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鳡肌肉生长抑制素(MSTN)基因的克隆及其组织特异性表达分析 被引量:10
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作者 郁建锋 张营 +4 位作者 王星果 徐建荣 卢祥云 李建林 顾志良 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1486-1494,共9页
以鳡肌肉总RNA为模板,采用RT-PCR和RACE的方法,获得了鳡肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因的3个重叠片段,测序后拼接得到2177bp全长cDNA序列,其包含了5′端非翻译区的89个核苷酸和3′端非翻译区1052个核苷酸以及1125个核苷酸的开放性... 以鳡肌肉总RNA为模板,采用RT-PCR和RACE的方法,获得了鳡肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因的3个重叠片段,测序后拼接得到2177bp全长cDNA序列,其包含了5′端非翻译区的89个核苷酸和3′端非翻译区1052个核苷酸以及1125个核苷酸的开放性阅读框,翻译编码375个氨基酸,其中前22个氨基酸为鳡MSTN的信号肽。鳡MSTN具有MSTN的共同特征,有蛋白酶水解位点RIRR和在C端生物活性区含9个保守的半胱氨酸残基。核苷酸和氨基酸同源性分析发现鳡MSTN与厚颌鲂、草鱼和鲤等鲤形目鱼类的同源性较高,与鲈形目的同源性较低,与哺乳动物和鸟类的同源性最低;系统发育分析表明鳡MSTN与厚颌鲂亲缘关系最近。半定量RT-PCR分析表明,该基因在肌肉和脑中表达量最高,在心肌中也有较高表达,在肝脏、肠、鳃和肾等组织中未见明显表达,此结果表明鳡MSTN基因除对肌肉生长发育有调控作用以外,可能还有其他功能。 展开更多
关键词 肌肉生长抑制素 开放性阅读框 表达
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滇重楼环阿屯醇合酶基因的克隆及序列分析 被引量:6
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作者 袁梦求 丁春邦 +3 位作者 陶亮 陈泓翰 陈惠 吴琦 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期2250-2256,共7页
目的获取滇重楼甾体皂苷合成途径关键酶环阿屯醇合酶基因(PpCAS)的全长cDNA序列,并进行序列分析。方法利用同源克隆和RT-PCR技术获得PpCAS基因保守片段,采用RACE技术获得PpCAS基因的3’及5’末端序列,并采用生物信息学方法进行序列分析... 目的获取滇重楼甾体皂苷合成途径关键酶环阿屯醇合酶基因(PpCAS)的全长cDNA序列,并进行序列分析。方法利用同源克隆和RT-PCR技术获得PpCAS基因保守片段,采用RACE技术获得PpCAS基因的3’及5’末端序列,并采用生物信息学方法进行序列分析。结果 PpCAS基因全长cDNA为2 309 bp,其开放阅读框(ORF)为2 283 bp,可编码760个氨基酸的蛋白质;PpCAS推导的蛋白质相对分子质量为8.69×104,等电点(pI)为6.54;其氨基酸序列与GenBank中其他植物CAS的同源性在60%~83%PpCAS蛋白。结论从滇重楼中首次获得PpCAS基因cDNA全长序列,该基因具有CAS同源基因的典型特征。 展开更多
关键词 滇重楼 环阿屯醇合酶 基因克隆 序列分析 开放阅读框(orf)
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猫杯状病毒实时荧光定量逆转录PCR检测方法的建立
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作者 李静怡 熊雷 +4 位作者 黄莉璎 刘晓鹏 杨盛奋 金京勋 王弋 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第12期64-72,共9页
为了建立可快速检测猫杯状病毒(FCV)的方法,本试验采用肽核酸(PNA)设计分子信标荧光探针,优化反应体系和条件,建立了FCV实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)检测方法,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,并进行临床样本检测。结果显... 为了建立可快速检测猫杯状病毒(FCV)的方法,本试验采用肽核酸(PNA)设计分子信标荧光探针,优化反应体系和条件,建立了FCV实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)检测方法,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,并进行临床样本检测。结果显示,建立的RT-qPCR检测FCV参考株具有良好的线性关系(R^(2)=0.9995),最低检测限为1×10^(2)TCID_(50)/mL,对其他相关病毒无有效响应,组内变异系数和组间变异系数均小于1%。应用该方法检测33份临床样本,阳性率为51.5%。由此可见,本试验建立的RT-qPCR敏感性、特异性和重复性均良好,可为FCV的早期快速诊断和疫病防控等提供检测手段。 展开更多
