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Function of lncRNAs and approaches to lncRNA-protein interactions 被引量:56
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作者 ZHU JuanJuan FU HanJiang +1 位作者 WU YongGe ZHENG XiaoFei 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2013年第10期876-885,共10页
Long non-coding RNAs(lncRNAs),which represent a new frontier in molecular biology,play important roles in regulating gene expression at epigenetic,transcriptional and post-transcriptional levels.More and more lncRNAs ... Long non-coding RNAs(lncRNAs),which represent a new frontier in molecular biology,play important roles in regulating gene expression at epigenetic,transcriptional and post-transcriptional levels.More and more lncRNAs have been found to play important roles in normal cell physiological activities,and participate in the development of varieties of tumors and other diseases.Previously,we have only been able to determine the function of lncRNAs through multiple mechanisms,including genetic imprinting,chromatin remodeling,splicing regulation,mRNA decay,and translational regulation.Application of technological advances to research into the function of lncRNAs is extremely important.The major tools for exploring lncRNAs include microarrays,RNA sequencing(RNA-seq),Northern blotting,real-time quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction(qRT-PCR),fluorescence in situ hybridization(FISH),RNA interference(RNAi),RNA-binding protein immunoprecipitation(RIP),chromatin isolation by RNA purification(ChIRP),crosslinking-immunopurification(CLIP),and bioinformatic prediction.In this review,we highlight the functions of lncRNAs,and advanced methods to research lncRNA-protein interactions. 展开更多
关键词 Incrna FUNCTION rna-protein interaction
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长链非编码RNA在生物体中的调控作用 被引量:16
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作者 李灵 宋旭 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期228-236,共9页
长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)的发现是基因组学和分子生物学研究领域的重要进展。lncRNA在生命活动中具有重要的调节功能,其表达紊乱与多种人类疾病的发生发展密切相关。研究表明,几乎所有的调控性lncRNA通过与不同种类... 长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)的发现是基因组学和分子生物学研究领域的重要进展。lncRNA在生命活动中具有重要的调节功能,其表达紊乱与多种人类疾病的发生发展密切相关。研究表明,几乎所有的调控性lncRNA通过与不同种类的生物大分子,如DNA、RNA和蛋白质发生相互作用而行使其功能。文章概述了lncRNA在表观遗传学水平、转录水平及转录后水平调控基因表达的效应机制,并探讨了lncRNA如何在肿瘤发生和宿主防御过程中行使功能。不同于小分子ncRNA通过碱基互补配对调控靶基因的表达,大多数已鉴定的lncRNA通过调节蛋白质活性或维持蛋白质复合物的完整性发挥其生物学功能。因此,鉴定lncRNA-蛋白质相互作用可能是理解lncRNA功能的首要任务。 展开更多
