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覆盖经营对雷竹林土壤细菌群落结构演变及多样性的影响 被引量：31
1
作者 翟婉璐 钟哲科 +1 位作者 高贵宾 杨慧敏 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第9期133-142,共10页
【目的】研究覆盖对雷竹林土壤细菌群落结构及多样性的影响,为科学评价该种植模式的生态风险提供科学依据。【方法】调查并采集不同覆盖年限(0、3、6、9、12年)雷竹林土样,采用Illumina Miseq高通量测序技术分析16S rDNA土壤细菌基因V3... 【目的】研究覆盖对雷竹林土壤细菌群落结构及多样性的影响,为科学评价该种植模式的生态风险提供科学依据。【方法】调查并采集不同覆盖年限(0、3、6、9、12年)雷竹林土样,采用Illumina Miseq高通量测序技术分析16S rDNA土壤细菌基因V3-V4区域,鉴定细菌类群,并结合测定土壤的N、P和有机质等化学指标分析覆盖经营土壤细菌群落结构演变及多样性影响。【结果】1)测序共获得598个OTUs,计280 548条读数,平均读长453.5 bp。调查林地土壤细菌优势门为变形菌门、酸杆菌门和放线菌门(平均相对丰度分别为30.80%、22.0%和13.9%)。2)不同覆盖年限土样的多样性指数及丰度指数存在较大差异。覆盖初期,随着覆盖物的投入,林分土壤细菌的多样性指数及丰度指数均呈增加趋势,在覆盖6年时达到最大值,之后则呈现一定程度的下降,覆盖12年与覆盖初期无较大差别。3)覆盖对土壤微生物群落结构造成一定影响,未覆盖林地土壤细菌群落结构与覆盖后林地出现差异;变形菌门丰度由17.60%(对照)上升为37.77%(覆盖12年),酸杆菌门丰度呈现下降的趋势,而放线菌门丰度变化很小。4)覆盖造成的土壤理化性质的改变在一定程度上对细菌群落结构可造成影响,随着覆盖时间的增加,细菌菌落结构与土壤环境的关系也趋于复杂化,覆盖造成土壤严重酸化,对照和覆盖12年的p H值分别为5.23和3.42,但土壤中的嗜酸菌群落酸杆菌门的丰度反而出现下降的趋势。5)RDA分析排序轴前两轴解释了覆盖竹林土壤微生物群落变异的88.5%,土壤中各细菌种群对土壤环境因子变化的适应性不同,土壤中速效K、全N和有机质的积累会提高Proteobacteria、Bacteroidetes的相对丰度,土壤酸化会降低Chloroflexi的相对丰度。【结论】竹林覆盖经营对土壤细菌群落结构和多样性产生较大的影响,短期覆盖(小于6年)能增加土壤细菌的丰度和� 展开更多
关键词 雷竹 林地覆盖 土壤微生物 细菌多样性 时间变化
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Anammox反应器的启动及其菌群演变的研究 被引量：14
2
作者 胡宝兰 郑平 +2 位作者 胡安辉 周尚兴 丁革胜 《农业工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第7期107-110,共4页
为了研究工艺条件对反应器内微生物多样性的影响,该论文采用城市污水处理厂活性污泥接种,通过培育硝化污泥,进行了启动厌氧氨氧化(Anammox)反应器的试验,并对启动过程中细菌的多样性变化作了跟踪研究。研究结果表明,以好氧活性污泥作为... 为了研究工艺条件对反应器内微生物多样性的影响,该论文采用城市污水处理厂活性污泥接种,通过培育硝化污泥,进行了启动厌氧氨氧化(Anammox)反应器的试验,并对启动过程中细菌的多样性变化作了跟踪研究。研究结果表明,以好氧活性污泥作为接种物,可成功地培育硝化生物膜;通过反应器运行条件的控制,硝化生物膜可从进行好氧氨氧化反应过渡到进行厌氧氨氧化反应。在此过程中,异养型细菌的数量大幅度下降,硝化细菌、反硝化细菌和厌氧氨氧化细菌的数量增大,推测它们都与厌氧氨氧化作用有关。运用PCR-DGGE技术证明,随着反应器运行时间的延长,菌群发生明显变化并呈现简化趋势。 展开更多
