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应用基因芯片探讨天芪降糖胶囊降糖调脂的机制 被引量:17
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作者 张茜 肖新华 +6 位作者 王彤 李文慧 袁涛 孙晓方 孙琦 向红丁 王姮 《中国糖尿病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期174-177,共4页
目的探讨天芪降糖胶囊改善血糖和血脂的机制。方法选用KKAy小鼠16只,随机分为天芪组(给予天芪降糖胶囊)和对照组(给予生理盐水),灌胃4周。测定FBG、血脂和Fins,并行OG-TT。取小鼠骨骼肌进行RT-PCR基因芯片实验。结果天芪组FBG、OGTT曲... 目的探讨天芪降糖胶囊改善血糖和血脂的机制。方法选用KKAy小鼠16只,随机分为天芪组(给予天芪降糖胶囊)和对照组(给予生理盐水),灌胃4周。测定FBG、血脂和Fins,并行OG-TT。取小鼠骨骼肌进行RT-PCR基因芯片实验。结果天芪组FBG、OGTT曲线下面积、HOMA-IR、TC和TG均比对照组显著降低(P<0.05或P<0.01)。基因芯片显示天芪组GluT-4、MAPK-8、MAPK-14和PPAR-α上调,PPAR-γ、PGC、CEBP、TNF-α、NF-κB、ICAM-1和IL-6下调。结论天芪降糖胶囊能有效降低KKAy小鼠FBG,调节脂代谢。血糖降低机制可能与MAPK通路和GluT-4上调有关;另外可能通过下调炎症因子水平改善胰岛素抵抗。血脂改善可能与PPAR-α上调有关。 展开更多
关键词 天芪降糖胶囊 KKAY小鼠 基因芯片 糖尿病 脂代谢紊乱
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cDNA微阵列技术检测胃肠安复方对人胃癌细胞基因表达谱的影响 被引量:10
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作者 赵爱光 赵海磊 +1 位作者 杨金坤 唐莱娣 《中国中西医结合消化杂志》 CAS 2004年第2期67-70,共4页
目的:观察健脾类中药胃肠安复方对人胃癌细胞裸小鼠移植瘤的抑瘤作用,探讨基因表达谱芯片在中药复方对胃癌细胞多基因表达影响研究中的应用。方法:采用人胃癌细胞SGC-7901裸小鼠皮下移植瘤模型。造模1周后选瘤块直径1.5mm以上者共16只,... 目的:观察健脾类中药胃肠安复方对人胃癌细胞裸小鼠移植瘤的抑瘤作用,探讨基因表达谱芯片在中药复方对胃癌细胞多基因表达影响研究中的应用。方法:采用人胃癌细胞SGC-7901裸小鼠皮下移植瘤模型。造模1周后选瘤块直径1.5mm以上者共16只,随机分为胃肠安复方组及0.85%氯化钠溶液对照组,每组8只。造模后41 d处死动物。通过RT-PCR反转录、同位素标记、全基因表达谱芯片方法研究胃肠安复方组与对照组人胃癌移植瘤细胞mRNA的表达差异。结果:胃肠安复方组瘤重低于对照组[(0.99±0.49)g:(1.93±0.52)g,P<0.05].胃肠安复方组抑瘤率为48.64%。全基因表达谱芯片检测比较分析示,胃肠安复方组与对照组样品间共有45个显著性差异表达基因,其中上调表达24个,下调表达21个,35个已克隆基因,10个表达序列标签。结论:健脾中药胃肠安复方抑制人胃癌细胞裸小鼠移植瘤生长,并可能对肿瘤细胞多基因表达有影响。 展开更多
关键词 cDNA微阵列技术 胃肠安复方 胃癌细胞 基因表达谱 动物模型 rt-pcr
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RT-PCR Array技术筛选膀胱癌癌症相关信号通路基因的表达变化 被引量:3
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作者 杨珂 傅斌 +5 位作者 王义兵 王共先 李军华 刘仁升 齐雪亮 黄亮 《中国癌症杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期505-510,共6页
背景与目的:膀胱癌是泌尿外科最常见肿瘤疾病,其发病机制至今尚未完全明了。本研究旨在观察正常膀胱组织与膀胱癌组织众多肿瘤相关信号通路关键基因的表达情况,为后续进一步深入研究膀胱癌复发与转移提供证据。方法:收集27例膀胱癌患者... 背景与目的:膀胱癌是泌尿外科最常见肿瘤疾病,其发病机制至今尚未完全明了。本研究旨在观察正常膀胱组织与膀胱癌组织众多肿瘤相关信号通路关键基因的表达情况,为后续进一步深入研究膀胱癌复发与转移提供证据。方法:收集27例膀胱癌患者标本,液氮保存,冰冻切片法分离膀胱癌组织与正常膀胱组织,用德国QIAGEN公司Cancer Pathway Finder PCR Array板筛选与癌症相关信号通路中的84个基因在膀胱癌组织和正常膀胱组织中的表达情况。结果:与正常膀胱组织相比,膀胱癌组织中上调基因8个,下调基因19个。