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豚草花粉泛过敏原同源基因克隆与序列分析 被引量:10
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作者 陶爱林 何韶衡 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期169-173,共5页
目的 克隆豚草花粉泛过敏原同源基因。方法 采用生物信息学分析方法对众多的花粉过敏原基因进行序列同源性比较 ,以序列保守区域为依据设计合成简并引物 ,在特殊的RT PCR条件下 ,结合RACE技术对豚草花粉中的过敏原全长基因进行克隆 ;... 目的 克隆豚草花粉泛过敏原同源基因。方法 采用生物信息学分析方法对众多的花粉过敏原基因进行序列同源性比较 ,以序列保守区域为依据设计合成简并引物 ,在特殊的RT PCR条件下 ,结合RACE技术对豚草花粉中的过敏原全长基因进行克隆 ;通过Northern杂交及序列分析初步确定基因产物是否为花粉过敏原。结果 获得了 3个新的全长基因。序列分析显示 :所得过敏原同源基因与数十种不同种属来源的过敏原肌动蛋白结合蛋白 (profilin)具有较高的同源性 ,初步认定其为泛过敏原 ,并暂命名为Amba 8(t)。Northern杂交证实该基因在花粉中表达。结论 采用本研究方法成功地在豚草花粉中克隆到 3个泛过敏原基因 。 展开更多
关键词 基因克隆 泛过敏原 豚草 同源基因 生物信息学 RACE技术
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大豆泛变应原profilin基因的克隆、序列分析和表位预测 被引量:3
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作者 吴凯威 余晓 +2 位作者 刘志刚 宋娟娟 张红云 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期1-5,共5页
通过生物信息学方法对多种植物性食物和花粉泛变应原proflin基因进行比对,利用其中的高度保守区域设计并合成简并引物,通过RT-PCR克隆得到一个新的大豆profilin基因(396bp,pI为5.21,MW为14,1kD),序列同源性分析发现该基因和已知的多种... 通过生物信息学方法对多种植物性食物和花粉泛变应原proflin基因进行比对,利用其中的高度保守区域设计并合成简并引物,通过RT-PCR克隆得到一个新的大豆profilin基因(396bp,pI为5.21,MW为14,1kD),序列同源性分析发现该基因和已知的多种植物性食物、花粉变应原profilin有较高的同源性(>75%),因此认为其系大豆蛋白泛变应原profilin,命名为Gly m3.02,EMBL/GeneBank数据库登录号为DQ784852,这为进一步重组表达和抗原表位分析等奠定了实验基础。 展开更多
关键词 大豆 泛变应原 PROFILIN 基因克隆
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2个芹菜品种泛变应原Api g 4基因的克隆与分析 被引量:3
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作者 李梦瑶 王枫 +3 位作者 侯喜林 蒋倩 马静 熊爱生 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期1-7,共7页
从芹菜(Apium graveolens Linn.)品种‘津南实芹’(‘Jinnanshiqin’)和‘美国西芹’(‘Meiguoxiqin’)中分别克隆获得泛变应原基因Api g 4;2个品种的Api g 4基因均包含1个长度为405 bp的开放阅读框,二者间有3个核苷酸位点的差异。2个... 从芹菜(Apium graveolens Linn.)品种‘津南实芹’(‘Jinnanshiqin’)和‘美国西芹’(‘Meiguoxiqin’)中分别克隆获得泛变应原基因Api g 4;2个品种的Api g 4基因均包含1个长度为405 bp的开放阅读框,二者间有3个核苷酸位点的差异。2个品种的Api g 4基因均能编码134个氨基酸,但二者编码的氨基酸序列有2个位点的差异。多重比对以及进化树分析结果均表明:2个芹菜品种Api g 4基因编码的氨基酸序列与其他植物的泛变应原氨基酸序列同源性较高,氨基酸序列高度保守;与同科植物欧芹〔Petroselinum crispum(Miller)Nyman ex A.W.Hill〕和胡萝卜(Daucus carota Linn.)的泛变应原氨基酸序列的同源性均达到90%以上,在进化树上也归为同一支。2个品种的泛变应原Api g 4均为疏水性蛋白,具有相似的三维空间结构,均包含3个α螺旋和7个β折叠。实时定量PCR分析结果显示:Api g 4基因在‘津南实芹’和‘美国西芹’根中的表达水平均最高,在茎和茎尖分生组织中的表达水平相对较低,在叶中的表达水平很弱,且2个品种间同一组织的Api g 4基因表达水平也有差异,表明Api g 4基因的表达具有明显的组织特异性。 展开更多
关键词 芹菜 泛变应原 API g4基因 克隆 同源性 基因表达
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刺苋花粉泛过敏原Profilin的抗原性评估与三级结构分析 被引量:1
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作者 陶爱林 刘林川 +5 位作者 王永飞 邹泽红 马三梅 赖荷 于陆 伍秋容 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期616-620,共5页
目的克隆刺苋花粉中Profilin蛋白基因,分析同源序列中不同性质氨基酸对抗原性及三级结构的贡献。方法基于生物信息学分析已知泛过敏原Profilin的氨基酸序列并获得核心代表序列,以之为基础设计合成引物,采用Touchdown PCR技术从刺苋... 目的克隆刺苋花粉中Profilin蛋白基因,分析同源序列中不同性质氨基酸对抗原性及三级结构的贡献。方法基于生物信息学分析已知泛过敏原Profilin的氨基酸序列并获得核心代表序列,以之为基础设计合成引物,采用Touchdown PCR技术从刺苋花粉的eDNA池中进行基因克隆,并经菌落PCR和双酶切验证;采用生物信息学软件MULTIPRED及SWISS-MODEL在线软件对所得基因编码蛋白进行抗原性评估及三级结构模拟。结果从刺苋中获得两个序列不同的泛过敏原基因,分别命名为PRF7和PRF23。蛋白质三级结构显示:PRF7与已知的泛过敏原Profilin存在少数氨基酸的差异,其空间结构与抗原性没有明显变化;而PRF23与北方豚草花粉泛过敏原Q64LH0之间相似程度较低,而空间结构也呈现明显的差异;尽管Q64LH0与PRF23的全序列抗原性均值差异无统计学意义,受一些区段上不同性质的氨基酸改变的影响,PRF23在这些区段上的抗原性显著低于Q64LH0的抗原性。结论基于Q64LH0和PRF23同源氨基酸序列的抗原性评估及三级结构分析,获得了不同性质氨基酸对抗原性及三级结构的贡献等信息,映射了南方花粉过敏症发生率较低的原因所在,也为过敏原遗传改良过程中进行氨基酸置换指明了方向。 展开更多
关键词 刺苋 泛过敏原 三级结构 抗原性 氨基酸置换
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