关键词 长链非编码rna 基因表达 rna 蛋白质相互作用
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Essential roles of exosome and circRNA_101093 on ferroptosis desensitization in lung adenocarcinoma 被引量:13
3
作者 Xiao Zhang Yunhua Xu +16 位作者 Lifang Ma Keke Yu Yongjie Niu Xin Xu Yi Shi Susu Guo Xiangfei Xue Yikun Wang Shiyu Qiu Jiangtao Cui Hong Wang Xiaoting Tian Yayou Miao Fanyu Meng Yongxia Qiao Yongchun Yu Jiayi Wang 《Cancer Communications》 SCIE 2022年第4期287-313,共27页
Background:Resistance to ferroptosis,a regulated cell death caused by irondependent excessive accumulation of lipid peroxides,has recently been linked to lung adenocarcinoma(LUAD).Intracellular antioxidant systems are... Background:Resistance to ferroptosis,a regulated cell death caused by irondependent excessive accumulation of lipid peroxides,has recently been linked to lung adenocarcinoma(LUAD).Intracellular antioxidant systems are required for protection against ferroptosis.The purpose of the present studywas to investigate whether and how extracellular system desensitizes LUAD cells to ferroptosis.Methods:Established human lung fibroblasts MRC-5,WI38,and human LUAD H1650,PC9,H1975,H358,A549,and H1299 cell lines,tumor and matched normal adjacent tissues of LUAD,and plasma from healthy individuals and LUAD patients were used in this study.Immunohistochemistry and immunoblotting were used to analyze protein expression,and quantitative reverse transcription-PCR was used to analyze mRNA expression.Cell viability,cell death,and the lipid reactive oxygen species generationwere measured to evaluate the responses to ferroptosis.Exosomes were observed using transmission electron microscope.The localization of arachidonic acid(AA)was detected using click chemistry labeling followed by confocal microscopy.Interactions between RNAs and proteins were detected using RNA pull-down,RNA immunoprecipitation and photoactivatable ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation methods.Proteomic analysis was used to investigate RNA-regulated proteins,and metabolomic analysis was performed to analyze metabolites.Cellderived xenograft,patient-derived xenograft,cell-implanted intrapulmonary LUAD mouse models and plasma/tissue specimens from LUAD patients were used to validate the molecular mechanism.Results:Plasma exosome from LUAD patients specifically reduced lipid peroxidation and desensitized LUAD cells to ferroptosis.A potential explanation is that exosomal circRNA_101093(cir93)maintained an elevation in intracellular cir93 in LUAD to modulate AA,a poly-unsaturated fatty acid critical for ferroptosisassociated increased peroxidation in the plasma membrane.Mechanistically,cir93 interacted with and increased fatty acid-binding protei 展开更多
