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进境玉米种子中玉米褪绿斑驳病毒的检测鉴定 被引量:8
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作者 刘洪义 刘忠梅 +1 位作者 张金兰 张洪祥 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期36-40,共5页
2011年3月,黑龙江出入境检验检疫局技术中心植检室先后接收两批进境的玉米种子,标明来自德国,报验号分别为:11201100021、11201100022,要求检测玉米褪绿斑驳病毒等检疫性有害生物。分别选取300粒种子进行两组室内盆栽试植试验,11201100... 2011年3月,黑龙江出入境检验检疫局技术中心植检室先后接收两批进境的玉米种子,标明来自德国,报验号分别为:11201100021、11201100022,要求检测玉米褪绿斑驳病毒等检疫性有害生物。分别选取300粒种子进行两组室内盆栽试植试验,11201100021组观察到两株具有典型褪绿斑驳症状的病苗;11201100022组观察到褪绿斑驳和褪绿畸形不同症状的两株病苗。对11201100021组病苗进行RT-PCR检测,扩增出约711bp的特异性片断,通过正反向引物测PCR产物的序列,拼接后可知扩增的目的基因片断大小为711bp,在NCBIBLAST中进行核苷酸序列比对,可知该目的片断是玉米褪绿斑驳病毒的CP全长基因,进一步验证了RT-PCR扩增结果。核苷酸序列分析结果表明,核苷酸序列与美国GenBank上登录号为GU594293的MCMV外壳蛋白序列完全相同。与其他分离物外壳蛋白基因核苷酸序列同源性为97%~99.8%对11201100022组病苗进行了针对MCMV的ELISA检测,结果1株为阳性,另1株为弱阳性。根据以上检测鉴定结果判断这两批进境玉米种子携带玉米褪绿斑驳病毒。 展开更多
关键词 玉米种子 玉米褪绿斑驳病毒 外壳蛋白基因 序列分析 ELISA检测
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α-1,3-N-乙酰半乳糖胺转移酶基因467C〉T和745C〉T突变的研究 被引量:7
2
作者 章旭 李剑平 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期602-605,共4页
目的通过对1个罕见的A3亚型家系进行分子遗传学分析,探讨α-1,3-N-乙酰半乳糖胺转移酶基因突变对于A抗原表达的影响。方法采用血型血清学方法对先证者及家系成员进行ABO血型鉴定,应用PCR产物直接测序和基因克隆法对ABO基因的第6、7... 目的通过对1个罕见的A3亚型家系进行分子遗传学分析,探讨α-1,3-N-乙酰半乳糖胺转移酶基因突变对于A抗原表达的影响。方法采用血型血清学方法对先证者及家系成员进行ABO血型鉴定,应用PCR产物直接测序和基因克隆法对ABO基因的第6、7外显子进行序列分析以及单倍型分析。结果先证者红细胞包含弱A抗原,同时血清中含有抗-A和抗-B抗体。直接测序结果显示ABO基因第6外显子存在261delG突变,第7外显子存在467C〉T和745C〉T两个杂合位点。基因克隆序列分析得到两个等位基因A307和001。A307基因序列与A101基因比对在第467位碱基为C〉T突变和第745位碱基为C〉T,导致多肽链P156L和R249W替换。结论α-1,3半乳糖基转移酶基因467C〉T和745C〉T突变产生A307基因型,导致A抗原表达减弱。 展开更多
关键词 ABO基因 α-1 3-N-乙酰半乳糖胺转移酶基因 A307亚型 序列分析
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伴ins(13;8)(q12;p11p23)8p11骨髓增殖综合征一例报告及其受累基因的研究 被引量:6
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作者 周峰 陈苏宁 +3 位作者 晁红颖 张日 周民 潘金兰 《中华血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期291-296,共6页