关键词 硝化 厌氧氨氧化 细菌多样性 DGGE
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太平洋帕里西维拉海盆细菌多样性的非培养的初步分析 被引量：12
3
作者 谢华 薛燕芬 +3 位作者 赵爱民 李铁钢 马延和 曾艳 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期1-5,共5页
从环境中直接提取总DNA ,构建了含 32个有效转化子的太平洋帕里西维拉 (PareceVela)海盆 5 0 10米深处底泥的细菌 16SrRNA基因文库。测序结果表明 ,可以将 32条有效序列分为 17个不同的分类单元。大部分序列与已知细菌类群的 16SrDNA序... 从环境中直接提取总DNA ,构建了含 32个有效转化子的太平洋帕里西维拉 (PareceVela)海盆 5 0 10米深处底泥的细菌 16SrRNA基因文库。测序结果表明 ,可以将 32条有效序列分为 17个不同的分类单元。大部分序列与已知细菌类群的 16SrDNA序列相似性较高 ,归属于Proteobacteria的gamma亚群、alpha亚群和海洋非培养细菌类群 ,主要分布在Pseudoalteromonas属、Halomonas属、Alcanivorax属、Photobacterium属、Acinetobacter属 ;部分序列与已知细菌类群的 16SrDNA序列同源性较低 ,可能代表新的分类单位。研究结果表明 ,帕里西维拉海盆不仅含有丰富的微生物物种 。 展开更多
关键词 深海 生物多样性 非培养方法
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带状采伐对毛竹林土壤细菌群落结构及多样性的影响 被引量：12
4
作者 王树梅 王波 +3 位作者 范少辉 肖箫 夏雯 官凤英 《南京林业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期60-68,共9页
【目的】研究带状采伐后毛竹(Phyllostachys edulis)林土壤细菌群落结构及多样性的变化,认识带状采伐对毛竹林土壤生态系统的影响,为利用带状采伐实现毛竹林规模化经营提供指导。【方法】对毛竹林进行不同宽度(3、9、15 m)的带状采伐,2... 【目的】研究带状采伐后毛竹(Phyllostachys edulis)林土壤细菌群落结构及多样性的变化,认识带状采伐对毛竹林土壤生态系统的影响,为利用带状采伐实现毛竹林规模化经营提供指导。【方法】对毛竹林进行不同宽度(3、9、15 m)的带状采伐,25 d后采集样地内土壤样品,采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析土壤细菌特定基因片段V3-V4区域,鉴定菌种类群,预测细菌功能,并结合7种土壤养分指标(有机质、全氮、全磷、全钾、碱解氮、有效磷、速效钾)的测定结果,探讨带状采伐对毛竹林地土壤细菌群落及土壤养分的影响。【结果】随着采伐宽度的增加,土壤有效磷、全钾、速效钾含量降低,土壤有机质、全氮、碱解氮含量先增后降。适当采伐可以提高土壤肥力,但采伐宽度超过一定限度后,土壤肥力降低,速效养分含量减少。不同带状采伐对毛竹林土壤中细菌类群的丰度、多样性、均匀度的影响各不相同;3 m采伐宽度的毛竹林地内土壤细菌群落丰富度最高,且物种分布最均匀,随着采伐宽度的增大,其毛竹林地内的细菌群落丰富度和物种均匀度均降低,当采伐宽度超过9 m时,群落间的物种组成变化差异减小。带状采伐后变形菌门(Proteobacteria)相对丰度增多,酸杆菌门(Acidobacteria)、绿湾菌门(Chloroflexi)相对丰度减少,这3种菌门同放线菌门(Actinobacteria)一起占据着毛竹林带状采伐土壤细菌群落种的主要地位,对土壤中碳(C)、氮(N)元素固定及其他养分的转化分解发挥着重要的作用。带状采伐后土壤细菌群落代谢通路中最重要的是碳水化合物代谢和氨基酸代谢,说明带状采伐后土壤细菌的优势功能主要集中在C、N两种元素的固定和转化。【结论】毛竹林带状采伐对土壤细菌群落结构及多样性产生显著影响,3 m宽度的带状采伐能够增加细菌类群的丰度、多样性、均匀度以及土壤养分含 展开更多
