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全基因组扩增技术及其在法医个体识别中的应用 被引量:11
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作者 蔡海强 柳海涛 +3 位作者 史斌 李安 唐文如 罗瑛 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1119-1125,共7页
全基因组扩增(Whole genome amplification,WGA)技术是一种对全部基因组序列进行非选择性扩增的技术。近几年来,对WGA技术扩增痕量DNA检材的研究日渐深入,这些研究可望用于刑案现场采集到的痕量DNA样品的扩增,为法医个体识别提供足量的... 全基因组扩增(Whole genome amplification,WGA)技术是一种对全部基因组序列进行非选择性扩增的技术。近几年来,对WGA技术扩增痕量DNA检材的研究日渐深入,这些研究可望用于刑案现场采集到的痕量DNA样品的扩增,为法医个体识别提供足量的DNA模板。然而,对实际案件中复杂检材的扩增偏差问题一直困扰着法医工作者,寻求一个低扩增偏差、高扩增产率的WGA技术是法医工作者的主要目标。文章综述了WGA技术在法医个体识别中的研究进展及应用前景,为法医解决扩增偏差问题提供参考。 展开更多
关键词 全基因组扩增 STR 个体识别 法医
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单细胞测序技术研究进展 被引量:7
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作者 董燕 宋程程 黄鹤 《化学工业与工程》 CAS CSCD 2015年第1期71-78,共8页
单细胞测序技术是能够在单个细胞的水平上,对基因组进行高通量测序分析的一项新技术。与传统高通量测序相比,单细胞测序不仅能够分析相同表型细胞的遗传异质性,还能获取难以培养微生物的遗传信息,具有广阔的应用前景。单细胞测序技术的... 单细胞测序技术是能够在单个细胞的水平上,对基因组进行高通量测序分析的一项新技术。与传统高通量测序相比,单细胞测序不仅能够分析相同表型细胞的遗传异质性,还能获取难以培养微生物的遗传信息,具有广阔的应用前景。单细胞测序技术的流程主要包括单细胞分离、细胞溶解与基因组DNA获取、全基因组扩增、测序与数据分析4个方面,以该技术流程为主线,分析了现有技术的优缺点,并对最新的改进办法进行了综述。 展开更多
关键词 单细胞测序 单细胞分离 全基因组扩增 多位点置换扩增
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多重置换扩增(MDA)结合荧光PCR对植入前胚胎进行性别诊断的研究 被引量:6
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作者 罗海宁 张印峰 张云山 《生殖与避孕》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期731-739,共9页
目的:建立多重置换扩增(MDA)联合荧光PCR对植入前胚胎进行性别诊断的方法,为开展性连锁遗传病的性别筛选提供实验依据。方法:在行IVF-ET助孕的患者中,选取废弃的第3日新鲜或冷冻后的2PN受精胚胎。通过显微操作活检得到单个卵裂球细胞,采... 目的:建立多重置换扩增(MDA)联合荧光PCR对植入前胚胎进行性别诊断的方法,为开展性连锁遗传病的性别筛选提供实验依据。方法:在行IVF-ET助孕的患者中,选取废弃的第3日新鲜或冷冻后的2PN受精胚胎。通过显微操作活检得到单个卵裂球细胞,采用MDA方法对单个/2个卵裂球细胞行全基因组扩增,然后采用荧光PCR方法对AMEL、X22、SRY和XHPRT 4个性染色体相关基因或STR位点进行扩增,对其扩增产物行毛细管电泳检测,分析电泳结果确定植入前胚胎的性别。以父母的外周血单个淋巴细胞作为对照进行分析。结果:①采用蛋白酶K法(n=21)和碱法(n=17)对卵裂球细胞进行裂解行MDA,扩增成功率未见统计学差异(85.7%vs 82.4%,P>0.05);单个卵裂球组(n=15)和2个卵裂球组(n=23)MDA扩增成功率亦未见统计学差异(80.0%vs87.0%,P>0.05)。②利用MDA方法对15个胚胎的单个/2个卵裂球进行扩增,扩增成功率为86.7%(n=13)。13个胚胎中7个为男性,6个为女性,性别检测成功率100%;等位基因脱扣(alleledropout,ADO)发生率为7.7%。结论:PGD中MDA是有效且可靠的全基因组扩增方法,MDA结合荧光PCR可以用于性连锁遗传病的性别筛选、致病基因检测和对胚胎进行HLA分型。 展开更多
关键词 多重置换扩增(MDA) 荧光PCR 等位基因脱扣(ADO) 植入前遗传学诊断(PGD) 全基因组扩增(wga) X连锁遗传病
