The relative contents of normal alkanes and isoprenoid alkanes from pyrolysed products of green alga Chlorella protothecoides increased when the algal cell subject to hydrolysis and bacterial degradation were used. Th...The relative contents of normal alkanes and isoprenoid alkanes from pyrolysed products of green alga Chlorella protothecoides increased when the algal cell subject to hydrolysis and bacterial degradation were used. Their value of C 23 -/C 24 + and the rate of Pr/C 17 increased greatly whereas the contents of C 20 alkenes were remarkably low compared with that from untreated sample (as control). These results are more analogous to the formation process of hydrocarbons derived from algae in natural geological environment.展开更多
【目的】食烷菌是海洋烃类降解优势菌,其烷烃代谢调控机制有待深入研究。本研究拟从食烷菌转录和翻译水平上认识烷烃降解的调控过程。【方法】分别以乙酸和正十六烷(C16)为唯一碳源与能源,获取柴油食烷菌(Alcanivorax dieselolei)B5菌...【目的】食烷菌是海洋烃类降解优势菌,其烷烃代谢调控机制有待深入研究。本研究拟从食烷菌转录和翻译水平上认识烷烃降解的调控过程。【方法】分别以乙酸和正十六烷(C16)为唯一碳源与能源,获取柴油食烷菌(Alcanivorax dieselolei)B5菌株的转录组和翻译组数据,并整合数据计算得到该菌在2种碳源培养条件下基因的翻译效率。采用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)对差异翻译和翻译效率基因进行功能和代谢通路注释。【结果】当以C16为唯一碳源与能源时,B5菌株烷烃代谢途径的关键基因在转录与翻译水平均大量提升,包括烷烃单加氧酶、细胞色素P450氧化酶、醇脱氢酶和醛脱氢酶等。KEGG富集结果表明,翻译水平显著上调基因参与了肽聚糖生物合成、脂肪酸降解、氯代烷烃降解、氧化磷酸化和生物膜形成等通路;翻译效率差异基因主要富集在铁载体非核糖体肽的生物合成、氧化磷酸化和不饱和脂肪酸的生物合成等途径。通过转录组和翻译组学的联合分析显示,为了适应烷烃氧化,B5有效地协调了转录与翻译过程;B5在2种碳源培养条件下基因表达水平与翻译效率均呈现负相关性;全局蛋白调节因子CsrA和sRNAs参与的转录后调控可能导致了烷烃代谢相关基因的翻译效率差异。【结论】转录组和翻译组数据的联合分析表明转录后调控参与了食烷菌的烷烃代谢过程,本研究为进一步探究食烷菌烷烃代谢的转录后调控机制奠定了基础。展开更多
从天津海域采集的水样中筛选获得一株烷烃降解细菌,经16S r RNA基因鉴定,结合菌株的形态学特征和生理生化特性分析,鉴定为柠檬酸杆菌属(Citrobacter),命名为Citrobacter sp.TUST-S5.利用GC-MS检测出菌株Citrobacter sp.TUST-S5能降解链...从天津海域采集的水样中筛选获得一株烷烃降解细菌,经16S r RNA基因鉴定,结合菌株的形态学特征和生理生化特性分析,鉴定为柠檬酸杆菌属(Citrobacter),命名为Citrobacter sp.TUST-S5.利用GC-MS检测出菌株Citrobacter sp.TUST-S5能降解链长C11—C28的烷烃;对C20以上的长链烷烃,降解率为80%,以上,且降解率随碳链长度的增加呈升高的趋势;菌株的生长曲线及降解曲线显示菌株对烷烃的降解率的变化与菌浓度紧密相关;菌株的乳化活性为47.86%,疏水性为38.30%.菌株Citrobacter sp.TUST-S5对中长链烷烃的降解效果显著,乳化作用明显,对于修复海洋石油污染具有重要的作用.展开更多