目的提高对伴有染色体插入易位ins(13;8)(q12;p11p23)形成ZNF198.FGFR1融合基因的罕见疾病8p11骨髓增殖综合征(EMS)的认识,并对该融合基因进行全长克隆及结构分析。方法报道1例伴ins(13;8)(q12;p11p23)形成ZNF198.FGFR... 目的提高对伴有染色体插入易位ins(13;8)(q12;p11p23)形成ZNF198.FGFR1融合基因的罕见疾病8p11骨髓增殖综合征(EMS)的认识,并对该融合基因进行全长克隆及结构分析。方法报道1例伴ins(13;8)(q12;p11p23)形成ZNF198.FGFR1融合基因的EMS患者的临床表现、实验室特征及诊治经过,并通过重叠PCR及TA克隆对该融合基因进行全长扩增及克隆测序。结果常规染色体核型分析发现1例ins(13;8)(q12;p11p23)患者,其临床特征主要为外周血白细胞计数明显升高、髓系高度增生、淋巴结肿大、快速向白血病转化趋势等;荧光原位杂交显示FGFR1基因重排,RT-PCR及直接测序证实ZNF198-FGFR1融合基因阳性,对该融合基因全长克隆及克隆测序证实其保留了各自的主要功能结构域。结论染色体插入易位ins(13;8)(q12;p11p23)形成ZNF198-FGFR1融合基因,该融合基因保留了主要功能结构域,伴有该基因阳性患者具有独特的实验室及临床特征。 展开更多
关键词 8p11骨髓增殖综合征 融合基因 ZNF198-FGFR1 序列分析
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斜纹夜蛾触角气味结合蛋白基因SlitGOBP2的克隆与序列分析 被引量:5
4
作者 钟国华 李苗孟 +2 位作者 胡美英 罗倩 胡黎明 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期578-584,共7页
应用RT-PCR扩增结合RACE技术克隆获得斜纹夜蛾触角普通气味结合蛋白2(GOBP2)基因Slit-GOBP2全序列。SlitGOBP2的阅读框全长489bp,编码162个氨基酸残基,预测分子质量和等电点分别为18.16ku和5.43。cDNA和氨基酸序列GenBank登录号分别为EF... 应用RT-PCR扩增结合RACE技术克隆获得斜纹夜蛾触角普通气味结合蛋白2(GOBP2)基因Slit-GOBP2全序列。SlitGOBP2的阅读框全长489bp,编码162个氨基酸残基,预测分子质量和等电点分别为18.16ku和5.43。cDNA和氨基酸序列GenBank登录号分别为EF159979和ABM54824。SlitGOBP2氨基酸序列含6个保守的半胱氨酸位点,具有GOBP2的典型特征,与16种鳞翅目昆虫GOBP2同源性为94%~75%;编码蛋白呈酸性,整个分子呈亲水性,在第40~60位和100位以后的氨基酸表现亲脂性,蛋白质二级结构主要由α螺旋构成。氨基酸序列系统进化树分析表明,SlitGOBP2与草地夜蛾Spodoptera frugiperda和甘蓝夜蛾Mamestra brassicae的GOBP2同属于一个分支,一致性分别为94.4%和92.0%。昆虫GOBP2分子在体现保守性的同时也体现了进化性。 展开更多
关键词 斜纹夜蛾 普通气味结合蛋白2 基因克隆 序列分析
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巴西橡胶树HbγGCS基因克隆及表达分析 被引量:5
5
作者 邓治 刘向红 +1 位作者 覃碧 李德军 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期772-778,共7页
γ-谷氨酰半胱氨酸合成酶(γGCS)是细胞内谷胱甘肽(GSH)生物合成的限速酶,GSH在植物许多生理过程中发挥重要作用。本研究采用简并PCR和RACE技术获得巴西橡胶树γGCS基因全长cDNA序列,命名为HbγGCS(GenBank登录号:GU997638)。该基因全长... γ-谷氨酰半胱氨酸合成酶(γGCS)是细胞内谷胱甘肽(GSH)生物合成的限速酶,GSH在植物许多生理过程中发挥重要作用。本研究采用简并PCR和RACE技术获得巴西橡胶树γGCS基因全长cDNA序列,命名为HbγGCS(GenBank登录号:GU997638)。该基因全长2187bp,最长开放阅读框为1572bp,编码523个氨基酸。进化分析结果表明HbγGCS属双子叶植物γGCS亚类,同葡萄γGCS分为一组,与单子叶植物的亲缘关系较远。半定量RT-PCR结果表明HbγGCS基因在胶乳、叶片、树皮、花中均有表达,以花中表达量最大。健康橡胶树胶乳中HbγGCS表达量高于死皮树。HbγGCS表达受乙烯、茉莉酸、过氧化氢、机械伤害、干旱、低温和高盐调控。 展开更多
关键词 Γ谷氨酰半胱氨酸合成酶 巴西橡胶树 基因克隆 表达分析 序列分析
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2013~2015年浙江省宁波市麻疹流行病学和基因型特征分析 被引量:5
6
作者 顾文珍 倪红霞 +4 位作者 马瑞 刘昱慧 傅小红 张姝 焦素黎 《中国疫苗和免疫》 北大核心 2016年第4期385-389,共5页
