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苹果WRKY基因家族生物信息学及表达分析 被引量:44
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作者 谷彦冰 冀志蕊 +5 位作者 迟福梅 乔壮 徐成楠 张俊祥 董庆龙 周宗山 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第16期3221-3238,共18页
【目的】鉴定苹果(Malus domestica Borkh.)基因组上132个WRKY基因,为研究苹果WRKY转录因子在非生物和生物胁迫以及生长和发育过程中的调控作用奠定相关理论基础,也为进一步分析苹果WRKY基因提供信息。【方法】利用HMMER 3.0软件,通过W... 【目的】鉴定苹果(Malus domestica Borkh.)基因组上132个WRKY基因,为研究苹果WRKY转录因子在非生物和生物胁迫以及生长和发育过程中的调控作用奠定相关理论基础,也为进一步分析苹果WRKY基因提供信息。【方法】利用HMMER 3.0软件,通过WRKY保守域全蛋白序列PF03106用于鉴定苹果WRKY基因。采用Web Logo3、DNAMAN 5.0、Map Inspect、MEME和MEGA5.1等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析。采用RT-PCR技术检测苹果WRKY基因的组织表达情况。【结果】鉴定得到132个苹果WRKY基因。分组鉴定和进化树分析结果显示,苹果WRKY蛋白分为I、II和III类型,I组共有24个成员可进一步分为I-C和I-N亚组,其锌指结构是C2H2类型(CX4CX22-23HXH)。II组含有1个WRKY区域共有79个成员,可进一步分为II-a、II-b、II-c、II-d和II-e亚组,分别有8、12、31、14和14个成员,其锌指结构为C2H2类型(CX4-5CX23HXH)。III组共有29个成员,其锌指结构为C2HC类型(CX7CX23-24HXC);WRKY结构域分析显示,其高度保守,绝大多数都含有WRKYGQK七肽和锌指结构;染色体定位分析显示,苹果WRKY分布于苹果17条染色体中,呈不均匀分布。染色体1和9上分布最多,为13个;其次是染色体12,分布12个;染色体2、5和14分布最少,为4个;基因结构分析表明,Md WRKY基因家族多数由2—5个外显子组成,基因结构进化高度保守;保守元件分析表明,Md WRKY基因家族包含10个保守元件:元件1—6为WRKY盒;元件7—10为未知盒。Md WRKY基因家族都包含有WRKY盒,I组中含有2个WRKY盒,II-a和II-b亚组中含有未知元件8,III组中含有未知元件7和9。半定量结果显示,12个Md WRKY均在根、茎、叶、花和果中表达,且呈现出多种相对表达模式。【结论】苹果WRKY基因家族结构高度保守,可能参与调控苹果生长和发育等过程。 展开更多
关键词 苹果 WRKY 转录因子 生物信息学 基因家族
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肺癌患者转录因子T-bet和GATA3的基因表达状况及药物干预研究 被引量:27
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作者 魏海明 田志刚 +2 位作者 许晓群 冯进波 肖伟 《中华肿瘤杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期34-37,共4页
目的 分析肺癌患者Th1和Th2两类细胞因子的基因表达与转录因子T bet和GATA3表达的相关性 ,探讨黄芪和 (或 )川穹嗪对Th2型肿瘤的干预作用。方法 利用RT PCR技术检测 42例肺癌患者人外周血单个核细胞 (PBMC)中IFNγ、IL 2、IL 4、IL 6... 目的 分析肺癌患者Th1和Th2两类细胞因子的基因表达与转录因子T bet和GATA3表达的相关性 ,探讨黄芪和 (或 )川穹嗪对Th2型肿瘤的干预作用。方法 利用RT PCR技术检测 42例肺癌患者人外周血单个核细胞 (PBMC)中IFNγ、IL 2、IL 4、IL 6、IL 10、T bet、GATA3以及肺癌组织特异性mRNACK19和CEA的表达状况 ;体外加入黄芪和 (或 )川穹嗪后 ,观察IFNγ、IL 4、T bet和GATA3表达的变化情况。结果  42例肺癌患者IFNγ、IL 2、IL 4、IL 6和IL 10的表达频率依次为 4/42 ,5 /42 ,2 7/42 ,2 4/42和 31/42 ;表达强度依次为 0 .10 9,0 .116 ,0 .318,0 .30 6和 0 .372。转录因子T bet和GATA3的表达频率为 6 /42和 34 /42 ,表达强度为 0 .139和 0 .35 9,而且CEA和CK19mRNA阳性的患者中 ,T bet的表达频率和表达强度较低 ,GATA3的表达频率较高 ,表达强度也相应提高 ,表明黄芪和 (或 )川穹嗪能干预这种现象。结论 肺癌患者Th2类细胞因子群谱的高表达与T bet表达降低 ,GATA3表达增高有关 ,黄芪和 (或 )川穹嗪能降低Th2类细胞因子和GATA3的表达 ,提高Th1类细胞因子和T bet的表达。 展开更多
关键词 肺肿瘤 细胞因子 转录因子 基因表达 肺癌 药物干预 T-BET GATA3
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Regulatory role of DREB transcription factors in plant drought, salt and cold tolerance 被引量:34
3
作者 K.Yamaguch-Shinozaki K.Shinozaki 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2000年第11期970-975,共6页
