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猪链球菌脉冲场凝胶电泳分析方法的建立 被引量:1
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作者 王丽丽 叶长芸 +8 位作者 许彦梅 崔志刚 景怀琦 金东 杜华茂 张守印 白雪梅 赵爱兰 徐建国 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期473-477,共5页
目的建立一种可共享的猪链球菌脉冲场凝胶电泳分析(PFGE)方法。方法利用PulseNet技术优化猪链球菌PFGE分子分型方法,提出新的分析方案,包括胶块的制备、内切酶的选择、电泳条件等。利用DNAStar的Mapdraw软件对猪链球菌基因组序列进... 目的建立一种可共享的猪链球菌脉冲场凝胶电泳分析(PFGE)方法。方法利用PulseNet技术优化猪链球菌PFGE分子分型方法,提出新的分析方案,包括胶块的制备、内切酶的选择、电泳条件等。利用DNAStar的Mapdraw软件对猪链球菌基因组序列进行分析,发现在242种内切酶中,SwaⅠ、SmaⅠ、ApaⅠ种酶比较适合。结果通过对34个血清型共100株菌的分析,发现使用SwaⅠ可获得59种带型,使用SmaⅠ可获得53种带型,使用ApaⅠ可获得43种带型。其中以SwaⅠ的分辨率最好。结论提出猪链球菌的SwaⅠPFGE分析方法,并对条件进行优化,较原方法所需时间短、图像清晰。更具有可重复性,基本具备推广的条件。 展开更多
关键词 猪链球菌 脉冲场凝胶电泳分析 内切酶 血清
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应用PFGE分析广州稻叶型霍乱弧菌的同源性
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作者 李孝权 庞杏林 +5 位作者 张欣强 邓志爱 李美霞 陈守义 邓小玲 王鸣 《热带医学杂志》 CAS 2011年第4期428-432,共5页
目的分析广州40株稻叶型霍乱弧菌的毒力基因和PFGE特征,探讨菌株的同源性和广州稻叶型霍乱弧菌流行的特点。方法应用PCR方法检测稻叶型菌株的4种毒力基因,采用限制性内切酶NotI对菌株进行PFGE分型,使用BioNumerics Version4.0软件(复选D... 目的分析广州40株稻叶型霍乱弧菌的毒力基因和PFGE特征,探讨菌株的同源性和广州稻叶型霍乱弧菌流行的特点。方法应用PCR方法检测稻叶型菌株的4种毒力基因,采用限制性内切酶NotI对菌株进行PFGE分型,使用BioNumerics Version4.0软件(复选Dice相关系数和UPGMA方法)对菌株进行聚类和同源分析。结果绝大多数水型稻叶霍乱疫情相关菌株为genotypeA型菌,而绝大多数环境分离稻叶型霍乱弧菌为genotypeB型和C型菌。40株霍乱菌株分布于18种pulsotype,水型霍乱疫情相关菌株的pulsotype极为相近(相似性系数98%以上),而环境分离的稻叶型霍乱弧菌呈现明显的pulsotype多样性。结论是否携带ctxA基因是稻叶型霍乱弧菌人源分离株与环境分离株的主要区别之一,绝大多数环境分离的稻叶型霍乱弧菌与人源分离株的同源性较低,但仍需加强对不同来源菌株的同源性分析和溯源追踪。 展开更多
关键词 霍乱弧菌 毒力基因 脉冲场凝胶电泳分析(PFGE) 分子分型 同源性
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广州地区小川型霍乱弧菌的脉冲场凝胶电泳分析
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作者 李孝权 邓小玲 +4 位作者 邓志爱 张欣强 吴新伟 陈守义 王鸣 《中国预防医学杂志》 CAS 2010年第8期813-817,共5页
目的分析小川型霍乱弧菌的致病相关基因型,探讨广州地区小川型霍乱流行趋势和规律。方法采用多重PCR方法检测小川型菌株的4种致病相关基因,应用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对菌株进行分子分型,对PFGE图谱采用分子分型软件BioNumerics Vers... 目的分析小川型霍乱弧菌的致病相关基因型,探讨广州地区小川型霍乱流行趋势和规律。方法采用多重PCR方法检测小川型菌株的4种致病相关基因,应用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对菌株进行分子分型,对PFGE图谱采用分子分型软件BioNumerics Version 4.0进行聚类分析。结果广州地区小川型菌株中存在3种致病相关基因型,即A型、B型和C型,20%感染者分离株为致病相关基因A型,80%环境分离株为致病相关基因C型。25株霍乱弧菌分为14个不同的PFGE型,归为3个聚类群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ群)。每一次小川型暴发中分离的菌株PFGE克隆型相同或相近,而散发病例分离株与暴发株的PFGE型有些相同,有的差异较大。环境小川型菌株中存在PFGE克隆型的多样性,部分环境株与感染者分离株具有相近的PFGE型。结论应建立广州地区霍乱菌株的PFGE分子分型数据库,加强霍乱的预防、控制和预警。 展开更多
关键词 霍乱弧菌 多重PCR 致病相关基因 脉冲场凝胶电泳分析 分子分型
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