关键词 EXOSOME circrna_101093 ferroptosis DESENSITIZATION lung adenocarcinoma lipid peroxidation poly-unsaturated fatty acid TAURINE N-arachidonoyl taurine rna-protein interaction
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RNA结合蛋白质谱鉴定技术研究进展 被引量:1
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作者 孙若航 陈瑞冰 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期77-87,共11页
RNA结合蛋白在细胞中通过与RNA结合参与调控RNA的整个生命周期,在基因表达和生命进程中发挥着重要作用。RNA和蛋白质的结合异常与多种疾病的发生与发展密切相关,因此,探索RNA-蛋白质相互作用对研究潜在的生物功能和临床病理机制至关重... RNA结合蛋白在细胞中通过与RNA结合参与调控RNA的整个生命周期,在基因表达和生命进程中发挥着重要作用。RNA和蛋白质的结合异常与多种疾病的发生与发展密切相关,因此,探索RNA-蛋白质相互作用对研究潜在的生物功能和临床病理机制至关重要。近年来,随着鉴定技术的不断进步与革新,许多新的非经典RNA结合蛋白不断被发现。这些RNA结合蛋白大多数缺乏已知的RNA结合结构域,RNA与蛋白质之间复杂、多样的相互作用关系仍需进一步探究。从高通量鉴定和靶向鉴定两个方面,对基于质谱分析的RNA结合蛋白鉴定技术的最新进展进行综述,并着重讨论其技术原理、应用领域和优缺点,以期为更好地探索RNA-蛋白质相互作用的生物学功能及其在临床疾病中的作用机制提供参考。 展开更多
关键词 rna结合蛋白 rna-蛋白质相互作用 蛋白质组学 质谱
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蛋白质-RNA相互作用鉴定技术研究进展 被引量:3
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作者 熊冰钰 叶玙璠 +3 位作者 崔凌云 郑天娇 李茹玉 徐永杰 《生物技术进展》 2020年第3期217-225,共9页
RNA结合蛋白(RNA binding protein,RBP)是基因表达调控的关键因子,参与包括蛋白质复合物的协调与稳定、RNA的加工与成熟以及mRNA的转运、稳定、翻译和降解等重要的细胞生物学过程。而RBP和RNA之间的相互作用可以在它们各自的生物学过程... RNA结合蛋白(RNA binding protein,RBP)是基因表达调控的关键因子,参与包括蛋白质复合物的协调与稳定、RNA的加工与成熟以及mRNA的转运、稳定、翻译和降解等重要的细胞生物学过程。而RBP和RNA之间的相互作用可以在它们各自的生物学过程中起到重要作用。因此,快速、准确检测RBP-RNA相互作用的技术对研究RBP和RNA的功能至关重要。对近些年发展起来的RNA纯化的染色质分离(chromatin isolation by RNA purification,ChIRP)、RNA靶标的捕获杂交分析(capture hybridization analysis of RNA targets,CHART)、三分子荧光互补技术(trimolecular fluorescence complementation,TriFC)、RNA免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)、紫外交联免疫沉淀(UV-crosslinking and immunoprecipitation,CLIP)、RNA Pull-down和RNA电泳迁移分析等主要RBP-RNA相互作用鉴定技术的基本原理和优缺点以及应用进行了综述,旨在为新型技术的发现提供新的思路。 展开更多
关键词 rna结合蛋白 rna RBP-rna相互作用 紫外交联免疫沉淀
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基于高通量测序的RNA信息解析技术 被引量:3
6
作者 黄钧鸿 黄巧娟 +1 位作者 李斌 杨建华 《生命科学》 CSCD 北大核心 2021年第3期267-280,共14页
非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)占据真核生物转录组的绝大部分,在各种生理和病理过程中发挥重要作用。随着高通量测序技术的发展,人们利用RNA信息学技术解析到越来越多的非编码RNA的信息,并逐渐揭示其功能和作用机制。该文主要介绍非编... 非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)占据真核生物转录组的绝大部分,在各种生理和病理过程中发挥重要作用。随着高通量测序技术的发展,人们利用RNA信息学技术解析到越来越多的非编码RNA的信息,并逐渐揭示其功能和作用机制。该文主要介绍非编码RNA及其靶标鉴定、RNA功能网络、RNA与蛋白质互作、RNA修饰及RNA二级结构的信息解析技术。 展开更多