本研究选择影响上皮细胞间质化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)的信号通路作为研究方向,其中GSC、KRT14和DSP上调,SNAI2和SNAI3下调。因此,选定GSC、KRT14、DSP、SNAI2和SNAI3作为兴趣基因,并对其进行多样本荧光定量q RT-PCR验证。结果表明:GSC在膀胱癌组织中上调,但与正常膀胱组织表达相比,差异无统计学意义(P>0.05)。KRT14和DSP在膀胱癌中表达高于正常组织(P<0.05),SNAI2和SNAI3在膀胱癌中表达低于正常膀胱组织(P<0.05),且SNAI3表达差异最为明显。结论:基因KRT14、DSP及SNAI3可能与膀胱癌发生、发展及转移有密切关系,可能成为基因治疗膀胱癌的重要靶点。 展开更多
关键词 rtpcr array 膀胱癌 信号通路
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高通量实时荧光定量RT-PCR方法验证FL细胞对苯并(a)芘7,8-二氢二醇9,10-环氧化物处理的差异表达基因 被引量:1
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作者 卢翔云 李红娟 余应年 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期64-71,共8页
目的验证由寡核苷酸微阵列检出的FL细胞对苯并(a)芘7,8-二氢二醇9,10-环氧化物(BPDE)处理的差异表达基因。方法FL细胞分别经0.1%二甲亚砜(DMSO)和0.5μmol.L-1BPDE处理,以高通量实时荧光定量RT-PCR方法(TaqMan(低密度芯片)平行检测185... 目的验证由寡核苷酸微阵列检出的FL细胞对苯并(a)芘7,8-二氢二醇9,10-环氧化物(BPDE)处理的差异表达基因。方法FL细胞分别经0.1%二甲亚砜(DMSO)和0.5μmol.L-1BPDE处理,以高通量实时荧光定量RT-PCR方法(TaqMan(低密度芯片)平行检测185个目标基因的相对表达水平。结果BPDE处理组相对DMSO对照组,51个基因表达有差异,12个基因表达上调,39个基因表达下调,(n=3,P<0.05),涉及细胞增殖,分化,凋亡调控基因,转录调节基因和代谢酶基因等。结论高通量实时荧光定量RT-PCR可迅速对微阵列数据进行验证,差异表达谱有助于研究BPDE的毒理机制和细胞的应答反应。 展开更多
关键词 rtpcr 低密度芯片 苯并(a)芘7 8-二氢二醇9 10-环氧化物 差异基因表达
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适于肉种掺杂比例实时荧光PCR测定的样品前处理方法 被引量:2
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作者 杨君娜 李家鹏 +2 位作者 周彤 田寒友 乔晓玲 《肉类研究》 2011年第12期25-28,共4页
对适用于肉种掺杂比例实时荧光PCR测定的样品前处理方法及样品均匀性进行研究。正交试验结果表明:稀释倍数为肉、水比1:4(m/V),匀浆机转速12000r/min,匀浆时间8min,此条件下制备的样品均匀性好,样品质量、DNA质量浓度和实时荧光PCR实验C... 对适用于肉种掺杂比例实时荧光PCR测定的样品前处理方法及样品均匀性进行研究。正交试验结果表明:稀释倍数为肉、水比1:4(m/V),匀浆机转速12000r/min,匀浆时间8min,此条件下制备的样品均匀性好,样品质量、DNA质量浓度和实时荧光PCR实验Ct值结果都具有较好的均一性,无显著性差异。采用这种样品前处理方法时,肉样的取样量对样品的均匀性没有影响。 展开更多
关键词 肉种掺杂比例 实时荧光pcr实验 前处理方法 样品均匀性
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Gene Expression Changes and Signal Transduction Pathway Alterations in Primary Human Oral Epithelial Cells Exposed to Smokeless Tobacco Extracts
6
作者 Rohan Rajapakse Annesha Basu +1 位作者 Sanam Shahid Michael P. Timko 《American Journal of Plant Sciences》 2014年第24期3558-3571,共14页
