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柑橘CAPS标记和AS-PCR引物的开发 被引量：12
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作者 雷天刚 何永睿 +6 位作者 彭爱红 许兰珍 刘小丰 姚利晓 邹修平 江东 陈善春 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1027-1034,共8页
以从GenBank中下载的93 955条甜橙[Citrus sinensis(L.)Osbeck]EST序列为源序列,利用QualitySNP软件包从中挖掘出1 521个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)候选位点。进一步利用酶切位点查找软件WatCut进行分析,发现... 以从GenBank中下载的93 955条甜橙[Citrus sinensis(L.)Osbeck]EST序列为源序列,利用QualitySNP软件包从中挖掘出1 521个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)候选位点。进一步利用酶切位点查找软件WatCut进行分析,发现其中125个SNP为酶切扩增多态性序列(cleavedamplified polymorphic sequences,CAPS)位点。随机挑选40个CAPS候选位点设计引物,对12个含多种类型的柑橘品种进行分型,以此验证各标记的有效性。同时,还挑选了25个经生物信息学预测可导致其编码蛋白氨基酸序列改变的SNP位点,分别设计出一组等位基因特异PCR(allele specific PCR,AS-PCR)引物,以6个不同类型柑橘品种的DNA为模板进行PCR扩增,扩增产物采用琼脂糖凝胶电泳进行检测,筛选多态性引物。结果显示,40个CAPS候选位点中有26个位点具有酶切扩增多态性,且分型结果稳定,可作为CAPS标记。此外,还筛选获得15组在不同柑橘品种间检测到多态性的AS-PCR引物,重复性好,可有效用于柑橘品种的SNP分型。 展开更多
关键词 柑橘 表达序列标签 单核苷酸多态性 酶切扩增多态性序列:等位基因特异PCR
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