rd29A gene of Arabidopsis encodes a LEA-like hydrophilic protein, its expression is induced by drought, high-salt and cold stress. In the promoter region of rd29A gene, there are 2 ORE cis-acting elements involved in ... rd29A gene of Arabidopsis encodes a LEA-like hydrophilic protein, its expression is induced by drought, high-salt and cold stress. In the promoter region of rd29A gene, there are 2 ORE cis-acting elements involved in responses to these environmental stresses. 5 cDNAs (DREB1A-C and DREB2A-B) encoding DREB transcription factors, which specifically bind to ORE element and control the expression of reporter gene under drought, high-salt and stress, have been isolated by One-Hybrid screening method and with ORE element of rd29A promoter. DREB transcription factors and ORE element function in signal transduction of drought, high-salt and cold stress. One DREB transcription factor can control the expression of several target functional genes involved in plant tolerance to drought, high-salt and cold stress. Thus, it may be an effective strategy to achieve ideal, multiple and fundamental effect for improving plant stress-resistance by DREB gene transfer. 展开更多
关键词 PROMOTER cis-acting element transcription factor signal TRANSDUCTION gene expression.
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核受体的研究进展 被引量:26
4
作者 王水良 傅继梁 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第4期420-429,共10页
核受体是配体依赖性转录因子超家族 ,与机体生长发育、细胞分化 ,以及体内许多生理、代谢过程中的基因表达调控密切相关。文中综述了核受体研究的一般概况以及核受体与脂生物学、核受体与肿瘤、核受体与辅调节因子等方面的研究进展。
关键词 核受体 转录因子 辅调节因子 基因表达调控
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Research Progress on Functional Analysis of Rice WRKY Genes 被引量:28
5
作者 SONG Yu AI Chong-rui +1 位作者 JING Shao-juan Yu Di-qiu 《Rice science》 SCIE 2010年第1期60-72,共13页
Rice is a model plant for genomic study of grass species. Functional identification and definition of rice genes becomes the object of its functional genomics research. WRKY gene superfamily, one of the transcription ... Rice is a model plant for genomic study of grass species. Functional identification and definition of rice genes becomes the object of its functional genomics research. WRKY gene superfamily, one of the transcription factor gene families, was recently suggested to play important roles in plant development and stress response. In rice, the results of analyses of expression pattern and ectopic overexpressor lines also support this viewpoint, and the evidences implicate rice WRKY proteins in transcriptional reprogramming during biotic or abiotic stresses, senescence, sugar metabolites, and morphological architecture. In this paper, we review the advance in study of rice WRKY gene family and also propose unified nomenclature for rice WRKY factors to eliminate confusion. 展开更多
关键词 RICE WRKYgene gene function transcription factor
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Overexpression of TaNAC69 Leads to Enhanced Transcript Levels of Stress Up-Regulated Genes and Dehydration Tolerance in Bread Wheat 被引量:27
6
作者 Gang-Ping Xue Heather M. Way +3 位作者 Terese Richardson Janneke Drenth Priya A. Joyce C.Lynne Mclntyre 《Molecular Plant》 SCIE CAS CSCD 2011年第4期697-712,共16页