Smokeless tobacco (ST), an alternative to smoking, has gained wide popularity among tobacco users. This study is conducted to determine the time course of gene expression associated with specific signaling pathways in... Smokeless tobacco (ST), an alternative to smoking, has gained wide popularity among tobacco users. This study is conducted to determine the time course of gene expression associated with specific signaling pathways in human oral epithelial cells after exposure to smokeless tobacco extract (STE). A differentiated layer of epithelial cell is created as a way to mimic reasonably similar physiological atmosphere. A dose and time dependent response is observed for cell viability and cell proliferation assays indicating that this model system is responsive to the treatment. Expressions of 84 genes representing 18 different signal transduction pathways are quantitated. This is accomplished by using real-time polymerase chain reaction arrays at 1 h, 3 h, 6 h and 24 h time points following exposure to STE. Changes in gene expression are observed on many cellular processes including cell cycle regulation, cell adhesion, inflammation, apoptosis, and DNA breaks-down including Akt pathway activation. Short time exposure (1 h) leads more genes to down regulate whereas longer incubation time results in more genes up regulation. Most notable differences in the expression of genes during the course of treatment are BCL2A1, BIRC3, CCL20, CDK2, EGR1, FOXA2, HOXA1, IGFBP3, IL1A, IL-8, MMP10, NOS2, NRIP1, PTGS2, SELPLG and TNF-a. This study provides an insight on gene expression on oral epithelial cells as a result of STE exposure. This may also postulate greater understanding on biological effects and the mechanism of action of STE particularly at the transcriptional level. 展开更多
关键词 Apoptosis PRIMARY Oral EPITHELIAL Cells rt-pcr array SMOKELESS TOBACCO Extract (STE) TRANSCRIPTOME
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A novel cytogenetic abnormality r(7)(::p11.2->q36.3::) in a Philadelphia-positive chronic myeloid leukemia case
7
作者 Walid Al Achkar Abdulsamad Wafa +2 位作者 Abdulmunim Aljapawe Moneeb Abdullah Kassem Othman Thomas Liehr 《Case Reports in Clinical Medicine》 2013年第9期517-520,共4页