关键词 测序技术 非编码rna 靶标鉴定 rna-蛋白质互作 rna修饰 二级结构
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全转录组水平研究长非编码RNA方法学进展 被引量:2
7
作者 刘楚霄 李响 陈玲玲 《生命的化学》 CAS CSCD 2016年第6期745-752,共8页
近年来越来越多的长非编码RNAs(long noncoding RNA,lncRNAs)在不同的物种中被相继发现。lncRNAs广泛参与细胞中多种重要的功能调控。如何通过细胞生物学、分子生物学、生物化学及计算生物学的方法有效地研究lncRNAs是众多研究者关注的... 近年来越来越多的长非编码RNAs(long noncoding RNA,lncRNAs)在不同的物种中被相继发现。lncRNAs广泛参与细胞中多种重要的功能调控。如何通过细胞生物学、分子生物学、生物化学及计算生物学的方法有效地研究lncRNAs是众多研究者关注的话题之一。该文总结了近年来基于高通量测序技术在全转录组水平研究lncRNAs领域的相关方法学进展,包括lncRNAs的发现与鉴定、如何研究lncRNAs在细胞中的功能及相互作用方式、lncRNAs的二级结构以及新生lncRNAs的研究方法等。 展开更多
关键词 长非编码rnas 转录组水平 rna.蛋白质相互作用 二级结构 新生转录本
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酵母三杂交系统:一种在真核细胞水平研究RNA-蛋白质相互作用的有效方法
8
作者 林建宏(综述) 邹柯(综述) 沈岩(审阅) 《医学分子生物学杂志》 CAS CSCD 2005年第3期181-184,共4页
RNA-蛋白质之间的相互作用是真核细胞RNA在细胞内执行其功能的基础,这种相互作用在基因表达的多个水平上均发挥着重要的调控作用。要研究RNA对基因表达的调控就必须对RNA-蛋白质之间相互作用的方式进行研究。本文介绍的酵母三杂交系统(y... RNA-蛋白质之间的相互作用是真核细胞RNA在细胞内执行其功能的基础,这种相互作用在基因表达的多个水平上均发挥着重要的调控作用。要研究RNA对基因表达的调控就必须对RNA-蛋白质之间相互作用的方式进行研究。本文介绍的酵母三杂交系统(yeast three-hybrid system)是一种近年来在酵母双杂交系统的基础上发展而来的,可用于鉴定先前未知的,在自然界中存在且具有生物学意义的RNA-蛋白质相互作用的实验方法。该方法提供了一个在真核细胞内研究RNA-蛋白质相互作用的技术平台。它可以根据酵母细胞所表现出的简单表型及易于辨别的酶反应,对体内复杂环境中发生的RNA-蛋白质的相互作用进行遗传学分析。 展开更多
关键词 酵母三杂交系统 rna-蛋白质相互作用
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口蹄疫病毒IRES RNA元件与宿主蛋白eEF1a相互作用抑制病毒复制的研究 被引量:2
9
作者 赵博 杨德成 +3 位作者 刘文明 曹志远 孙超 于力 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期325-330,共6页
口蹄疫病毒(FMDV)内部核糖体进入位点(IRES)是该病毒复制的一种重要RNA元件,介导病毒蛋白的翻译起始,其过程需要多种宿主细胞因子的参与。为筛选与IRES相互作用的宿主蛋白,本研究以生物素标记的FMDV IRES RNA为"诱饵",通过RNA... 口蹄疫病毒(FMDV)内部核糖体进入位点(IRES)是该病毒复制的一种重要RNA元件,介导病毒蛋白的翻译起始,其过程需要多种宿主细胞因子的参与。为筛选与IRES相互作用的宿主蛋白,本研究以生物素标记的FMDV IRES RNA为"诱饵",通过RNA pulldown试验结合质谱分析筛选得到4种有可能与IRES存在相互作用的宿主蛋白,包括eEF1a、RPS3、DDX5和DDX3X。对筛选获得的宿主蛋白评分分析后,针对丰度高的宿主蛋白eEF1a进行IRES RNA pulldown分析以及western blot检测,结果显示eEF1a蛋白与FMDV IRES存在相互作用。激光共聚焦显微镜观察显示,FMDV感染宿主细胞后eEF1a蛋白从细胞核转移至细胞质中,并与FMDV基因组RNA在细胞质中共定位。此外,western blot检测显示,瞬时过表达eEF1a蛋白显著抑制FMDV在BHK-21细胞中的复制。本研究首次证实了宿主蛋白eEF1a能够与FMDV IRES RNA元件特异性结合,并抑制FMDV的复制,为深入了解IRES介导的翻译起始机制以及FMDV在宿主体内复制的分子调控机制奠定了基础。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 内部核糖体进入位点 eEF1a rna-蛋白相互作用
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FXR1P相互作用RNA的研究 被引量:1
10
作者 何淑雅 喻长顺 +2 位作者 马云 刘薇 胡维新 《现代生物医学进展》 CAS 2007年第6期801-804,共4页