NAC proteins are plant-specific transcription factors and enriched with members involved in plant response to drought stress. In this study, we analyzed the expression profiles of TaNAC69 in bread wheat using Affymetr... NAC proteins are plant-specific transcription factors and enriched with members involved in plant response to drought stress. In this study, we analyzed the expression profiles of TaNAC69 in bread wheat using Affymetrix Wheat Genome Array datasets and quantitative RT-PCR. TaNAC69 expression was positively associated with wheat responses to both abiotic and biotic stresses and was closely correlated with a number of stress up-regulated genes. The functional analyses of TaNAC69 in transgenic wheat showed that TaNAC69 driven by a barley drought-inducible HvDhn4s promoter led to marked drought-inducible overexpression of TaNAC69 in the leaves and roots of transgenic lines. The HvDhn4s:Ta- NAC69 transgenic lines produced more shoot biomass under combined mild salt stress and water-limitation conditions, had longer root and more root biomass under polyethylene glycol-induced dehydration. Analysis of transgenic lines with constitutive overexpression of TaNAC69 showed the enhanced expression levels of several stress up-regulated genes. DNA-binding assays revealed that TaNAC69 and its rice homolog (ONAC131) were capable of binding to the promoter elements of three rice genes (chitinase, ZlM, and glyoxalase I) and an Arabidopsis glyoxalase I family gene, which are homologs of TaNAC69 up-regulated stress genes. These data suggest that TaNAC69 is involved in regulating stress upregulated genes and wheat adaptation to drought stress. 展开更多
关键词 NAC transcription factor gene regulation TRANSGENIC abiotic stress DROUGHT wheat.
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植物花青素合成相关的bHLH转录因子 被引量:26
7
作者 杨鹏程 周波 李玉花 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期747-758,共12页
花青素是由类黄酮途径一个特异的分支合成的,它不仅能够决定花和果实的颜色,还能保护植物免受各种生物和非生物胁迫损伤。bHLH转录因子广泛存在于植物中,在植物的生长发育与形态建成、次级代谢产物的合成及对外界环境胁迫应答中起着重... 花青素是由类黄酮途径一个特异的分支合成的,它不仅能够决定花和果实的颜色,还能保护植物免受各种生物和非生物胁迫损伤。bHLH转录因子广泛存在于植物中,在植物的生长发育与形态建成、次级代谢产物的合成及对外界环境胁迫应答中起着重要的调控作用。近年来,随着大规模基因组测序技术和分子生物学的发展,植物中越来越多的bHLH转录因子得到鉴定。本文主要对花青素合成相关的bHLH转录因子及其在调节结构基因表达和花青素合成中的作用进行了综述。 展开更多
关键词 BHLH MYB 花青素 转录因子 结构基因
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普通烟草WRKY基因家族的鉴定及表达分析 被引量:26
8
作者 向小华 吴新儒 +5 位作者 晁江涛 杨明磊 杨帆 陈果 刘贯山 王元英 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期840-856,共17页
WRKY 基因家族编码产物是一类含有 WRKY 保守结构域的转录因子(Transcription factors, TFs),在植物的生长发育、胁迫应答等过程中起着重要的作用。目前,已在多种植物中鉴定了 WRKY 基因家族,但在普通烟草(Nicotiana tabacum L.)... WRKY 基因家族编码产物是一类含有 WRKY 保守结构域的转录因子(Transcription factors, TFs),在植物的生长发育、胁迫应答等过程中起着重要的作用。目前,已在多种植物中鉴定了 WRKY 基因家族,但在普通烟草(Nicotiana tabacum L.)中 WRKY 家族的系统鉴定与分析还未见报道。本研究利用 WRKY 保守域全蛋白序列 PF03106检索普通烟草蛋白序列,获得 WRKY 家族候选序列共164个。利用多种生物信息学软件对该家族成员进行了系统进化树、保守结构域、亚细胞定位预测、染色体定位和组织表达等分析。分组鉴定和进化树分析结果显示,可将164个候选 NtWRKY 蛋白分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3个亚家族。其中,Ⅱ亚家族又可细分为Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d 和Ⅱ-e 共5个亚组。WRKY 结构域分析结果显示,多数基因由2~5个外显子组成,各成员间的核心结构域高度保守,含有 WRKY 盒和锌指结构。亚细胞定位预测结果显示,大部分 NtWRKY 成员都定位在细胞核中,参与核基因的转录调控;而第Ⅲ亚家族的大部分成员(74%)定位于细胞质基质中,可能参与细胞质基因的转录调控。染色体定位结果显示,共有154个 NtWRKY 基因能够定位于24条染色体中,且呈不均匀分布,6号染色体上分布最多,含16个候选基因,10号染色体上分布最少,只有1个候选基因。组织表达分析结果显示,大部分 NtWRKY 基因在烟草根、茎、叶中都有表达,但不同基因间的表达模式存在差异,这暗示了烟草 NtWRKY 家族的不同成员在功能上可能具有多样性。研究还发现基因 NtWRKY26、NtWRKY30、NtWRKY32的表达模式受黑胫病原菌(Phytophthora parasitica var. nicotianae)诱导,可能与烟草-黑胫病菌互作机制相关。本研究不仅为研究普通烟草 WRKY 转录因子在调控生长发育过程中的作用奠定了相关理论基础,也为进一步分析普通烟草 WRKY 基因 展开更多