目的了解2013-2015年宁波市麻疹流行病学和基因型特征。方法统计分析2013-2015年宁波市麻疹监测数据,收集各县(市、区)病例咽试子标本进行麻疹病毒分离,经逆转录-聚合酶链反应(RT-PER)对核蛋白N基因羧基末端进行扩增和测序,测序... 目的了解2013-2015年宁波市麻疹流行病学和基因型特征。方法统计分析2013-2015年宁波市麻疹监测数据,收集各县(市、区)病例咽试子标本进行麻疹病毒分离,经逆转录-聚合酶链反应(RT-PER)对核蛋白N基因羧基末端进行扩增和测序,测序结果与GeneBank中各基因型参考株比对分析。结果2013~2015年宁波市共报告麻疹509例,发病年龄以〈8月龄和〉20岁为主。共分离到麻疹野病毒60株,其中49株为H1a基因型,它们之间的N基因羧基末端的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.63%-100%和94.44%-100%,与疫苗株S191的核苷酸和氨基酸同源性分别为88.66%~92.71%和85.48%~89.31%;其余11株为B3基因型,它们之间的N基因羧基末端的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.2%-100%和96.6%-100%;与疫苗株S191的核苷酸和氨基酸同源性分别为91.1%~93.2%和86.4%~88.9%;与中国湖南分离株同源性分别97.29%~99.11%和97.29%~99.33%;与中国香港分离株同源性分别为99.78%~97.97%和98%~100%。结论2013~2015年宁波市麻疹疫情比较稳定,HIa为优势基因型,输入性B3基因型可小范围流行,疫苗株S191对B3基因型有一定保护作用。 展开更多
关键词 麻疹病毒 基因型 序列分析 核蛋白
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新分离呼吸道肠道病毒生物学特性和S4片段的序列测定 被引量:5
7
作者 朱虹 苏裕心 +4 位作者 宋立华 何君 黄如统 貌盼勇 端青 《中国病毒学》 CSCD 2006年第4期324-327,共4页
新分离呼吸道肠道病毒(简称呼肠病毒)经过空斑分纯后进行生物学和部分基因序列的鉴定。首先通过BYD株(由端青从北京于某患者标本中分离到的第一株呼肠病毒)对4种传代细胞的敏感性试验,选出L929和LLC-MK2敏感细胞,然后用LLC-MK2细胞进行... 新分离呼吸道肠道病毒(简称呼肠病毒)经过空斑分纯后进行生物学和部分基因序列的鉴定。首先通过BYD株(由端青从北京于某患者标本中分离到的第一株呼肠病毒)对4种传代细胞的敏感性试验,选出L929和LLC-MK2敏感细胞,然后用LLC-MK2细胞进行理化性质试验,血凝试验和形态学鉴定。结果显示该病毒为耐乙醚、不耐酸、不耐热的RNA病毒;对人O型红细胞能产生凝集,滴度达1:32;电镜下可查见细胞胞浆内有球形、直径为70nm~80nm、双层衣壳的病毒颗粒。提取BYD株RNA并进行S4片段序列分析,结果显示该片段的氨基酸序列与已知呼肠病毒1~3型标准株的同源性分别为95%、90%和95%。以上这些生物学以及S4片断的序列分析结果表明:新分离BYD株病毒符合呼肠病毒科的特性。 展开更多
关键词 呼吸道肠道病毒 细胞敏感性 理化性质 形态学 序列分析
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葡萄浆果内坏死病毒变种类型1分离物全长基因组序列分析 被引量:4
8
作者 范旭东 张尊平 +4 位作者 任芳 胡国君 李正男 张双纳 董雅凤 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期423-427,共5页
近年来,随着高通量测序技术的运用,国内陆续发现和报道了一些新的葡萄病毒,但由于尚缺乏相关的基础性研究及防治措施,给葡萄产业的健康发展带来一定影响。其中,葡萄浆果内坏死病毒(Grapevine berry inner necrosis virus,GINV)为2016... 近年来,随着高通量测序技术的运用,国内陆续发现和报道了一些新的葡萄病毒,但由于尚缺乏相关的基础性研究及防治措施,给葡萄产业的健康发展带来一定影响。其中,葡萄浆果内坏死病毒(Grapevine berry inner necrosis virus,GINV)为2016年国内新报道的葡萄病毒,可引起一些葡萄砧木和品种产生褪绿斑驳和环斑症状,造成严重危害。 展开更多
关键词 葡萄浆果 病毒 序列分析 变种类型 坏死 基因组 分离物 基础性研究
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人卵巢颗粒细胞雌激素β型受体cDNA的克隆和序列分析 被引量:2
9
作者 黄荷凤 JL Mershon 王金福 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2000年第1期28-30,共3页