目的:本研究利用酵母三杂交系统从人脑海马回cDNA文库中筛选FXR1P的靶RNA,以进一步阐明FXR1基因的功能。方法:将表达FXR1P全长的质粒pYESTrp3/FXR1转化酵母菌株L40ura3/pHybLex/Zeo-MS2,检测毒性和自激活性;应用酵母三杂交技术从人脑海... 目的:本研究利用酵母三杂交系统从人脑海马回cDNA文库中筛选FXR1P的靶RNA,以进一步阐明FXR1基因的功能。方法:将表达FXR1P全长的质粒pYESTrp3/FXR1转化酵母菌株L40ura3/pHybLex/Zeo-MS2,检测毒性和自激活性;应用酵母三杂交技术从人脑海马回pRH3′-cDNA文库中筛选FXR1P的相互作用RNA;分离初步筛选的结果,再次转化含有诱饵质粒的融合菌株L40ura3/pHybLex/Zeo-MS2/pYESTrp3/FXR1,重新验证阳性结果;最后对阳性结果的外源插入片段进行测序和生物信息学分析。结果:酵母三杂交的筛选得到了3个阳性结果,经过测序和同源性分析,其中一个阳性结果中的插入片段为K-ALPHA-1 mRNA的部分序列。结论:K-ALPHA-1 mRNA可能是一种新的FXR1P的靶RNA。 展开更多
关键词 酵母三杂交 FXR1P K-ALPHA-1 脆性X综合征 rna-蛋白质相互作用
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膀胱尿路上皮癌组织lincRNA差异表达及机制探讨 被引量:1
11
作者 何旺 王沛 +2 位作者 钟广正 黄健 林天歆 《中华肿瘤防治杂志》 CAS 北大核心 2015年第6期421-426,共6页
目的筛选膀胱尿路上皮癌与癌旁组织中差异表达长链基因间非编码RNA(long intergenic noncoding RNA,lincRNA),并探讨其可能作用机制。方法收集2011-01-04-2011-02-18中山大学孙逸仙纪念医院泌尿外科4例膀胱尿路上皮癌与癌旁组织标本并应... 目的筛选膀胱尿路上皮癌与癌旁组织中差异表达长链基因间非编码RNA(long intergenic noncoding RNA,lincRNA),并探讨其可能作用机制。方法收集2011-01-04-2011-02-18中山大学孙逸仙纪念医院泌尿外科4例膀胱尿路上皮癌与癌旁组织标本并应用Trizol提取总RNA,应用基因芯片筛选差异表达的lincRNAs及mRNAs,应用生物信息学分析差异表达lincRNAs和mRNAs特征,应用EZH2抗体和SUZ12抗体进行RNA免疫沉淀筛选与多梳抑制复合物2(PRC2)相互作用的lincRNAs。结果基因芯片筛选发现,共376个lincRNAs及1 284个mRNAs在膀胱尿路上皮癌组织与癌旁组织中存在表达差异(差异倍数≥2.0倍,P<0.05)。lincRNAs表达异常在第1、2、7号染色体最常见,mRNAs差异表达基因的信号通路分析显示,参与细胞间黏附、钙离子信号通路、MAPK信号通路和细胞因子间受体相互作用的基因改变最为明显。与非免疫血清IgG组相比,应用EZH2抗体和SUZ12抗体进行的RNA免疫沉淀提示,HOTAIR分别富集(11.2±1.7)和(9.6±1.1)倍,BX640973分别富集(36.3±2.1)和(14.7±0.8)倍,NR_024344分别富集(30.2±3.5)和(7.7±1.2)倍,LINC312分别富集(5.1±0.4)和(5.7±0.5)倍,NR_036444分别富集(29.5±1.8)和(11.2±0.6)倍,MALAT1分别富集(12.9±1.6)和(25.1±1.5)倍,MEG3分别富集(13.2±0.6)和(4.0±1.3)倍,差异均有统计学意义,P值均<0.05。结论膀胱癌中大量lincRNAs和mRNAs表达发生改变,部分lincRNAs通过与PRC2复合物相互作用发挥功能。 展开更多
关键词 膀胱肿瘤 长链基因间非编码rna PRC2复合物 rna-蛋白质相互作用
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RNA-protein distance patterns in ribosomes reveal the mechanism of translational attenuation 被引量:1
12
作者 YU DongMei ZHANG Chao +2 位作者 QIN PeiWu CORNISH V.Peter XU Dong 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2014年第11期1131-1139,共9页
Elucidating protein translational regulation is crucial for understanding cellular function and drug development.A key molecule in protein translation is ribosome,which is a super-molecular complex extensively studied... Elucidating protein translational regulation is crucial for understanding cellular function and drug development.A key molecule in protein translation is ribosome,which is a super-molecular complex extensively studied for more than a half century.The structure and dynamics of ribosome complexes were resolved