关键词 普通烟草 WRKY 基因家族 转录因子 生物信息学 基因表达
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大豆MYB转录因子基因GmMYBJ6和GmMYBJ7的克隆及表达分析 被引量:20
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作者 杜海 杨文杰 +4 位作者 刘蕾 唐晓凤 吴燕民 黄玉碧 唐益雄 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期1179-1187,共9页
MYB转录因子以保守的DNA结合域为共同特征,是植物最大的转录因子家族之一,广泛参与植物代谢调控。本文根据植物中MYB转录因子的DNA保守结构域,通过RT-PCR和RACE的方法从大豆品种吉林3号的叶片中分离得到了2个MYB基因GmMYBJ6和GmMYBJ7,... MYB转录因子以保守的DNA结合域为共同特征,是植物最大的转录因子家族之一,广泛参与植物代谢调控。本文根据植物中MYB转录因子的DNA保守结构域,通过RT-PCR和RACE的方法从大豆品种吉林3号的叶片中分离得到了2个MYB基因GmMYBJ6和GmMYBJ7,并对其结构特征和表达特性进行了分析鉴定。基因组DNA序列分析表明,两个基因都含有两个内含子;酵母系统检测表明,两个基因均具有转录激活活性;β-半乳糖甘酶活性分析表明,内含子的存在使两个基因的转录激活活性明显降低;实时荧光定量PCR检测结果显示,GmMYBJ6在大豆中的表达受ABA、GA3和NAA的诱导,而GmMYBJ7的表达则受ABA和NAA的诱导;半定量RT-PCR分析表明,两个基因在大豆的根、茎、叶、花和未成熟种子中均有表达。GmMYBJ6和GmMYBJ7为典型的R2R3-MYB转录因子新基因;他们在大豆中的表达可能与ABA和NAA的信号转导途径有关。 展开更多
关键词 MYB转录因子 基因表达调控 内含子 转录激活活性
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花生NAC转录因子AhNAC2和AhNAC3的克隆及转录特征 被引量:24
10
作者 刘旭 李玲 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期541-545,共5页
NAC转录因子是特异存在于植物中具有多种生物功能的新型转录因子。本实验从花生中克隆了2个NAC基因AhNAC2和AhNAC3(GenBank登录号为EU755023和EU755022);蛋白序列分析表明,两者具有典型NAC转录因子特征,N端含有保守NAC结构域。半定量RT-... NAC转录因子是特异存在于植物中具有多种生物功能的新型转录因子。本实验从花生中克隆了2个NAC基因AhNAC2和AhNAC3(GenBank登录号为EU755023和EU755022);蛋白序列分析表明,两者具有典型NAC转录因子特征,N端含有保守NAC结构域。半定量RT-PCR显示,在ABA和GA3处理,以及控水和低温条件下,AhNAC2和AhNAC3在花生组织中的表达上调,呈现不同的表达模式。AhNAC2和AhNAC3为典型的NAC转录因子新基因,蛋白序列与拟南芥RD26同源性较高,推测与响应干旱和ABA信号有关。 展开更多
关键词 NAC转录因子 基因表达调控 信号转导
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Calcium-Regulated Transcription in Plants 被引量:20
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作者 Yael Galon Aliza Finkler Hillel Fromm 《Molecular Plant》 SCIE CAS CSCD 2010年第4期653-669,共17页
The past two decades revealed a plethora of Ca^2+-responsive proteins and downstream targets in plants, of which several are unique to plants. More recent high-throughput 'omics" approaches and bioinformatics are e... The past two decades revealed a plethora of Ca^2+-responsive proteins and downstream targets in plants, of which several are unique to plants. More recent high-throughput 'omics" approaches and bioinformatics are exposing Ca^2+-responsive cis-elements and the corresponding Ca^2+-responsive genes. Here, we review the current knowledge on Ca^2+-signaling pathways that regulate gene expression in plants, and we link these to mechanisms by which plants respond to biotic and abiotic stresses. 展开更多
关键词 transcription gene expression transcription factor (TF) calmodulin (CAM) calcium (Ca^2+) cis-element.
