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碱基腺嘌呤与多肽酰胺间氢键作用的最佳位点 被引量：4
1
作者 刘帅 李书实 +1 位作者 刘冬佳 王长生 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第12期2551-2557,共7页
正确理解核酸碱基和蛋白质多肽间的作用机制有助于人们利用这些生物分子有效地进行分子设计,进而制备具有特殊纳米结构和功能的生物分子材料.本文优化得到了碱基腺嘌呤与N-甲基乙酰胺、甘氨酸二肽、丙氨酸二肽形成的20个氢键复合物的结... 正确理解核酸碱基和蛋白质多肽间的作用机制有助于人们利用这些生物分子有效地进行分子设计,进而制备具有特殊纳米结构和功能的生物分子材料.本文优化得到了碱基腺嘌呤与N-甲基乙酰胺、甘氨酸二肽、丙氨酸二肽形成的20个氢键复合物的结构并计算了结合能,探讨了腺嘌呤与多肽酰胺间氢键作用的最佳位点.研究发现:腺嘌呤可以使用两个不同位点(A1位点和A2位点)与N-甲基乙酰胺形成N―H…N型或者N―H…O=C型氢键复合物,腺嘌呤使用A1位点与N-甲基乙酰胺形成的N―H…N型氢键复合物更稳定;二肽分子可以使用主链上两个不同位点(丙氨酸的Ala7位点和Ala5位点或者甘氨酸的Gly7位点和Gly5位点)与腺嘌呤形成含有N―H…N和N―H…O=C两条氢键的复合物,二肽分子使用Ala7或Gly7位点与腺嘌呤形成的氢键复合物更稳定;腺嘌呤与多肽间的氢键作用强于其与N-甲基乙酰胺的作用.基于分子中的原子理论与自然键轨道计算结果分析了氢键作用的本质. 展开更多
关键词 碱基腺嘌呤 N-甲基乙酰胺 甘氨酸二肽 丙氨酸二肽 氢键 结合能
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尿素与丙氨酸二肽相互作用的量子化学研究 被引量：4
2
作者 宫利东 卜聪明 刘翠 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2017年第4期496-501,共6页
应用量子化学方法研究尿素与丙氨酸二肽形成复合物[urea-(Ala)_2]的稳定结构、氢键、电荷分布以及相对稳定性.采用B3LYP/6-311++G(d,p)方法进行结构优化和频率计算,对获得的28种稳定结构进一步采用MP2/6-311++G(d,p)方法计算结合能,并... 应用量子化学方法研究尿素与丙氨酸二肽形成复合物[urea-(Ala)_2]的稳定结构、氢键、电荷分布以及相对稳定性.采用B3LYP/6-311++G(d,p)方法进行结构优化和频率计算,对获得的28种稳定结构进一步采用MP2/6-311++G(d,p)方法计算结合能,并进行基组重叠误差校正.结果表明:在urea-(Ala)2中主要存在着3种类型的氢键:其中,N_U—H_U…O_A型是最主要的氢键类型,N_U—H_U…O_A型和N_A—H_A…O_U型氢键较强,对应的复合物结合能也较大,而C_A—H_A…O_U型氢键较弱.通过Mulliken布局分析,发现复合物中参与形成氢键的原子所带电荷变化明显,而没有参与形成氢键的原子电荷几乎不变;而且复合物结合能的大小与形成氢键的原子之间的电荷转移量密切相关,电荷转移量越大,复合物的结合能越大. 展开更多
关键词 尿素 丙氨酸二肽 分子间相互作用 氢键 电荷转移
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Na^+-丙氨酸二肽络合离子结构的密度泛函理论研究 被引量：4
3
作者 乔龙光 樊建芬 杨春红 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第17期1751-1756,共6页
运用密度泛函理论B3LYP方法在6-311++G**基组水平下研究了Na+与丙氨酸二肽(AD)分子结合形成的6种Na+-AD络合离子,其中包括2种双齿结构和4种单齿结构.考察了6种Na+-AD络合离子的相对稳定性,分析了丙氨酸二肽分子与Na+作用过程中分子骨架R... 运用密度泛函理论B3LYP方法在6-311++G**基组水平下研究了Na+与丙氨酸二肽(AD)分子结合形成的6种Na+-AD络合离子,其中包括2种双齿结构和4种单齿结构.考察了6种Na+-AD络合离子的相对稳定性,分析了丙氨酸二肽分子与Na+作用过程中分子骨架Ramachandran角φ和Ψ以及分子内氢键的变化. 展开更多
