运用二代测序技术确认PCR-SSOP法检出的HLA罕见等位基因

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作者 钟显信 巫望达 +1 位作者 全湛柔 高素青 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期203-208,共6页

目的:确认PCR-序列特异性寡核苷酸探针(SSOP)法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可结果样本的HLA真实基因型。方法:对HLA高分辨组织配型血样采用PCR-SSOP法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可... 目的:确认PCR-序列特异性寡核苷酸探针(SSOP)法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可结果样本的HLA真实基因型。方法:对HLA高分辨组织配型血样采用PCR-SSOP法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可结果进一步采用PCR-直接测序分型(SBT)技术和二代测序(NGS)技术复检确认。结果:采用PCR-SSOP方法检出4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常的样本,加做SBT及NGS两种方法复检后结果显示,样本1的HLA-A分型结果与已知基因型不完全匹配,NGS分析显示,该等位基因与同源性最接近的等位基因A*31:01:02:01在第2外显子154位G>A变异,导致28位编码氨基酸由缬氨酸变为蛋氨酸(p.Val28Met),样本2的HLA-C结果为C*03:119, 06:02,样本3的HLA-C结果为C*03:03, 07:137,样本4的HLA-B结果为B*55:02,55:12。采用PCR-SSOP方法检出3例模棱两可结果样本,加做SBT及NGS两种方法复检后结果显示,样本5的HLA-B结果为B*15:58, 38:02,样本6的HLA-DRB1结果为DRB1*04:05, 14:101,样本7的HLA-DQB1结果为DQB1*03:34,05:02。其中等位基因C*03:119、C*07:137和DRB1*14:101均未收录于中国造血干细胞捐献者资料库的常见及确认等位基因(CWD)表2.4版本。结论:PCR-SSOP法磁珠探针HLA基因分型结果格局异常提示可能为HLA罕见等位基因或新等位基因,需要测序验证。 展开更多

关键词 HLA 等位基因 pcr-序列特异性寡核苷酸探针 pcr-直接测序分型 二代测序

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单个碱基变异致HLA-DQB1*03新等位基因的鉴定 被引量：1

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作者 全湛柔 邹红岩 +2 位作者 钟艳平 陈浩 邓志辉 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2021年第3期282-285,共4页

目的确认1例HLA-DQB1新等位基因的序列,分析新等位基因的遗传学特征。方法应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针分型技术(sequence-specific oligonucleotide probe,SSOP)及PCR-直接测序分型法(sequence-based typing,SBT)对1个白血病家系进... 目的确认1例HLA-DQB1新等位基因的序列,分析新等位基因的遗传学特征。方法应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针分型技术(sequence-specific oligonucleotide probe,SSOP)及PCR-直接测序分型法(sequence-based typing,SBT)对1个白血病家系进行HLA常规检测,发现患者母亲及哥哥HLA-DQB1序列组合无完全匹配的基因型。应用二代测序(next generation sequencing,NGS)技术对该基因进行确认。结果PCR-SBT提示患者母亲及哥哥HLA-DQB1序列组合与已知基因型不完全匹配。NGS分析显示,与同源性最高的等位基因DQB1*03:02相比,该等位基因在第2外显子c.233T>G变异,导致46位编码氨基酸由缬氨酸变为甘氨酸(p.Val46Gly)。家系调查显示患者哥哥HLA-DQB1新等位基因来源于母亲。新等位基因序列已递交给GenBank数据库(MK729743)。结论应用NGS鉴定了1个HLA-DQB1新等位基因,该等位基因被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DQB1*03:362。 展开更多

关键词 HLA-DQB1 新等位基因 pcr-序列特异性寡核苷酸探针 pcr-直接测序分型 二代测序

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16S rDNA快速鉴定血液制品中污染细菌的测序方法的建立 被引量：2

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作者 应燕玲 许先国 +2 位作者 朱发明 吕杭军 严力行 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期880-883,共4页