关键词 猫杯状病毒(FCV) 肽核酸(PNA) 分子信标荧光探针 实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR) 开放阅读框(orf)
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2019-2021年鸭坦布苏病毒广西流行毒株遗传多样性分析 被引量:3
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作者 熊陈勇 尹彦文 +11 位作者 施开创 李军 郑敏 韦显凯 冯淑萍 龙凤 屈素洁 陆文俊 周洪槿 黄海莲 谢守玉 黎宗强 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第8期3099-3111,共13页
【目的】研究鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)广西毒株分子遗传特征,以期了解、掌握DTMUV广西毒株流行新特点,为及时调整、制定有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2019-2021年广西各地的鸭组织病料,采用已建立的实时荧光定... 【目的】研究鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)广西毒株分子遗传特征,以期了解、掌握DTMUV广西毒株流行新特点,为及时调整、制定有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2019-2021年广西各地的鸭组织病料,采用已建立的实时荧光定量RT-PCR方法检测DTMUV,根据毒株检测年限和来源地选取部分阳性样品进行DTMUV全序列扩增及测序,并进行序列相似性、重要蛋白关键氨基酸位点、系统发育、全序列重组及遗传进化速率分析。【结果】共获得8株DTMUV全序列,基因组全长为10992 bp,为广西毒株。广西毒株之间开放阅读框(ORF)及E、NS5基因的核苷酸序列相似性分别为97.9%~99.8%、97.0%~99.9%和97.8%~99.9%,氨基酸序列相似性分别为99.1%~99.9%、99.0%~100%和99.3%~99.9%;与国内外参考毒株的核苷酸序列相似性分别为86.4%~99.3%、85.8%~99.5%和87.1%~99.2%,氨基酸序列相似性分别为96.0%~99.8%、94.8%~100%和97.5%~99.9%,且与水禽源TMUV相似性高于其他宿主源。与疫苗株FX2010相比,DTMUV广西毒株E蛋白共有11个氨基酸位点发生变异,其中第43、150、153、326、403、464及487位为广西毒株独特的氨基酸突变。ORF遗传进化分析结果显示,广西毒株均分布于2.1亚群,而源自广西的GX2011和GX2015株隶属于2.2亚群,表明DTMUV广西流行毒株进化趋势不完全一致;E、NS5基因系统发育趋势与ORF相似。重组分析结果表明,GXBH01-2019、GXZS02-2020、ziYY150901及HB2016株检测有重组信号。E、NS5基因的遗传进化速率估算分别为1.31×10^(-3)和1.30×10^(-3)替换/(位点·年),表明二者进化较为同步。【结论】当前DTMUV广西流行毒株表现为与主要流行毒株亲缘性较近,E蛋白发生特有氨基酸突变,进化趋势不一致,存在重组现象等分子特征,结果为制定有效防控措施提供了基础数据。 展开更多
关键词 鸭坦布苏病毒(DTMUV) 开放阅读框(orf) E基因 NS5基因 遗传多样性
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DNA核苷酸碱基序列分析软件的编写和应用 被引量:3
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作者 关敏 辜华良 +1 位作者 常雅萍 于永利 《白求恩医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期467-469,共3页
