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转基因植物中外源基因沉默机制及防止对策 被引量：14
1
作者 吴迪 朱延明 《生物技术通讯》 CAS 2002年第3期228-231,238,共5页
系统论述了诱发转基因沉默的因素、植物转基因沉默发生水平并提出了基因沉默的防止对策。基因沉默现象是导致外源基因不能在转化植物中正常表达的重要原因。甲基化、重复序列、反式失活和共抑制是基因沉默的主要诱因。其作用水平主要有... 系统论述了诱发转基因沉默的因素、植物转基因沉默发生水平并提出了基因沉默的防止对策。基因沉默现象是导致外源基因不能在转化植物中正常表达的重要原因。甲基化、重复序列、反式失活和共抑制是基因沉默的主要诱因。其作用水平主要有三种:位置效应、转录水平的基因沉默和转录后水平的基因沉默。避免基因间的同源性、避免重复序列的出现、消除甲基化的影响、使用MAR以及使用诱导型启动子,可以提高外源基因的表达水平,有效防止基因沉默。 展开更多
关键词 转基因植物 外源基因沉默 机制 防止对策 反式失活 共抑制 核基质结合区 诱导型启动子
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高等植物线粒体基因组研究新进展 被引量：9
2
作者 李传友 伏健民 +1 位作者 金德敏 王斌 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 1998年第2期200-207,共8页
与其它真核生物相比，高等植物线粒体基因组不仅在大小，组织结构．基因组成和表达，RNA编辑等方面具有突出特点，而且线粒体基因组与核基因组之间存在着广泛的信息交流线粒体基因组作为一个半自主性的遗传系统，其组织结构的雏持和生... 与其它真核生物相比，高等植物线粒体基因组不仅在大小，组织结构．基因组成和表达，RNA编辑等方面具有突出特点，而且线粒体基因组与核基因组之间存在着广泛的信息交流线粒体基因组作为一个半自主性的遗传系统，其组织结构的雏持和生理功能的发挥受到核基因组的调控作用，本文就这些方面的研究进展作了简要评述． 展开更多
关键词 高等植物 线粒体 基因组 重复顺序
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植物转基因沉默机制及消除对策 被引量：4
3
作者 王红梅 张献龙 +2 位作者 蔡忠民 李运海 刘方 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2003年第4期248-251,共4页
从位置效应、转录水平的基因沉默和转录后水平的基因沉默等三个方面阐述了植物转基因沉默的作用机制,并提出了相应的消除对策,以期为寻找控制植物转基因失活技术提供帮助,促进植物基因工程的发展。
关键词 植物 转基因沉默 基因沉默 作用机制 消除 基因工程 重复序列 密码子 启动子 终止子
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旋覆花、湖北旋覆花和线叶旋覆花的叶绿体基因组比较分析和系统发育研究 被引量：9
4
作者 吴茜 姜梅 +3 位作者 陈海梅 王立强 黄林芳 刘昶 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1042-1049,共8页
旋覆花、湖北旋覆花和线叶旋覆花均为菊科旋覆花属药用植物,其中湖北旋覆花为我国特有。为分析比较旋覆花属3个物种的基因组序列差异,进而为该属植物分子鉴别和种质资源开发提供科学依据,本文采用二代测序技术对旋覆花属3个物种的总DNA... 旋覆花、湖北旋覆花和线叶旋覆花均为菊科旋覆花属药用植物,其中湖北旋覆花为我国特有。为分析比较旋覆花属3个物种的基因组序列差异,进而为该属植物分子鉴别和种质资源开发提供科学依据,本文采用二代测序技术对旋覆花属3个物种的总DNA进行测序,使用NOVOPlasty成功组装了完整的叶绿体基因组,然后用CPGAVAS2对3个基因组的基因组成及重复序列进行了分析比较。最后用RAxML对旋覆花属3个物种及其近缘物种进行了系统发育分析。结果显示,旋覆花、湖北旋覆花和线叶旋覆花的叶绿体基因组全长分别为150 754、150 909、150 812 bp,均由一个大的单拷贝区(LSC)(82 427、82 552、82 474 bp),一个小的单拷贝区(SSC)(18 431、18 453、18 434 bp)和一对反向重复序列(IRs)(24 948、24 952、24 952 bp)组成。