目的建立基于16SrDNA快速鉴定细菌的PCR测序方法（PCR-SBT）。方法通过一组16SrDNA通用引物扩增得到基因组全长，PCR产物经纯化后直接测序分析。利用BLAST软件从GenBank数据库中搜索相关菌株的16SrDNA全序列，采用Clustal X软件进行多... 目的建立基于16SrDNA快速鉴定细菌的PCR测序方法（PCR-SBT）。方法通过一组16SrDNA通用引物扩增得到基因组全长，PCR产物经纯化后直接测序分析。利用BLAST软件从GenBank数据库中搜索相关菌株的16SrDNA全序列，采用Clustal X软件进行多序列比对和同源性分析，确定细菌的种属，并与常规生化鉴定结果比较。利用大肠杆菌基因组一系列稀释度标本进行PCR扩增，检测方法的敏感性。结果实验利用多对引物建立了16SrDNA全长序列分析方法，13个标准菌株通过PCR．SBT方法获得约1400bp的全长序列。比对分析13个标准菌株测序结果与预期标准序列完全一致，证实建立的PCR—SBT方法结果可靠。利用建立的PCR—SBT法，对实验室从血小板制品和脐带血中分离得到不同未知菌株进行鉴定，成功确定了这些菌株的种属。以大肠杆菌DNA为模板，方法的最低检测限为反应体系DNA含量0．2ng。结论建立的基于16SrDNA的PCR—SBT方法是可行的，可快速准确地检测及鉴定细菌种类，尽早发现细菌污染血制品，对污染血制品输注后的针对性治疗方面具有潜在的应用价值。 展开更多

关键词 血液细菌污染 16S RDNA 多聚酶链反应-测序方法

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宫颈癌患者人乳头瘤病毒(HPV)主要型别及其感染研究 被引量：56

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作者 吴玉萍 陈裕隆 +2 位作者 李隆玉 梁增文 张雁玲 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期269-273,共5页

本文探讨了江西省和广东省宫颈癌患者人乳头瘤病毒(Humanpapillomavirus,HPV)感染及其型别分布,分析了高危型HPV对各种宫颈病变的感染情况,为宫颈癌的早期发现和临床诊治提供科学依据。首先采用细胞学、HPVDNA检测(第二代杂交捕获法,HC2... 本文探讨了江西省和广东省宫颈癌患者人乳头瘤病毒(Humanpapillomavirus,HPV)感染及其型别分布,分析了高危型HPV对各种宫颈病变的感染情况,为宫颈癌的早期发现和临床诊治提供科学依据。首先采用细胞学、HPVDNA检测(第二代杂交捕获法,HC2)、电子阴道镜和宫颈化学着色方法筛查宫颈癌患者,经病理镜检确诊,然后用GPPCR-SBT法对宫颈癌患者进行HPV基因分型。江西省溪口镇、古市镇及修水县城宫颈癌癌前病变发生率为5.7‰。HC2方法发现宫颈癌患者13种高危型HPVDNA阳性率为89.9%,宫颈上皮内瘤样病变的为84.8%,对照组为24.5%。采用GPPCR-SBT方法进行基因分型发现,江西省宫颈癌患者存在HPV16、58、31、33、18、66、6、11、56和81十种型别,其中HPV81型在国内外鲜有报道。据此提出生殖道高危型HPV感染是妇女宫颈癌发病的重要因素,并发现江西省宫颈癌高发区妇女高危型HPV感染率为24.5%。建立了HPV基因分型的方法,对HPV致宫颈病变的分子机制进行了分析。 展开更多

关键词 宫颈癌 人乳头瘤病毒(HPV) 第二代杂交捕获法 GP pcr-SBT 基因分型

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中国南方汉族人群HLA—Ⅰ、Ⅱ类八个位点等位基因多态性的研究 被引量：10

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作者 金士正 邹红岩 +3 位作者 甄建新 王大明 何柳媚 邓志辉 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期110-114,共5页