The so-calledPhiladelphia(Ph) chromosome is present in more than 90% of chronic myeloid leukemia (CML) cases. It results in juxtaposition of the 5' part of the BCR gene on chromosome 22 and the 3' part of the ... The so-calledPhiladelphia(Ph) chromosome is present in more than 90% of chronic myeloid leukemia (CML) cases. It results in juxtaposition of the 5' part of the BCR gene on chromosome 22 and the 3' part of the ABL1 gene on chromosome 9. An additional acquired monosomy 7 or deletion of 7q is associated with poor prognosis in a variety of myeloid disorders. Here we report a novel Ph chromosome positive CML case with a ring chromosome 7 [r(7)]. Immunophenotyping was compatible with CML, although 4.5% of total leucocytes appeared like acute myelogeneous leukemia (AML) subtype M2. The r(7) was characterized in detail by array-proven multicolor banding (aMCB), the latter being of enormous significance to characterize breakpoint regions in detail. Underlying mechanisms and prognostic are discussed, as ring chromosomes are rare cytogenetic abnormalities in hematopoietic malignancies. 展开更多
关键词 Chronic MYELOID Leukemia (CML) Ring Chromosome 7 Del(7p) Fluorescence in Situ Hybridization (FISH) Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (rt-pcr) array-Proven MULTICOLOR BANDING (aMCB)
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肠道病毒71型感染人横纹肌肉瘤细胞不同时期凋亡相关基因差异表达研究 被引量:1
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作者 李祥 侯学伶 +6 位作者 彭宏君 史梅 姜庆波 刘息平 姚玉华 何彩珍 史伟峰 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期718-724,共7页
目的研究肠道病毒71型(EV71)感染人横纹肌肉瘤(RD)细胞后不同时期凋亡相关基因差异表达及信号通路转导机制。方法锥虫蓝染色观察EV71感染RD细胞的存活率,AnnexinV.FITC/PI双染色法检测病毒感染后凋亡细胞形态学及凋亡发生率,PC... 目的研究肠道病毒71型(EV71)感染人横纹肌肉瘤(RD)细胞后不同时期凋亡相关基因差异表达及信号通路转导机制。方法锥虫蓝染色观察EV71感染RD细胞的存活率,AnnexinV.FITC/PI双染色法检测病毒感染后凋亡细胞形态学及凋亡发生率,PCR芯片分析病毒感染RD细胞8h和20h后88个凋亡相关基因的表达情况。结果EV71(MOI=5)感染RD细胞8h后存活率显著下降。流式细胞仪检测显示病毒感染20h后早期凋亡及晚期凋亡细胞分别上升至18.0%和19.1%。PCR芯片检测88个凋亡相关基因,EV71感染8h后,除IFN-B1上调5.22倍外,ACIN1、Akt、Apaf1、caspase、CIDEB等47个基因发生明显下调。病毒感染20h后,FasL、CIMOL、TNF、caspase-10、caspase-3等28个基因发生2倍以上上调。结论EV71感染早期RD细胞凋亡相关基因表达下调与病毒凋亡抑制效应相关,而感染晚期病毒可激活Fas/FasL、TNF/TNFR死亡受体信号通路诱导细胞凋亡。同时宿主细胞也通过调节CIM0/CIMOL、NF—KB/RelA、P13K/Akt等信号通路途径抑制凋亡作用。 展开更多
关键词 肠道病毒71型 rtpcr芯片 FASL CD40L 细胞凋亡
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利用RT-PCR技术验证基于小鼠外显子芯片发现的缺血相关基因的表达
9