基因组注释结果显示, 3个物种均共编码111个不同基因,包括79个蛋白编码基因、28个tRNA基因和4个rRNA基因。旋覆花、湖北旋覆花和线叶旋覆花叶绿体基因组G/C含量分别为37.72%、37.71%、37.71%;分别共检测到32、33、34个简单重复序列;18、22、18个串联重复序列和33、37、38个散在重复序列。系统发育分析结果表明,旋覆花属3个物种与阔苞菊聚在一起;表明旋覆花族与千里光族亲缘关系较近,可能起源于千里光族,而非菜蓟族。本研究为研究旋覆花属物种鉴定、亲缘关系、进化历史与遗传多样性研究奠定了坚实的基础。 展开更多
关键词 旋覆花 湖北旋覆花 线叶旋覆花 叶绿体基因组 重复序列 系统进化
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基因组学研究中一些常用软件的概述 被引量：5
5
作者 吴清发 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期708-712,共5页
基因组学是以一个物种的全部遗传信息为研究对象,在整体上研究遗传信息的分子组成、组织结构、表达调控和进化等内在机制的基础性学科。基因组学研究中海量数据的存储、管理和检索,以及对这些数据进行挖掘等过程,必须借助于生物信息学... 基因组学是以一个物种的全部遗传信息为研究对象,在整体上研究遗传信息的分子组成、组织结构、表达调控和进化等内在机制的基础性学科。基因组学研究中海量数据的存储、管理和检索,以及对这些数据进行挖掘等过程,必须借助于生物信息学的方法。目前,大量成熟的软件广泛地应用在基因组学研究中,它们大都可通过互联网免费访问或索取。本文拟对人类基因组计划中常用的一些软件如序列比对、序列组装、重复序列鉴定和基因预测等软件的原理作一介绍,并结合典型软件加以说明。 展开更多
关键词 基因组学 比对 组装 重复序列 软件
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应用正交实验法优化DNA重复序列的PCR扩增体系 被引量：7
6
作者 赵宏宇 蔡禄 +1 位作者 赵秀娟 王晶妍 《内蒙古科技大学学报》 CAS 2008年第4期346-350,共5页
采用L9(34)正交实验法,对与人神经系统疾病相关的DNA重复序列PCR扩增体系中的模板DNA浓度、Taq酶浓度、引物浓度、dNTP浓度4种影响因素进行了优化筛选,发现引物浓度对扩增结果影响的显著性最大.在此基础上进行了引物浓度单因素实验,得... 采用L9(34)正交实验法,对与人神经系统疾病相关的DNA重复序列PCR扩增体系中的模板DNA浓度、Taq酶浓度、引物浓度、dNTP浓度4种影响因素进行了优化筛选,发现引物浓度对扩增结果影响的显著性最大.在此基础上进行了引物浓度单因素实验,得到最优DNA重复序列PCR扩增体系在25μL反应体系中各组分的最适浓度分别为:模板3 ng/μL、Taq酶0.75 U、dNTP0.25 mmol/L、引物0.3μmol/L.通过优化前后反应体系的对比,扩增目的产物的量均有较大程度的提高.该优化体系的建立为进一步研究与人遗传病相关的DNA重复序列的结构特性及阐明该类遗传疾病的分子机理奠定了基础. 展开更多
关键词 PCR 正交实验 重复序列 人遗传病
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极小种群濒危植物广西火桐、丹霞梧桐的叶绿体基因组特征 被引量：8
7
作者 陆奇丰 黄至欢 骆文华 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期586-595,共10页
广西火桐(Firmiana kwangsiensis)和丹霞梧桐(F.danxiaensis)是我国南方特有物种,其分布范围狭窄,种群数量少。为了解其叶绿体基因组结构及系统发生关系,本文通过高通量测序方法获得广西火桐和丹霞梧桐的浅层基因组数据,通过生物信息学... 广西火桐(Firmiana kwangsiensis)和丹霞梧桐(F.danxiaensis)是我国南方特有物种,其分布范围狭窄,种群数量少。为了解其叶绿体基因组结构及系统发生关系,本文通过高通量测序方法获得广西火桐和丹霞梧桐的浅层基因组数据,通过生物信息学方法对叶绿体全基因组进行组装,并对其结构特征进行分析。