目的 :初步分析 DNA测序结果。方法 :采用 Visual Basic6 .0编程语言编写了 DNA碱基序列分析软件。结果 :此软件具备计数碱基、自动查找开放阅读框架 (open reading frame,ORF)、翻译氨基酸序列、查找酶切位点等主要功能。结论 :该软件... 目的 :初步分析 DNA测序结果。方法 :采用 Visual Basic6 .0编程语言编写了 DNA碱基序列分析软件。结果 :此软件具备计数碱基、自动查找开放阅读框架 (open reading frame,ORF)、翻译氨基酸序列、查找酶切位点等主要功能。结论 :该软件适用于初步分析 展开更多
关键词 DNA 碱基序列分析软件 开放阅读框架 核苷酸
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黑麦草抗冻蛋白基因的cDNA克隆及序列分析 被引量:3
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作者 邓顺阳 张党权 +5 位作者 樊绍刚 谷振军 黄青云 明付焕 祝全东 郭林林 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期18-22,共5页
对多年生黑麦草进行冷胁迫处理后,提取叶片总RNA,采用RT-PCR法获得了LpAFP成熟蛋白的cDNA克隆。序列分析结果表明,该成熟蛋白的开放读码框(ORF)长度为357 bp,编码一条由118个氨基酸组成的多肽。生物信息学分析结果表明,黑麦草成熟抗冻... 对多年生黑麦草进行冷胁迫处理后,提取叶片总RNA,采用RT-PCR法获得了LpAFP成熟蛋白的cDNA克隆。序列分析结果表明,该成熟蛋白的开放读码框(ORF)长度为357 bp,编码一条由118个氨基酸组成的多肽。生物信息学分析结果表明,黑麦草成熟抗冻蛋白与其他植物抗冻蛋白的同源性较低,与鱼类抗冻蛋白和昆虫抗冻蛋白则没有同源性。 展开更多
关键词 生物技术 黑麦草 抗冻蛋白 CDNA克隆 开放读码框 生物信息学
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长非编码RNA生物特征研究与分析 被引量:3
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作者 郭杏莉 高琳 +4 位作者 刘永轩 党合萱 王羽 杨晓飞 罗海涛 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第27期2779-2786,共8页
长非编码RNA因其独特的生物特征和复杂的生物功能引起国内外广泛关注.本文对长非编码RNA的生物特征进行研究和分析,涉及长非编码RNA的鉴定、数据特征和功能特异性.首先从生物技术及计算预测两个层面对长非编码RNA的鉴定方法进行详细阐述... 长非编码RNA因其独特的生物特征和复杂的生物功能引起国内外广泛关注.本文对长非编码RNA的生物特征进行研究和分析,涉及长非编码RNA的鉴定、数据特征和功能特异性.首先从生物技术及计算预测两个层面对长非编码RNA的鉴定方法进行详细阐述,并列出当前主要的长非编码RNA数据库.其次,分析长非编码RNA的生物特征:核酸序列开放阅读框的长度、密码子偏好性、密码子替换频率、序列保守性等,以及长非编码RNA二级结构中长茎发夹结构的特异性出现,并论述了长非编码RNA的功能特异性,包括表达的时空特异性,复杂的代谢调控机制,与复杂疾病的关系.最后指出并探讨长非编码RNA未来需进一步研究的问题和主要研究方向. 展开更多
关键词 长非编码RNA 开放阅读框 密码子偏好性 密码子替换频率 二级结构 功能预测
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3种蝙蝠听力相关基因EYA4(eyes absent 4)开放阅读框序列的克隆与分析 被引量:2
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作者 王力 王锦红 +3 位作者 何贝贝 周莹莹 叶绍辉 李钢 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期62-68,共7页
EYA4基因是与果蝇(Drosophila melanogaster)的无眼基因eya同源的4个脊椎动物转录激活因子eya基因家族(EYA1-4)的一员。相关的研究表明EYA4基因与非综合征听觉障碍有关。蝙蝠特化的听觉系统在回声定位生理过程中负责回声信息的接收和处... EYA4基因是与果蝇(Drosophila melanogaster)的无眼基因eya同源的4个脊椎动物转录激活因子eya基因家族(EYA1-4)的一员。相关的研究表明EYA4基因与非综合征听觉障碍有关。蝙蝠特化的听觉系统在回声定位生理过程中负责回声信息的接收和处理,并起到重要作用。利用RT-PCR技术,通过克隆测序得到3种蝙蝠(大足鼠耳蝠Myotis ricketti,黑髯墓蝠Taphozous melanopogon,棕果蝠Rousettusles chenaulti)EYA4基因的开放阅读框序列。通过比对分析,发现这3种蝙蝠均没有第五外显子,而在第十一外显子与第十二外显子之间有一个其他哺乳动物所没有的外显子exon b。此外,实验结果还显示,在棕果蝠中没有发现其他已知哺乳动物EYA4基因的第二十外显子;在黑髯墓蝠EYA4基因中缺少第十九外显子,而且与其他哺乳动物相比,黑髯墓蝠EYA4基因具有较短的第十六外显子,即缺少了30个碱基;大足鼠耳蝠与非蝙蝠哺乳动物一样存在第十九和第二十外显子的可变剪接模式,且在第二与第三外显子中间存在外显子exon a。 展开更多
