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龙眼胚性愈伤组织DlGRAS4与DlGRAS54基因的克隆及表达分析 被引量:7
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作者 陈裕坤 林玉玲 +3 位作者 田奇琳 林丽霞 赖瑞联 赖钟雄 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期215-224,共10页
以龙眼松散型胚性愈伤组织为实验材料,采用RT-PCR结合RACE法,克隆了植物特异转录调控因子DlGRAS4和DlGRAS54的cDNA全长序列和DNA序列,并进行生物信息学以及表达分析。结果表明:DlGRAS4全长1 668bp,开放阅读框(ORF)1 296bp,编码431个氨基... 以龙眼松散型胚性愈伤组织为实验材料,采用RT-PCR结合RACE法,克隆了植物特异转录调控因子DlGRAS4和DlGRAS54的cDNA全长序列和DNA序列,并进行生物信息学以及表达分析。结果表明:DlGRAS4全长1 668bp,开放阅读框(ORF)1 296bp,编码431个氨基酸(GenBank登录号:KC127683);DlGRAS54全长2 113bp,ORF 1 659bp,编码552个氨基酸(GenBank登录号:KC127684);DlGRAS54的DNA序列在5′-UTR含有1个1 533bp的内含子。生物信息学分析表明:DlGRAS4和GRAS54是不稳定亲水蛋白,不含信号肽,具有跨膜结构和GRAS家族的保守结构域,亚细胞定位于细胞膜中;与毛果杨、葡萄、蓖麻和可可等具有较高的同源性。系统进化树分析显示,DlGRAS54与拟南芥AtPAT1、葡萄VvPAT1、毛果杨PtPAT1、大豆GmPAT1处于同一分枝;DlGRAS4与拟南芥AtSCL23、玉米ZmSCL23处于同一分枝。推测DlGRAS4和DlGRAS54是GRAS基因家族的成员。qPCR结果表明,DlGRAS4在整个发育阶段转录水平呈"W"型变化趋势,在球形胚和子叶形胚阶段的表达量达最大值;DlGRAS54在整个发育阶段的转录水平呈"M"型变化趋势,在球形胚和鱼雷形胚阶段表达量达最大值,表明DlGRAS4和DlGRAS54主要在发育的中晚期起作用。外源赤霉素处理后DlGRAS4和DlGRAS54的表达量明显上调,说明DlGRAS4和DlGRAS54对赤霉素处理能做出积极的反应。 展开更多
关键词 龙眼 体细胞胚胎发生 GRAS 克隆 生物信息学 实时荧光定量PCR
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细粒棘球蚴中国大陆株zw-5基因的克隆和生物信息学分析 被引量:3
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作者 赵嘉庆 王健 +2 位作者 王娅娜 丁淑琴 赵巍 《宁夏医学院学报》 2005年第2期85-87,96,共4页
目的获得细粒棘球蚴zw-5基因序列,进行序列分析,为研究包虫病疫苗侯选基因作好前期工作。方法从包虫病患者体内获取细粒棘球蚴原头蚴提取总RNA,根据国外细粒棘球蚴Eg_CWGRS_12D11基因的已知序列设计一对引物,采用RT-PCR技术扩增,将PCR... 目的获得细粒棘球蚴zw-5基因序列,进行序列分析,为研究包虫病疫苗侯选基因作好前期工作。方法从包虫病患者体内获取细粒棘球蚴原头蚴提取总RNA,根据国外细粒棘球蚴Eg_CWGRS_12D11基因的已知序列设计一对引物,采用RT-PCR技术扩增,将PCR产物纯化后,将其克隆到pGEM-T载体后进行序列测定以及生物信息学分析。结果用RT-PCR成功扩增出细粒棘球蚴中国大陆株zw-5基因,测序表明该基因开放阅读框为624bp,与已发表基因核苷酸序列相比,同源性为99%。结论在国内首次获得细粒棘球蚴zw-5基因序列,对进一步研究其结构和功能以及包虫病的防治具有重要意义。 展开更多
关键词 细粒棘球蚴 zw-5基因 克隆 生物信息学分析
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千里光β-微管蛋白基因结构与功能的生物信息学分析 被引量:3
3
作者 张林 徐德林 +3 位作者 储士润 吴贵英 沈访 钱刚 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期487-492,共6页
β-微管蛋白是影响细胞新陈代谢和行使功能的重要结构物质,研究β-微管蛋白基因的序列信息对揭示其蛋白结构与功能具有重要指导意义。从千里光全长cDNA文库中分离得到β-微管蛋白基因,并采用生物信息学软件进行序列分析。结果显示,该基... β-微管蛋白是影响细胞新陈代谢和行使功能的重要结构物质,研究β-微管蛋白基因的序列信息对揭示其蛋白结构与功能具有重要指导意义。从千里光全长cDNA文库中分离得到β-微管蛋白基因,并采用生物信息学软件进行序列分析。结果显示,该基因长度为1750 bp,编码的蛋白质长度为448个氨基酸,与柚子β-微管蛋白的同源性最高,达96%;其蛋白质分子量为50.01 kD,理论等电点为4.83。β-微管蛋白二级结构主要组成为无规则卷曲结构和α螺旋结构;结构域分析发现该蛋白具有两个保守结构域;三级结构预测为相对稳固的类球形结构;信号肽分析将该蛋白主要定位于细胞质、过氧化物酶体、线粒体基质等亚细胞器位置。将该基因序列上传至GenBank所获得的登录号为KF887495。本实验结果为千里光β-微管蛋白的作用机制揭示和应用研究提供了基础数据,也为植物β-微管蛋白基因的分子研究提供了理论依据及基础资料。 展开更多
关键词 千里光 Β-微管蛋白 结构与功能 生物信息学
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龙眼胚性愈伤组织fw2.2家族2个基因的克隆与分析 被引量:2
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作者 陈裕坤 林玉玲 赖钟雄 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2012年第9期1608-1613,共6页
fruit weight 2.2(fw2.2)是植物中控制果实重量的重要数量性状的主效基因。以龙眼转录组数据库为基础,采用同源克隆法及RACE技术,从龙眼的胚性愈伤组织中获得fw2.2家族的2个cDNA全长序列,命名为Dlfw2.2-1与Dlfw2.2-1,并对其核甘酸序列... fruit weight 2.2(fw2.2)是植物中控制果实重量的重要数量性状的主效基因。以龙眼转录组数据库为基础,采用同源克隆法及RACE技术,从龙眼的胚性愈伤组织中获得fw2.2家族的2个cDNA全长序列,命名为Dlfw2.2-1与Dlfw2.2-1,并对其核甘酸序列及推导的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明:Dlfw2.2-1基因的cDNA全长为970 bp,编码184个氨基酸;Dlfw2.2-2基因的cDNA全长为941 bp,编码175个氨基酸。Dlfw2.2-1与Dlfw2.2-2的核甘酸序列及其推导的氨基酸序列与其它植物的fw2.2具有较高的同源性,亚细胞定位于细胞质膜,不含信号肽,具有跨膜结构与典型的与PLAC8同源的富半胱氨酸蛋白(Cysteine-rich Protein)的保守结构域。植物中fw2.2系统进化树分析结果表明,Dlfw2.2-1和Dlfw2.2-2为同一分枝,与番茄和油梨的fw2.2的距离最近。因此,推测Dlfw2.2-1与Dlfw2.2-2属于fw2.2基因家族的2个成员。 展开更多
关键词 龙眼 胚性愈伤组织 fw2 2 果实重量 基因克隆 生物信息学分析
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