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ORS1, an H2O2-Responsive NAC Transcription Factor, Controls Senescence in Arabidopsis thaliana 被引量:20
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作者 Salma Balazadeh Miroslaw Kwasniewski +4 位作者 Camila Caldana Mohammad Mehrnia Maria Ines Zanor Gang-Ping Xue Bernd Mueller-Roeber 《Molecular Plant》 SCIE CAS CSCD 2011年第2期346-360,共15页
We report here that ORS1, a previously uncharacterized member of the NAC transcription factor family, controls leaf senescence in Arabidopsis thaliana. Overexpression of ORS1 accelerates senescence in transgenic plant... We report here that ORS1, a previously uncharacterized member of the NAC transcription factor family, controls leaf senescence in Arabidopsis thaliana. Overexpression of ORS1 accelerates senescence in transgenic plants, whereas its inhibition delays it. Genes acting downstream of ORS1 were identified by global expression analysis using transgenic plants producing dexamethasone-inducible ORSl-GR fusion protein. Of the 42 up-regulated genes, 30 (-70%) were pre- viously shown to be up-regulated during age-dependent senescence, We also observed that 32 (-76%) of the ORSl-dependent genes were induced by long-term (4 d), but not short-term (6 h) salinity stress (150 mM NaCI). Furthermore, expression of 16 and 24 genes, respectively, was induced after 1 and 5 h of treatment with hydrogen peroxide (H2O2), a reactive oxygen species known to accumulate during salinity stress. ORS1 itself was found to be rapidly and strongly induced by H2O2 treatment in both leaves and roots. Using in vitro binding site selection, we determined the preferred binding motif of ORS1 and found it to be present in half of the ORSl-dependent genes. ORS1 is a paralog of ORE1/ ANACO92/AtNAC2, a previously reported regulator of leaf senescence. Phylogenetic footprinting revealed evolutionary conservation of the ORS1 and ORE1 promoter sequences in different Brassicaceae species, indicating strong positive selection acting on both genes. We conclude that ORS1, similarly to ORE1, triggers expression of senescence-associated genes through a regulatory network that may involve cross-talk with saltand H2O2-dependent signaling pathways. 展开更多