关键词 B3LYP 丙氨酸二肽 NA^+ 构型 离子配合物
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发展尿素与丙氨酸二肽相互作用的ABEEM/MM可极化力场
4
作者 胡端羽 刘林林 +1 位作者 宫利东 杨忠志 《分子科学学报》 CAS 北大核心 2023年第6期491-500,共10页
基于ABEEM/MM浮动电荷模型,尝试建立了一个新的可合理描述尿素-丙氨酸二肽-水分子之间相互作用的可极化力场.采用量子力学(QM)ωB97X-D/6-311++G(3df, 2p)//MP2/aug-cc-pVTZ方法对(Urea)(Ala)2的结构、电荷分布及结合能进行计算,以及HF/... 基于ABEEM/MM浮动电荷模型,尝试建立了一个新的可合理描述尿素-丙氨酸二肽-水分子之间相互作用的可极化力场.采用量子力学(QM)ωB97X-D/6-311++G(3df, 2p)//MP2/aug-cc-pVTZ方法对(Urea)(Ala)2的结构、电荷分布及结合能进行计算,以及HF/STO-3G方法计算电荷分布.构建尿素-丙氨酸二肽-水体系的ABEEM/MM势能函数,基于QM计算结果,优选确定相关参数.结果表明,与QM相比,ABEEM/MM获得的(Urea)(Ala)_(2)的键长、键角、二面角和结合能的AAD(平均绝对偏差),RMSD(均方根偏差)和RRMSD(相对均方根偏差)分别为0.000 8 nm, 0.001 4 nm, 1.2%;1.36°,1.72°,1.5%;4.10°,5.56°,5.0%;6.07 kJ·mol^(-1),6.82 kJ·mol^(-1)和10.2%,电荷分布的线性相关系数为0.988.将上述势能函数应用于(Ala)2(Urea)2(H2O)6体系,以检验势能函数的合理性和参数的可转移性.与QM相比,ABEEM/MM获得的键长、键角、二面角和结合能的AAD,RMSD,RRMSD分别为0.001 0 nm, 0.001 5 nm, 1.3%;1.23°,1.67°,1.5%;1.74°,2.37°,5.5%;9.33 kJ·mol^(-1),10.63 kJ·mol^(-1)和2.7%,电荷分布的线性相关系数为0.984.这表明ABEEM/MM和QM的结果有很好的一致性.所建立的ABEEM/MM势能函数可以合理描述尿素-丙氨酸二肽-水体系的结构、能量和电荷分布,为进一步建立尿素致蛋白质变性微观机制的ABEEM/MM浮动电荷力场打下基础. 展开更多
关键词 ABEEM/MM 丙氨酸二肽 尿素 水 蛋白质变性
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隐式溶剂环境中丙氨酸二肽酰胺-Ⅰ带光谱的神经网络预测
5
作者 钟容臻 郑舒琳 +2 位作者 范建平 颜桂炀 蔡开聪 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2023年第S01期51-52,共2页
借助神经网络学习方法开展多肽振动光谱预测与解析,构建不同极性溶剂环境下丙氨酸二肽(ALAD)的酰胺-Ⅰ带振动频率预测的神经网络模型,探究ALAD各个构象异构体的骨架二面角、C=O键长及酰胺-Ⅰ带振动频率处于不同化学环境中的相关性。
关键词 红外光谱 酰胺-Ⅰ带 丙氨酸二肽 神经网络学习
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丙氨酸二肽分子二级结构与振动光谱特性 被引量：2
6
作者 蔡开聪 留珊红 +1 位作者 刘的文 林深 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1837-1842,共6页
