7页
本文比较分析了相同销售条件下的未包装冷却牛肉与保鲜膜包装冷却牛肉中的微生物群落结构。采用16SrDNA的V3区片段进行PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳),同时利用16SrDNA全长序列,通过克隆文库技术对两个样品的微生物群落结构进行研究。研究... 本文比较分析了相同销售条件下的未包装冷却牛肉与保鲜膜包装冷却牛肉中的微生物群落结构。采用16SrDNA的V3区片段进行PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳),同时利用16SrDNA全长序列,通过克隆文库技术对两个样品的微生物群落结构进行研究。研究发现:微生物群落结构表现出较大的差异。保鲜膜包装冷却牛肉共有6个OTU(Operational TaxonomicUnit),主要为Lactococcus(乳球菌属,28%),Lactobacillus(乳杆菌属,26%),Carnobacterium(肉品杆菌属,18%)和Brochothrix(索丝菌属,10%);未包装冷却牛肉则共得到18个OTU,主要是Lactococcus(乳球菌属,28%),Brochothrix(索丝菌属,18%)和Acinetobacter(不动杆菌属,11%)。结果表明,保鲜膜包装对于葡萄球菌属以及冷杆菌属等一些细菌都起到了一定的抑制作用。本研究为肉类加工生产中微生物的控制提供一定的理论依据。 展开更多
关键词 冷却牛肉 16S rDNA克隆文库法 PCR-DGGE 微生物群落结构
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巴拉圭瓜多竹CAD基因的克隆与分析 被引量:9
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作者 朱金鑫 孙金金 +3 位作者 原晓龙 王娟 杨宇明 王毅 《西部林业科学》 CAS 2017年第1期6-11,16,共7页
肉桂醇脱氢酶(cinnamyl alcohol dehydrogenase,CAD,EC1.1.1.195)是木质素生物合成途径中的最后关键酶,在木质素的生物合成中发挥关键作用。本研究依据转录组数据设计特异性引物,采用RT-PCR方法成功地从巴拉圭瓜多竹中克隆得到一个全新... 肉桂醇脱氢酶(cinnamyl alcohol dehydrogenase,CAD,EC1.1.1.195)是木质素生物合成途径中的最后关键酶,在木质素的生物合成中发挥关键作用。本研究依据转录组数据设计特异性引物,采用RT-PCR方法成功地从巴拉圭瓜多竹中克隆得到一个全新CAD基因的c DNA全长序列,命名为GPCAD(Gene Bank登录为KJ784465)。序列分析结果表明,GPCAD基因片段包含完整的c DNA开放阅读框(ORF),序列全长1 080bp,编码含有359个氨基酸残基的蛋白质。Blast比对结果显示该蛋白质属于CAD家族蛋白;系统进化分析结果显示巴拉圭瓜多竹与禾本科植物亲缘关系较近;荧光定量PCR技术检测结果显示GPCAD在茎秆中表达量最高,叶中的表达量最低。本研究对巴拉圭瓜多竹CAD基因进行克隆与分析,为深入研究巴拉圭瓜多竹木质素代谢途径相关基因以及通过分子生物学手段对木质素的含量和单体比例进行调控提供科学依据。 展开更多
关键词 巴拉圭瓜多竹 木质素 肉桂醇脱氢酶 基因克隆与分析
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