关键词 NAC transcription factor leaf senescence gene expression gene regulatory network hydrogen peroxide
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辣椒抗根结线虫相关WRKY基因的分离 被引量:21
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作者 李淑敏 茆振川 +3 位作者 李蕾 冯东昕 杨宇红 谢丙炎 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1467-1472,共6页
为了确定抗性基因Me3介导表达的抗根结线虫相关基因WRKY的种类及其表达特点,以含Me3基因的HDA149辣椒品种为材料,接种南方根结线虫二龄幼虫,通过同源克隆法获得辣椒4个WRKY新基因片段。利用RT-PCR技术克隆了WRKY-a、WRKY-b、WRKY-c、CaW... 为了确定抗性基因Me3介导表达的抗根结线虫相关基因WRKY的种类及其表达特点,以含Me3基因的HDA149辣椒品种为材料,接种南方根结线虫二龄幼虫,通过同源克隆法获得辣椒4个WRKY新基因片段。利用RT-PCR技术克隆了WRKY-a、WRKY-b、WRKY-c、CaWRKY1、WRKY1和CaWRKY2等6个WRKY基因的全长cDNA。研究表明,WRKY-a、CaWRKY2基因受根结线虫诱导表达;CaWRKY1基因的表达具有组织特异性,在根和叶中表达,在茎中不表达。聚类分析表明WRKY-a、WRKY-c、CaWRKY2蛋白属于第Ⅰ组WRKY蛋白,WRKY-b、CaWRKY1属于第Ⅱc亚组,WRKY1属于第Ⅱa亚组。 展开更多
关键词 辣椒 WRKY转录因子 基因克隆 聚类分析
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桃WRKY基因家族全基因组鉴定和表达分析 被引量:21
14
作者 谷彦冰 冀志蕊 +5 位作者 迟福梅 乔壮 徐成楠 张俊祥 周宗山 董庆龙 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期254-270,共17页
WRKY转录因子是植物中最大的转录调控家族之一,在生物和非生物胁迫以及植物生长和发育过程中起着重要调控作用。本文利用HMMER 3.0软件,使用WRKY保守域全蛋白序列(Pfam数据库编号:PF03106)鉴定桃(Prunus persica L.)基因组中的WRKY基因... WRKY转录因子是植物中最大的转录调控家族之一,在生物和非生物胁迫以及植物生长和发育过程中起着重要调控作用。本文利用HMMER 3.0软件,使用WRKY保守域全蛋白序列(Pfam数据库编号:PF03106)鉴定桃(Prunus persica L.)基因组中的WRKY基因;利用DNAMAN 5.0、Web Logo 3、MEGA5.1、Map Inspect和MEME等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析。本文共鉴定得到61个桃WRKY基因。进化树分析结果显示,桃WRKY蛋白分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ类型,类型Ⅰ分为Ⅰ-C亚组和Ⅰ-N亚组,类型Ⅱ分为Ⅱ-a、II-b、II-c、II-d和II-e亚组。WRKY结构域分析显示,WRKY结构域高度保守,绝大多数都含有WRKYGQK七肽和锌指结构。染色体定位分析显示,桃WRKY基因分布于8条染色体中,呈不均匀分布。内含子和外显子结构分析表明,WRKY基因结构进化高度保守。保守元件分析表明,桃WRKY基因家族包含5个保守元件,元件1、2和3为WRKY盒,元件4、5为未知盒。桃WRKY基因家族都包含有WRKY盒,类型Ⅰ中含有2个WRKY盒;II-d亚组中含有未知元件5。半定量和荧光定量PCR结果显示,16个WRKY基因均在桃的根、茎、叶、花和果中表达,但其相对表达水平不同。 展开更多
关键词 WRKY 转录因子 基因家族 表达分析
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水曲柳TCP4转录因子克隆及胁迫和激素下的表达分析 被引量:21
15
作者 刘春浩 梁楠松 +5 位作者 于磊 赵兴堂 刘颖 孙爽 王紫晴 詹亚光 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期22-31,共10页
