从20种天然氨基酸的41个分子轮廓指数（randic molecular profiles,R）、44个分子特征值指数（eigenvalue based indices,E）和47个分子运转路径数目（walk and path counts,W）分别进行主成分分析,得出1种新的氨基酸描述符（scores vec...从20种天然氨基酸的41个分子轮廓指数（randic molecular profiles,R）、44个分子特征值指数（eigenvalue based indices,E）和47个分子运转路径数目（walk and path counts,W）分别进行主成分分析,得出1种新的氨基酸描述符（scores vector of R,E,W-SVREW）。将其应用于血管紧张素转化酶（ACE）抑制二肽、三肽、四肽、九肽结构表征,应用多元线性回归建立定量构效关系模型,同时采用内部与外部双重验证的方法验证模型的稳定性。所建ACE抑制二肽、三肽、四肽、九肽的模型复相关系数（Rcum^2）、留一法（LOO）交互校验复相关系数（Rcv^2）和外部样本校验相关系数（Qext^2）分别为：0.907、0.791、0.633;0.831、0.603、0.723;0.834、0.668、0.718;0.964、0.853、0.948。经研究表明：SVREW描述符应用于ACE抑制肽结构表征所建模型稳定性与预测能力均较好。展开更多
从20种天然氨基酸的41个randic molecular profiles、44个eigenvalue based indices和47个walk and path counts非零描述符分别进行主成分分析,得出一种新的氨基酸描述符——SVREW.将其应用于血管紧张素转化酶抑制三肽结构表征,应用多...从20种天然氨基酸的41个randic molecular profiles、44个eigenvalue based indices和47个walk and path counts非零描述符分别进行主成分分析,得出一种新的氨基酸描述符——SVREW.将其应用于血管紧张素转化酶抑制三肽结构表征,应用多元线性回归(MLR)及偏最小二乘(PLS)建立定量构效关系模型,同时采用内部与外部双重验证的方法验证模型的稳定性.所建模型复相关系数(Rcum2)、留一法(LOO)交互校验相关系数(Rcv2)和外部样本校验相关系数(Qext2)分别为MLR(0.994,0.974,0.991),P LS(0.949,0.886,0.898).然后利用此多元线性回归方程设计出一系列血管紧张素转化酶抑制三肽化合物并预测了其活性,并且应用分子对接验证所设计药物的合理性.经研究表明SVREW描述符应用于ACE三肽结构表征所建模型的稳定性与预测能力均较好,有望成为多肽定量构效关系研究中一种有效的结构表征方法,并对新药物的发现和研究提供指导.展开更多
从20种天然氨基酸的41个randic molecular profiles非零描述符、44个eigenvalue based indices非零描述符和47个walk and path counts非零描述符分别进行主成分分析,得出一种新的氨基酸描述符-SVREW。将其应用于血管紧张素转化酶(ACE)...从20种天然氨基酸的41个randic molecular profiles非零描述符、44个eigenvalue based indices非零描述符和47个walk and path counts非零描述符分别进行主成分分析,得出一种新的氨基酸描述符-SVREW。将其应用于血管紧张素转化酶(ACE)抑制二肽和ACE抑制三肽、苦味二肽和苦味四肽、后叶催产素类似物、HLA-A*0201限制性CTL表位肽的结构表征,应用多元线性回归(MLR)建立定量构效关系模型,同时采用内部与外部双重验证的方法验证模型的稳定性。所建ACE抑制二肽、ACE抑制三肽、苦味二肽、苦味四肽、后叶催产素类似物、HLA-A*0201限制性CTL表位肽的模型复相关系数(R2cum)分别为0.994,0.797,0.948,0.878,0.686,0.720;留一法交互校验复相关系数(R2cv)分别为0.955,0.859,0.879,0.958,0.796,0.843;外部样本校验相关系数(Q2ext)分别为0.990,0.954,0.890,0.950,0.748,0.773。经研究表明SVREW描述符用于肽分子结构表征所建模型的稳定性与预测能力均较好,有望成为多肽定量构效关系研究中一种有效的结构表征方法,可对新药物的发现和研究提供指导。展开更多
Different fused-core stationary phase chemistries（C18,Amide,Phenyl-hexyl and Peptide ES-C18） were used for the analysis of 21 structurally representative model peptides.In addition,the effects of the mobile phase co...Different fused-core stationary phase chemistries（C18,Amide,Phenyl-hexyl and Peptide ES-C18） were used for the analysis of 21 structurally representative model peptides.In addition,the effects of the mobile phase composition（ACN or MeOH as