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软骨发育不全植入前遗传学诊断的方法学研究 被引量:6
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作者 李荣 毕博文 +3 位作者 沈晓婷 郭源平 蒋玮莹 郭奕斌 《分子诊断与治疗杂志》 2014年第6期372-377,共6页
目的针对软骨发育不全(ACH)高危家系的FGFR3基因的突变类型(c.1138G>A,p.G380R),建立多种快速特异、行之有效的植入前遗传学诊断(PGD)方法 ,为实施该ACH家系的PGD创造必要的前提条件。方法在确诊该ACH患者特定突变类型的基础上,首先... 目的针对软骨发育不全(ACH)高危家系的FGFR3基因的突变类型(c.1138G>A,p.G380R),建立多种快速特异、行之有效的植入前遗传学诊断(PGD)方法 ,为实施该ACH家系的PGD创造必要的前提条件。方法在确诊该ACH患者特定突变类型的基础上,首先用外周血建立各种PGD方法 ,包括:A.直接测序法;B.ARMS法;C.酶切鉴定法;D.ARMS/RE法。然后对单个卵裂球的全基因组扩增(WGA)产物进行相应方法学的研究。最后,对各种方法进行优化优选。结果 A.直接测序法:正常对照c.1138为G纯合子,而患者为G/A杂合峰;B.ARMS法:正常对照扩增阴性,而患者有445 bp的特异扩增条带。C.酶切鉴定法:正常对照酶切后仍为513 bp,而患者酶切后产生205 bp、308bp、513 bp三条带;D.ARMS/RE法:正常对照扩增阴性,无法做酶切鉴定。而患者有445 bp扩增产物,经SfcI酶切后可产生27 bp和418 bp两个片段。结论本研究已成功建立针对c.1138 G>A杂合错义突变的直接测序法、ARMS法、酶切鉴定法和ARMS/RE法。所建立的4种方法快速、特异,但各有利弊,同时使用可相互弥补,结合STR连锁分析可把误诊风险降到最低程度。在正常情况下,可在24 h内完成对ACH高危胚胎的PGD。 展开更多
关键词 软骨发育不全(ACH) FGFR3基因 植入前遗传学诊断(PGD) 全基因组扩增 (wga) 突变特异性扩增系统(ARMS)
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滚环扩增原理及其在医药领域的应用 被引量:5
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作者 乔婉琼 周东蕊 +1 位作者 杨耀 陆祖宏 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期201-205,共5页
滚环扩增(rolling circle amplification,RCA)是新近发展起来的一种恒温核酸扩增方法。这种方法不仅可以直接扩增DNA和RNA,还可以实现对靶核酸的信号放大,灵敏度达到一个拷贝的核酸分子,因此在核酸检测中具有很大的应用价值和潜力。本... 滚环扩增(rolling circle amplification,RCA)是新近发展起来的一种恒温核酸扩增方法。这种方法不仅可以直接扩增DNA和RNA,还可以实现对靶核酸的信号放大,灵敏度达到一个拷贝的核酸分子,因此在核酸检测中具有很大的应用价值和潜力。本文结合了滚环扩增技术在医药领域中的最新研究进展,介绍了滚环扩增的原理及其在医药领域中的应用。 展开更多
关键词 滚环扩增 超分支滚环扩增 锁式探针 全基因组扩增
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应用aCGH技术建立胚胎植入前遗传学筛查 被引量:5
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作者 黄伟伟 卢建 +3 位作者 董云巧 陈创奇 杨曦 尹爱华 《中国产前诊断杂志(电子版)》 2016年第3期21-24,共4页
目的应用微阵列比较基因组杂交技术(aCGH)对移植前胚胎进行染色体遗传学筛查,建立胚胎染色体非整倍体检测方法。方法对冷冻囊胚、对照质控品先进行全基因组扩增,然后再继续aCGH检测。结果 4个冷冻囊胚中1个染色体正常,另外3个染色体异常... 目的应用微阵列比较基因组杂交技术(aCGH)对移植前胚胎进行染色体遗传学筛查,建立胚胎染色体非整倍体检测方法。方法对冷冻囊胚、对照质控品先进行全基因组扩增,然后再继续aCGH检测。结果 4个冷冻囊胚中1个染色体正常,另外3个染色体异常,对照质控全部检测出。结论应用全基因组扩增以及aCGH技术,对囊胚成功进行了植入前遗传学筛查,能够全面评估胚胎染色体的非整倍体情况,为复发流产患者提高生殖成功率提供重要依据。 展开更多
关键词 全基因组扩增 比较基因组杂交 非整倍体 植入前遗传学筛查
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Human Nail Clippings as a Source of DNA for Genetic Studies 被引量:1