目的 测定和分析人卵巢颗粒细胞中雌激素 β型受体 (ERβ)cDNA的核苷酸序列结构。方法 采用DMEM培养基、以PERCOLL方法从人体外受精卵泡液中制备颗粒细胞。根据TRIzolReagent试剂盒方法抽提RNA ,并在Dispocolumn柱中用寡聚 (dT)纯化m... 目的 测定和分析人卵巢颗粒细胞中雌激素 β型受体 (ERβ)cDNA的核苷酸序列结构。方法 采用DMEM培养基、以PERCOLL方法从人体外受精卵泡液中制备颗粒细胞。根据TRIzolReagent试剂盒方法抽提RNA ,并在Dispocolumn柱中用寡聚 (dT)纯化mRNA。用SuperScriptTMⅡRT试剂盒反转录PCR合成cDNA。扩增产物与pGEM -T载体连接 ,并转化大肠杆菌XL1-Blue。测序按SequenaseVersion 2 .0DNA测序试剂盒提供的方法进行。核苷酸序列结构用DNAMAN软件包进行分析。结果 经两对引物扩增 ,获得长度为 14 95bp(其中包括 14 3 1bp阅读框 )的雌激素 β受体cDNA序列。根据阅读框编码的氨基酸序列 ,可分A/B、C、D、E/F功能区 ,其中C区富含半胱氨酸 ,为DNA结合区 (DBD) ;E/F区为配基结合区 (LBD)。结论 卵巢颗粒细胞中ERβ基因存在及序列分析结果证实了ERβ对卵巢颗粒细胞中雌激素自分泌的调节意义。 展开更多
关键词 卵巢 颗粒细胞 受体 雌激素 序列分析 CDNA 克隆
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2株猪繁殖与呼吸综合征病毒欧洲型分离株ORF4~7基因的克隆与序列分析 被引量:3
10
作者 黄梅清 车勇良 +3 位作者 陈少莺 江斌 王隆柏 陈仕龙 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1623-1626,共4页
欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)FJ0602和FJ0603株的ORF4~7基因进行了分段克隆、序列测定及同源性比较。结果显示,FJ0602和FJ0603株与LV核苷酸同源性为95.2%和95.3%,与VR233... 欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)FJ0602和FJ0603株的ORF4~7基因进行了分段克隆、序列测定及同源性比较。结果显示,FJ0602和FJ0603株与LV核苷酸同源性为95.2%和95.3%,与VR2332核苷酸同源性为67.1%和66.9%,证实FJ0602和FJ0603株均为欧洲型PRRSV;与欧洲型弱毒疫苗株Amervac PRRSV有高度同源性,达到98.6%以上,提示分离毒PRRSV FJ0602和FJ0603株可能由疫苗株演化而来。FJ0602和FJ0603之间的核苷酸同源性为99.6%,表明这2毒株亲缘关系很近,很可能来源于同一毒株。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 欧洲型 ORF4 7 序列分析
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犬冠状病毒大熊猫株核蛋白基因的克隆、序列分析及其在E.coli中的高效表达 被引量:2
11
作者 乔军 夏咸柱 +5 位作者 胡桂学 扈荣良 谢之景 闫芳 杨松涛 黄耕 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期248-253,共6页
首次对犬冠状病毒大熊猫株(CCVGP)核蛋白(N)基因进行了克隆和序列测定。本实验根据GenBank中报道的CCVlnsavc-1株N蛋白基因序列,设计了一对特异性引物,对分离的CCVGP野毒株进行了RT-PCR扩增。将扩增的PCR产物纯化回收后与pGEM T连接得... 首次对犬冠状病毒大熊猫株(CCVGP)核蛋白(N)基因进行了克隆和序列测定。本实验根据GenBank中报道的CCVlnsavc-1株N蛋白基因序列,设计了一对特异性引物,对分离的CCVGP野毒株进行了RT-PCR扩增。将扩增的PCR产物纯化回收后与pGEM T连接得到重组质粒pTN,进行核苷酸序列测定。结果该基因全长1146bp,编码382个氨基酸;与CCⅤ标准毒株Insavc-lN基因相比,核苷酸的同源性为92 6%,推导的氨基酸的同源性为93 2%。在推导的N蛋白N端156-179位存在一个SRXX富集区,与小鼠肝炎病毒N蛋白相应区域相同,推测可能是RNA结合区。预测的GP株N蛋白疏水性和抗原表位与Insavc-l株N蛋白存在细微的差异。将pTN双酶切,回收目的基因片段克隆到大肠杆菌表达载体pET28a中构建了重组质粒pETN,转化大肠杆茵BL21,用IPTG进行了诱导表达。结果重组菌菌体裂解物经SDS-PAGE电泳可检测到相对分子量为48KD的重组蛋白,免疫印迹法证实该重组蛋白可以与CCV多克隆抗体发生特异性反应。经凝胶薄层扫描分析,重组N蛋白表达量可占菌体蛋白的49 3%,表达的蛋白纯化后可用于建立检测大熊猫CCV抗体间接ELISA用的包被抗原。 展开更多
