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中国生物多样性e-Science平台建设构想 被引量:18
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作者 许哲平 崔金钟 +1 位作者 覃海宁 马克平 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期480-488,共9页
本文结合国际生物多样性信息学发展趋势和生物多样性e-Science相关平台,在分析我国前期工作成果和相关问题的基础上,提出了基于服务架构(Service-Oriented Architecture,简称SOA)和国际空间标准服务ISO19119的中国生物多样性e-Science... 本文结合国际生物多样性信息学发展趋势和生物多样性e-Science相关平台,在分析我国前期工作成果和相关问题的基础上,提出了基于服务架构(Service-Oriented Architecture,简称SOA)和国际空间标准服务ISO19119的中国生物多样性e-Science平台的三层结构(资源层、服务层和应用层),并对e-Science平台建设的几个重要方向进行阐述:组建强有力的协调组织、数据规范化和扩展、海量数据存储和计算、本体构建和语义分析、专题分析和领域建模、服务标准和服务内容以及科学社区的建设,为我国进行生物多样性e-Science平台建设提供理论依据。 展开更多
关键词 生物多样性 生物多样性信息学 E-SCIENCE ISO19119 面向服务架构(SOA)
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生物多样性信息学:一个正在兴起的新方向及其关键技术 被引量:10
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作者 钟扬 张亮 +1 位作者 任文伟 陈家宽 《生物多样性》 CAS CSCD 2000年第4期397-404,共8页
生物多样性科学和生物信息学是生命科学中两个极为重要也是十分活跃的交叉学科 ,生物多样性信息学则是目前正在兴起的一个新方向 ,其发展必将进一步深化信息技术在生物多样性研究中的应用。本文简要介绍了国内外该领域的主要目标与进展 ... 生物多样性科学和生物信息学是生命科学中两个极为重要也是十分活跃的交叉学科 ,生物多样性信息学则是目前正在兴起的一个新方向 ,其发展必将进一步深化信息技术在生物多样性研究中的应用。本文简要介绍了国内外该领域的主要目标与进展 ,讨论了有关的关键技术 (如数据库间的互操作与数字图书馆 ) ,并列出了两个原型系统 (Species 2 0 0 0和GBIF)和其他相关系统的网址。 展开更多
关键词 生物多样性 生物信息学 互操作性 数字图书馆
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海洋生物多样性信息资源 被引量:7
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作者 邵广昭 李瀚 +1 位作者 林永昌 赖昆祺 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期253-263,共11页
海洋生物多样性甚高,但却饱受人为的破坏及干扰。目前全球最大的含点位数据的在线开放性数据库是海洋生物地理信息系统(OBIS),共约12万种3,700万笔资料;另一个较大的数据库世界海洋生物物种登录(WoRMS)已收集全球22万种海洋生物之物种... 海洋生物多样性甚高,但却饱受人为的破坏及干扰。目前全球最大的含点位数据的在线开放性数据库是海洋生物地理信息系统(OBIS),共约12万种3,700万笔资料;另一个较大的数据库世界海洋生物物种登录(WoRMS)已收集全球22万种海洋生物之物种分类信息。除此之外,以海洋生物为主的单一类群的数据库只有鱼库(FishBase)、藻库(AlgaeBase)及世界六放珊瑚(Hexacorallians of the World)3个。跨类群及跨陆海域的全球性物种数据库则甚多,如网络生命大百科(EOL)、全球生物物种名录(CoL)、整合分类信息系统(ITIS)、维基物种(Wikispecies)、ETI生物信息(ETI Bioinformatics)、生命条形码(BOL)、基因库(GenBank)、生物多样性历史文献图书馆(BHL)、海洋生物库(SeaLifeBase);海洋物种鉴定入口网(Marine Species Identification Portal)、FAO渔业及水产养殖概要(FAO Fisheries and Aquaculture Fact Sheets)等可查询以分类或物种解说为主的数据库。全球生物多样性信息网络(GBIF)、发现生命(Discover Life)、水生物图库(AquaMaps)等则是以生态分布数据为主,且可作地理分布图并提供下载功能,甚至于可以改变水温、盐度等环境因子的参数值,利用既定的模式作参数改变后之物种分布预测。谷歌地球(Google Earth)及国家地理(National Geographic)网站中的海洋子网页,以及珊瑚礁库(ReefBase)等官方机构或非政府组织之网站,则大多以海洋保育的教育倡导为主,所提供的信息及素材可谓包罗万象,令人目不暇给。更令用户感到方便的是上述许多网站或数据库彼此间均已可交互链接及查询。另外,属于搜索引擎的谷歌图片(Google Images)与谷歌学术(Google Scholar)透过海洋生物数据库所提供的直接链接,在充实物种生态图片与学术论文上亦发挥极大帮助,让用户获得丰富多样的信息。为了保育之目的,生物多样性数据库除了整合与公开分享外,还应鼓励并推� 展开更多