目的研究中国南方汉族人群人类白细胞抗原（human leukocyte antigen，HLA）-A、B、C、DRB1、DQA1、DQB1、DPA1和DPB1等位基因的多态性。方法采用聚合酶链式反应-测序分型方法（sequence based typing，SBT）对481名随机南方汉族个体的H... 目的研究中国南方汉族人群人类白细胞抗原（human leukocyte antigen，HLA）-A、B、C、DRB1、DQA1、DQB1、DPA1和DPB1等位基因的多态性。方法采用聚合酶链式反应-测序分型方法（sequence based typing，SBT）对481名随机南方汉族个体的HLA-A、B、C、DRB1、DQA1、DQB1、DPA1和DPB1基因进行序列分析，用直接计数法计算等位基因频率。结果共观察到HLA-A、B、C、DRB1、DQA1、DQB1、DPA1和DPB1等位基因数分别为28、57、28、40、18、17、6和21个。其中频率高于0．05的常见等位基因有A＊1101、A＊2402、A＊0207、A＊3303和A＊0201;B＊40：01、B＊46：01、B＊58：01、B＊13：01和B＊15：02；C＊01；D2、C＊07：02、C＊03：04、C＊03：02、C＊D8：D1、C＊03；03和C＊04：01；DRB1＊09：01、DRB1＊15：01、DRB1＊12：02、DRB1＊08：03、DRB1＊03：01、DRB1＊04：05和DRB1＊11：01；DQA1＊01：02、DQA1＊03：02、DQA1＊03，03、DQA1＊06：01、DQA1＊01：03、DQA1＊D5：05、DQA1＊01：04、DQA1＊03：01和DQA1＊D5：01；DQB1＊D3：01、DQB1＊03：03、DQB1＊06：01、DQB1＊05：02、DQB1＊03：02、DQB1＊02：01和DQB1＊06：02；DPA1＊02：02、DPA1＊01：03和DPA1＊D2：01;DPB1＊D5；D1、DPB1＊02：01、DPB1＊13：01、DPB1＊04：01和DPB1＊02：02。这些常见等位基因的频率总和分别占相应位点的75．57％、52．81％、78．28％、62．16％、86．70％、77．23％、95．32％和81．59％。结论中国南方汉族人群的HLAA、B、C、DRB1、DQA1、DQB1、DPA1和DPB1等8个位点的等位基因多态性数据可作为人类学、法医学、移植配型和疾病相关性研究和应用的参考数据。 展开更多

关键词 人类白细胞抗原 等位基因 聚合酶链式反应-测序分型 南方汉族

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HLA-B位点等位基因丢失一个家系的遗传学分析

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作者 何柳媚 全湛柔 +1 位作者 钟艳平 邹红岩 《中华医学遗传学杂志》 CSCD 2024年第1期47-51,共5页

目的探讨1个家系的HLA-B基因的碱基缺失情况。方法选取2022年4月就诊于广西柳州市人民医院的1例急性髓系白血病女性患者、丈夫和女儿作为研究对象,应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)及PCR-直接测序法(PCR-SBT)对该家系进行人类... 目的探讨1个家系的HLA-B基因的碱基缺失情况。方法选取2022年4月就诊于广西柳州市人民医院的1例急性髓系白血病女性患者、丈夫和女儿作为研究对象,应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)及PCR-直接测序法(PCR-SBT)对该家系进行人类白细胞抗原(HLA)常规检测。应用二代测序技术(NGS)对HLA-B基因序列进行确认。结果患者及其女儿HLA-B位点的PCR-SBT和PCR-SSOP结果不一致,PCR-SSOP结果分别为HLA-B*35:01,40:02和HLA-B*35:01,40:01,PCR-SBT结果则均提示与最接近的HLA-B*35:01在第4外显子处有错配。NGS结果显示患者及其女儿HLA-B*35:01第5内含子处有1段9 bp的碱基序列缺失。患者丈夫结果为HLA-B*40:01,58:01,无异常。结论该家系HLA-B基因第5内含子处的变异位于SBT检测的引物结合区,影响了PCR-SBT分型结果的准确性。 展开更多

关键词 HLA-B基因 碱基缺失 pcr-序列特异性寡核苷酸探针 pcr-直接测序法 二代测序

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应用二代测序技术排除PCR-SBT零错配的HLA-C基因型 被引量：1