结果表明:广西火桐和丹霞梧桐的叶绿体基因组大小分别为160,836 bp和161,253 bp,具有典型被子植物叶绿体基因组环状四分体结构,包含长度分别为89,700 bp、90,142 bp的大单拷贝区(large single copy,LSC),长度分别为19,970 bp、20,067 bp的小单拷贝区(small single copy,SSC)及长度分别为25,583 bp、25,522 bp的2个反向重复序列区(inverted repeat sequence,IR)。两个物种的叶绿体基因组共注释得到131个基因,包括86个蛋白编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。广西火桐的叶绿体基因组中共检测出26个正向重复序列、2个反向重复序列、21个回文重复序列、21个串联重复序列和98个简单重复序列;丹霞梧桐叶绿体基因组中共检测出23个正向重复序列、5个反向重复序列、21个回文重复序列、30个串联重复序列和107个简单重复序列。系统发生分析结果表明5种梧桐属(Firmiana)植物构成两个强烈支持的分支(支持率100%),一个分支为广西火桐、美丽火桐(F.pulcherrima)和火桐(F.colorata),其中广西火桐与美丽火桐构成姐妹群;另一分支是互为姐妹群的丹霞梧桐和云南梧桐(F.major)。综上所述,广西火桐和丹霞梧桐的叶绿体基因组结构、基因排列及重复序列具有较高的相似性,系统进化树将5种梧桐属物种分为两个分支,其中广西火桐和美丽火桐最近;而丹霞梧桐与云南梧桐关系最近。本研究鉴定的SSR位点可为梧桐属物种系统发生、进化关系的研究提供遗传信息。 展开更多
关键词 广西火桐 丹霞梧桐 叶绿体全基因组 高通量测序 重复序列 系统发生分析
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高等植物线粒体基因组研究进展 被引量：8
8
作者 张晓 张锐 +2 位作者 侯思宇 史计 郭三堆 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 2011年第4期23-31,共9页
高等植物线粒体基因组在目前已知生物中是最大、最复杂的,阐述了高等植物线粒体基因组的最新研究进展。从全基因组的测序方法开始,重点介绍了高等植物线粒体基因组的组成和结构特点,特别是基因含量、内含子、基因间隔序列、RNA编辑、重... 高等植物线粒体基因组在目前已知生物中是最大、最复杂的,阐述了高等植物线粒体基因组的最新研究进展。从全基因组的测序方法开始,重点介绍了高等植物线粒体基因组的组成和结构特点,特别是基因含量、内含子、基因间隔序列、RNA编辑、重复序列、叶绿体和细胞核与线粒体之间的DNA交换以及线粒体基因的遗传起源和进化等热点问题,以期为更好的了解核质互作、植物进化等科学问题奠定基础。 展开更多
关键词 高等植物 线粒体基因组 重复序列 RNA编辑 异质性
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微卫星标记的基因组学研究进展 被引量：7
9
作者 李明 亓小红 《天津农学院学报》 CAS 2006年第1期47-51,共5页
微卫星标记是真核生物基因组中分布均匀、含量高的一类短重复序列。本文从微卫星标记在基因组中的分布、微卫星标记的多态性、微卫星标记的进化、微卫星标记的功能及应用等几个方面对微卫星标记的基因组学研究进展进行综述。
关键词 微卫星标记 基因组学 遗传标记 重复序列
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益母草叶绿体基因组序列与系统进化位置分析 被引量：7
10
作者 张慧 何帅兵 +5 位作者 孔繁德 陈海梅 唐泰山 徐淑菲 苗丽 刘昶 《中医药信息》 2018年第4期21-27,共7页
目的:对益母草叶绿体基因组序列与系统进化位置进行分析,旨在为益母草种质资源的开发和利用提供科学依据。方法:采用二代测序技术对益母草全基因组DNA进行测序,并成功组装了其完整的叶绿体基因组。结果:益母草叶绿体基因组全长159 375 ... 目的:对益母草叶绿体基因组序列与系统进化位置进行分析,旨在为益母草种质资源的开发和利用提供科学依据。方法:采用二代测序技术对益母草全基因组DNA进行测序,并成功组装了其完整的叶绿体基因组。结果:益母草叶绿体基因组全长159 375 bp,由一个大的单拷贝区(LSC)87 204 bp,一个小的单拷贝区(SSC)17 515 bp和一对27 099 bp的反向重复序列(IRs)组成。基因组注释结果显示其共编码115个基因,包括99个蛋白编码基因、38个t RNA基因和8个r RNA基因。叶绿体基因组GC含量为38.41%。同时,本研究共检测到160个简单重复序列和49个串联重复序列。结论:系统发育分析表明,益母草属与水苏属的亲缘关系较近,本研究为益母草药材精准鉴定与遗传多样性研究奠定了基础。 展开更多