organic modifier;formic acid or acetic acid,as acidifying component） on the column selectivity,peak shape and overall chromatographic performance were evaluated.The RP-amide column,combined with a formic acid-acetonitrile based gradient system,performed as best.A peptide reversed-phase retention model is proposed,consisting of 5 variables：log SumAA,log Sv,clog P,log nHDon and log nHAcc.Quantitative structure-retention relationship（QSRR） models were constructed for 16 different chromatographic systems.The accuracy of this peptide retention model was demonstrated by the comparison between predicted and experimentally obtained retention times,explaining on average 86% of the variability.Moreover,using an external set of 5 validation peptides,the predictive power of the model was also demonstrated.This peptide retention model includes the novel in-silico calculated amino acid descriptor,AA,which was calculated from log P,3D-MoRSE,RDF and WHIM descriptors.展开更多
对20种氨基酸的457种性质参数按疏水性质、电性特征、氢键贡献和立体特征进行分类后,并各自进行主成分分析(PCA),得到一种新的氨基酸结构描述符SVHEHS(score vector of hydrophilicity,electronic,hydrogen bondcontribution and steric...对20种氨基酸的457种性质参数按疏水性质、电性特征、氢键贡献和立体特征进行分类后,并各自进行主成分分析(PCA),得到一种新的氨基酸结构描述符SVHEHS(score vector of hydrophilicity,electronic,hydrogen bondcontribution and steric properties)。用该描述符分别对一系列血管紧张素转化酶抑制二肽以及苦味二肽进行序列表征,并用来与生物活性建立多元线性回归模型。血管紧张素转化酶抑制二肽、苦味二肽模型的相关系数、交叉验证相关系数、均方根误差分别为0.936、0.854、0.259和0.949、0.886、0.136,同时还对所得模型进行了外部验证。结果表明,该描述符建立的模型具有较好的拟合与预测能力,用于生物活性肽的定量构效关系研究是理想的。展开更多
文摘从20种天然氨基酸的41个分子轮廓指数（randic molecular profiles,R）、44个分子特征值指数（eigenvalue based indices,E）和47个分子运转路径数目（walk and path counts,W）分别进行主成分分析,得出1种新的氨基酸描述符（scores vector of R,E,W-SVREW）。将其应用于血管紧张素转化酶（ACE）抑制二肽、三肽、四肽、九肽结构表征,应用多元线性回归建立定量构效关系模型,同时采用内部与外部双重验证的方法验证模型的稳定性。所建ACE抑制二肽、三肽、四肽、九肽的模型复相关系数（Rcum^2）、留一法（LOO）交互校验复相关系数（Rcv^2）和外部样本校验相关系数（Qext^2）分别为：0.907、0.791、0.633;0.831、0.603、0.723;0.834、0.668、0.718;0.964、0.853、0.948。经研究表明：SVREW描述符应用于ACE抑制肽结构表征所建模型稳定性与预测能力均较好。
文摘从20种天然氨基酸的41个randic molecular profiles、44个eigenvalue based indices和47个walk and path counts非零描述符分别进行主成分分析,得出一种新的氨基酸描述符——SVREW.将其应用于血管紧张素转化酶抑制三肽结构表征,应用多元线性回归(MLR)及偏最小二乘(PLS)建立定量构效关系模型,同时采用内部与外部双重验证的方法验证模型的稳定性.所建模型复相关系数(Rcum2)、留一法(LOO)交互校验相关系数(Rcv2)和外部样本校验相关系数(Qext2)分别为MLR(0.994,0.974,0.991),P LS(0.949,0.886,0.898).然后利用此多元线性回归方程设计出一系列血管紧张素转化酶抑制三肽化合物并预测了其活性,并且应用分子对接验证所设计药物的合理性.经研究表明SVREW描述符应用于ACE三肽结构表征所建模型的稳定性与预测能力均较好,有望成为多肽定量构效关系研究中一种有效的结构表征方法,并对新药物的发现和研究提供指导.
