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基于Hi-C技术哺乳动物三维基因组研究进展
被引量:
8
1
作者
宁椿游
何梦楠
+3 位作者
唐茜子
朱庆
李明洲
李地艳
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第3期215-233,共19页
基因组DNA在细胞核中并不是呈线性的一字排列,而是以三维结构高度折叠并浓缩成染色质的方式储存于核内,具有特定的高级空间结构和构象。高通量染色体构象捕获(high-througnput chromosome conformationcapture, Hi-C)技术于2009年首次...
基因组DNA在细胞核中并不是呈线性的一字排列,而是以三维结构高度折叠并浓缩成染色质的方式储存于核内,具有特定的高级空间结构和构象。高通量染色体构象捕获(high-througnput chromosome conformationcapture, Hi-C)技术于2009年首次被提出,目前已得到大规模运用,使得人们对于三维基因组学有了更深刻的认识。研究表明,哺乳动物基因组三维层级结构单元由大到小依次为染色体疆域(chromosome territory, CT)、染色质区室(chromatin compartment A/B)、拓扑关联结构域(topological associated domain, TAD)和染色质环(chromatin loop),这些层级结构单元在基因转录和表达调控过程中发挥着重要作用。本文基于Hi-C技术从染色质的三维层级结构划分、构象单元作用以及三维基因组在发育、疾病等方面的应用进行阐述,旨在为更深入地了解哺乳动物三维基因组学研究提供参考。
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关键词
三维基因组学
染色质空间构象
Hi-C技术
基因表达调控
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职称材料
影响染色体三维结构的主要因素及其研究进展
被引量:
2
2
作者
樊逸仙
杭晓弈
何西淼
《中国科学:生命科学》
CSCD
北大核心
2020年第5期465-483,共19页
染色体的三维结构与基因表达的精准调控密切相关,染色体空间结构的改变也常会影响细胞中多种生物学活动的有序进行.近年来,染色质空间构象捕获技术和测序技术的发展,使得三维基因组学的研究取得一系列进展.科学家们发现,染色质逐级折叠...
染色体的三维结构与基因表达的精准调控密切相关,染色体空间结构的改变也常会影响细胞中多种生物学活动的有序进行.近年来,染色质空间构象捕获技术和测序技术的发展,使得三维基因组学的研究取得一系列进展.科学家们发现,染色质逐级折叠压缩,具有严密的层级结构,而影响染色质三维结构的因素则涉及DNA序列和蛋白复合体等多个方面.本文综述了影响三维基因组结构的主要因素,包括一维基因组层面上的DNA序列及其共价修饰、与基因结构以及顺式调控元件相互作用的蛋白复合体、核小体排布与组蛋白修饰以及在有丝分裂和染色体多倍化等过程中特有的三维结构变化等多个方面.通过总结这些因素如何影响染色体的三维结构以及相关的研究现状,揭示了染色体三维结构研究的重要作用.本文还简要总结了三维基因组学研究所面临的主要问题,并据此展望该领域将来的主要研究方向和可能的应用前景.
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关键词
三维基因组学
染色质空间结构
基因转录调控
表观修饰
有丝分裂
原文传递
利用环形染色体构象捕获技术对Bcl11b基因座位在细胞核内空间组织的研究
被引量:
1
3
作者
任立成
李美英
+3 位作者
孙元田
苏振宇
杨智
李冬娜
《中国细胞生物学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第11期1584-1591,共8页
环形染色体构象捕获(4C)技术实现了在全基因组范围内捕获与4C靶位点发生相互作用的基因座位,因而通过4C相关技术可以进一步研究靶基因座位在细胞核内的空间组织形式。该文以Bcl11b基因座位作为4C分析的靶位点,通过优化4C分析的反向巢式...
