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新生隐球菌毒力差异菌株的全基因组测序及毒力相关基因的筛选 被引量：1
1
作者 刘涛华 王颜颜 +4 位作者 陈玉如 赵亮 吕倩 牟丽丽 康颖倩 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期103-109,共7页
目的了解及分析新生隐球菌格鲁比变种（Cryptococcus neoformans var grubii）两组毒力差异明显的多位点微卫星型（multilocus microsatellite typing，MLMT）菌株的全基因组序列，筛选出引起其毒力差异的相关基因。方法选取毒力差异最... 目的了解及分析新生隐球菌格鲁比变种（Cryptococcus neoformans var grubii）两组毒力差异明显的多位点微卫星型（multilocus microsatellite typing，MLMT）菌株的全基因组序列，筛选出引起其毒力差异的相关基因。方法选取毒力差异最为明显的不同基因型菌株各1株进行全基因组重测序，运用比较基因组学方法全面分析测序结果，使用非同义SNPs（non-synonymous SNPs，nsSNPs）、无义突变SNPs、产生移码突变InDels的策略广泛筛选差异基因。对筛选出的基因在所有实验菌株中进行DNA测序验证，并提取总RNA，采用快速扩增5’和3’cDNA末端（rapidamplificationof5’and3’cDNAends，RACE）技术，克隆后测序获得对应基因的完整cDNA全长序列信息。结果通过全基因组重测序，环境株IFM56731和临床株IFM56800均分别获得127倍和111倍覆盖率的有效数据。分别对SNPs和InDels数据进行统计分析，应用无义突变SNPs和产生移码突变的InDel分别筛选出3个差异基因。对筛选出的6个基因在所有实验菌株中进行扩增测序，并对其中3个基因进行cDNA的测序分析，最终确定基因CNAG_01032的转录序列位置和结构，并验证了预测的无义突变位点存在于实际的mRNA中。结论本研究通过全基因重测序数据分析证明，应用无义突变SNPs和产生移码突变的InDels进行差异基因筛选的策略具有较好针对性，并筛选出6个潜在与毒力相关的基因，通过对所有实验菌株的测序和对全长cDNA的测序验证，最终筛选出基因CNAG一01032为可能引起菌株毒力差异的基因。 展开更多
关键词 新生隐球菌格鲁比变种 微卫星基因分型 全基因序列分析 毒力
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