文摘从20种天然氨基酸的41个randic molecular profiles非零描述符、44个eigenvalue based indices非零描述符和47个walk and path counts非零描述符分别进行主成分分析,得出一种新的氨基酸描述符-SVREW。将其应用于血管紧张素转化酶(ACE)抑制二肽和ACE抑制三肽、苦味二肽和苦味四肽、后叶催产素类似物、HLA-A*0201限制性CTL表位肽的结构表征,应用多元线性回归(MLR)建立定量构效关系模型,同时采用内部与外部双重验证的方法验证模型的稳定性。所建ACE抑制二肽、ACE抑制三肽、苦味二肽、苦味四肽、后叶催产素类似物、HLA-A*0201限制性CTL表位肽的模型复相关系数(R2cum)分别为0.994,0.797,0.948,0.878,0.686,0.720;留一法交互校验复相关系数(R2cv)分别为0.955,0.859,0.879,0.958,0.796,0.843;外部样本校验相关系数(Q2ext)分别为0.990,0.954,0.890,0.950,0.748,0.773。经研究表明SVREW描述符用于肽分子结构表征所建模型的稳定性与预测能力均较好,有望成为多肽定量构效关系研究中一种有效的结构表征方法,可对新药物的发现和研究提供指导。
基金funded by a Ph.D.grant of "Institute for the Promotion of Innovation through Science and Technology in Flanders(IWT-Vlaanderen)"(No.091241 for MD and 073402 for SVD)the Special Research Fund of the Ghent University (Grant no.BOF 01J22510 for EW and BOF 01D38811 for SS)
文摘Different fused-core stationary phase chemistries（C18,Amide,Phenyl-hexyl and Peptide ES-C18） were used for the analysis of 21 structurally representative model peptides.In addition,the effects of the mobile phase composition（ACN or MeOH as organic modifier;formic acid or acetic acid,as acidifying component） on the column selectivity,peak shape and overall chromatographic performance were evaluated.The RP-amide column,combined with a formic acid-acetonitrile based gradient system,performed as best.A peptide reversed-phase retention model is proposed,consisting of 5 variables：log SumAA,log Sv,clog P,log nHDon and log nHAcc.Quantitative structure-retention relationship（QSRR） models were constructed for 16 different chromatographic systems.The accuracy of this peptide retention model was demonstrated by the comparison between predicted and experimentally obtained retention times,explaining on average 86% of the variability.Moreover,using an external set of 5 validation peptides,the predictive power of the model was also demonstrated.This peptide retention model includes the novel in-silico calculated amino acid descriptor,AA,which was calculated from log P,3D-MoRSE,RDF and WHIM descriptors.
文摘对20种氨基酸的457种性质参数按疏水性质、电性特征、氢键贡献和立体特征进行分类后,并各自进行主成分分析(PCA),得到一种新的氨基酸结构描述符SVHEHS(score vector of hydrophilicity,electronic,hydrogen bondcontribution and steric properties)。用该描述符分别对一系列血管紧张素转化酶抑制二肽以及苦味二肽进行序列表征,并用来与生物活性建立多元线性回归模型。血管紧张素转化酶抑制二肽、苦味二肽模型的相关系数、交叉验证相关系数、均方根误差分别为0.936、0.854、0.259和0.949、0.886、0.136,同时还对所得模型进行了外部验证。结果表明,该描述符建立的模型具有较好的拟合与预测能力,用于生物活性肽的定量构效关系研究是理想的。