关键词 毛竹 带状采伐 土壤细菌 细菌多样性 细菌群落丰富度 功能预测
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云南腾冲热海三热泉细菌多样性的研究 被引量：8
5
作者 李沁元 崔晓龙 +5 位作者 张东华 彭谦 徐丽华 王涛 柴丽红 姜成林 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期49-54,共6页
应用变性梯度凝胶电泳 (DGGE)对云南腾冲热海 3个高温热泉中菌藻席和泉底沉积物的细菌多样性进行了初步研究。直接从环境样品中提取总DNA ,用两套细菌通用引物进行PCR扩增 ,分别得到包含V8和V9高变区的 1 6SrDNA片段 ,进行DGGE分析。结... 应用变性梯度凝胶电泳 (DGGE)对云南腾冲热海 3个高温热泉中菌藻席和泉底沉积物的细菌多样性进行了初步研究。直接从环境样品中提取总DNA ,用两套细菌通用引物进行PCR扩增 ,分别得到包含V8和V9高变区的 1 6SrDNA片段 ,进行DGGE分析。结果表明 :菌藻席和泉底沉积物中不仅物种组成差异较大 ,而且都存在丰富的细菌多样性 ;一些关键的生态因子 ,如氧气、温度等会对群落中微生物的物种组成有很大影响。 展开更多
关键词 DGGE 高温热泉 细菌多样性
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春季青藏高原东北部湖泊细菌种类组成 被引量：11
6
作者 李明 郭嘉 +2 位作者 石正国 晏利斌 晏宏 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期750-758,共9页
青藏高原东北地区位于我国东部季风区、西北干旱区和青藏高原高寒区的交汇地带,人为影响较少,是研究生物种群组成的理想场所,然而目前尚缺乏大范围的分子生物学研究.2012年4-5月期间对青藏高原东北部10个湖区进行采样调查(表层、底层水... 青藏高原东北地区位于我国东部季风区、西北干旱区和青藏高原高寒区的交汇地带,人为影响较少,是研究生物种群组成的理想场所,然而目前尚缺乏大范围的分子生物学研究.2012年4-5月期间对青藏高原东北部10个湖区进行采样调查(表层、底层水各0.5 L混匀),应用16S rRNA和PCR-DGGE指纹分析研究细菌种类和组成.共鉴别出样本湖水中117个分类单元(Operational taxonomic unit,OTU)的细菌,分别隶属于12个纲,其中以α-变形菌纲(21种)和β-变形菌纲(27种)检出频次最多.细菌主要源于水生的微生物,外来扰动较少同时各湖区细菌分类单元数量(平均32.1±11.2)偏少,多样性指数(平均0.97±0.29)和均匀度指数(平均0.19±0.04)偏低,湖区之间相似性(平均0.31±0.11)较差,种群生态结构脆弱.各湖区物种分类单元数量受环境因素影响明显,温度与种群分类单元数(R=0.763,P<0.05)、多样性指数(R=0.708,P<0.05)及均匀度指数(R=0.641,P<0.05)正相关,湖水面积与种群分类单元数量(R=0.754,P<0.05)及多样性系数(R=0.668,P<0.05)呈正相关,并且细菌种类组成受到湖水水化学(如矿化度等)因素影响.本研究表明春季青藏高原东北部10个湖区细菌种类组成较为简单,生态结构脆弱,受自然环境因素限制明显,结果可为青藏高原东北部地区水生生物研究积累基础资料,亦可为群落结构的限制性气候因素分析、区域的可持续利用和保护提供科学依据. 展开更多
