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酵母基因内含子中二聚体寡核苷酸转录调控位点的统计分析
被引量:
4
1
作者
胡俊
张静
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2004年第5期449-454,共6页
对高效和低效转录酵母基因内含子序列中寡核苷酸的出现频率进行对照分析 ,结果显示高效和低效内含子序列的结构有差异 ,而且高效转录内含子序列含有较多潜在的转录因子结合位点 .观察实验获得的转录调控位点 ,发现许多调控位点不是相邻...
对高效和低效转录酵母基因内含子序列中寡核苷酸的出现频率进行对照分析 ,结果显示高效和低效内含子序列的结构有差异 ,而且高效转录内含子序列含有较多潜在的转录因子结合位点 .观察实验获得的转录调控位点 ,发现许多调控位点不是相邻接的寡核苷酸 ,而是由一对保守寡核苷酸构成 ,这对寡核苷酸被一段长度固定的非保守区域间隔开 .于是对此形式的二聚体寡核苷酸 (dyad)在高效和低效内含子序列中出现的频率进行统计比较分析 ,抽提出在高效内含子组出现的频率显著高于在低效内含子组出现频率的二聚体寡核苷酸 ,分析这些二聚体寡核苷酸在两组内含子序列中的分布特征 ,并对照实验结果 。
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关键词
酵母
内含子
二聚体寡核苷酸
频率分析
转录调控位点
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职称材料
lncRNA DLEU2转录调控因子的生物信息学分析
被引量:
2
2
作者
曾薇
刘翼
+2 位作者
李文婷
李怡
朱金峰
《中华全科医学》
2021年第7期1114-1116,1120,共4页
目的探讨lncRNA DLEU2转录调控因子的结构特征及其与lncRNA DLEU2结合位点。方法利用生物信息学工具分析lncRNA DLEU2转录调控因子的理化性质、结构、跨膜区、信号肽和亚细胞定位,预测转录因子与lncRNA DLEU2的结合位点。结果等电点分...
目的探讨lncRNA DLEU2转录调控因子的结构特征及其与lncRNA DLEU2结合位点。方法利用生物信息学工具分析lncRNA DLEU2转录调控因子的理化性质、结构、跨膜区、信号肽和亚细胞定位,预测转录因子与lncRNA DLEU2的结合位点。结果等电点分析表明转录调控因子CTCF、MAX、ELF1、YY1、USF1等电点小于7.0,POLR2A、FOXA1、BHLHE40、CEBPB、ATF3等电点大于7.0;脂溶指数分析显示,上述10个转录调控因子的脂溶指数均小于100,均为疏水性蛋白;不稳定指数分析结果显示,本研究中10个转录调控因子的不稳定指数大于40,均为不稳定蛋白;上述所有转录调控因子二级结构均由α-螺旋、无规则卷曲和扩展链结构3种形式组成;上述转录调控因子中并未发现跨膜蛋白和信号肽结构;亚细胞定位分析发现,除YY1定位为细胞质中,其他转录因子均位于细胞核;同时预测出上述10个转录调控因子与lncRNA DLEU2的结合位点。结论lncRNA DLEU2转录调控因子呈现多样性特征,可能有助于对lncRNA DLEU2转录表达调控机制的深入研究,研究结果将有助于开展基于lncRNA DLEU2相关癌症治疗药物的筛选。
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关键词
lncRNA
DLEU2
转录调控因子
生物信息学分析
结合位点
原文传递
核糖体蛋白基因上游转录调控元件协同作用的分析
被引量:
1
3
作者
邵斌
《生物数学学报》
CSCD
北大核心
2010年第3期484-492,共9页
在对酵母基因上游区调控位点的研究中发现,具有高转录水平的基因几乎都是编码核糖体蛋白的,在低转录水平的基因中却没有发现核糖体蛋白基因,这一现象似乎提示着核糖体蛋白基因上游序列中含有较多潜在的有利于基因转录的转录因子结合位点...
