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系统发生树构建方法综述 被引量：19
1
作者 郭静 王超 +1 位作者 张宏彬 陈崚 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2013年第3期647-655,共9页
介绍了系统发生树构建的传统算法,总结了近年来用于构建系统发生树的各种群智能算法,主要包括蚁群算法、遗传算法和粒子群算法等。最后介绍了目前较新的系统发生网络分析方法,并对未来发展作了展望。
关键词 系统发生树 群智能算法 蚁群算法 遗传算法 粒子群算法 系统发生网络
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系统发育网络的构建与应用 被引量：3
2
作者 程春花 黄原 《Entomotaxonomia》 CSCD 北大核心 2008年第3期215-221,共7页
系统发育网络目前主要应用于表达种上复杂的网状进化关系、种内个体及群体之间的关系以及相互矛盾数据集的系统发育分析结果3个方面。本文在综述网状进化现象的基础上,介绍了目前用于构建系统发育网络的几种常用方法,包括T-Rex软件包的... 系统发育网络目前主要应用于表达种上复杂的网状进化关系、种内个体及群体之间的关系以及相互矛盾数据集的系统发育分析结果3个方面。本文在综述网状进化现象的基础上,介绍了目前用于构建系统发育网络的几种常用方法,包括T-Rex软件包的网状图法,Tcs软件中的统计简约法,Splitstrees4的中间网法、二分裂法和邻接网法。 展开更多
关键词 网状进化 系统发育网络 网状图 统计简约法 中间网法 二分裂法 邻接网法
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新疆察吾呼墓地出土人骨的颅骨测量学研究 被引量：3
3
作者 孙畅 文少卿 +7 位作者 张梦翰 李肖 任晓莹 管海娟 韩康信 熊建雪 万雪娇 谭婧泽 《西域研究》 CSSCI 北大核心 2022年第2期108-116,171,共10页
本文比较了新疆察吾呼墓地早、中、晚三个时期共80例头骨样本(早期为公元前1000~前600年,中期为公元前600~前400年,晚期为公元前200~公元270年)(2)与同时代新疆地区及东西方古代人类样本颅骨形态特征的生物学相似性,认为样本间颅骨形态... 本文比较了新疆察吾呼墓地早、中、晚三个时期共80例头骨样本(早期为公元前1000~前600年,中期为公元前600~前400年,晚期为公元前200~公元270年)(2)与同时代新疆地区及东西方古代人类样本颅骨形态特征的生物学相似性,认为样本间颅骨形态特征相似性与地理距离之间存在对应关系,形态特征相近的人群地理距离也更近,反映了这一时期人群互动交流的情况以及亲疏关系。从考古遗存上看,察吾呼墓地早、中期具有较多北亚和中亚因素,而晚期则出现了更多的东亚特征,这与颅骨形态学分析的结果相符。考古学和颅骨形态测量学的证据表明,察吾呼晚期人群可能是这一时期中国古代西北地区人群大规模移民迁入新疆而形成的。 展开更多
关键词 察吾呼墓地 系统发育网络分析 邻接网络图 地理统计分析 人群替换
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ASJP模式的汉语方言计算分析——以65个汉语方言语档为例 被引量：13
4
作者 索伦·维希曼 冉启斌 《现代语文》 2019年第5期4-13,共10页
通过对直接以IPA转写进行距离计算、转写为ASJP码后进行计算、转写为修订版ASJP码进行计算的比较,发现采用修订版ASJP码后的计算效果最符合汉语方言的实际表现。同时,还分析了65个汉语方言语档的系统发育树和系统发育网络,结果显示:东... 通过对直接以IPA转写进行距离计算、转写为ASJP码后进行计算、转写为修订版ASJP码进行计算的比较,发现采用修订版ASJP码后的计算效果最符合汉语方言的实际表现。同时,还分析了65个汉语方言语档的系统发育树和系统发育网络,结果显示:东北官话与闽方言之间的亲缘关系最远,处于其间的依次是西北官话、西南官话、北方官话/中原官话、晋方言、客赣徽湘等方言、吴方言、粤方言;客赣徽湘等方言过渡性特征明显;汉语方言中接触表现突出,闽方言和吴方言内部接触相对少一些,北方方言和过渡性方言的内部接触非常多。 展开更多
关键词 汉语方言 词汇距离 计算分析 系统发育树 系统发育网络
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试论语言演化网络——以藏缅语为例 被引量：5
5
作者 邓晓华 杨晓霞 高天俊 《语言研究》 CSSCI 北大核心 2015年第3期12-19,共8页