关键词 蝙蝠 EYA4 开放阅读框(orf) eyaHR eyaVR
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吴茱萸Mn/Fe-SOD基因全长cDNA克隆及序列分析 被引量:2
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作者 吴波 罗光明 +1 位作者 潘超美 张寿文 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1814-1817,共4页
目的克隆吴茱萸Mn/Fe-SOD基因的全长cDNA序列。方法根据已获得的吴茱萸Mn/Fe-SOD基因核心片段序列设计4条特异性引物,采用RACE和巢式PCR方法克隆获得吴茱萸Mn/Fe-SOD基因全长cDNA。结果吴茱萸Mn/Fe-SOD基因全长cDNA序列共1 048 bp,包含... 目的克隆吴茱萸Mn/Fe-SOD基因的全长cDNA序列。方法根据已获得的吴茱萸Mn/Fe-SOD基因核心片段序列设计4条特异性引物,采用RACE和巢式PCR方法克隆获得吴茱萸Mn/Fe-SOD基因全长cDNA。结果吴茱萸Mn/Fe-SOD基因全长cDNA序列共1 048 bp,包含一个687 bp的开放阅读框(open reading frame,ORF),共编码228个氨基酸。结论首次从吴茱萸中克隆得到了Mn/Fe-SOD基因的全长cDNA序列,为研究该基因在吴茱萸体内超量表达以提高植物抗逆性研究奠定基础。 展开更多
关键词 吴茱萸 MN Fe—SOD基因克隆 RACE 开放阅读框 序列分析
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2020—2021年冬季长春市水痘-带状疱疹病毒流行株基因特征分析 被引量:2
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作者 付兴烨 李晴 +3 位作者 吕品 姜雪鸥 孟迪 张夫坤 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期424-426,432,共4页
目的分析2020—2021年冬季长春市水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus,VZV)流行株的基因特征。方法选择48例2020—2021年长春市水痘或带状疱疹患者为研究对象,制备疱疹液样本。提取VZV的DNA,以其为模板PCR扩增VZV基因组ORF22、OR... 目的分析2020—2021年冬季长春市水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus,VZV)流行株的基因特征。方法选择48例2020—2021年长春市水痘或带状疱疹患者为研究对象,制备疱疹液样本。提取VZV的DNA,以其为模板PCR扩增VZV基因组ORF22、ORF38、ORF54及ORF62特异性片段,并测序。将测序结果与各基因型VZV代表株的ORF22单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行比对;应用SnapGene软件寻找测序结果中ORF38-PstⅠ、ORF54-BglⅠ和ORF62-SmaⅠ酶切位点,并与Oka株(PstⅠ^(-)BglⅠ^(+)SmaⅠ^(+))进行比对。结果48份疱疹液样本VZV基因ORF22-SNP位点碱基均与pOka株一致,为Clade2基因型。其中47份为PstⅠ^(-)BglⅠ^(+)SmaⅠ^(+),1份为PstⅠ^(-)BglⅠ^(+)SmaⅠ^(+),均为野毒株。结论2020—2021年冬季长春市流行的VZV均为Clade2基因型的野毒株,且具有高度保守性。 展开更多
关键词 水痘-带状疱疹病毒 基因型 开放阅读框 单核苷酸多态性
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输血传播病毒ORF2基因的克隆和原核表达 被引量:1
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作者 白慕群 周旭 +1 位作者 安静 姜英 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2007年第3期181-183,186,共4页