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作者 钟艳平 陈浩 +1 位作者 周丹 邹红岩 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期1213-1218,共6页

目的:对3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因进行全长测序分析,以确定其真实基因型。方法:从临床移植配型样本中筛查出3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因,应用下一代测序技术检测序列全长以准确分型。结果:3例样本PCR-SBT... 目的:对3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因进行全长测序分析,以确定其真实基因型。方法:从临床移植配型样本中筛查出3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因,应用下一代测序技术检测序列全长以准确分型。结果:3例样本PCR-SBT分型结果分别为HLA-C*03:04,HLA-C*12:167;HLA-C*07:291,HLA-C*15:02;HLA-C*01:43,HLA-C*08:16;除HLA-C*03:04、HLA-C*15:02为HLA常见等位基因,其他等位基因均不在中国常见及确认HLA等位基因CWD表(2.3版本)中。NGS全长测序发现3例样本HLA-C基因型均为常见等位基因和新等位基因的组合,3个新等位基因分别在第6、2、4外显子存在一个碱基突变。新鉴定的等位基因序列已提交给Genbank数据库(MK629722、MK335474、MK641803),被WHO HLA命名委员会正式命名为HLA-C*03:04:74、HLA-C*15:192、HLA-C*08:01:25。3例样本的HLA高分辨分型结果应该为HLA-C*03:04:74,12:03;HLA-C*07:02,15:192;HLA-C*01:02,08:01:25。结论:HLA分型结果中含有罕见等位基因的零错配结果应谨慎对待,须通过NGS或克隆等方法对全长序列加以复核确认。本实验室通过加做NGS最终确认3例PCR-SBT零错配的HLA-C基因型均为常见等位基因和新等位基因的组合,为临床移植配型提供了准确依据,丰富了人类HLA遗传数据库。 展开更多

关键词 人类白细胞抗原 罕见等位基因 新等位基因 聚合酶链反应-测序分型法 二代测序技术

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HLA-E基因多态性与白血病的相关研究 被引量：1

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作者 何柳媚 蔡云 +4 位作者 高素青 王宋兴 李青青 斯艳君 徐筠娉 《中国输血杂志》 CAS 北大核心 2015年第11期1333-1336,共4页

目的探讨HLA-E基因多态性与白血病的相关性,为白血病的发生发展机制提供新的分子标记。方法提取白血病患者组(n=59)及正常人群(对照)组(n=132)外周血DNA,利用长片段高保真PCR方法做HLA-E全长序列扩增并对HLA-E的第3外显子测序并分型;分... 目的探讨HLA-E基因多态性与白血病的相关性,为白血病的发生发展机制提供新的分子标记。方法提取白血病患者组(n=59)及正常人群(对照)组(n=132)外周血DNA,利用长片段高保真PCR方法做HLA-E全长序列扩增并对HLA-E的第3外显子测序并分型;分别计算2组中各基因型的频率及各等位基因的频率。结果白血病患者组:共检出35例纯合子,检出率59.3%(35/59),其中29例(49.2%)为HLA-E*01:03纯合子、6例(10.2%)为HLA-E*01∶01纯合子;正常对照组:共检出62例纯合子,检出率47.0%(62/132)其中36例(27.3%)为HLA-E*01:03纯合子、26例(19.7%)为HLA-E*01∶01纯合子;白血病患者组和正常对照组HLA-E*01∶03等位基因频率分别为69.5%vs 53.7%(P<0.01),2组HLA-E*01∶03纯合子比例分别为49.2%vs 27.3%(P<0.01,OR=2.1)。结论 HLA-E*01∶03是白血病的易感基因。 展开更多

关键词 人类白细胞抗原E pcr-SBT HLA-E等位基因 纯合子 白血病 易感基因

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浙江汉族人群KIR2DL3基因遗传多态性 被引量：1

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作者 朱发明 姜侃 +4 位作者 吕沁风 章伟 何吉 许先国 严力行 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期88-90,共3页