关键词 益母草 叶绿体基因组 重复序列 系统进化
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植物线粒体结构基因组研究进展 被引量：7
11
作者 苏爱国 李双双 +4 位作者 王玉美 雷彬彬 刘国政 康定明 华金平 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 2011年第3期9-16,共8页
植物线粒体基因组具有复杂的结构特征：基因组200-2 400 kb不等,变化大、重组频繁,存在水平基因迁移现象等。基因组中既含有非常保守的功能基因,也存在高度变异的基因间区序列。大量研究表明,线粒体基因组是植物细胞质雄性不育因子的载... 植物线粒体基因组具有复杂的结构特征：基因组200-2 400 kb不等,变化大、重组频繁,存在水平基因迁移现象等。基因组中既含有非常保守的功能基因,也存在高度变异的基因间区序列。大量研究表明,线粒体基因组是植物细胞质雄性不育因子的载体。综述了近年来植物线粒基因组结构特征、基因组成和热点研究的进展,为进一步深入研究植物细胞质雄性不育的分子机理,并为胞质雄性不育三系杂交种选育、作物杂种优势利用提供理论指导。 展开更多
关键词 线粒体 基因组 重复序列 细胞质雄性不育
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与人遗传病相关(CTG)n·(CAG)n重复序列的分子克隆 被引量：5
12
作者 毛爱华 赵秀娟 蔡禄 《内蒙古大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期50-55,共6页
为了得到（CTG）n·（CAG）n重复序列,设计了一个可获得具有单个G/C悬端的重复序列的克隆策略.化学合成重复序列及两侧接头序列,两侧接头有EcoR Ⅰ、BamH Ⅰ和Ple Ⅰ酶切位点,EcoR Ⅰ、BamHⅠ位点用于将重复序列插入载体,Ple Ⅰ酶... 为了得到（CTG）n·（CAG）n重复序列,设计了一个可获得具有单个G/C悬端的重复序列的克隆策略.化学合成重复序列及两侧接头序列,两侧接头有EcoR Ⅰ、BamH Ⅰ和Ple Ⅰ酶切位点,EcoR Ⅰ、BamHⅠ位点用于将重复序列插入载体,Ple Ⅰ酶切位点可方便地将重复序列从重组质粒中取出.使用该方案,可获得长度在200～1000bp的重复序列片段.本工作为进一步研究和人遗传病相关的重复序列的结构特性及该类遗传疾病的分子机理奠定基础. 展开更多
关键词 CTG 重复序列 分子克隆 人遗传病
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质粒pXZ10145核苷酸序列测定和分析 被引量：6
13
作者 沈天翔 贾盘兴 +1 位作者 那淑敏 门大鹏 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 1993年第3期216-222,共7页
以Sanger双脱氧中止法为原理,利用美国ABI公司370A自动核酸序列分析仪,我们测定了谷氨酸棒杆菌质粒pXZ10145全长4887bp的核苷酸序列,该质粒上存在包括ApaI等18种限制酶的单一切点,其它限制酶切点的数目和位置也被定出,质粒上有8个可能... 以Sanger双脱氧中止法为原理,利用美国ABI公司370A自动核酸序列分析仪,我们测定了谷氨酸棒杆菌质粒pXZ10145全长4887bp的核苷酸序列,该质粒上存在包括ApaI等18种限制酶的单一切点,其它限制酶切点的数目和位置也被定出,质粒上有8个可能的阅读框架,通过序列分析,我们确定了pXZ10145断裂生成缺失突变体pNAT65的两侧位点,在两个断裂点上发现存在'ATCTAGC'7个碱基的同向重复序列。 展开更多
关键词 谷氨酸棒杆菌 质粒 核苷酸 序列测定
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八角枫及其亚种叶绿体基因组序列结构及系统发育分析 被引量：5
14