关键词 犬冠状病毒大熊猫株 核蛋白基因 克隆 序列分析 纯化
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猪圆环病毒2型流行株的分离及其感染性克隆的构建 被引量:2
12
作者 陈瑞爱 邵定勇 +3 位作者 同戈 黄红亮 李延鹏 黄文科 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1168-1174,共7页
【目的】通过分离一株猪圆环病毒2型(PCV2)流行毒株,并构建其感染性克隆,为研究PCV2基因功能提供操作平台。【方法】通过PCR方法,从疑似患断奶仔猪多系统衰竭综合症(PMWS)的仔猪淋巴结中鉴定为猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)2型阳... 【目的】通过分离一株猪圆环病毒2型(PCV2)流行毒株,并构建其感染性克隆,为研究PCV2基因功能提供操作平台。【方法】通过PCR方法,从疑似患断奶仔猪多系统衰竭综合症(PMWS)的仔猪淋巴结中鉴定为猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)2型阳性。把阳性病料接种PK-15细胞传代培养,在培养物中扩增出PCV2的全基因序列。对扩增出的全序列进行序列测定,并与GenBank中公布的5株广东PCV2分离株(GD-pz、GD-gj、GD-jm、GD-ss和GD-sz)进行同源性分析。通过EcoRⅠ和SalⅠ将PCV2全基因组序列克隆进pUC18载体中,获得含PCV2 GD-zq株全基因组单拷贝的重组质粒pPCV2-GD-zq,再通过SalⅠ和HindⅢ把另一个全长拷贝克隆进pPCV2-GD-zq质粒中,使PCV2 GD-zq株基因组DNA以头尾相接的双重复方式克隆进pUC18载体中,获得重组质粒pPCV2-2GD-zq。将pPCV2-2GD-zq DNA纯化和定量后转染PK-15细胞,拯救PCV2 GD-zq病毒。【结果】从PMWS感染的猪淋巴结中分离到了一株PCV2,命名为GD-zq株;序列分析结果显示,GD-zq株全基因组为1 767 bp,与GenBank中公布的5株广东PCV2分离株ORF1核苷酸一致性为97.1%-99.7%,编码氨基酸一致性为98.7%-100%;ORF2核苷酸一致性为93.2%-99.6%,编码氨基酸一致性为92.3%-99.1%;全基因一致性为96.0%-99.6%。pPCV2-2GD-zq质粒转染PK-15细胞后,其通过间接免疫荧光实验(IFA)能从转染细胞及其传代细胞中,检测到拯救出的病毒。【结论】分离了一株PCV2广东株GD-zq,成功构建了PCV2 GD-zq株的感染性克隆。 展开更多
关键词 猪2型圆环病毒 全基因 感染性克隆 序列分析
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一例酪氨酸血症患儿的临床特征及相关致病基因分析 被引量:2
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作者 李景仪 吴元明 +3 位作者 杨颖 孙茂 吴礼安 贺春霞 《现代生物医学进展》 CAS 2016年第5期816-819,共4页
目的:对一例酪氨酸血症患儿进行临床表现和基因突变的分析。方法:采用血氨基酸液相色谱-串联质谱法和尿液有机酸气相色谱-质谱分析患儿血尿代谢情况,采用PCR和一代测序技术分别对患儿的FAH基因和HPD基因的外显子及其旁翼区进行序列分析... 目的:对一例酪氨酸血症患儿进行临床表现和基因突变的分析。方法:采用血氨基酸液相色谱-串联质谱法和尿液有机酸气相色谱-质谱分析患儿血尿代谢情况,采用PCR和一代测序技术分别对患儿的FAH基因和HPD基因的外显子及其旁翼区进行序列分析。结果:检测出先证者血液中酪氨酸水平为404.6μM、甲硫氨酸(Met)水平为126.4μM、苯丙氨酸(Phe)水平为514.8μM,三者浓度均明显高于正常水平;尿液中检测出4-羟基苯乙酸(+)、4-羟基苯乳酸(+)和4-羟基苯丙酮酸(++);基因序列分析FAH基因未见异常,HPD基因上发现突变位点c.G97A(p.A33T)。结论:根据患儿的临床表现及血尿代谢检测结果,提示患儿为酪氨酸血症患者,进一步的基因检测结果提示患儿可能为罕见的Hawkinsinuria症。 展开更多
关键词 酪氨酸血症 Hawkinsinuria症 代谢分析 序列分析
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中国不同临床型来源的丁型肝炎病毒(HDV)部份基因组序列的分析比较 被引量:2
14