环形染色体构象捕获(4C)技术实现了在全基因组范围内捕获与4C靶位点发生相互作用的基因座位,因而通过4C相关技术可以进一步研究靶基因座位在细胞核内的空间组织形式。该文以Bcl11b基因座位作为4C分析的靶位点,通过优化4C分析的反向巢式PCR扩增条件,实现4C分析PCR的高效扩增;并通过有限克隆筛选与普通测序分析相结合的方法,在全基因组范围内捕获到一些与Bcl11b基因座位发生潜在相互作用的基因座位。这些基因座位与靶位点间的相互作用既有发生在相同染色体内的,也有发生在不同染色体之间的。这些基因座位间的相互作用表明了Bcl11b基因座位在细胞核内复杂的空间组织形式。
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关键词
环形染色体构象捕获技术
染色体构象捕获技术
Bcl11b基因座位
染色质空间组织
原文传递
题名
基于Hi-C技术哺乳动物三维基因组研究进展
被引量:
8
1
作者
宁椿游
何梦楠
唐茜子
朱庆
李明洲
李地艳
机构
四川农业大学动物科技学院动物遗传育种研究所
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第3期215-233,共19页
基金
国家重点研发计划项目(编号:2018YFD0500403)
国家自然科学基金项目(编号:31772576)资助~~
文摘
基因组DNA在细胞核中并不是呈线性的一字排列,而是以三维结构高度折叠并浓缩成染色质的方式储存于核内,具有特定的高级空间结构和构象。高通量染色体构象捕获(high-througnput chromosome conformationcapture, Hi-C)技术于2009年首次被提出,目前已得到大规模运用,使得人们对于三维基因组学有了更深刻的认识。研究表明,哺乳动物基因组三维层级结构单元由大到小依次为染色体疆域(chromosome territory, CT)、染色质区室(chromatin compartment A/B)、拓扑关联结构域(topological associated domain, TAD)和染色质环(chromatin loop),这些层级结构单元在基因转录和表达调控过程中发挥着重要作用。本文基于Hi-C技术从染色质的三维层级结构划分、构象单元作用以及三维基因组在发育、疾病等方面的应用进行阐述,旨在为更深入地了解哺乳动物三维基因组学研究提供参考。
关键词
三维基因组学
染色质空间构象
Hi-C技术
基因表达调控
Keywords
three
dimensional(3D)genomics
chromatin
spatial
organization
Hi-C
technology
gene
transcriptional
regulation
分类号
Q953 [生物学—动物学]
下载PDF
职称材料
题名
影响染色体三维结构的主要因素及其研究进展
被引量:
2
2
作者
樊逸仙
杭晓弈
何西淼
机构
华中科技大学同济医学院基础医学院生理学系
华中科技大学同济医学院基础医学院基因组与蛋白质组研究中心
出处
《中国科学:生命科学》
CSCD
北大核心
2020年第5期465-483,共19页
基金
华中科技大学人才引进基金(批准号:3004510109)资助。
文摘
染色体的三维结构与基因表达的精准调控密切相关,染色体空间结构的改变也常会影响细胞中多种生物学活动的有序进行.近年来,染色质空间构象捕获技术和测序技术的发展,使得三维基因组学的研究取得一系列进展.科学家们发现,染色质逐级折叠压缩,具有严密的层级结构,而影响染色质三维结构的因素则涉及DNA序列和蛋白复合体等多个方面.本文综述了影响三维基因组结构的主要因素,包括一维基因组层面上的DNA序列及其共价修饰、与基因结构以及顺式调控元件相互作用的蛋白复合体、核小体排布与组蛋白修饰以及在有丝分裂和染色体多倍化等过程中特有的三维结构变化等多个方面.通过总结这些因素如何影响染色体的三维结构以及相关的研究现状,揭示了染色体三维结构研究的重要作用.本文还简要总结了三维基因组学研究所面临的主要问题,并据此展望该领域将来的主要研究方向和可能的应用前景.
关键词
三维基因组学
染色质空间结构
基因转录调控
表观修饰
有丝分裂
Keywords
3D
genomics
chromatin
spatial
organization
transcription
regulation
epigenetic
modifications
mitosis
分类号
Q343.2 [生物学—遗传学]
原文传递
题名
利用环形染色体构象捕获技术对Bcl11b基因座位在细胞核内空间组织的研究
被引量:
1
3
作者
任立成
李美英
孙元田
苏振宇
杨智
李冬娜
机构
海南医学院生物学教研室
中国热带农业科学院热带生物技术研究所
海南医学院形态学教研室
出处
《中国细胞生物学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第11期1584-1591,共8页
基金
国家自然科学基金(批准号:31260269)
海南医学院科研培育基金项目(批准号:HY2012007)资助的课题~~
文摘
环形染色体构象捕获(4C)技术实现了在全基因组范围内捕获与4C靶位点发生相互作用的基因座位,因而通过4C相关技术可以进一步研究靶基因座位在细胞核内的空间组织形式。该文以Bcl11b基因座位作为4C分析的靶位点,通过优化4C分析的反向巢式PCR扩增条件,实现4C分析PCR的高效扩增;并通过有限克隆筛选与普通测序分析相结合的方法,在全基因组范围内捕获到一些与Bcl11b基因座位发生潜在相互作用的基因座位。这些基因座位与靶位点间的相互作用既有发生在相同染色体内的,也有发生在不同染色体之间的。这些基因座位间的相互作用表明了Bcl11b基因座位在细胞核内复杂的空间组织形式。
关键词
环形染色体构象捕获技术
染色体构象捕获技术
Bcl11b基因座位
染色质空间组织
Keywords
circular
chromosome
conformation
capture,
4C
chromosome
conformation
capture,
3C
Bclllb
gene
locus
chromatin
spatial
organization
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于Hi-C技术哺乳动物三维基因组研究进展
宁椿游
何梦楠
唐茜子
朱庆
李明洲
李地艳
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2019
8
下载PDF
职称材料
2
影响染色体三维结构的主要因素及其研究进展
樊逸仙
杭晓弈
何西淼
《中国科学:生命科学》
CSCD
北大核心
2020
2
原文传递
3
利用环形染色体构象捕获技术对Bcl11b基因座位在细胞核内空间组织的研究
任立成
李美英
孙元田
苏振宇
杨智
李冬娜
《中国细胞生物学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
1
原文传递
已选择
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