作者 杨小英 刘畅 +4 位作者 曾宪法 刘雄伟 赵杰宏 俸婷婷 周英 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期3229-3239,共11页
八角枫为八角枫科Alangiaceae八角枫属Alangium常用药用植物,是贵州特色苗药之一,该属植物分化强烈、形态变异复杂,各药材活性成分和药效存在显著差异。本文利用Illumina高通量测序技术对八角枫亚种(稀花八角枫、伏毛八角枫)和毛八角枫... 八角枫为八角枫科Alangiaceae八角枫属Alangium常用药用植物,是贵州特色苗药之一,该属植物分化强烈、形态变异复杂,各药材活性成分和药效存在显著差异。本文利用Illumina高通量测序技术对八角枫亚种(稀花八角枫、伏毛八角枫)和毛八角枫叶绿体基因组进行测序,完成其组装注释与结构特征解析,并从NCBI下载同属植物八角枫、高山八角枫进行基因组比较分析。最后,选择NCBI中已发表的与八角枫科亲缘关系较近的物种进行系统发育树构建。结果如下:稀花八角枫、伏毛八角枫和毛八角枫叶绿体基因组全长为156670、156672、156871 bp,为典型的四段式结构,均包含1个长单拷贝区(LSC)、1个短单拷贝区(SSC)及2个反向重复区(IRa和IRb)。均注释到133个基因,其中包括88个蛋白编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。叶绿体基因组中均发现了正向重复、回文重复和反向重复3种类型的长重复序列和SSR位点。基因组比较分析表明5个物种边界过渡区域存在多样性,叶绿体基因组未发现重排或倒置,在ndhA、ycf1、rpl16、ycf2及petD等基因的编码区存在显著差异,这些位点为八角枫的分子鉴别提供了新位点。系统分析中毛八角枫单独聚为一支,稀花八角枫和伏毛八角枫聚为一支,支持率为93,亲缘关系较近,表明系统发育树可用于物种鉴别。本文可为八角枫属分类鉴定、保证八角枫药材临床用药安全及规范八角枫药材市场提供依据。 展开更多
关键词 八角枫 亚种 叶绿体基因组 重复序列 系统发育
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极小种群植物川柿叶绿体基因组特征与系统发育分析
15
作者 杨楠 王奥 +1 位作者 张子晨 赵良成 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期15-29,共15页
川柿(Diospyros sutchuensis)为极小种群和国家重点保护野生植物,分布范围狭窄,种群数量极少。目前,川柿基因组信息缺乏,在柿属(Diospyros)中的系统亲缘关系不明确。该研究通过Illumina平台对川柿叶绿体基因组进行测序,应用Getorganelle... 川柿(Diospyros sutchuensis)为极小种群和国家重点保护野生植物,分布范围狭窄,种群数量极少。目前,川柿基因组信息缺乏,在柿属(Diospyros)中的系统亲缘关系不明确。该研究通过Illumina平台对川柿叶绿体基因组进行测序,应用Getorganellev1.7.3.4和PGA软件对基因组进行组装和注释,使用DnaSP6.12.03软件进行多序列对比分析,并使用REPuter、Tandem Reapeats Finder和MISA软件进行重复序列分析,使用CodonW1.4和EasyCodemL软件分别进行密码子偏好性和选择压力分析。同时,基于4个不同的叶绿体基因组序列数据集,使用IQtree软件分析川柿与11个柿属物种的系统发育关系。结果表明:(1)川柿叶绿体基因组全长157 917 bp,包含1对26 111 bp的反向重复区、大单拷贝区(87 303 bp)和小单拷贝区(18 392 bp),GC碱基含量为37.4%。(2)川柿叶绿体基因组共注释到113个基因,包括79个蛋白编码基因、30个tRNA基因和4个rRNA基因;共检测到49个长重复序列、27个串联重复序列和34个简单重复序列;蛋白编码基因中高频密码子31个,多数密码子末位碱基为A或U,编码亮氨酸的密码子使用最多;基因组编码区比非编码区更为保守,10个高变热点区域可作为潜在的分子标记;蛋白编码基因中有8个基因(ndhB、ndhG、ndhI、rbcL、rpoB、petB、petD、rps12)受到正选择压力。(3)系统发育分析显示,川柿与老鸦柿(D.rhombifolia)和乌柿(D.cathayensis)亲缘关系最为密切,它们与海南柿(D.hainanensis)共同形成一个单系分支。该研究结果既为川柿及柿属种质资源鉴定、遗传多样性保护以及种群恢复等提供了叶绿体基因组资源,也为阐明川柿的系统进化提供了重要的分子信息。 展开更多