作者 王稳 周瑞 +3 位作者 杭兴宜 任长虹 刘虎岐 张成岗 《生物技术通讯》 CAS 2010年第3期299-303,共5页
目的:利用RT-PCR技术验证并确认基于小鼠外显子芯片发现的部分缺血相关基因的表达,以鉴定候选基因的外显子是否发生可变剪接,从而实现对外显子芯片结果的鉴定。方法:根据生物信息学分析结果,选取小鼠外显子芯片中的3个基因(Ube3c,633043... 目的:利用RT-PCR技术验证并确认基于小鼠外显子芯片发现的部分缺血相关基因的表达,以鉴定候选基因的外显子是否发生可变剪接,从而实现对外显子芯片结果的鉴定。方法:根据生物信息学分析结果,选取小鼠外显子芯片中的3个基因(Ube3c,6330439K17Rik,Atp7a),在预测发生可变剪接的外显子两侧设计上下游引物,PCR后进行凝胶回收,再克隆到载体中进行测序。结果:RT-PCR及测序结果表明,Ube3c基因在6号外显子、6330439K17Rik基因在12号外显子、Atp7a基因在3号外显子发生可变剪接,与芯片预测结果一致。结论:RT-PCR技术可针对外显子芯片的结果进行可靠性验证,为可变剪接基因表达研究提供了一种有效手段。 展开更多
关键词 可变剪接 外显子 外显子芯片 缺血相关基因 rt-pcr
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实时定量RT-PCR芯片技术筛选乳腺癌术后复发相关基因
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作者 唐金海 吴建中 +2 位作者 冯继锋 李苏平 赵建华 《中国肿瘤外科杂志》 CAS 2009年第6期327-332,336,共7页
目的筛选并建立与乳腺癌术后复发转移相关的基因表达谱,初步探讨其与疾病发展的关系。方法 81例乳腺癌患者入选,其中41例术后5年随访期内出现复发者为研究组,40例未复发仍存活者为对照组。提取所有病例石蜡包埋组织RNA,质量鉴定后,应用... 目的筛选并建立与乳腺癌术后复发转移相关的基因表达谱,初步探讨其与疾病发展的关系。方法 81例乳腺癌患者入选,其中41例术后5年随访期内出现复发者为研究组,40例未复发仍存活者为对照组。提取所有病例石蜡包埋组织RNA,质量鉴定后,应用实时定量RT-PCR芯片技术平行检测84个已知的与乳腺癌转移特性相关的基因以及5个管家基因和7个质控对照,分析两组间差异表达基因。结果研究组与对照组相比较,12个基因表达有差异,其中9个基因表达上调,3个基因表达下调(P<0.05)。表达异常的基因与细胞周期调控,细胞内激素信号传导,细胞增殖、分化和凋亡以及细胞迁移和粘附等功能相关。结论 RT-PCR芯片技术能快速、准确地提供肿瘤相关特性基因表达谱的信息;乳腺癌术后复发相关基因差异表达分析可为预防和控制该病的复发提供新线索。 展开更多
关键词 乳腺癌 复发转移 差异表达基因 rtpcr芯片技术
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乳腺癌差异表达的MicroRNA的筛选研究 被引量:25
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作者 黄秀芳 邵建永 +4 位作者 颜黎栩 李晓霞 杜紫明 邓玲 梁小曼 《中山大学学报(医学科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期69-73,77,共6页
【目的】应用miRNA芯片技术筛选乳腺癌及癌旁组织差异表达的miRNA,发现与乳腺癌相关的miRNA,为进一步阐明其在乳腺癌发病机制中的作用打下基础。【方法】收集8例新鲜的乳腺癌及其癌旁组织,抽提总RNA并分离出小RNA进行Cy3荧光标记,将标... 【目的】应用miRNA芯片技术筛选乳腺癌及癌旁组织差异表达的miRNA,发现与乳腺癌相关的miRNA,为进一步阐明其在乳腺癌发病机制中的作用打下基础。【方法】收集8例新鲜的乳腺癌及其癌旁组织,抽提总RNA并分离出小RNA进行Cy3荧光标记,将标记的小RNA在miRNA芯片上进行杂交反应,应用实时定量RT-PCR方法验证miRNAs芯片结果的可靠性。【结果】对芯片数据进行SAM分析,结果筛选获得16个乳腺癌相关miRNAs,相对于癌旁组织,在乳腺癌组织中9个miRNAs表达上调,7个miRNAs表达下调。其中显著上调的有miR-21,miR-365,显著下调的有miR-497,miR-31。【结论】筛选得到乳腺癌miRNA差异表达谱,其可能与乳腺癌的发生发展有关。 展开更多
关键词 MIRNA 乳腺癌 MIRNA芯片 实时定量rt-pcr
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肾透明细胞癌差异表达miRNAs的筛选 被引量:4
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作者 肖耀军 陈壮飞 +3 位作者 郑少斌 王海坤 黄谷 李彬 《广州医科大学学报》 2014年第4期13-18,共6页