TCP转录因子家族是植物特异的一类调控生长发育和逆境胁迫的重要转录因子。本文揭示了水曲柳FmTCP4在非生物胁迫及激素信号诱导调控的表达特征,为该基因在水曲柳中调控生长发育以及逆境胁迫响应功能的研究奠定基础。通过前期研究克隆获... TCP转录因子家族是植物特异的一类调控生长发育和逆境胁迫的重要转录因子。本文揭示了水曲柳FmTCP4在非生物胁迫及激素信号诱导调控的表达特征,为该基因在水曲柳中调控生长发育以及逆境胁迫响应功能的研究奠定基础。通过前期研究克隆获得了水曲柳TCP4基因序列,并命名为FmTCP4,应用生物信息学软件对水曲柳FmTCP4基因的分子结构特征进行了分析,利用4℃低温、盐(Na Cl)以及干旱(PEG6000)进行非生物胁迫处理,利用脱落酸(ABA)和赤霉素(GA3)进行激素信号诱导,分析FmTCP4基因的表达特征。生物信息学分析表明该基因全长1 251 bp,具有完整的开放阅读框,编码416个氨基酸。FmTCP4具有螺旋-环-螺旋结构,为亲水性的不稳定蛋白,不存在信号肽,具有跨膜能力,亚细胞定位预测存在于细胞核中,并在细胞质到细胞核的调控中起作用。同源序列比对结果表明,FmTCP4与芝麻、烟草等物种的同源蛋白序列相比具有很高的同源性。非生物胁迫处理后,FmTCP4的表达量随处理时间而改变,但其变化趋势不同,表明FmTCP4明显响应了这3种非生物胁迫。激素信号诱导结果表明,外源植物激素调控了FmTCP4基因的表达,基因表达量相对于对照组具有显著性差异。非生物胁迫和激素信号诱导下的基因表达分析表明,FmTCP4响应了寒冷、盐、干旱等非生物胁迫以及激素信号,说明其参与了植物的生长发育和逆境胁迫的平衡。 展开更多
关键词 水曲柳 TCP转录因子 基因克隆 生物信息分析
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糜子抗旱节水相关基因PmMYB的克隆及表达分析 被引量:20
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作者 胡银岗 林凡云 +1 位作者 王士强 何蓓如 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期373-379,共7页
根据在糜子抗旱节水分子基础研究中获得的一个糜子MYB基因的EST序列,以其序列及水稻MYB18基因的序列为基础设计引物,扩增得到1739bp的全长基因组序列。序列分析表明,其包含121bp(347~467bp)和93bp(599~691bp)的两个内含子,3个外显... 根据在糜子抗旱节水分子基础研究中获得的一个糜子MYB基因的EST序列,以其序列及水稻MYB18基因的序列为基础设计引物,扩增得到1739bp的全长基因组序列。序列分析表明,其包含121bp(347~467bp)和93bp(599~691bp)的两个内含子,3个外显子;全长cDNA序列为1525bp,其中3′非翻译区为212bp,5′非翻译区为41bp,编码区为1272bp,共编码424个氨基酸,C-端存在一个丝氨酸(Ser,S)丰富区。该基因具有两个典型的MYB类转录因子基因的DNA结合区(DNA-binding domain),分别为13~63、66~114位氨基酸,属于典型的R2R3-MYB转录因子。对其与水稻、玉米、火炬松、拟南芥、辣椒、陆地棉、大麦及茄子等9种植物的MYB基因的R2、R3重复区的氨基酸序列多重比较,表明R2R3重复序列在植物中具有较高的保守性;基于氨基酸序列的编码区系统进化树分析表明,不同植物的MYB基因遗传分化很大,序列相似性为32%~84%,其中糜子MYB基因与水稻的MYB18相似程度最高(84%),与大麦和玉米的相似性分别为46%和41%。通过半定量RT-PCR对其表达模式分析表明,该基因在水分胁迫和干旱后复水条件下上调表达,与糜子抗旱节水紧密相关。该基因的克隆为进一步探讨利用该基因改良其他植物的抗旱节水性奠定了良好的基础。 展开更多
关键词 糜子 MYB转录因子 基因克隆 表达模式 进化分析
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茶树抗逆相关基因ERF的克隆与表达特性分析 被引量:19
17
作者 陈林波 房超 +3 位作者 王郁 李叶云 江昌俊 梁名志 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期53-58,共6页
对利用cDNA-AFLP技术所获得的茶树低温诱导差异表达片段TDF,通过RACE方法获得含完整编码区序列的茶树ERF基因cDNA克隆,其开放阅读框编码212个氨基酸,包含一个保守的结构域AP2/ERF,与多种植物ERF蛋白具有高度同源性。qRT-PCR分析表明,茶... 对利用cDNA-AFLP技术所获得的茶树低温诱导差异表达片段TDF,通过RACE方法获得含完整编码区序列的茶树ERF基因cDNA克隆,其开放阅读框编码212个氨基酸,包含一个保守的结构域AP2/ERF,与多种植物ERF蛋白具有高度同源性。qRT-PCR分析表明,茶树ERF基因受低温、乙烯、脱水、NaCl等上调表达,最大表达量分别是诱导前的121.1、22.6、2.6和2.2倍。在不同组织器官中,茶树ERF基因在转录水平上存在显著差异,成熟叶片中表达最高,其次是芽,而根和茎中表达量较低且相当,花和种子中表达极低。推测该基因在茶树响应非生物胁迫中发挥重要作用以及在组织中的表达受到严格控制。 展开更多