关键词 川柿 叶绿体基因组 重复序列 选择压力 系统发育
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铁皮石斛叶绿体基因组特征与系统发育分析 被引量：5
16
作者 楼天灵 袁莉霞 +2 位作者 张国芳 吴浩 沈岚 《种子》 北大核心 2022年第8期35-41,共7页
采用Illumina Hiseq平台高通量测序,对药用植物铁皮石斛进行叶绿体全基因组序列测序、注释、组装及结构分析,从NCBI中下载已发表的13个兰科植物以及2个外类群进行系统发育分析。结果表明,全基因组大小为153 508 bp,大单拷贝区域为85 759... 采用Illumina Hiseq平台高通量测序,对药用植物铁皮石斛进行叶绿体全基因组序列测序、注释、组装及结构分析,从NCBI中下载已发表的13个兰科植物以及2个外类群进行系统发育分析。结果表明,全基因组大小为153 508 bp,大单拷贝区域为85 759 bp,小单拷贝区域为14 973 bp,两个反向重复区域为26 419 bp;共注释133个基因,93个蛋白编码基因,32个转运RNA基因以及8个核糖体rRNA基因,GC的含量占总碱基数量的37.51%;共检测到47个长重复序列,63个简单重复序列;系统发育结果与石斛亲缘性最近。 展开更多
关键词 铁皮石斛 叶绿体基因组 重复序列 系统发育
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多杀性巴氏杆菌CRISPR-Cas系统生物信息学分析
17
作者 李佳富 莫小兵 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1742-1753,共12页
【目的】了解多杀性巴氏杆菌中CRISPR-Cas系统的结构特征及cas基因的分布,为不同CRISPR亚型的应用及多杀巴氏杆菌的抗病毒进化研究提供基础。【方法】通过CRISPRCasfinder在线网站筛选多杀性巴氏杆菌基因组中的CRISPR簇和cas基因;通过... 【目的】了解多杀性巴氏杆菌中CRISPR-Cas系统的结构特征及cas基因的分布,为不同CRISPR亚型的应用及多杀巴氏杆菌的抗病毒进化研究提供基础。【方法】通过CRISPRCasfinder在线网站筛选多杀性巴氏杆菌基因组中的CRISPR簇和cas基因;通过生物信息学方法对各亚型系统中repeat和spacer序列保守性、repeat二级结构、cas基因核苷酸序列保守性、CRISPR簇相似性等进行分析。【结果】在选取的19株多杀性巴氏杆菌基因组中均存在Ⅰ-F、Ⅱ-C、Ⅲ-A亚型CRISPR系统。在相同亚型的CRISPR系统中repeat序列有着较保守的回文重复序列,但在不同CRISPR亚型中repeat序列差异较大。Ⅱ-C亚型的tracrRNA可以与crRNA形成保守的结构。在各亚型CRISPR系统中,新获取的spacer序列可以插入到CRISPR簇的5′-端、3′-端或中间位置。通过对各菌株spacer序列分析发现,在菌株内或菌株间的CRISPR序列中均存在着相同的spacer序列,这可能与细菌在遗传进化过程中repeat-spacer发生序列重组或基因水平转移产生的趋同进化有关。【结论】19株多杀性巴氏杆菌中含有Ⅰ-F、Ⅱ-C、Ⅲ-A 3种CRISPR-Cas系统,不同CRISPR亚型中repeat序列差异较大,spacer特征性重复的分布可能与多杀性巴氏杆菌在遗传进化过程中repeat-spacer发生序列重组有关。 展开更多
关键词 多杀性巴氏杆菌 CRISPR-Cas系统 repeat序列 spacer序列 生物信息学
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副溶血性弧菌群中规律成簇间隔短回文重复序列的比较分析 被引量：4
18
作者 葛彩云 陆海霞 +3 位作者 曲道峰 朱军莉 袁冬霞 冯立芳 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1712-1722,共11页