recently thanks to the development of X-ray crystallography,Cryo-EM,and single molecule biophysics.Current studies of the ribosome have shown multiple functional states,each with a unique conformation.In this study,we analyzed the RNA-protein distances of ribosome(2.5 MDa)complexes and compared these changes among different ribosome complexes.We found that the RNA-protein distance is significantly correlated with the ribosomal functional state.Thus,the analysis of RNA-protein binding distances at important functional sites can distinguish ribosomal functional states and help understand ribosome functions.In particular,the mechanism of translational attenuation by nascent peptides and antibiotics was revealed by the conformational changes of local functional sites. 展开更多
关键词 RIBOSOME protein translation ANTIBIOTICS TRANSLOCATION rna-protein interaction
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串联MS2衣壳蛋白和MS2特异结合RNA表达载体构建及应用
13
作者 蒋太峰 付汉江 +4 位作者 刘珊珊 金英花 朱捷 李恩民 郑晓飞 《军事医学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期595-598,共4页
目的构建体内研究RNA-蛋白相互作用的表达载体。方法利用MS衣壳蛋白可与MS2结合位点(MS2bs)RNA特异性结合的特点,通过设计特异引物,构建pcDNA3.0-Flag-2XMS2和pcDNA3.0-12XMS2bs表达载体,以及表达MEG3非编码RNA的表达载体pcDNA3.0-MEG3V... 目的构建体内研究RNA-蛋白相互作用的表达载体。方法利用MS衣壳蛋白可与MS2结合位点(MS2bs)RNA特异性结合的特点,通过设计特异引物,构建pcDNA3.0-Flag-2XMS2和pcDNA3.0-12XMS2bs表达载体,以及表达MEG3非编码RNA的表达载体pcDNA3.0-MEG3V1-12XMS2bs。共转染细胞,进行RNA免疫沉淀,所得RNA进行实时定量PCR分析验证。结果成功构建了pcDNA3.0-Flag-2XMS2和pcDNA3.0-12XMS2bs表达载体,实时定量PCR结果表明,与对照相比能明显富集MEG3V1非编码RNA分子。结论成功构建了体内研究RNA-蛋白质相互作用的表达载体,为RNA-蛋白相互作用研究提供了新的技术方法。 展开更多
关键词 MS2衣壳蛋白 rna-蛋白相互作用 rna结合蛋白
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IQCE mRNA与FXR1P在酵母三杂交体系中的相互作用
14
作者 马云 何淑雅 +4 位作者 喻长顺 苏娇 张晋 王茹静 胡维新 《氨基酸和生物资源》 CAS 2007年第3期26-29,共4页
脆性X相关基因1编码蛋白FXR1P是一种RNA结合蛋白,其所结合的靶RNA目前所知甚少。本研究应用酵母三杂交技术对本课题组从pRH3-cDNA人脑海马RNA表达文库中筛选到的一种可能与FXR1P存在相互作用的RNA IQCE进行研究,以验证该RNA与FXR1P的相... 脆性X相关基因1编码蛋白FXR1P是一种RNA结合蛋白,其所结合的靶RNA目前所知甚少。本研究应用酵母三杂交技术对本课题组从pRH3-cDNA人脑海马RNA表达文库中筛选到的一种可能与FXR1P存在相互作用的RNA IQCE进行研究,以验证该RNA与FXR1P的相互作用。方法为:提取利用酵母三杂交技术初步筛选得到的酵母阳性克隆的质粒,转化大肠杆菌Top10,利用其质粒不相容性分离插入了目的片段的pRH3′-cDNA质粒,将该质粒转化入含目的基因FXR1的酵母菌株L40-ura3/pHyb lex/Zeo-MS2/pYESTrp3/FXR1,进行一对一的酵母三杂交验证,最后将该片段进行测序。测序结果为IQCE的一段编码序列,而目前尚无研究报导FXR1与IQCE的相互关系。结论:提示FXR1P与IQCE mRNA存在相互作用,IQCE可能是FXR1P发育调控网络组成成员之一。 展开更多
关键词 酵母三杂交 FXR1P IQCE 脆性X综合征 rna-蛋白质相互作用
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分子对接比较随机RNA片段与同源建模蛋白及其模板的相互作用 被引量:1
15
作者 王明华 李杜娟 《计算机与应用化学》 CAS 2017年第7期497-502,共6页