关键词 茶树 ERF基因 基因克隆 QRT-PCR 表达分析
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茶树冷诱导基因RAV的克隆与表达特性分析 被引量:19
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作者 陈林波 李叶云 +2 位作者 王琴 高永亮 江昌俊 《植物生理学通讯》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期354-358,共5页
对利用cDNA-AFLP技术所获得的茶树低温诱导差异表达片段TDF,通过RACE方法获得含完整编码区序列的茶树RAV基因cDNA克隆,其开放阅读框编码361个氨基酸,包含两个保守的结构域AP2和B3,与多种植物RAV蛋白具有高度同源性。qRT-PCR分析表明,茶... 对利用cDNA-AFLP技术所获得的茶树低温诱导差异表达片段TDF,通过RACE方法获得含完整编码区序列的茶树RAV基因cDNA克隆,其开放阅读框编码361个氨基酸,包含两个保守的结构域AP2和B3,与多种植物RAV蛋白具有高度同源性。qRT-PCR分析表明,茶树RAV基因受低温、乙烯、NaCl等上调表达,最大表达量分别是诱导前的5.8、10.0和1.9倍。在成熟叶片、芽、嫩茎中RAV基因表达量相近,花蕾和嫩根中表达较低,而在种子中不表达。推测该基因在组织中的表达受到严格控制以及在响应非生物胁迫中发挥重要作用。 展开更多
关键词 茶树 RAV转录基因 基因克隆 QRT-PCR 表达分析
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水稻WRKY转录调控因子基因功能研究进展 被引量:16
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作者 宋钰 荆邵娟 余迪求 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期447-455,共9页
WRKY转录调控因子的生物学功能涉及植物生长发育、物质代谢、抗病耐逆、氧化衰老等诸多方面。水稻全基因组测序完成后,水稻WRKY转录调控因子基因的功能研究随之逐渐开展,目前已经发现它在植物抗病、耐逆、衰老、糖代谢以及形态建成方面... WRKY转录调控因子的生物学功能涉及植物生长发育、物质代谢、抗病耐逆、氧化衰老等诸多方面。水稻全基因组测序完成后,水稻WRKY转录调控因子基因的功能研究随之逐渐开展,目前已经发现它在植物抗病、耐逆、衰老、糖代谢以及形态建成方面发挥重要作用。随着研究的深入,水稻WRKY基因的编号未能统一,很容易让人混淆,有必要进行校正。结合作者实验室的一些研究结果,对水稻WRKY基因家族的研究现状进行了综述,以期为进一步深入开展WRKY基因家族的研究提供帮助。 展开更多
关键词 水稻 WRKY基因 转录调控因子 基因功能
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WRKY转录因子的结构及其在植物抗逆境胁迫中的功能 被引量:18
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作者 伍林涛 杜才富 +2 位作者 张敏琴 周凌 韩宏仕 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期634-638,共5页
WRKY转录因子是一超级基因家族,广泛存在于高等植物界,参与了植物的多种生理生化与生长发育过程,在植物应对外界逆境胁迫发挥了十分重要的功能。WRKY超级基因家族由于其N端包括保守的WRKYGQK氨基酸序列而得名,通过其保守的氨基酸序列与... WRKY转录因子是一超级基因家族,广泛存在于高等植物界,参与了植物的多种生理生化与生长发育过程,在植物应对外界逆境胁迫发挥了十分重要的功能。WRKY超级基因家族由于其N端包括保守的WRKYGQK氨基酸序列而得名,通过其保守的氨基酸序列与靶标基因启动子区W-box相互结合,从而对靶标基因进行表达调控。本文主要综述了WRKY基因的结构特征及其在植物应答外界逆境胁迫过程中的功能,为进一步研究WRKY超级基因家族提供有益的启示。 展开更多
关键词 WRKY转录因子 生物胁迫 非生物胁迫 表达调控
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