规律成簇间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)是大多数细菌和古细菌在生存压力下进化出的一套抵抗噬菌体干扰的防御系统。本研究主要采用生物信息学的方法,对24株分离自人体且已完... 规律成簇间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)是大多数细菌和古细菌在生存压力下进化出的一套抵抗噬菌体干扰的防御系统。本研究主要采用生物信息学的方法,对24株分离自人体且已完成全基因组测序的副溶血性弧菌内CRISPR结构进行了分析,结果发现:只有16株细菌包含1个及以上的CRISPR结构,共计29个CRISPR;仅11个具有真座位特征的CRISPR结构含有前导序列;CRISPR结构中的重复序列所形成的RNA二级结构具有一大一小共两环或一大二小共三环的特征;目前未找到与区间序列高度同源的外源遗传物质;仅含前导序列的CRISPR结构侧翼区才存在cas基因。副溶血性弧菌的CRISPR结构可能以水平基因转移的方式整合到细菌的染色体中,CRISPR结构不适合作为细菌分类的一项指标。 展开更多
关键词 规律成簇间隔短回文重复序列 副溶血性弧菌 前导序列 重复序列 区间序列
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与人遗传病相关(GCCT)_n·(CAGG)_n重复序列的分子克隆 被引量：4
19
作者 蔡禄 王晶妍 赵秀娟 《包头钢铁学院学报》 2006年第2期194-196,共3页
克隆与人遗传病相关的(GCCT)n.(CAGG)n重复序列.通过化学合成重复序列及两侧接头序列,两侧接头有EcoRⅠ,BamHⅠ和PleⅠ酶切位点,EcoRⅠ,BamHⅠ位点用于将重复序列插入pUC18制成的载体,PleⅠ酶切位点可方便地将重复序列从重组质粒中取出... 克隆与人遗传病相关的(GCCT)n.(CAGG)n重复序列.通过化学合成重复序列及两侧接头序列,两侧接头有EcoRⅠ,BamHⅠ和PleⅠ酶切位点,EcoRⅠ,BamHⅠ位点用于将重复序列插入pUC18制成的载体,PleⅠ酶切位点可方便地将重复序列从重组质粒中取出.为进一步研究和人遗传病相关的重复序列的结构特性及该类遗传疾病的分子机理奠定基础. 展开更多
关键词 GCCT 重复序列 分子克隆 人遗传病
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马铃薯‘合作88’自交分离群体叶绿体基因组遗传组成分析 被引量：1
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作者 王荣艳 李清 +5 位作者 徐灵 王秋洁 宋昱 母昌冉 唐唯 郝大海 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1649-1663,共15页
为了从基因组水平解析马铃薯品种‘合作88’(Solanum tuberosum‘Cooperation 88’)叶绿体基因组多态性和遗传多样性,了解其自交分离群体叶绿体基因组遗传组成和变异,通过对‘合作88’及其30个自交分离群体材料的叶绿体基因组测序组装,... 为了从基因组水平解析马铃薯品种‘合作88’(Solanum tuberosum‘Cooperation 88’)叶绿体基因组多态性和遗传多样性,了解其自交分离群体叶绿体基因组遗传组成和变异,通过对‘合作88’及其30个自交分离群体材料的叶绿体基因组测序组装,并与其他11个茄科物种、拟南芥和水稻的叶绿体基因组序列进行比较分析。结果表明,‘合作88’叶绿体基因组为典型环状结构,长度为160323 bp,GC含量为38.6%,共注释29个tRNA基因和77个蛋白质编码基因。30个自交后代叶绿体基因组大小在160331~162120 bp之间,注释预测基因数95~106个,GC含量36.7%~38.6%。进一步分析表明,‘合作88’和其30个自交后代叶绿体类型均为W型,未呈现出多态性。‘合作88’和其自交后代均偏好使用以A/U结尾的密码子,子代叶绿体基因组密码子4种碱基使用频率不同,推断其相对同义密码子使用度、有效密码子数和高频密码子数的差异为叶绿体基因组随机突变和翻译自然选择所导致。此外,16个正向重复序列中有12个存在于‘合作88’及所有自交后代中,另有4个为子代中新出现的。UPGMA聚类分析和共线性分析发现重复序列的出现和基因丢失使得自交后代叶绿体基因组遗传多样性增加。 展开更多
关键词 马铃薯 自交分离群体 叶绿体基因组 重复序列 密码子偏好性
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