目的对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)中不同位点组合在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因分型研...目的对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)中不同位点组合在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因分型研究中的应用。并以IS6110限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)为参照,筛选有效位点。方法分别采用IS6110-RFLP、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及MLVA不同位点组合对北京海淀区收集的MTB临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法及MLVA不同位点组合的分型效果。结果 45株MTB分离株中86.7%为北京家族菌株,Spoligotyping和结核分枝杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interpersed repetitive units,MIRU)-12系列的HGI(Hunter-Gaston Index)值分别为0.4313和0.8700,将45株MTB菌株分为10个和23个基因型。VNTR-9系列和IS6110-RFLP的分型结果一致,HGI值较高,为0.9980,将45株MTB菌株分为43个基因型。结论北京家族结核分枝杆菌在北京海淀区呈高水平流行。对于北京地区北京家族菌株占绝大多数的感染人群,VNTR-9系列MLVA是较为简便和高分辨率的分型方法 ,其分辨率能够达到MTB基因分型"金标准"IS6110-RFLP水平。展开更多
目的利用可变数目串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)和全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)分析一起学校结核病疫情的传播情况,探讨2种基因分型方法在处理学校结核传播中的作用。方法对2019年北京市首起学校耐...目的利用可变数目串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)和全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)分析一起学校结核病疫情的传播情况,探讨2种基因分型方法在处理学校结核传播中的作用。方法对2019年北京市首起学校耐多药肺结核聚集性疫情中获得的6株菌株分别进行菌种鉴定、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)、VNTR以及WGS分析,分析菌株的分型特征,确定传播链。结果6株阳性培养菌株共涉及2个年级4个班的6名学生,其中1人为首发病例,3人是首发病例的密切接触者,另外2人为一般接触者。经菌种鉴定6株菌株均为结核分枝杆菌。Spoligotyping分型结果显示5株菌株为北京基因型,另1株无结果。VNTR基因分型将6株菌株分成3个簇,菌株成簇率为66.7%,最大的一簇包含4株菌株,基因型相同,表明存在一定程度的近期传播。其余2株为单一菌株,分别在1~2个位点上与其他4株菌相差1.0~1.6个拷贝。WGS结果显示6株菌株间基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)差异均>12个SNP,按照本研究分子生物学鉴定标准,6株菌株间异质性较大,不存在同源性。结论WGS较VNTR基因分型方法在判断结核病近期传播方面有更高的精度和优势。在学校发生结核病疫情,尤其是有耐药结核病例时,WGS能更加精准的鉴定结核病近期传播情况,应作为传统流行病学的补充。展开更多
文摘目的对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)中不同位点组合在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因分型研究中的应用。并以IS6110限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)为参照,筛选有效位点。方法分别采用IS6110-RFLP、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及MLVA不同位点组合对北京海淀区收集的MTB临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法及MLVA不同位点组合的分型效果。结果 45株MTB分离株中86.7%为北京家族菌株,Spoligotyping和结核分枝杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interpersed repetitive units,MIRU)-12系列的HGI(Hunter-Gaston Index)值分别为0.4313和0.8700,将45株MTB菌株分为10个和23个基因型。VNTR-9系列和IS6110-RFLP的分型结果一致,HGI值较高,为0.9980,将45株MTB菌株分为43个基因型。结论北京家族结核分枝杆菌在北京海淀区呈高水平流行。对于北京地区北京家族菌株占绝大多数的感染人群,VNTR-9系列MLVA是较为简便和高分辨率的分型方法 ,其分辨率能够达到MTB基因分型"金标准"IS6110-RFLP水平。
文摘目的利用可变数目串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)和全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)分析一起学校结核病疫情的传播情况,探讨2种基因分型方法在处理学校结核传播中的作用。方法对2019年北京市首起学校耐多药肺结核聚集性疫情中获得的6株菌株分别进行菌种鉴定、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)、VNTR以及WGS分析,分析菌株的分型特征,确定传播链。结果6株阳性培养菌株共涉及2个年级4个班的6名学生,其中1人为首发病例,3人是首发病例的密切接触者,另外2人为一般接触者。经菌种鉴定6株菌株均为结核分枝杆菌。Spoligotyping分型结果显示5株菌株为北京基因型,另1株无结果。VNTR基因分型将6株菌株分成3个簇,菌株成簇率为66.7%,最大的一簇包含4株菌株,基因型相同,表明存在一定程度的近期传播。其余2株为单一菌株,分别在1~2个位点上与其他4株菌相差1.0~1.6个拷贝。WGS结果显示6株菌株间基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)差异均>12个SNP,按照本研究分子生物学鉴定标准,6株菌株间异质性较大,不存在同源性。结论WGS较VNTR基因分型方法在判断结核病近期传播方面有更高的精度和优势。在学校发生结核病疫情,尤其是有耐药结核病例时,WGS能更加精准的鉴定结核病近期传播情况,应作为传统流行病学的补充。