关键词 青藏高原 湖泊 细菌多样性 变形菌纲 分类单元
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黑土微生物丰度和多样性对邻苯二甲酸二丁酯污染的响应 被引量：7
7
作者 王志刚 由义敏 +5 位作者 徐伟慧 苏云鹏 胡影 刘帅 胡云龙 赵晓松 《生态环境学报》 CSCD 北大核心 2015年第10期1725-1730,共6页
邻苯二甲酸二丁酯(Di-n-butyl phthalate,DBP)是一种在环境中广泛存在的有机污染物,已被中国环境检测中心和美国环保署列为优先控制污染物。该研究探讨了黑土微生物丰度和多样性对不同浓度DBP(0、5、10、20和40 mg·kg^(-1))污染的... 邻苯二甲酸二丁酯(Di-n-butyl phthalate,DBP)是一种在环境中广泛存在的有机污染物,已被中国环境检测中心和美国环保署列为优先控制污染物。该研究探讨了黑土微生物丰度和多样性对不同浓度DBP(0、5、10、20和40 mg·kg^(-1))污染的响应。研究结果基本表明,黑土中的细菌、真菌和放线菌的生长(数量)对DBP污染均表现为被抑制效应,且在污染初期抑制效应与DBP浓度呈正相关,随着培养时间的增加有减缓的趋势,但在短期(25 d)内并未完全消除。为了确证这一结果,选择了4种有代表性的微生物,做了进一步的研究。结果同样表明自生固氮菌、亚硝酸氧化菌和磷细菌的生长均受到DBP污染的抑制,且抑制效应与DBP污染浓度呈显著性正相关(P=0.05);但是铁细菌的生长(数量)却受到了DBP污染的促进,且增幅与DBP污染浓度呈现正相关。采用RAPD方法研究表明,黑土微生物的丰富度和Shannon-Weanier多样性受到DBP污染的抑制,且10、20和40 mg·kg^(-1)的污染浓度处理的抑制效应在25 d内并未完全消除。因此,可以得出结论:DBP污染改变了黑土微生物区系结构和功能代谢菌群数量,降低了黑土微生物的多样性与丰度,从而有可能影响黑土的生态系统功能,威胁黑土的可持续利用。 展开更多
关键词 邻苯二甲酸二丁酯(DBP) 黑土 微生物区系 功能微生物 微生物多样性
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应用PacBio SMRT测序技术分析蒙古传统奶酪细菌多样性 被引量：5
8
作者 任冬艳 莫蓝馨 +4 位作者 靳昊 潘琳 马腾 于洁 孟和毕力格 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2020年第3期4-9,30,共7页
以采自蒙古国9个牧民家庭的传统奶酪为试验样品,采用Pacbio单分子实时(SMRT)测序技术分析了其细菌多样性,并将蒙古传统奶酪的细菌群落结构与公共数据库中布里亚特和意大利传统奶酪的细菌群落结构进行了比较。结果表明:从9份奶酪样品中... 以采自蒙古国9个牧民家庭的传统奶酪为试验样品,采用Pacbio单分子实时(SMRT)测序技术分析了其细菌多样性,并将蒙古传统奶酪的细菌群落结构与公共数据库中布里亚特和意大利传统奶酪的细菌群落结构进行了比较。结果表明:从9份奶酪样品中共鉴定出了60个细菌属的76个种,属于4个菌门;有3个地区传统奶酪样品的细菌群落结构存在显著差异,布里亚特和意大利传统奶酪中乳酸菌为优势菌群,而蒙古奶酪中乳酸菌的相对丰度较低,Enterobacter hormaechei相对丰度较高,可能是在制作过程中受到环境及操作人员的污染。因此,传统奶酪的制作应该采取适当的措施预防污染,确保奶酪的最终质量和安全性。 展开更多
关键词 传统奶酪 测序技术 细菌多样性
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超积累和非超积累生态型东南景天茎、叶内生细菌多样性分析 被引量：8