目的:筛选肾透明细胞癌组织差异表达的miRNAs,并分析其与可能的靶基因作用调控关系。方法:收集8例新鲜的肾透明细胞癌及其癌旁正常肾组织,抽提总RNA,并行Hy3荧光标记,将标记的小RNA与包含1891条探针的miRNA芯片进行杂交,再扫描及数据分... 目的:筛选肾透明细胞癌组织差异表达的miRNAs,并分析其与可能的靶基因作用调控关系。方法:收集8例新鲜的肾透明细胞癌及其癌旁正常肾组织,抽提总RNA,并行Hy3荧光标记,将标记的小RNA与包含1891条探针的miRNA芯片进行杂交,再扫描及数据分析处理。miRNA芯片结果的可靠性采用RT-PCR方法验证。结果:肾透明细胞癌组织与癌旁正常肾组织比较,存在较多明显差异表达的miRNAs,其中上调miRNAs 106个、下调miRNAs 184个,其中111个miRNAs为16.0版miRNA芯片新增的;显著上调的miRNAs 3个、下调的miRNAs 38个。结论:肾透明细胞癌组织的miRNA表达谱有较强特异性,其与可能的靶基因调控关系复杂,其中miR-155、miR-141、miR-200c及let-7家族等与肾透明细胞癌的发病密切相关。 展开更多
关键词 MIRNA 肾透明细胞癌 MIRNA芯片 实时定量rt-pcr
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新城疫病毒3种检测方法的研究比较 被引量:3
13
作者 郭浩 邹明强 +3 位作者 于东升 刘小雷 云彩麟 杜景娇 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期68-74,共7页
目的:利用3种方法对新城疫(Newcastle disease virus,NDV)病毒进行检测并对这3种检测方法的优缺点做出比较。方法:分别将NDV强毒F48E9和弱毒Lasota接种SPF鸡胚后,获取尿囊液。利用双抗夹心ELISA法、悬液芯片系统以及RT-PCR进行检测。通... 目的:利用3种方法对新城疫(Newcastle disease virus,NDV)病毒进行检测并对这3种检测方法的优缺点做出比较。方法:分别将NDV强毒F48E9和弱毒Lasota接种SPF鸡胚后,获取尿囊液。利用双抗夹心ELISA法、悬液芯片系统以及RT-PCR进行检测。通过对制备的针对新城疫病毒的抗体4D9和6C4蛋白浓度测定后,选择6C4进行生物素标记,将4D9作为固相捕获抗体,利用生物素-链霉亲和素放大系统构建双抗夹心检测体系。通过对Genebank上已发表的新城疫强弱毒F基因进行电脑分析后,设计一组针对NDV强弱毒的通用型引物,分别对强弱毒进行RT-PCR并检测其检出限。结果:ELISA法对NDV强弱毒尿囊液的检出灵敏度为1∶160,但操作繁琐,耗时长;液相芯片对强弱毒尿囊液的检出限为1∶160和1∶320,然而和ELISA相比,操作较为方便,但仪器设备昂贵。RT-PCR对强弱毒RNA检出限分别为259pg和14pg,与前两种方法相比,PR-PCR在核酸水平上对病毒进行检测,理论上灵敏度较高,但是所需试剂、设备昂贵,且实验人员还需一定的技能培训。 展开更多
关键词 新城疫 ELISA 悬液芯片 rt-pcr
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肺鳞癌肿瘤相关基因的验证和分析
14
作者 刘军 沈晨阳 +3 位作者 赵辉 王丹蕾 张国良 王俊 《中华外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期368-371,共4页
目的 分析人肺鳞癌组织和正常肺组织中差异表达的肿瘤相关基因的表达状况 ,探讨其在肺癌发生、发展中的作用。 方法 对经抑制性消减杂交技术 (suppressionsubtractivehybridization ,SSH)获得的部分阳性克隆的差异表达基因 ,采用半定... 目的 分析人肺鳞癌组织和正常肺组织中差异表达的肿瘤相关基因的表达状况 ,探讨其在肺癌发生、发展中的作用。 方法 对经抑制性消减杂交技术 (suppressionsubtractivehybridization ,SSH)获得的部分阳性克隆的差异表达基因 ,采用半定量RT PCR方法在 12例肺鳞癌标本中进行验证 ;对其中的部分新基因进行NorthernBlot检测。 结果 共获得 10个差异表达基因片段 ,其中 6个为已知基因片段 ,2个为结构已知但功能未知的基因片段 ,2个可能为新基因EST片段(GenBank登录号 :C2 0 /AF36 30 6 8;C34/AY0 32 6 6 1)。经检测 ,包括新基因AY0 32 6 6 1在内的 6个基因在肺鳞癌肿瘤组织中表达下调 ;包括新基因AF36 30 6 8在内的 4个基因在肺鳞癌肿瘤组织中表达上调。 结论 所分析的差异表达基因均与肿瘤的发生和机体的免疫机制有关。 展开更多
关键词 肺鳞癌 肿瘤相关基因 基因表达 基因克隆 半定量rt-pcr 验证
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