目的克隆输血传播病毒(TTV)兰州株ORF2的基因,并构建原核表达载体。方法通过巢式PCR,从一份兰州地区无偿献血员血清中扩增TTV病毒的ORF2基因,并克隆到pGEM-T载体中,进行核苷酸序列分析。然后亚克隆到高效表达质粒pET22b(+)中,构建表达载... 目的克隆输血传播病毒(TTV)兰州株ORF2的基因,并构建原核表达载体。方法通过巢式PCR,从一份兰州地区无偿献血员血清中扩增TTV病毒的ORF2基因,并克隆到pGEM-T载体中,进行核苷酸序列分析。然后亚克隆到高效表达质粒pET22b(+)中,构建表达载体ORF2-pET22,在大肠杆菌中诱导表达带有6个组氨酸标签的ORF2融合蛋白。用纯化的重组ORF2蛋白作为抗原,ELISA检测人血清样本中的TTV-IgG抗体。结果ORF2基因与日本TA287株的同源性为99.3%。用TTV-PCR阳性的血清对重组蛋白进行了Western blot,结果在表达蛋白位置处出现了特异性反应条带。以ORF2蛋白为抗原的ELISA检测结果具有较好的准确性。结论已成功克隆了ORF2基因,并在原核细胞中表达。 展开更多
关键词 输血传播病毒 orf 克隆 原核表达
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半滑舌鳎GAPDH基因开放读码框的克隆及序列分析 被引量:1
12
作者 陈蓉 饶颖竹 +1 位作者 梁静真 邓富琳 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第19期126-130,共5页
甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)广泛存在于真核生物中,对许多生理活动具有重要作用。参考金头鲷和斑马鱼的甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因序列设计一对简并引物,提取半滑舌鳎肌肉组织总RNA,采用RT-PCR技术对GAPDH基因进行克隆测序及序列... 甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)广泛存在于真核生物中,对许多生理活动具有重要作用。参考金头鲷和斑马鱼的甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因序列设计一对简并引物,提取半滑舌鳎肌肉组织总RNA,采用RT-PCR技术对GAPDH基因进行克隆测序及序列分析。结果表明,从半滑舌鳎肌肉组织中成功克隆了GAPDH基因的开放读码框(ORF),序列全长1 002 bp,编码333个氨基酸,分子量为36.0235 ku,等电点PI为7.75。序列同源性分析显示,该序列与其他鱼类的GAPDH氨基酸序列具有较高的同源性。 展开更多
关键词 半滑舌鳎 甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH) 开放读码框(orf) 克隆 序列分析
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应用改进的多聚组氨酸标签T7表达载体构建肺癌cDNA文库 被引量:1
13
作者 董晓民 钟理 +1 位作者 樊江平 张旭朏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期475-481,共7页
应用噬菌体C端展示系统构建的cDNA文库缺乏开放阅读框筛选机制,文库中多数噬菌体克隆展示框外非天然短肽,给后期蛋白质的筛选带来了不便.为实现噬菌体的ORF筛选功能,利用PCR技术对已有载体T7Select10-3b进行改造,在MCS处外源cDNA插入位... 应用噬菌体C端展示系统构建的cDNA文库缺乏开放阅读框筛选机制,文库中多数噬菌体克隆展示框外非天然短肽,给后期蛋白质的筛选带来了不便.为实现噬菌体的ORF筛选功能,利用PCR技术对已有载体T7Select10-3b进行改造,在MCS处外源cDNA插入位点的3'端引入6聚组氨酸筛选标签,经包装后挑取成功表达的单克隆构建肺癌cDNA文库.经镍柱亲和层析后,收集文库中表达组氨酸的克隆,利用化学发光免疫试验进行筛选效果鉴定.结果显示,改造的新型载体可成功表达组氨酸标签,以此构建的肺癌cDNA文库经筛选后,含ORF插入的克隆由筛前的6%提高至70%,本研究为提高cDNA文库的质量提供了一种简便可行的方法. 展开更多
关键词 组氨酸标签 T7噬菌体展示文库 开放阅读框
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鲤鱼NOD1基因克隆与组织特异性表达分析
14
作者 黄建勋 安利国 +2 位作者 袁金铎 张福淼 杨桂文 《济南大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2012年第3期260-265,共6页