为了促进开发大肠杆菌O157∶H7快速检测适体生物传感器,对其鞭毛蛋白紧密黏附素以肠致病性大肠杆菌紧密黏附素为模板,进行空间结构同源建模并作为目标抗原,用不同对接方法模拟预测研究比较其与随机RNA序列的相互作用。方法可行性通过模... 为了促进开发大肠杆菌O157∶H7快速检测适体生物传感器,对其鞭毛蛋白紧密黏附素以肠致病性大肠杆菌紧密黏附素为模板,进行空间结构同源建模并作为目标抗原,用不同对接方法模拟预测研究比较其与随机RNA序列的相互作用。方法可行性通过模拟研究已知亲和性同一RNA适体与不同物种凝血酶相互作用论证。结果表明,不同随机RNA序列与不同菌株的紧密黏附素空间相互作用的位点预测有一定差异,说明针对不同蛋白质进行高亲和适体筛选具有一定的可行性。分子对接研究表明因不同长度RNA所形成空间结构不同,而与大肠杆菌O157∶H7紧密黏附素结合位点存在一定差异、与PRIdictor预测位点结果接近;具有不同RNA结构模体的片段对紧密黏附素的亲和力不同,有从不同片段中筛选高亲和力的RNA适体的可能。分子模拟进一步研究RNA-紧密黏附素相互作用的方法具有一定的可行性,将有助于进一步通过设计合成RNA改进适体筛选、研发的相关生物技术推广,以及应用创新。 展开更多
关键词 大肠杆菌O157:H7 紧密黏附素 rna-蛋白质相互作用 PRIdictor 分子对接
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分子模拟研究不同随机RNA片段适体与大肠杆菌紧密黏附素的相互作用 被引量:1
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作者 王明华 李杜娟 《计算机与应用化学》 CAS 2016年第8期881-885,共5页
为了促进开发大肠杆菌快速检测适体生物传感器,通过对已知RNA-蛋白质相互作用原理和复合物结构的分析,在对相关文献资料和基于分子模拟技术的网络资源充分了解的基础上,模拟预测研究了随机RNA序列与肠致病性大肠杆菌紧密黏附素蛋白的相... 为了促进开发大肠杆菌快速检测适体生物传感器,通过对已知RNA-蛋白质相互作用原理和复合物结构的分析,在对相关文献资料和基于分子模拟技术的网络资源充分了解的基础上,模拟预测研究了随机RNA序列与肠致病性大肠杆菌紧密黏附素蛋白的相互作用。结果表明,RNA高级结构主要依赖于其一级结构的序列信息。NPDock模拟不同随机RNA序列与紧密黏附素相互作用时,不同长度RNA序列均可与紧密黏附素发生相互作用,但作用位点和相互位置有一定差异;对于相同长度不同排布的RNA序列,相互作用的差异性主要与序列排布信息有关。对于分子模拟研究RNA-紧密黏附素相互作用方法的可行性,通过RNA-蛋白质相互作用位点在线预测方法(PRIdictor)进行验证,结果表明,预测出的蛋白质、RNA相互作用位点均位于相互作用预测结构的接触面上,说明对于RNA-蛋白质相互作用的模拟预测研究方法具有一定的可行性,将有助于通过设计合成RNA改进适体筛选、研发的相关生物技术推广,以及应用创新。 展开更多
关键词 紧密黏附素 rna-蛋白质相互作用 分子模拟 NPDock PRIdictor
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人RPP蛋白与HCV RNA体外相互作用的测定
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作者 伍婧茹 刘琳 张文军 《广东药科大学学报》 CAS 2018年第1期90-94,共5页
目的检测人RPP蛋白与HCV RNA体外的相互作用。方法将人RPP各基因分别克隆至p ET28a载体,在大肠杆菌中(BL21)表达的目标蛋白经蛋白纯化仪纯化获得人RPP蛋白;通过体外转录制备32P标记的HCV RNA片段作为探针,利用紫外交联试验研究各种人RP... 目的检测人RPP蛋白与HCV RNA体外的相互作用。方法将人RPP各基因分别克隆至p ET28a载体,在大肠杆菌中(BL21)表达的目标蛋白经蛋白纯化仪纯化获得人RPP蛋白;通过体外转录制备32P标记的HCV RNA片段作为探针,利用紫外交联试验研究各种人RPP蛋白与HCV RNA的体外相互作用。结果成功表达纯化了8种人RPP蛋白,紫外交联试验结果显示:Rpp20、Rpp21、Rpp29和Rpp30 4种蛋白可分别与HCV RNA片段结合,Rpp21和Rpp29结合力较强,Rpp20和Rpp30结合力则相对较弱,而其余几种RPP蛋白(包括Rpp14、Rpp25、Rpp40和Pop5)不能与HCV RNA发生结合。结论人RPP蛋白可与HCV RNA片段在体外直接结合,推测这些RPP蛋白在人RNase P切割HCV RNA的过程中起重要作用。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 人RPP蛋白 rna-蛋白质相互作用 体外
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基于MS2衣壳蛋白系统的活细胞内Jun mRNA定位初探
18
作者 黄静 李凤磊 +4 位作者 万传璐 张彦 曹诚 张部昌 赵志虎 《军事医学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期737-739,758,共4页