作者 谭文杰 苗季 +1 位作者 丛旭 詹美云 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 1996年第2期97-104,共8页
从我国河南、内蒙、北京等地的HDV健康携带者、慢性丁肝病人与重症肝炎病人中,筛选获得4份HDV—RNA阳性血清。经逆转录—聚合酶链反应(RT—PCR)交叉扩增获得HDV—cDNA片段(651—1660nt,按Maki... 从我国河南、内蒙、北京等地的HDV健康携带者、慢性丁肝病人与重症肝炎病人中,筛选获得4份HDV—RNA阳性血清。经逆转录—聚合酶链反应(RT—PCR)交叉扩增获得HDV—cDNA片段(651—1660nt,按Makinoetal定位),并克隆到PGEM—3zf(-)或PGEM-T载体上。经序列分析研究其基因结构特点,结果表明,同属基因Ⅰ型的4株中国丁型肝炎病毒,在基因序列上具有相似的保守区域,但与同亚型HDV健康携带者相比,重症肝炎病人与慢性丁肝病人来源的HDV毒株,在多个位点上发生了核苷酸的改变,由此推导的抗原编码区相应的氨基酸发生了替换。这些核苷酸与氨基酸的改变位点散在,但多集中于抗原编码区的羧基端。如慢性丁肝发生的6个氨基酸改变中,5个位于166—188位;重症肝炎发生的12个氨基酸改变中,8个位于170—214位。有趣的是,在175位上发生了由脯氨酸向丝氨酸的共同替换。提示HDV的感染致病可能与HDV的基因结构相关。 展开更多
关键词 丁型肝炎病毒 基因组 序列分析
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乙型肝炎病毒耐药基因测序检测性能验证 被引量:2
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作者 胡婷婷 陈宇明 +1 位作者 关明 刘维薇 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期776-779,共4页
目的:探讨在ISO15189以及美国病理学家协会( CAP)实验室认可体系下,建立使用一代测序(Sanger测序法)进行乙型肝炎病毒(HBV)耐药基因检测的项目性能验证标准。方法方法学建立。2012年8至12月收集复旦大学附属华山医院肝炎门诊及... 目的:探讨在ISO15189以及美国病理学家协会( CAP)实验室认可体系下,建立使用一代测序(Sanger测序法)进行乙型肝炎病毒(HBV)耐药基因检测的项目性能验证标准。方法方法学建立。2012年8至12月收集复旦大学附属华山医院肝炎门诊及住院患者中临床表现HBV耐药患者25例。从测定下限、精密度、正确性、分析特异性、可报告范围/参考范围等方面进行性能评估。测序质量的验证基于整体测序图谱的荧光信号值、性噪比、测序峰图、QV值等评估参数进行。结果可检测出正常背景下10%~20%的突变;有较好的精密度;正确性100%;未发现有明显干扰及交叉污染。结论测序方法的性能验证要结合实际应用。特别是测序分析的质量评估需要针对不同的检测目的以及检测对象建立相关标准并适当进行调整以符合临床需要。本试验方法检测乙型肝炎耐药基因可应用于临床检测。 展开更多
关键词 肝炎病毒 乙型 抗药性 病毒 DNA 病毒 病毒载量 序列分析 DNA 聚合酶链反应
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PCR循环测序法检测K-ras和HCV 5'非编码区基因变异 被引量:1
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作者 任秀容 欧文晖 +2 位作者 李全贞 周新宇 何蕴韶 《中山医科大学学报》 CSCD 1998年第2期153-157,共5页
目的:建立一种简单、快速、可靠的DNA序列分析方法,并利用此方法分析Kras基因和HCV5′非编码区基因的变异情况。方法:PCR循环测序法是将PCR扩增与核酸序列分析相结合的一种研究方法。根据此技术原理,建立了以P... 目的:建立一种简单、快速、可靠的DNA序列分析方法,并利用此方法分析Kras基因和HCV5′非编码区基因的变异情况。方法:PCR循环测序法是将PCR扩增与核酸序列分析相结合的一种研究方法。根据此技术原理,建立了以PCR扩增引物为测序引物,利用TaqDNA聚合酶、荧光标记的2′,3′双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)直接进行PCR扩增产物序列分析的方法。应用该方法对人肺癌组织中的Kras癌基因和丙型肝炎病毒5′非编码区(HCV5′NTR)进行了序列测定。结果:肺癌组织中的Kras基因第1外显子第35位碱基发生点突变(GGT→GAT);属于高度保守区的HCV5′NTR存在基因变异。结论:PCR循环测序法具有简单、快速、结果可靠等特点,为基因突变的检测和病原体的核酸序列分析提供了一个快速实用的方法。 展开更多
关键词 聚合酶链反应 序列分析 HCV 基因突变 K-RAS