利用从头算方法探索蛋白质模型分子——丙氨酸二肽的二级结构布居特性以及体系势能变化.引入对分子结构敏感的振动探针(酰胺振动吸收带),借助其光谱表象,寻求振动光谱参数与分子结构之间的联系.研究结果表明:丙氨酸二肽分子处于C7eq构型... 利用从头算方法探索蛋白质模型分子——丙氨酸二肽的二级结构布居特性以及体系势能变化.引入对分子结构敏感的振动探针(酰胺振动吸收带),借助其光谱表象,寻求振动光谱参数与分子结构之间的联系.研究结果表明:丙氨酸二肽分子处于C7eq构型(Φ/Ψ=-80°/80°)时具有最低能量值,且分子易形成β折叠、PPII、C5及C7等能量较低的稳定构型.通过简正模式分析,得到分子3N-6个振动模式的吸收光谱,并通过势能分布分析方法对分子骨架上酰胺振动吸收带的特征振动模式进行了指认.重点考察分子骨架上酰胺-I带振动光谱参数与分子构型变化之间的相关性,建立振动光谱参数与蛋白质二级结构之间的联系,为在化学键水平上研究蛋白质的结构及其发挥作用的机制提供科学依据. 展开更多
关键词 从头算 丙氨酸二肽 振动光谱 酰胺-Ⅰ带 简正模式分析 势能分布
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振动探针用于丙氨酸二肽在氯仿溶剂中的结构研究
7
作者 蔡开聪 杜芬芬 +2 位作者 刘佳 郭碧芬 苏婷婷 《福建师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期87-92,共6页
利用从头算方法探索蛋白质模型分子——丙氨酸二肽在氯仿溶剂环境下的二级结构布居特征.借助对分子结构敏感的振动探针(酰胺振动吸收带)的光谱表象,寻求振动光谱参数与分子结构之间的联系.研究结果表明,丙氨酸二肽分子倾向于形成β折叠... 利用从头算方法探索蛋白质模型分子——丙氨酸二肽在氯仿溶剂环境下的二级结构布居特征.借助对分子结构敏感的振动探针(酰胺振动吸收带)的光谱表象,寻求振动光谱参数与分子结构之间的联系.研究结果表明,丙氨酸二肽分子倾向于形成β折叠、PPⅡ、C7eq和C5等构型.简正模式分析结果表明分子内酰胺振动带对分子骨架变化十分敏感,因此可以将酰胺振动吸收带作为结构探针研究蛋白质分子的二级结构信息. 展开更多
关键词 从头算 丙氨酸二肽 氯仿溶剂 振动光谱 二级结构
原文传递
丙氨酸二肽的酰胺-Ⅰ带振动频率图
8
作者 郑轩 蔡开聪 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2016年第S1期13-14,共2页
基于分子力学力场构建了丙氨酸二肽(ALAD)在重水溶剂中的酰胺-Ⅰ带振动频率图,将溶剂作用以静电势场的形式投影至ALAD分子骨架中,并且引入骨架二面角对酰胺-Ⅰ带的影响,实现处于不同构象态的ALAD中酰胺-Ⅰ带光谱的快速准确预测。
关键词 丙氨酸二肽 振动频率图 酰胺-Ⅰ带 二级结构
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全原子分子动力学模拟研究丙氨酸二肽水溶液的结构和氢键作用
9
作者 张荣 吴文娟 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期31-36,共6页
采用全原子分子动力学模拟研究了丙氨酸二肽分子在水溶液中的结构和氢键作用.径向分布函数和氢键统计用于分子动力学模拟的分析.从径向分布函数(RDF)发现不同类型的强氢键显示出不同的形成能力,而体系中的C-H…O弱相互作用较为明显,也... 采用全原子分子动力学模拟研究了丙氨酸二肽分子在水溶液中的结构和氢键作用.径向分布函数和氢键统计用于分子动力学模拟的分析.从径向分布函数(RDF)发现不同类型的强氢键显示出不同的形成能力,而体系中的C-H…O弱相互作用较为明显,也不能忽略.氢键统计分析的结果也证实了这一点.分子内距离、回转半径和骨架二面角用于表征丙氨酸二肽分子在水溶液中的构象变化.丙氨酸二肽分子在水溶液中的柔顺性较好,构象在折叠和伸展之间相互转换. 展开更多
关键词 全原子分子动力学模拟 丙氨酸二肽 水溶液 结构 氢键
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