为研究互营烃降解菌系的短链脂肪酸(VFAs)降解能力,并解析相关的功能菌群,以3种不同温度下生长的互营烃降解菌系SK、M82和Y15作为接种物,分别添加甲/乙/丙/丁酸钠进行传代培养,应用高通量测序技术分析细菌和古菌的16S r RNA基因多样性....为研究互营烃降解菌系的短链脂肪酸(VFAs)降解能力,并解析相关的功能菌群,以3种不同温度下生长的互营烃降解菌系SK、M82和Y15作为接种物,分别添加甲/乙/丙/丁酸钠进行传代培养,应用高通量测序技术分析细菌和古菌的16S r RNA基因多样性.除M82不能代谢丁酸外,3个烃降解菌系都可以代谢甲/乙/丙/丁酸产甲烷.添加VFAs富集培养后,3种互营烃降解菌系中的已知互营菌群的相对丰度提升.Tepidanaerobacter,Thermotoga和Thermosyntropha在SK细菌菌群中的丰度增加,Tepidanaerobacter在M82中的丰度增加,Syntrophomonas在Y15中的丰度增加;在古菌菌群中,Methanothermobacter,Methanosaeta和un_Thermoprotei在SK的丰度增加,Methanothermobacter和un_Thermoprotei在M82中的丰度增加,Methanosaeta、Methanobacterium、Methanosarcina和un_Euryarchaeota在Y15中的丰度增加.本研究表明高、中、低温3种互营烃降解菌系SK、M82和Y15均具有互营代谢VFAs的能力,不同的互营VFAs降解体系中的功能微生物不同,结果可为今后开展油藏互营微生物分离工作提供良好材料、为进一步研究互营烃降解分子机理奠定基础.(图3参50)展开更多
文摘The relative contents of normal alkanes and isoprenoid alkanes from pyrolysed products of green alga Chlorella protothecoides increased when the algal cell subject to hydrolysis and bacterial degradation were used. Their value of C 23 -/C 24 + and the rate of Pr/C 17 increased greatly whereas the contents of C 20 alkenes were remarkably low compared with that from untreated sample (as control). These results are more analogous to the formation process of hydrocarbons derived from algae in natural geological environment.
文摘【目的】食烷菌是海洋烃类降解优势菌,其烷烃代谢调控机制有待深入研究。本研究拟从食烷菌转录和翻译水平上认识烷烃降解的调控过程。【方法】分别以乙酸和正十六烷(C16)为唯一碳源与能源,获取柴油食烷菌(Alcanivorax dieselolei)B5菌株的转录组和翻译组数据,并整合数据计算得到该菌在2种碳源培养条件下基因的翻译效率。采用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)对差异翻译和翻译效率基因进行功能和代谢通路注释。【结果】当以C16为唯一碳源与能源时,B5菌株烷烃代谢途径的关键基因在转录与翻译水平均大量提升,包括烷烃单加氧酶、细胞色素P450氧化酶、醇脱氢酶和醛脱氢酶等。KEGG富集结果表明,翻译水平显著上调基因参与了肽聚糖生物合成、脂肪酸降解、氯代烷烃降解、氧化磷酸化和生物膜形成等通路;翻译效率差异基因主要富集在铁载体非核糖体肽的生物合成、氧化磷酸化和不饱和脂肪酸的生物合成等途径。通过转录组和翻译组学的联合分析显示,为了适应烷烃氧化,B5有效地协调了转录与翻译过程;B5在2种碳源培养条件下基因表达水平与翻译效率均呈现负相关性;全局蛋白调节因子CsrA和sRNAs参与的转录后调控可能导致了烷烃代谢相关基因的翻译效率差异。【结论】转录组和翻译组数据的联合分析表明转录后调控参与了食烷菌的烷烃代谢过程,本研究为进一步探究食烷菌烷烃代谢的转录后调控机制奠定了基础。
文摘为研究互营烃降解菌系的短链脂肪酸(VFAs)降解能力,并解析相关的功能菌群,以3种不同温度下生长的互营烃降解菌系SK、M82和Y15作为接种物,分别添加甲/乙/丙/丁酸钠进行传代培养,应用高通量测序技术分析细菌和古菌的16S r RNA基因多样性.除M82不能代谢丁酸外,3个烃降解菌系都可以代谢甲/乙/丙/丁酸产甲烷.添加VFAs富集培养后,3种互营烃降解菌系中的已知互营菌群的相对丰度提升.Tepidanaerobacter,Thermotoga和Thermosyntropha在SK细菌菌群中的丰度增加,Tepidanaerobacter在M82中的丰度增加,Syntrophomonas在Y15中的丰度增加;在古菌菌群中,Methanothermobacter,Methanosaeta和un_Thermoprotei在SK的丰度增加,Methanothermobacter和un_Thermoprotei在M82中的丰度增加,Methanosaeta、Methanobacterium、Methanosarcina和un_Euryarchaeota在Y15中的丰度增加.本研究表明高、中、低温3种互营烃降解菌系SK、M82和Y15均具有互营代谢VFAs的能力,不同的互营VFAs降解体系中的功能微生物不同,结果可为今后开展油藏互营微生物分离工作提供良好材料、为进一步研究互营烃降解分子机理奠定基础.(图3参50)