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作者 Le Truong Hannah Lui Park +5 位作者 Seong Sil Chang Argyrios Ziogas Susan L. Neuhausen Sophia S. Wang Leslie Bernstein Hoda Anton-Culver 《Open Journal of Epidemiology》 2015年第1期41-50,共10页
Blood samples have traditionally been used as the main source of DNA for genetic analysis. How-ever, this source can be difficult in terms of collection, transportation, and long-term storage. In this study, we invest... Blood samples have traditionally been used as the main source of DNA for genetic analysis. How-ever, this source can be difficult in terms of collection, transportation, and long-term storage. In this study, we investigated whether human nail clippings could be used as a source of DNA for SNP genotyping, null-allele detection, and whole-genome amplification. From extracted nail DNA, we achieved amplicons up to a length of ~400 bp and >96% concordance for SNP genotyping and 100% concordance for null-allele detection compared to DNA derived from matched blood sam-ples. For whole-genome amplification, OmniPlex performed better than Multiple Displacement Amplification with a success rate of 89.3% and 76.8% for SNP genotyping and null-allele detection, respectively. Concordance was ~98% for both methods. When combined with OmniPlex whole-genome amplification, human nail clippings could potentially be used as an alternative to whole blood as a less invasive and more convenient source of DNA for genotyping studies. 展开更多
关键词 Single NUCLEOTIDE Polymorphism (SNP) NAIL Clippings GENOTYPING whole genome amplification (wga)
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微阵列技术在植入前遗传学筛查领域中的应用 被引量:2
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作者 冼业星 何文茵 +1 位作者 王维华 孙筱放 《生殖与避孕》 CAS CSCD 2014年第9期759-764,共6页
胚胎植入前遗传学筛查(preimplantation genetic screening,PGS)是一种低风险的植入前遗传学诊断(preimplantation genetic diagnosis,PGD)。如今各种技术方法的不断涌现并应用于临床PGD中,大大增加了诊断的准确性,降低了误诊风险。而... 胚胎植入前遗传学筛查(preimplantation genetic screening,PGS)是一种低风险的植入前遗传学诊断(preimplantation genetic diagnosis,PGD)。如今各种技术方法的不断涌现并应用于临床PGD中,大大增加了诊断的准确性,降低了误诊风险。而近几年微阵列技术如阵列比较基因组杂交(aCGH)和单核苷酸多态性阵列(SNP)已应用于临床PGS研究中,该项技术突破了以往经典遗传学检测技术如FISH等的诸多限制,能够在全基因组范围内同时检测多种因染色体失衡导致的疾病、微重复、微缺失等,检测结果更加精确、敏感,并能检测到≥10%水平的嵌合体。基于其各种优点,可见微阵列技术在胚胎PGS中具有重要的应用前景。 展开更多