关键词 海洋生物 生物多样性信息学 数据库整合 分类信息 生态分布
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中国哺乳动物形态、生活史和生态学特征数据集 被引量:6
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作者 丁晨晨 梁冬妮 +3 位作者 信文培 李春旺 Eric I.Ameca 蒋志刚 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期87-96,共10页
物种特征是生物对生存环境适应和响应的表现,反映了物种的生态位、适合度和生态功能。特征数据库的建立和共享是研究生物多样性维持与丧失、物种进化与适应、生态过程与生态系统功能、物种对气候变化和人类干扰响应、种内与种间关系等... 物种特征是生物对生存环境适应和响应的表现,反映了物种的生态位、适合度和生态功能。特征数据库的建立和共享是研究生物多样性维持与丧失、物种进化与适应、生态过程与生态系统功能、物种对气候变化和人类干扰响应、种内与种间关系等的基础。中国是世界哺乳动物物种数最多的国家之一,然而目前中国还没有包含哺乳动物形态、生活史、生态学和地理分布等物种特征的数据库。我们系统查阅了文献和各种数据资料,共收集整理出中国有分布记录的754种哺乳动物(包括近些年野外绝灭种、分布存疑种)的体重、脑容量、体长、尾长、前臂长(翼手目)、后足长、耳长、性成熟时间、妊娠期、窝崽数、年窝数、世代长度、食性、活动模式、是否特有种、濒危等级、海拔范围、栖息地类型、栖息地宽度、动物地理界、生物群系、分布型、动物地理区划和分布省份或水域等24个生态特征数据。在这些特征中,除了分布省份或水域及是否特有种外,其余特征数据均存在不同程度的缺失,数据的完整度为30%‒100%。本数据库收录的哺乳动物种数为目前中国哺乳动物种数的上限,为中国哺乳动物研究提供了基础数据,推进中国哺乳动物多样性信息共享和深度挖掘。 展开更多
关键词 哺乳动物 形态特征 生活史特征 繁殖特征 生态特征 地理分布 生物多样性信息学
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台湾生物多样性资料整合之经验与策略 被引量:7
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作者 邵广昭 赖昆祺 +5 位作者 林永昌 柯智仁 李瀚 洪铃雅 陈岳智 陈丽西 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期444-453,共10页
台湾生物多样性数据库之整合从2001年开始,是因为数位典藏计划、生物多样性推动方案,及台湾加入全球生物多样性信息网络(Global Biodiversity Information Facility,GBIF),均在这一年启动。2002年"中研院"开始建置台湾物种名... 台湾生物多样性数据库之整合从2001年开始,是因为数位典藏计划、生物多样性推动方案,及台湾加入全球生物多样性信息网络(Global Biodiversity Information Facility,GBIF),均在这一年启动。2002年"中研院"开始建置台湾物种名录数据库(TaiBNET),GBIF之台湾入口网TaiBIF则是在2004年时建置,用来整合台湾生物多样性的资料并与国际接轨。所采用之方法及格式均依循GBIF所发展的交换标准,一来可以整合台湾的数据,二来可及时与国际交换数据。虽然TaiBNET及TaiBIF已突破智慧财产权(知识产权)的障碍,可搜集整合数位典藏各子计划逐年累积的资料,但跨部门间及非数位典藏计划所产生的数据,仍因各单位及个人的本位主义而难以整合分享,特别是生态分布原始数据。因此2008年在"中研院"成立了跨主管部门的委员会,制订可行之资料搜集、整合与公开的政策,并要求各主管部门在委办合约中纳入。无人否认数据库整合的重要,但在现行对研究人员考评制度下,研究人员大多不愿投入数据库建置的学术服务工作,所获得的人力与经费亦日益短缺而难以永续经营。亟需相关部门的重视与支持。TaiBIF在过去6年来的推动成果虽未臻理想,但所获的经验和心得仍有可供外界参考与借镜之处。 展开更多
关键词 生物多样性信息学 GBIF TaiBNET TaiBIF 数据库
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国家标本资源共享平台(NSII)支撑生物多样性科学研究的成效分析
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作者 金冬梅 杨灵 +3 位作者 许哲平 肖翠 罗茂芳 马克平 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1501-1515,共15页
