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柱型苹果MADS-box家族的2个同源基因克隆与生物信息学分析
被引量:
7
1
作者
孙晓茜
戴洪义
张玉刚
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2012年第2期50-54,共5页
基于笔者前期进行的柱型苹果转录组测序(RNA-seq)结果,采用RT-PCR方法,从柱型苹果花芽中克隆了MADS-box基因家族的2个同源基因,分别命名为MdSOCla和MdSOClb。分析结果表明,MdSOCla开放阅读框长度为708 bp,编码235个氨基酸,蛋白质分子量...
基于笔者前期进行的柱型苹果转录组测序(RNA-seq)结果,采用RT-PCR方法,从柱型苹果花芽中克隆了MADS-box基因家族的2个同源基因,分别命名为MdSOCla和MdSOClb。分析结果表明,MdSOCla开放阅读框长度为708 bp,编码235个氨基酸,蛋白质分子量为26.95 kDa,等电点为9.13;MdSOClb开放阅读框长度为717 bp,编码238个氨基酸,蛋白质分子量为27.49 kDa,等电点为9.61。MdSOCla和MdSOClb的编码区碱基序列相似性为83.49%,氨基酸的相似性为73.72%。MdSOCla和MdSOClb的第1~75个氨基酸为高度保守的MADS盒结构域,第105~170个为K盒结构域。在构建的SOC1系统进化树中,MdSOCla与MdSOClb与苹果SOC1关系最近,其次为橙SOC1,与拟南芥SOC1同源基因进化关系最远。苹果、橙、大岩桐关系较近而聚为一类,而大豆、豇豆、葡萄、拟南芥、草莓和玉兰聚为一类。蛋白质二级结构预测显示,MdSOCla蛋白有8个α-螺旋,5个β折叠区,13个β-转角;而MdSOClb蛋白有11个α-螺旋,7个β折叠区,11个β-转角。推测二者在花的发育中可能起不同的调控作用。
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关键词
柱型苹果
MADS-BOX
SOC1基因
基因克隆
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职称材料
题名
柱型苹果MADS-box家族的2个同源基因克隆与生物信息学分析
被引量:
7
1
作者
孙晓茜
戴洪义
张玉刚
机构
青岛农业大学园林园艺学院
出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2012年第2期50-54,共5页
基金
国家现代苹果产业技术体系(CARS-28-01-07)
山东省优秀中青年科学家科研奖励基金(BS2009NY023)
+2 种基金
山东省良种产业化工程(No.620902)
青岛市科技发展计划(11-2-4-5-6-jch)
青岛农业大学高层次人才启动基金(630732)
文摘
基于笔者前期进行的柱型苹果转录组测序(RNA-seq)结果,采用RT-PCR方法,从柱型苹果花芽中克隆了MADS-box基因家族的2个同源基因,分别命名为MdSOCla和MdSOClb。分析结果表明,MdSOCla开放阅读框长度为708 bp,编码235个氨基酸,蛋白质分子量为26.95 kDa,等电点为9.13;MdSOClb开放阅读框长度为717 bp,编码238个氨基酸,蛋白质分子量为27.49 kDa,等电点为9.61。MdSOCla和MdSOClb的编码区碱基序列相似性为83.49%,氨基酸的相似性为73.72%。MdSOCla和MdSOClb的第1~75个氨基酸为高度保守的MADS盒结构域,第105~170个为K盒结构域。在构建的SOC1系统进化树中,MdSOCla与MdSOClb与苹果SOC1关系最近,其次为橙SOC1,与拟南芥SOC1同源基因进化关系最远。苹果、橙、大岩桐关系较近而聚为一类,而大豆、豇豆、葡萄、拟南芥、草莓和玉兰聚为一类。蛋白质二级结构预测显示,MdSOCla蛋白有8个α-螺旋,5个β折叠区,13个β-转角;而MdSOClb蛋白有11个α-螺旋,7个β折叠区,11个β-转角。推测二者在花的发育中可能起不同的调控作用。
关键词
柱型苹果
MADS-BOX
SOC1基因
基因克隆
Keywords
Columnar
apple
MADS-box
socl
gene
Molecular
cloning
分类号
S661.1 [农业科学—果树学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
柱型苹果MADS-box家族的2个同源基因克隆与生物信息学分析
孙晓茜
戴洪义
张玉刚
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2012
7
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参考文献
引证文献
统计分析
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