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Cloning and sequence analysis of cold inducible RNA-binding protein cDNA from testis tissue in BALB/C mice 被引量:1
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作者 LI Shi-ze JIN Fu-hou PANG Yah 《Journal of Agricultural Science and Technology》 2008年第10期31-35,共5页
The effect of cold stress on the gene expression of cold-inducible RNA-binding protein (CIRP) in the intravital animals has not been reported till now. Compared with their organism cells, there were much more compli... The effect of cold stress on the gene expression of cold-inducible RNA-binding protein (CIRP) in the intravital animals has not been reported till now. Compared with their organism cells, there were much more complicated regulatory mechanisms for cold stress response in the organisms. The BALB/C mice with cold treatment were used as experimental animals for this study. The cDNA of CIRP was firstly cloned from the testis tissues of the BALB/C mice treated by cold stress The results indicated that CIRP in the organisms could be induced at low temperature and may protect the organisms from the cold damage. The amino acid sequence deduced via cDNA clone was 100%, 99.4%, 95.5%, 67.4%, 76.9%, 79.1% and 58.4% identical with that of CIRP in mice, rats, human, bullfrog, Xenopus and axolotl cells, respectively. These results showed that the CIRP was highly conserved in the evolution process and may be involved in various physiological functions. Therefore, this study will establish a systematic model for experiments and provide a new foundation for exploring the molecular mechanisms of human and other animals under cold stress. 展开更多
关键词 CIRP CDNA CLONING cold stress sequenceanalysis
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瓠瓜LINE逆转座子RT序列的克隆与特征分析 被引量:1
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作者 赵芹 谢大森 +3 位作者 何晓明 罗少波 彭庆务 陈俊秋 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期1-11,共11页