随着生物多样性信息学的迅速发展,越来越多开放的生物数据可供科研人员使用。以一个公开数据平台为例分析我国生物多样性领域的研究热点与发展趋势,有助于生物多样性工作者和决策者及时了解我国生物研究的现状及动向,为生物多样性建设... 随着生物多样性信息学的迅速发展,越来越多开放的生物数据可供科研人员使用。以一个公开数据平台为例分析我国生物多样性领域的研究热点与发展趋势,有助于生物多样性工作者和决策者及时了解我国生物研究的现状及动向,为生物多样性建设提供决策支持。该文以“国家标本资源共享平台(NSII)”及相关词为检索对象,对中国知网和谷歌学术上2013—2023年间的文献进行全文检索,共检索出1070篇NSII支撑的文献,包括期刊论文(822篇)、学位论文(233篇)、科普文章(5篇)、会议文章(6篇)和报道(4篇)。基于NSII支撑的822篇期刊论文,通过文献计量学的手段和方法,从发文情况、研究主题与热点、研究机构等方面探究NSII支撑的生物多样性研究现状、热点与态势。关键词共现网络图谱分析结果显示,基于数据平台的生物多样性研究热点集中在物种分布分析和建模、气候变化、分类学、生物多样性研究、研究平台建设五个方面。当前我国生物多样性信息学领域发展较快,未来仍需从数据源建设、资源整合、共享能力、业务能力和国际合作等方面努力提升,持续推动生物多样性科学研究的发展。 展开更多
关键词 生物多样性信息学 生物多样性研究 国家标本资源共享平台(NSII) 数据 文献计量学
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中国半翅目等29目昆虫2020年新分类单元 被引量:4
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作者 刘童祎 陈静 +1 位作者 姜立云 乔格侠 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期1050-1057,共8页
以中国半翅目等29目昆虫类群(除鞘翅目、双翅目、鳞翅目、膜翅目之外的其他目)为研究对象,基于2020年度发表的新分类单元与文献资料,编制了物种名录,分析了新分类单元的地理分布与模式标本存放情况等。2020年,中国半翅目等29目昆虫共描... 以中国半翅目等29目昆虫类群(除鞘翅目、双翅目、鳞翅目、膜翅目之外的其他目)为研究对象,基于2020年度发表的新分类单元与文献资料,编制了物种名录,分析了新分类单元的地理分布与模式标本存放情况等。2020年,中国半翅目等29目昆虫共描述349个新分类单元,包括新属35个,新种311个,新亚种3个;新种发表的热点地区在我国的西南山地及其邻近地区。模式标本存放单位多达69家,其中正模标本主要存放在国内保藏机构,而境外机构保藏的标本较少且以副模标本为主。本年度描述的349个新分类单元由356位作者所贡献,共发表文献182篇;Zootaxa和Zoo Keys是发表的主要期刊。本次调查为进一步深入研究物种演化的时空格局及生物多样性保护提供了基础数据。同时,由于人类面临生物多样性急剧下降的威胁,应加快大数据平台的建设及其多样化信息的挖掘,支撑生物多样性的研究和保护。 展开更多
关键词 生物多样性信息学 半翅目 直翅目 新分类单元 中国
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Floristics of Higher Plants in China --Report from Catalogue of Life: Higher Plants in China Database 被引量:2
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作者 Li-Song WANG Yu-Cheng ZHANG Na-Xin XUE Hai-Ning QIN 《植物分类与资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期69-74,共6页
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摄影定位法野外生物考察与数据管理 被引量:2
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作者 陈彬 陈建平 马克平 《科研信息化技术与应用》 2011年第5期81-89,共9页
以获得原始现场观测数据为目标的野外生物考察是生物与环境相关研究领域的基础工作。传统的野外考察通过纸笔进行记录,需要采集腊叶标本等凭证材料,然后通过标本馆和卡片进行资料管理,工作量较大,效率不高。本文介绍了在"自然博物... 以获得原始现场观测数据为目标的野外生物考察是生物与环境相关研究领域的基础工作。传统的野外考察通过纸笔进行记录,需要采集腊叶标本等凭证材料,然后通过标本馆和卡片进行资料管理,工作量较大,效率不高。本文介绍了在"自然博物馆"生物多样性信息系统支持下,集成应用全球定位系统、数码摄影、生物多样性信息学网络平台等最新技术形成的摄影定位法野外考察与数据管理技术,实现了野外工作流程的简化和数字化,实现数据管理和协作的信息化,能提高工作效率,降低工作强度,是生物野外考察的有效方法。 展开更多
关键词 摄影 GPS定位 野外考察 数据管理
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运用聚类分析与Google Maps于大量物种出现记录之研究 被引量:2