9
作者 邓平香 郭荣荣 +2 位作者 余光伟 种云霄 龙新宪 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期533-544,共12页
【目的】探究和比较超积累和非超积累生态型东南景天茎、叶微生物群落结构的异同。【方法】采用高通量测序技术研究野外两种生态型东南景天茎和叶片的内生细菌群落结构。【结果】4个样品总共得到366 783条有效序列和39 948个OTU(97%相似... 【目的】探究和比较超积累和非超积累生态型东南景天茎、叶微生物群落结构的异同。【方法】采用高通量测序技术研究野外两种生态型东南景天茎和叶片的内生细菌群落结构。【结果】4个样品总共得到366 783条有效序列和39 948个OTU(97%相似度)。从Shannon指数得知:两种生态型东南景天叶片内生菌的多样性均高于茎;超积累生态型东南景天叶片内生菌的多样性高于非超积累生态型,但非超积累生态型东南景天茎组织中内生菌多样性高于超积累生态型东南景天。超积累生态型东南景天的叶片和茎中的内生菌分别包括26和21个门,123和117个科;非超积累生态型东南景天叶片和茎中的内生菌分别包括43和22个门,175和83个科,4个样品的优势菌群均为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和蓝藻细菌门(Cyanobacteria)。在属分类水平上,超累积生态型东南景天叶片和茎第一优势菌属分别为Synechococcus和Plesiomonas;非超积累生态型东南景天叶片和茎组织第一优势菌群分别为Pseudomonas和Dechloromonas。【结论】两种生态型东南景天的叶片和茎中均具有丰富的内生细菌,但超积累生态型东南景天叶片内生菌多样性最大,且存在一些独有的功能菌群。 展开更多
关键词 东南景天 内生细菌多样性 高通量测序
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不同种植模式背景下栽植生姜对紫色土细菌多样性的影响 被引量：2
10
作者 王旭熙 吴福忠 +2 位作者 杨万勤 罗艺 王奥 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期147-154,共8页
为了解栽植生姜对岷江下游紫色丘陵区不同种植模式背景下典型紫色土微生物多样性的影响,采用PCR-DGGE与DNA序列分析方法,研究了紫色丘陵区玉米+红薯间作、大豆单作、生姜连作、水稻-紫云英轮作等4种典型种植模式背景下栽植生姜前后土壤... 为了解栽植生姜对岷江下游紫色丘陵区不同种植模式背景下典型紫色土微生物多样性的影响,采用PCR-DGGE与DNA序列分析方法,研究了紫色丘陵区玉米+红薯间作、大豆单作、生姜连作、水稻-紫云英轮作等4种典型种植模式背景下栽植生姜前后土壤细菌多样性变化特征。PCR-DGGE分子指纹图谱结果表明,同一种植模式下栽种生姜前后DGGE条带数目、位置和亮度差异明显。栽种生姜均降低了各模式下土壤细菌群落丰富度和Shannon-Wiener指数,明显改变了土壤细菌群落结构,其中生姜连作模式背景下土壤细菌丰富度和Shannon-Wiener指数下降幅度最大,玉米+红薯间作模式下降幅度最小,但栽植生姜后4种种植模式之间土壤细菌群落结构相似度明显增加。DGGE特征条带的序列分析表明,栽植生姜后,土壤细菌中的部分绿弯菌门类群消失,部分硝化螺旋菌门类群仅在水稻-紫云英轮作模式中发现、玉米+红薯间作模式中出现了短波单胞菌门的细菌。这些结果为了解栽植生姜对土壤环境的影响以及生姜种植模式的优化提供了一定的科学依据。 展开更多
关键词 细菌多样性 生姜 紫色土 种植模式 DGGE
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