目的 探讨浙江汉族人群KIR2DL3基因的多态性分布情况。方法 采用PCR测序分型方法进行KIR2DL3等位基因分型。首先合成引物特异性扩增KIR2DL3基因的两个片段，然后对KIR2DL3基因第4．5、7、8和9外显子进行测序分析，根据多态性位点格局判... 目的 探讨浙江汉族人群KIR2DL3基因的多态性分布情况。方法 采用PCR测序分型方法进行KIR2DL3等位基因分型。首先合成引物特异性扩增KIR2DL3基因的两个片段，然后对KIR2DL3基因第4．5、7、8和9外显子进行测序分析，根据多态性位点格局判断样本的KIR2DL3等位基因情况。结果 样本中共检测到两种等位基因，其中KIR2DL3＊001等位基因占77％。结论 PCR测序分型方法可有效检测KIR2DL3等位基因。 展开更多

关键词 杀伤细胞免疫球蛋白样受体2DL3基因 基因频率 pcr测序分型

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人类白细胞抗原新等位基因B＊46：01：18的确认及家系调查

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作者 裴永峰 黄惠妮 +1 位作者 李恒聪 申卫东 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期247-250,共4页

目的鉴定一个人类白细胞抗原（human leukocyte antigen，HLA）B位点的新等位基因，并调查其家系遗传情况。方法应用聚合酶链反应一基于测序的分型技术（polymerase chain reaction—sequence based typing，PCR—SBT）进行HLA常规实验... 目的鉴定一个人类白细胞抗原（human leukocyte antigen，HLA）B位点的新等位基因，并调查其家系遗传情况。方法应用聚合酶链反应一基于测序的分型技术（polymerase chain reaction—sequence based typing，PCR—SBT）进行HLA常规实验分型，HLA-B位点分型结果与等位基因B＊46：01：01，B＊15：25：01在384位有一个碱基不匹配，不能指定为任何HLA_B位点等位基因。用针对B＊46、B＊15的组特异性测序引物，确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异，并对先证者家系进行调查。结果测序结果证实，该等位基因与其同源性最高的等位基因是B＊46：01：01，两者的差异是在第3外显子384位的G〉T，密码子104由GGG变为GGT，但是两者编码的氨基酸序列中104位仍然是甘氨酸（G）。家系调查结果显示该新基因遗传自父亲。结论该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因，世界卫生组织HLA命名委员会将其正式命名为HLA-B＊46：01：18，是在广西壮族人群中发现的新等位基因。 展开更多

关键词 人类白细胞抗原 pcr—SBT HLA-B 新等位基因

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部队医院多药耐药鲍氏不动杆菌主要流行克隆谱系的分析 被引量：3

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作者 董喆 丁志平 +2 位作者 徐雅萍 闫中强 沈定霞 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第24期5118-5121,共4页

目的了解我国部队医院中多药耐药鲍氏不动杆菌的主要流行克隆谱系,揭示分子流行的趋势。方法基于鲍氏不动杆菌的靶标基因ompA、csuE和blaOXA-51-like设计2组特异性引物,并建立了基于序列分型的多重PCR方法;进一步选用该方法鉴定多药耐... 目的了解我国部队医院中多药耐药鲍氏不动杆菌的主要流行克隆谱系,揭示分子流行的趋势。方法基于鲍氏不动杆菌的靶标基因ompA、csuE和blaOXA-51-like设计2组特异性引物,并建立了基于序列分型的多重PCR方法;进一步选用该方法鉴定多药耐药鲍氏不动杆菌的主要流行克隆谱系。结果分离自我国6所部队医院的194株多药耐药鲍氏不动杆菌以Group 1序列型为主,所占的比例高达73.7%;除了Group 1序列型外,还发现了属于Group4、Group5、Group8、Group9、Group10序列型的菌株。结论我国部队医院的流行克隆谱系与欧洲克隆谱系Ⅱ具有高度的同源性;该实验研究中未发现属于Group 2和Group3的菌株,说明在我国部队医院中还未发现存在有属于欧洲克隆谱系Ⅰ和Ⅲ的菌株。 展开更多

关键词 多药耐药鲍氏不动杆菌 克隆谱系 多重聚合酶链反应 基于序列分型

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