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作者 赖昆祺 郑又华 +2 位作者 陈岳智 李佑升 邵广昭 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期76-85,共10页
物种出现记录包含博物馆动物标本、植物标本、生态调查与物种观察等资料。在台湾生物多样性信息机构(Taiwan Biodiversity Information Facility,TaiBIF)物种出现记录整合平台中,已整合台湾26个数据集,包含超过150万笔物种出现记录,其... 物种出现记录包含博物馆动物标本、植物标本、生态调查与物种观察等资料。在台湾生物多样性信息机构(Taiwan Biodiversity Information Facility,TaiBIF)物种出现记录整合平台中,已整合台湾26个数据集,包含超过150万笔物种出现记录,其中约有85%的数据具有地理信息。我们利用数据库中所汇整的鲤科数据,包括11个数据集、超过8,800笔出现记录数据,利用网格式、切割式与密度式3种聚类分析算法分别绘制出不同的空间可视化结果,藉此解决大量物种出现记录于Google Maps上呈现效能与可视化不佳之问题。同时我们也探讨了3种聚类分析法之结果与鲤科的专家意见范围地图(expertopinion range maps)比对的差异。期望透过本研究可快速且有效地呈现物种分布资料,进而帮助研究者挖掘出大量数据所隐含的知识,并为生态保育提供重要参考。 展开更多
关键词 物种出现记录 聚类分析 生物多样性信息学 可视性分析
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基于SOA的中国生物多样性e-Science平台设想和建设 被引量:1
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作者 许哲平 崔金钟 +1 位作者 覃海宁 马克平 《科研信息化技术与应用》 2010年第3期3-12,共10页
中国有着非常丰富的生物多样性资源,但是目前的破坏程度也越来越严重。政府决策和科研工作都迫切需要快速便捷地获取相关数据,包括标本、图片、科学文献、野外观测数据、实验室数据和空间数据等。近年来,随着科技部"标本资源平台&q... 中国有着非常丰富的生物多样性资源,但是目前的破坏程度也越来越严重。政府决策和科研工作都迫切需要快速便捷地获取相关数据,包括标本、图片、科学文献、野外观测数据、实验室数据和空间数据等。近年来,随着科技部"标本资源平台"项目的启动和Web 2.0思想的逐步影响,数据共享工作取得了很大的进步,通过与国际项目的合作,也极大地促进了生物多样性信息学相关技术在国内的发展和应用。但是,在此过程中也伴随着数据不符合规范、质量低、没有进行标准化整理等问题,影响了数据的集成应用和深度挖掘。本文结合国际生物多样性信息学发展趋势,在分析前期工作的基础上,提出了基于服务架构(SOA)和国际空间标准服务ISO 19119的中国生物多样性e-Science平台的体系结构,并对服务内容进行了说明。这些相对通用的IT技术也能为其他行业的e-Science建设积累经验,为我国e-Science平台的整体发展和提高起到一定的借鉴意义。 展开更多
关键词 生物多样性 生物多样性信息学 E-SCIENCE ISO 19119 面向服务架构(SOA)
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Scratchpads 2.0:互联网时代的生物多样性虚拟研究环境 被引量:1
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作者 王利松 Vincent S Smith +1 位作者 张红瑞 张宪春 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期264-276,共13页
Scratchpads 2.0系统是支持在线环境下生物多样性基础数据的创建、管理和高效利用的虚拟研究平台。本文对该系统的研发背景和现状、系统使用的关键特征(包括个人数据和在线资源的动态整合机制、多语言内容的创建和管理、系统使用授权、... Scratchpads 2.0系统是支持在线环境下生物多样性基础数据的创建、管理和高效利用的虚拟研究平台。本文对该系统的研发背景和现状、系统使用的关键特征(包括个人数据和在线资源的动态整合机制、多语言内容的创建和管理、系统使用授权、动态数据追踪、团队协作,以及数据论文的发表机制),以及系统开发和管理者关心的主要技术问题(包括系统安装和高效维护管理、分布式系统架构、模块化开发和管理机制、相关的技术标准)进行了介绍。并针对与Scratchpads 2.0相关的生物多样性信息工具研发和应用的问题进行了讨论。Scratchpads准确的角色定位、学科业务需求的深度挖掘和优越的技术实现,决定了它是网络时代分类学研究的重要基础设施之一,将为世界在线植物志的实现提供重要的技术基础。 展开更多
关键词 生物多样性信息学 数据发表 在线植物志 虚拟研究环境
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