目的检测细胞中Jun mRNA在活细胞内的定位。方法设计引物,构建融合MS2茎环结构串联重复的Jun表达载体(pcDNA3.1-Jun-MS2-48X)。转染细胞后,绿色荧光蛋白(GFP)-MS2融合蛋白可与MS2茎环串联重复结构结合,通过荧光显微镜观察GFP的细胞定位... 目的检测细胞中Jun mRNA在活细胞内的定位。方法设计引物,构建融合MS2茎环结构串联重复的Jun表达载体(pcDNA3.1-Jun-MS2-48X)。转染细胞后,绿色荧光蛋白(GFP)-MS2融合蛋白可与MS2茎环串联重复结构结合,通过荧光显微镜观察GFP的细胞定位,能够间接确定Jun mRNA在细胞内的定位。结果成功构建了pcDNA3.1-Jun-MS2-48X表达载体,经荧光显微镜观察,能够看到明显的绿色荧光,并且在细胞内聚集。结论实现了在细胞内实时观察Jun mRNA,为在单细胞水平上Jun mRNA的定位提供了新的技术方法。 展开更多
关键词 GFP—MS2融合蛋白 mrna胞内定位 rna-蛋白相互作用 JUN
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人工RNA结合骨架的可溶性表达及其与寡核苷酸链的相互作用分析
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作者 徐如飞 徐奕倩 +4 位作者 陈倩倩 蒋培蓉 陈美雯 蒲首丞 孙梅好 《山西农业科学》 2020年第2期188-192,共5页
为了分析ERBS与其目标寡核苷酸的相互作用,研究设计合成了对应目标寡核苷酸的ERBS基因,并进行了蛋白的原核表达、纯化以及其与目标寡核苷酸的相互作用分析。结果发现,ERBS在Escherichia coli BL21(DE3)中表达时呈现包涵体状态,而改变宿... 为了分析ERBS与其目标寡核苷酸的相互作用,研究设计合成了对应目标寡核苷酸的ERBS基因,并进行了蛋白的原核表达、纯化以及其与目标寡核苷酸的相互作用分析。结果发现,ERBS在Escherichia coli BL21(DE3)中表达时呈现包涵体状态,而改变宿主细胞为Escherichia coli Rosetta(DE3),可极大提高其可溶性表达水平;纯化的ERBS与FAM标记的寡核苷酸互作分析发现,其解离常数为(9.76±0.62)nmol/L。试验结果可为深入研究不同ERBS与其目标寡核苷酸的相互作用奠定基础。 展开更多
关键词 rna结合蛋白 可溶性表达 寡核苷酸 相互作用
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A Stochastic Model for Protein Synthesis and Activation through RNA-Protein Interaction in BioAmbients Calculus
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作者 Athanasios Alexiou Maria Psiha Panayiotis Vlamos 《Computer Technology and Application》 2011年第7期565-569,共5页
Cells use various RNA (Ribonucleic Acid) regulatory mechanisms in order to temporally and coordinately influence the rate of protein synthesis. A deeper understanding of the dynamics of RNA regulation can ultimately... Cells use various RNA (Ribonucleic Acid) regulatory mechanisms in order to temporally and coordinately influence the rate of protein synthesis. A deeper understanding of the dynamics of RNA regulation can ultimately bridge the gap between transcriptional control and protein expression. The nonlinear process of RNA-Protein Interaction (RIP), which can be viewed as the RNA analog of the better-known chromatin immunoprecipitation application (CHIP) plays a crucial role in post-transcriptional regulation of gene expression. While ChIP identifies DNA (Deoxyribonucleic Acid) targets of DNA-binding proteins in their cellular context, RIP can be used to identify specific RNA molecules associated with specific nuclear or cytoplasmic RNA-binding proteins. In this paper, a stochastic model in BioAmbients calculus for the protein synthesis and activation through RIP process is presemed. 展开更多
关键词 rna-protein interaction (RPI) p-calculus stochastic modeling.
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