利用RT-PCR技术在鲤鱼(Cyprinus carpio)中首次克隆得到了NOD1基因编码序列全长。生物信息学分析发现,鲤鱼NOD1具有3个保守结构域和相应的保守位点,在进化中与草鱼亲缘关系最近;半定量RT-PCR分析NOD1基因在鲤鱼不同组织中分布发现,NOD1... 利用RT-PCR技术在鲤鱼(Cyprinus carpio)中首次克隆得到了NOD1基因编码序列全长。生物信息学分析发现,鲤鱼NOD1具有3个保守结构域和相应的保守位点,在进化中与草鱼亲缘关系最近;半定量RT-PCR分析NOD1基因在鲤鱼不同组织中分布发现,NOD1在头肾和血液中表达最高,在肌肉、皮肤和性腺中表达量最少;鳗弧菌(V.anguillarum)刺激后NOD1基因在肝脏、脾脏、头肾和前肠中表达量都有明显上升。研究结果显示NOD1在鲤鱼应对鳗弧菌刺激天然免疫过程中可能发挥着重要作用。 展开更多
关键词 鲤鱼 NOD1 克隆 开放性阅读框
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口蹄疫病毒WFL株ORF基因真核表达质粒的构建及病毒的拯救
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作者 任林柱 王兴龙 +2 位作者 崔丽瑾 张辉 孟柯音 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期27-31,共5页
构建了FMDVWFL株ORF(open reading frame)基因真核表达质粒pEGFP-C1-A3I3,并进行了表达研究和共转染研究。结果发现,该质粒可以在BHK-21细胞中表达。将其与体外转录获得的FMDV RNA共转染BHK-21细胞后,用夹心ELISA、RT-PCR法以及电镜观... 构建了FMDVWFL株ORF(open reading frame)基因真核表达质粒pEGFP-C1-A3I3,并进行了表达研究和共转染研究。结果发现,该质粒可以在BHK-21细胞中表达。将其与体外转录获得的FMDV RNA共转染BHK-21细胞后,用夹心ELISA、RT-PCR法以及电镜观察证明共转染后的细胞培养液中有病毒粒子,且病毒量高于单独转染RNA所得病毒量。证明用FMDV基因组真核表达质粒与其基因组体外转录RNA共转染敏感细胞可提高拯救病毒的数量。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 开放性阅读框 真核表达 反向遗传技术 拯救
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预测酵母基因组中基因数目的一种方法
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作者 冯立芹 李宏 王耘涛 《内蒙古民族大学学报(自然科学版)》 2005年第6期625-628,共4页
分析了酵母(Saccharomyces cerevisiae,Scer)、大肠杆菌(Escherichia,Ecoli)和枯草杆菌(Bacillus sub- tilis,Bsub)基因组中基因和开阅读框架(open reading frame,ORF)的数目随长度的分布,发现不同生物的分布相似且有明显的规律性,并依... 分析了酵母(Saccharomyces cerevisiae,Scer)、大肠杆菌(Escherichia,Ecoli)和枯草杆菌(Bacillus sub- tilis,Bsub)基因组中基因和开阅读框架(open reading frame,ORF)的数目随长度的分布,发现不同生物的分布相似且有明显的规律性,并依照此规律估计了酵母基因组中基因数目约为5752个.本文的方法对于评估理论预测基因的可靠性具有建设性意义. 展开更多
关键词 基因组 基因 开阅读框架(orf)
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酵母基因组中ORF数目与长度的关系
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作者 冯立芹 《生物信息学》 2011年第1期32-34,共3页
根据NCBI数据库中基因注释序列及相关注释文件,统计了酿酒酵母基因组中不同长度的开阅读框架(Open ReadingFrame,ORF)的数目,分析了开阅读框架的数目随长度的分布关系,结果发现有明显的规律性。根据分布的特点用各种分布模型进行拟合比... 根据NCBI数据库中基因注释序列及相关注释文件,统计了酿酒酵母基因组中不同长度的开阅读框架(Open ReadingFrame,ORF)的数目,分析了开阅读框架的数目随长度的分布关系,结果发现有明显的规律性。根据分布的特点用各种分布模型进行拟合比较,提出这类分布是Г(α,β)分布的假设。进一步根据Г(α,β)分布估算了酵母基因组蛋白质编码序列的数目为5870个。该结果对于基因注释具有一定的参考价值。 展开更多
关键词 基因组 开阅读框架(orf) Г(α β)分布
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2株微孢子虫热激蛋白Hsp70的ORF研究