文章回顾了演化树理论产生、发展的历史,分析了演化树理论对于语言演化研究的不足之处,介绍了生物学中演化网思想和演化网重建方法诞生的理论背景及其在语言演化研究中的应用情况。此外,文章以中国境内的藏缅语族语言为例,以NeighborNe... 文章回顾了演化树理论产生、发展的历史,分析了演化树理论对于语言演化研究的不足之处,介绍了生物学中演化网思想和演化网重建方法诞生的理论背景及其在语言演化研究中的应用情况。此外,文章以中国境内的藏缅语族语言为例,以NeighborNet演化网生成方法重建了藏缅语演化网,分析了演化网图对于重新理解藏缅语演化历史的启示。 展开更多
关键词 藏缅语 谱系树 演化网 NeighborNet
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镉胁迫对芒草根际细菌群落结构、共发生网络和功能的影响 被引量：19
6
作者 陈兆进 林立安 +7 位作者 李英军 陈彦 张浩 韩辉 吴乃成 Nicola Fohrer 李玉英 任学敏 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第8期3997-4004,共8页
芒草(Miscanthus)作为第二代能源植物,已用于重金属污染土壤修复研究,但目前该过程中土壤细菌群落组成和功能研究开展较少.以芒草品种南荻(M.saccariflorus)为研究对象,通过高通量测序结合分子生态网络分析和PICRUSt功能预测,分析研究10... 芒草(Miscanthus)作为第二代能源植物,已用于重金属污染土壤修复研究,但目前该过程中土壤细菌群落组成和功能研究开展较少.以芒草品种南荻(M.saccariflorus)为研究对象,通过高通量测序结合分子生态网络分析和PICRUSt功能预测,分析研究100 mg·kg^(-1) Cd的胁迫对芒草根际细菌群落组成、共发生网络和功能的影响.MiSeq测序表明芒草根际细菌群落由32个门和425个属的细菌组成,包含鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)、芽单胞菌属(Gemmatimonas)和链霉菌属(Streptomyces)等植物促生细菌(PGPR)种群.相似性分析(ANOSIM)和非参数多元方差分析(Adonis)表明,Cd的添加能显著影响芒草根际细菌群落组成,降低其群落多样性.同时分子生态网络分析表明Cd的添加降低了芒草根际细菌之间的相互作用,导致其网络结构更为简单;降低了网络缓冲环境变化的能力;提高了负相关连线数,使根际细菌物种之间的竞争关系更强;改变关键细菌组成.PICRUSt功能预测分析表明Cd的胁迫降低了芒草根际土壤细菌功能.本研究初步分析了芒草根际细菌群落组成及其对镉胁迫的响应,为后续调控芒草修复效率提供了基础. 展开更多
关键词 镉污染 芒草 高通量测序 分子生态网络分析 PICRUSt分析
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新乡市镉污染土壤细菌群落组成及其对镉固定效果 被引量：15
7
作者 陈兆进 李英军 +6 位作者 邵洋 林立安 徐鸽 陈彦 田伟 姚伦广 韩辉 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第6期2889-2897,共9页
重金属污染土壤中具有丰富的微生物群落组成,为生物修复提供了微生物资源.本研究以新乡市某电池厂周边Cd污染土壤为研究对象,采用高通量测序和平板分离方法分析其细菌群落组成.传统培养方法表明新乡市重金属污染土壤细菌由厚壁菌门、放... 重金属污染土壤中具有丰富的微生物群落组成,为生物修复提供了微生物资源.本研究以新乡市某电池厂周边Cd污染土壤为研究对象,采用高通量测序和平板分离方法分析其细菌群落组成.传统培养方法表明新乡市重金属污染土壤细菌由厚壁菌门、放线菌门、变形菌门和拟杆菌门这4个门,芽孢杆菌属、节杆菌属和根瘤菌属等30个属组成;高通量测序表明,其由变形菌门、放线菌门和酸杆菌门等25门及400属组成.相较于培养方法,高通量测序群落组成更为丰富.基于高通量测序的分子生态网路分析表明其关键细菌分别为Arthrobacter、Marmoricola、Nocardioides、Ferruginibacter、Flavitalea、Nitrospira和Lysobacter等组成.对分离的159株可培养菌株进行Cd摇瓶吸附实验,结果表明Aneurinibacillus、Arthrobacter和Bacillus等11个属的30株菌具有较好地固定效果.效果验证实验表明,Ochrobactrum sp.1-6、Bacillus sp.2-11和Pseudomonas sp.1-9等6株高效菌株能提高青菜(鸡毛菜)生物量、降低青菜不同组织中的Cd含量.本研究为新乡市重金属污染土壤修复提供菌种资源,同时为重金属污染土壤细菌群落和功能提供参考依据. 展开更多
关键词 重金属污染 重金属固定细菌 植物促生细菌 高通量测序 分子生态网络分析
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