关键词 植入前遗传学筛查(PGS) 植入前遗传学诊断(PGD) 比较基因组杂交阵列(aCGH) 单核苷酸多态性(SNP) 全基因组扩增(wga)
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3种单细胞全基因组扩增方法对1~4 Mb拷贝数变异检测性能的研究
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作者 于婷 王云云 +2 位作者 费嘉 黄杰 胡泽斌 《分子诊断与治疗杂志》 2022年第9期1549-1553,共5页
目的比较3种单细胞全基因组扩增(WGA)法(SurePlex、MALBAC和MDA)对1~4 Mb拷贝数变异(CNV)的检测性能,为胚胎植入前非整倍体遗传学检测(PGT-A)选择最佳方法提供依据。方法采用3种含有已知1~4 Mb CNV的细胞系,分别以上述3种方法进行WGA扩... 目的比较3种单细胞全基因组扩增(WGA)法(SurePlex、MALBAC和MDA)对1~4 Mb拷贝数变异(CNV)的检测性能,为胚胎植入前非整倍体遗传学检测(PGT-A)选择最佳方法提供依据。方法采用3种含有已知1~4 Mb CNV的细胞系,分别以上述3种方法进行WGA扩增,对扩增产物统一采用Veriseq构建PGT-A测序文库,illumina-NextSeq550测序平台进行测序,最后采用嘉宝仁和公司的PGXCould生信平台进行信息学分析。对比各方法的PGT-A分析结果,综合评估其性能。结果3种方法均可获得足够的WGA产物,并成功构建测序文库。扩增产物浓度中,MDA>SurePlex>MALBAC,差异有统计学意义(P<0.05);建库产物浓度中,MDA>MALBAC>SurePlex,差异有统计学意义(P<0.05);3种方法测序获得有效reads平均值在10 M以上,且原始数据与基因组的比对率也均超过97%。基因组比对率、已覆盖基因组比例、SD值比较,MDA>MALBAC>SurePlex,差异有统计学意义(P<0.05)。冗余序列比例的比较,SurePlex>MALBAC>MDA,差异有统计学意义(P<0.05)。MDA法可辨识出3.59 Mb(GM24312)左右的CNV,而对于2.5 Mb(GM13325)及1.3 Mb(GM25372)很难辨识。其他两种WGA方法结果理想。结论SurePlex和MALBAC均可用于1~4 Mb的CNV检测,且Sureplex法性能更优,但MDA法检测1~4 MbCNV存在一定风险。 展开更多
关键词 植入前染色体非整倍体检测 全基因组扩增 拷贝数变异 二代测序
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质粒连接克隆法用于提高单细胞全基因组扩增产物覆盖率及质量的初探 被引量:1
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作者 陈伟珊 黄一芳 +1 位作者 叶昕怡 郑磊 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期643-652,共10页
目的:评估利用质粒连接克隆技术提高稀有细胞全基因组扩增(WGA)产物覆盖率及质量的可行性。方法:以54例宫颈脱落滋养层细胞和循环肿瘤细胞的WGA产物为研究对象,利用质粒连接克隆技术,通过质粒载体pMDTM19-T将单细胞WGA产物转入大肠杆菌... 目的:评估利用质粒连接克隆技术提高稀有细胞全基因组扩增(WGA)产物覆盖率及质量的可行性。方法:以54例宫颈脱落滋养层细胞和循环肿瘤细胞的WGA产物为研究对象,利用质粒连接克隆技术,通过质粒载体pMDTM19-T将单细胞WGA产物转入大肠杆菌DH5α感受态细胞进行增殖获取WGA产物的克隆产物。设计22条常染色体中22个特定位点引物进行扩增,根据扩增阳性率计算单细胞WGA产物克隆前后的覆盖率,并利用配对t检验及散点图进行统计学分析。随机选取样本,利用Sanger测序和短串联重复序列技术进行产物质量验证。结果:克隆后单细胞WGA产物的覆盖率有所提高(克隆前73%、克隆后79%),尤其对宫颈脱落滋养层细胞效果更为显著(克隆前72%、克隆后81%);在随机选取的12例样本中,克隆后样本的Sanger测序峰图质量和成功率均优于克隆前;此外,随机选取的2例克隆后的样本检测出的STR基因座均显著多于克隆前的。结论:质粒连接克隆法在一定程度上能提高单细胞WGA产物覆盖率及质量,有助于更深入地研究稀有细胞的生物学意义及临床价值。 展开更多
关键词 单细胞 全基因组扩增 质粒连接克隆 覆盖率
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