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作者 马兰 李灿 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2013年第8期139-143,147,共6页
为探讨微孢子虫的起源、分类地位及亲缘关系,在系统发育分析的基础上,对家蚕微孢子虫(Nosema.bombycis)和柞蚕微孢子虫(N.antheraeae)Hsp70基因的ORF序列进行克隆、测序,同时将2种微孢子虫的Hsp70基因的ORF序列翻译成氨基酸序列,利用Exp... 为探讨微孢子虫的起源、分类地位及亲缘关系,在系统发育分析的基础上,对家蚕微孢子虫(Nosema.bombycis)和柞蚕微孢子虫(N.antheraeae)Hsp70基因的ORF序列进行克隆、测序,同时将2种微孢子虫的Hsp70基因的ORF序列翻译成氨基酸序列,利用Expasy蛋白质数据库的分析工具和DNAstar软件对其功能进行理论分析和预测。结果表明:家蚕微孢子虫和柞蚕微孢子虫的Hsp70氨基酸序列在N端均有一个高度保守的基序GIDLGTT,另外还有被作为线粒体Hsp70标志的2个保守的基序;氨基酸序列相似性比较结果发现,家蚕微孢子虫广东株Hsp70的蛋白氨基酸序列和家蚕微孢子虫日本株的相似性最近,约为96%。系统发育分析发现,微粒子属和变形虫属有较近的亲缘关系。功能预测表明,2种微孢子虫在信号肽剪切位点、跨膜结构域及糖基化位点、二级结构、亲水性、柔韧性等方面均存在异同。 展开更多
关键词 微孢子虫 热激蛋白70 开放读码框
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墨西哥利什曼原虫环形DNA1含有编码核苷酸结合蛋白基因(英文)
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作者 汪俊云 杨玥涛 +1 位作者 包意芳 瞿靖琦 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2001年第4期217-220,共4页
目的 对扩增的墨西哥利什曼原虫环形 DNA1(CD1)部分片段进行测序 ,确定具有蛋白编码功能的开放阅读框。 方法 通过脉冲电泳方法分离并使用琼脂糖酶方法回收 CD1,酶切的 CD1片段克隆于 p Zero载体 ,用 M13通用引物自动测序决定核苷酸... 目的 对扩增的墨西哥利什曼原虫环形 DNA1(CD1)部分片段进行测序 ,确定具有蛋白编码功能的开放阅读框。 方法 通过脉冲电泳方法分离并使用琼脂糖酶方法回收 CD1,酶切的 CD1片段克隆于 p Zero载体 ,用 M13通用引物自动测序决定核苷酸序列 ,用 GCG- PCGENE程序分析序列。 结果 测出 4385个核苷酸序列 ,通过分析发现两个开放阅读框具有蛋白质编码功能 (编码核苷酸结合蛋白 )。 结论 墨西哥利什曼原虫 展开更多
关键词 利什曼原虫 环形DNA1(CD1) 开放阅读框 蛋白质编码功能 结合蛋白基因
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乙醛脱氢酶2基因的可变剪接分析
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作者 夏万松 夏英 +5 位作者 韦四喜 周春欢 杜洪 袁婷 金泳 黄海 《贵州医科大学学报》 CAS 2021年第1期22-26,31,共6页
目的 探讨胃癌细胞中的乙醛脱氢酶2(ALDH2) m RNA发生可变剪接。方法 设计ALDH2基因特异性引物,用胃癌细胞(AGS、HGC-27、MKN45)、正常人胃黏膜上皮细胞GES-1和人外周全血白细胞提取RNA,进行逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增,然后对ALDH... 目的 探讨胃癌细胞中的乙醛脱氢酶2(ALDH2) m RNA发生可变剪接。方法 设计ALDH2基因特异性引物,用胃癌细胞(AGS、HGC-27、MKN45)、正常人胃黏膜上皮细胞GES-1和人外周全血白细胞提取RNA,进行逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增,然后对ALDH2扩增产物进行测序分析;使用DNAStar软件分析ALDH2变异体(V)的开放阅读框(ORF)。结果 ALDH2变异体1(V1)外显子2和外显子4发生可变剪接,V1外显子1的3’端和外显子3的5’端3个不同的位点发生可变剪接,V1存在8个长度超过100氨基酸的ORF。结论 ALDH2 m RNA存在多种可变剪接形式,提示其存在复杂的蛋白表达功能。 展开更多
关键词 胃肿瘤 胃肿瘤细胞 乙醛脱氢酶2 可变剪接 变异体 开放阅读框
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