以瓠瓜[Lagenaria siceraria(Molina)Standl.]品种‘大籽葫芦’(‘Dazihulu’)和‘杂交瓠瓜’(‘Hybridbottlegourd’)为供试材料,对其基因组总DNA中的LINE逆转座子RT序列进行扩增,并对30个克隆产物的核苷酸序列及其编码的氨... 以瓠瓜[Lagenaria siceraria(Molina)Standl.]品种‘大籽葫芦’(‘Dazihulu’)和‘杂交瓠瓜’(‘Hybridbottlegourd’)为供试材料,对其基因组总DNA中的LINE逆转座子RT序列进行扩增,并对30个克隆产物的核苷酸序列及其编码的氨基酸序列进行比对、同源性分析和系统进化分析。结果表明:瓠瓜品种‘大籽葫芦’与‘杂交瓠瓜’的基因组总DNA均包含长度约580bp的RT序列片段。从2个瓠瓜品种中获得的30条LINE逆转座子RT核苷酸序列(编号为LsRT1至LsRT30)长度为564~599bp,碱基A、T、G和C的数量分别为143—193、157~205、104~139和83~134,AT/GC比为1.29~1.76,表现出高度异质性。缺失突变和终止密码子突变是造成瓠瓜LINE逆转座子RT核苷酸序列长度差异的主要因素。30条瓠瓜LINE逆转座子RT核苷酸序列的相似性为47.1%~99.5%,其编码的氨基酸序列相似性为26.7%~100.0%。根据核苷酸替代值,30条瓠瓜LINE逆转座子RT核苷酸序列可分为4个家族(family),分别包含14、8、1和7条序列。氨基酸序列分析结果显示:瓠瓜LINE逆转座子RT氨基酸序列包含20个保守氨基酸残基和多个半保守氨基酸残基;有14条氨基酸序列具有终止密码子突变。Family1、Family2和Family4是可能具有转座活性的逆转座子家族,分别包含8、3和5条无终止密码子的RT氨基酸序列。根据瓠瓜与其他15种植物的LINE逆转座子RT氨基酸序列构建的系统进化树,瓠瓜与葡萄(Vitis vinifera Linn.)和黄瓜(Cucumis sativus Linn.)等种类的LINE逆转座子RT氨基酸序列有较高同源性。研究结果表明:瓠瓜LINE逆转座子是一类较古老元件,LINE逆转座子可在瓠瓜与其他种类的基因组间横向传递。 展开更多
关键词 瓠瓜 LINE逆转座子 RT序列 序列分析 相似性 系统进化
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旋毛形线虫分泌抗原P53的序列分析及重组表达产物的免疫学鉴定 被引量:1
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作者 徐鸿绪 武伟华 +3 位作者 毛玉玲 梁健 谌嘉嘉 胡旭初 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期582-586,共5页
目的 分析旋毛形线虫分泌抗原P53的免疫学特性,评价其免疫诊断价值.方法 克隆并测序分析旋毛形线虫P53的编码区序列,应用生物信息学分析其与其他蠕虫同源蛋白的相似性以及潜在的线性B细胞和T细胞表位;并将成熟肽编码区克隆至pET28a(+... 目的 分析旋毛形线虫分泌抗原P53的免疫学特性,评价其免疫诊断价值.方法 克隆并测序分析旋毛形线虫P53的编码区序列,应用生物信息学分析其与其他蠕虫同源蛋白的相似性以及潜在的线性B细胞和T细胞表位;并将成熟肽编码区克隆至pET28a(+)原核表达质粒中,纯化的重组蛋白用旋毛形线虫感染血清和其他寄生蠕虫感染血清经Western印迹法鉴定其免疫反应性.结果 生物信息学分析未发现其他寄生蠕虫的P53同源基因,表明TsP53具有多个T细胞和B细胞识别表位,Western印迹法显示TsP53抗原只与旋毛形线虫感染血清反应,与其他几种蠕虫感染血清无反应.结论 P53具有良好的抗原性,是非常有前景的旋毛形线虫特异性诊断抗原. 展开更多
关键词 旋毛形线虫 肿瘤抑制蛋白质P53 序列分析 克隆 分子 印迹法 蛋白质
原文传递
蓝舌病病毒进化的基因序列分析初步研究
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作者 苏艳 《新疆农业大学学报》 CAS 1999年第3期189-192,共4页
为确定在我国流行的一株蓝舌病病毒(BTV-10)的基因型和血清型背景,对该毒株及来自美国的5 株不同血清型(BTV-2,BTV-10,BTV-11,BTV-13,BTV-17),来自澳大利亚的BTV-15,来自南非的... 为确定在我国流行的一株蓝舌病病毒(BTV-10)的基因型和血清型背景,对该毒株及来自美国的5 株不同血清型(BTV-2,BTV-10,BTV-11,BTV-13,BTV-17),来自澳大利亚的BTV-15,来自南非的BTV-1 型毒株进行了核酸同源性比较和系统树分析。结果表明:这8 株病毒分属于3 种不同的病毒型,中国分离株与来自美国的BTV-10 同源性最高,与美国分离株BTV-2,BTV-10,BTV-11,BTV-17 同属于一个型。据分析结果推测中国分离株BTV-10 很可能是美国BTV-10 型与BTV-17 展开更多
关键词 蓝舌病病毒 进化 序列分析 基因序列
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