在对酵母基因上游区调控位点的研究中发现,具有高转录水平的基因几乎都是编码核糖体蛋白的,在低转录水平的基因中却没有发现核糖体蛋白基因,这一现象似乎提示着核糖体蛋白基因上游序列中含有较多潜在的有利于基因转录的转录因子结合位点.为了能对核糖体蛋白基因上游序列有一个系统全面的认识,本文采用多种统计方法从不同角度探测了核糖体蛋白基因上游序列中潜在的转录正调控位点,并对它们之间可能存在的协同作用模式进行了分析.
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关键词
核糖体蛋白基因
基因上游
寡核苷酸
频率分析
转录调控位点
协同作用
原文传递
拟南芥基因转录调控关系识别研究进展
4
作者
秦玉芳
郑小琪
《广东农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第21期141-144,共4页
系统研究基因组水平上的转录调控关系是功能基因组学研究中的一个重要方向,通过识别转录调控关系可以从分子水平认识细胞内的生理活动和功能,进而在系统尺度上理解其生物学进程。对拟南芥基因转录调控关系识别的生物信息学方法进行了综...
系统研究基因组水平上的转录调控关系是功能基因组学研究中的一个重要方向,通过识别转录调控关系可以从分子水平认识细胞内的生理活动和功能,进而在系统尺度上理解其生物学进程。对拟南芥基因转录调控关系识别的生物信息学方法进行了综述,详细介绍了基于转录因子结合位点和基于机器学习的两类预测方法,指出了各自的优缺点,并探讨了可能的改进方向。
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关键词
转录调控
转录因子结合位点
模式识别
机器学习
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职称材料
题名
酵母基因内含子中二聚体寡核苷酸转录调控位点的统计分析
被引量:
4
1
作者
胡俊
张静
机构
云南大学应用统计中心
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2004年第5期449-454,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目 ( 3 0 3 60 0 2 7)
云南大学理 (工 )科校级科研项目资助 ( 2 0 0 2T0 0 9XX)~~
文摘
对高效和低效转录酵母基因内含子序列中寡核苷酸的出现频率进行对照分析 ,结果显示高效和低效内含子序列的结构有差异 ,而且高效转录内含子序列含有较多潜在的转录因子结合位点 .观察实验获得的转录调控位点 ,发现许多调控位点不是相邻接的寡核苷酸 ,而是由一对保守寡核苷酸构成 ,这对寡核苷酸被一段长度固定的非保守区域间隔开 .于是对此形式的二聚体寡核苷酸 (dyad)在高效和低效内含子序列中出现的频率进行统计比较分析 ,抽提出在高效内含子组出现的频率显著高于在低效内含子组出现频率的二聚体寡核苷酸 ,分析这些二聚体寡核苷酸在两组内含子序列中的分布特征 ,并对照实验结果 。
关键词
酵母
内含子
二聚体寡核苷酸
频率分析
转录调控位点
Keywords
yeast
intron
dyad
frequency
analysis
transcriptional
regulatory
site
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
lncRNA DLEU2转录调控因子的生物信息学分析
被引量:
2
2
作者
曾薇
刘翼
李文婷
李怡
朱金峰
机构
新疆医科大学附属肿瘤医院肺内科
深圳大学总医院血液肿瘤科
深圳大学总医院胸心外科
深圳大学总医院病理科
新疆医科大学附属肿瘤医院胃肠外科
深圳大学总医院普外科
出处
《中华全科医学》
2021年第7期1114-1116,1120,共4页
基金
新疆维吾尔自治区自然科学基金面上项目(2018D01C255)。
文摘
目的探讨lncRNA DLEU2转录调控因子的结构特征及其与lncRNA DLEU2结合位点。方法利用生物信息学工具分析lncRNA DLEU2转录调控因子的理化性质、结构、跨膜区、信号肽和亚细胞定位,预测转录因子与lncRNA DLEU2的结合位点。结果等电点分析表明转录调控因子CTCF、MAX、ELF1、YY1、USF1等电点小于7.0,POLR2A、FOXA1、BHLHE40、CEBPB、ATF3等电点大于7.0;脂溶指数分析显示,上述10个转录调控因子的脂溶指数均小于100,均为疏水性蛋白;不稳定指数分析结果显示,本研究中10个转录调控因子的不稳定指数大于40,均为不稳定蛋白;上述所有转录调控因子二级结构均由α-螺旋、无规则卷曲和扩展链结构3种形式组成;上述转录调控因子中并未发现跨膜蛋白和信号肽结构;亚细胞定位分析发现,除YY1定位为细胞质中,其他转录因子均位于细胞核;同时预测出上述10个转录调控因子与lncRNA DLEU2的结合位点。结论lncRNA DLEU2转录调控因子呈现多样性特征,可能有助于对lncRNA DLEU2转录表达调控机制的深入研究,研究结果将有助于开展基于lncRNA DLEU2相关癌症治疗药物的筛选。
关键词
lncRNA
DLEU2
转录调控因子
生物信息学分析
结合位点
Keywords
LncRNA
DLEU2
transcriptional
regulatory
factor
Bioinformatics
analysis
Binding
site
分类号
R393 [医药卫生—基础医学]
原文传递
题名
核糖体蛋白基因上游转录调控元件协同作用的分析
被引量:
1
3
作者
邵斌
机构
昆明学院数学系
出处
《生物数学学报》
CSCD
北大核心
2010年第3期484-492,共9页
文摘
在对酵母基因上游区调控位点的研究中发现,具有高转录水平的基因几乎都是编码核糖体蛋白的,在低转录水平的基因中却没有发现核糖体蛋白基因,这一现象似乎提示着核糖体蛋白基因上游序列中含有较多潜在的有利于基因转录的转录因子结合位点.为了能对核糖体蛋白基因上游序列有一个系统全面的认识,本文采用多种统计方法从不同角度探测了核糖体蛋白基因上游序列中潜在的转录正调控位点,并对它们之间可能存在的协同作用模式进行了分析.
关键词
核糖体蛋白基因
基因上游
寡核苷酸
频率分析
转录调控位点
协同作用
Keywords
Ribosomal
protein
gene
upstream
sequence
of
gene
Oligouncleotide
Frequency
analysis
transcriptional
regulatory
site
Cooperativity
分类号
O213 [理学—概率论与数理统计]
Q78 [理学—数学]
原文传递
题名
拟南芥基因转录调控关系识别研究进展
4
作者
秦玉芳
郑小琪
机构
上海海洋大学信息学院
上海师范大学数理学院
出处
《广东农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第21期141-144,共4页
基金
国家自然科学基金(31100953)
上海市教委创新项目(12YZ088)
文摘
系统研究基因组水平上的转录调控关系是功能基因组学研究中的一个重要方向,通过识别转录调控关系可以从分子水平认识细胞内的生理活动和功能,进而在系统尺度上理解其生物学进程。对拟南芥基因转录调控关系识别的生物信息学方法进行了综述,详细介绍了基于转录因子结合位点和基于机器学习的两类预测方法,指出了各自的优缺点,并探讨了可能的改进方向。
关键词
转录调控
转录因子结合位点
模式识别
机器学习
Keywords
transcriptional
regulatory
transcript
ion
factor
binding
site
pattern
recognition
machine
learning
分类号
S601 [农业科学—园艺学]
Q943.2 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
酵母基因内含子中二聚体寡核苷酸转录调控位点的统计分析
胡俊
张静
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2004
4
下载PDF
职称材料
2
lncRNA DLEU2转录调控因子的生物信息学分析
曾薇
刘翼
李文婷
李怡
朱金峰
《中华全科医学》
2021
2
原文传递
3
核糖体蛋白基因上游转录调控元件协同作用的分析
邵斌
《生物数学学报》
CSCD
北大核心
2010
1
原文传递
4
拟南芥基因转录调控关系识别研究进展
秦玉芳
郑小琪
《广东农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2013
0
下载PDF
职称材料
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