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蓝细菌中与PⅡ蛋白或NtcA蛋白相互作用的PipX蛋白的生物信息学分析 被引量:2
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作者 张鹏 王莉 陈雯莉 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期48-54,共7页
应用NCBI、Expasy等在线生物信息学网站与生物信息学软件对蓝细菌各菌株的PipX进行多序列同源对比分析,获得保守序列,预测了二级结构与结构域,分析了pipX的基因簇等。分别构建了蓝细菌的16S rDNA进化树以及基于PipX的分子进化树,同时也... 应用NCBI、Expasy等在线生物信息学网站与生物信息学软件对蓝细菌各菌株的PipX进行多序列同源对比分析,获得保守序列,预测了二级结构与结构域,分析了pipX的基因簇等。分别构建了蓝细菌的16S rDNA进化树以及基于PipX的分子进化树,同时也对与PipX相互作用的NtcA和PⅡ构建分子进化树进行了比较分析,了解它们之间起源与进化的关系。由此推测PipX可能是蓝细菌氮代谢途径中除NtcA、PⅡ外的另一个关键调控蛋白,有着重要的生理功能。 展开更多
关键词 PipX ntca PⅡ 生物信息学 蓝细菌
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鱼腥蓝细菌PCC 7120中一个受到NtcA调控的基因alr1390 被引量:1
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作者 刘梦滢 王莉 陈雯莉 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期36-40,共5页
NtcA是鱼腥蓝细菌中一种重要的氮代谢调控蛋白质,参与异形胞的分化。许多受NtcA调控的基因都至少有一个保守的NtcA结合位点GTA-N8-TAC。经生物信息学分析,鱼腥蓝细菌PCC7120基因alr1390可能的转录起始位点的上游有一个保守的NtcA结合位... NtcA是鱼腥蓝细菌中一种重要的氮代谢调控蛋白质,参与异形胞的分化。许多受NtcA调控的基因都至少有一个保守的NtcA结合位点GTA-N8-TAC。经生物信息学分析,鱼腥蓝细菌PCC7120基因alr1390可能的转录起始位点的上游有一个保守的NtcA结合位点GTA-TAGTTTTC-TAC。【目的】为了鉴定alr1390和NtcA之间的关系,【方法】采用实时定量反转录PCR实验(Real-time RT-PCR)和电泳迁移率实验(Electrophoretic mobility shift assays,EMSA)对alr1390和NtcA之间的关系进行了分析。【结果】Real-timeRT-PCR结果显示,alr1390的转录水平在野生型鱼腥蓝细菌PCC7120中缺氮诱导后和诱导前持平,而在ntcA突变体中缺氮诱导12h后呈现上调趋势。但是EMSA实验中没有检测到明显的NtcA和alr1390启动子区片段结合的滞后带,却观察到一条拖带。【结论】这说明alr1390受到NtcA的调控。 展开更多
关键词 鱼腥蓝细菌(Anabaena sp.)PCC 7120 ntca alr1390 实时定量反转录PCR(Real-time RT—PCR) 泳迁移率实验(Electrophoretic MOBILITY SHIFT assays EMSA)
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Dynamics of Cylindrospermopsin Production and Toxin Gene Expression in Aphanizomenon ovalisporum
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作者 Ángel Barón-Sola Francisca F. del Campo Soledad Sanz-Alférez 《Advances in Microbiology》 2016年第5期381-390,共10页
Aphanizomenon ovalisporum is a cylindrospermopsin (CYN)-producing cyanobacteria species that due to its increasing worldwide distribution has become an important health alarm in the last few years. Several clusters of... Aphanizomenon ovalisporum is a cylindrospermopsin (CYN)-producing cyanobacteria species that due to its increasing worldwide distribution has become an important health alarm in the last few years. Several clusters of genes involved in CYN production have been described in different CYN+ cyanobacteria genera, named aoa for Aphanizomenon and cyr for Cylindrospermopsis and others strains. The sequences of those genes are highly similar, but a rearrangement in gene order is also observed. The information on the control of CYN production by gene expression is still scarce, especially in Aphanizomenon. To obtain further information about the control of CYN production in A. ovalisporum, we have quantified the intra and extracellular CYN content, during nine days in BG11 batch cultures under optimal conditions. In parallel, the expression of four genes related to CYN synthesis, aoaA-C and cyrJ, has been analyzed by real time q-PCR. The results show a similar pattern of total CYN accumulation and gene expression. Most of the CYN is found intracellularly. Considering the high nitrogen content in the CYN molecule, we have explored if nitrogen assimilation could be related to CYN synthesis. We found inside the aoaA and aoaC sequences several putative binding domains for the global nitrogen regulator NtcA. The pattern of the ntcA expression along the culture is similar to that of CYN accumulation. Our data suggest that CYN production in A. ovalisporum seems to be controlled both by the expression of genesaoa and ntcA, this last one suggesting the influence of available nitrogen;however, other regulation mechanisms of CYN synthesis cannot be discarded. 展开更多
关键词 CYANOBACTERIA CYANOTOXINS aoa Genes cyrGenes ntca Gene Gene Regulation
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2-OG对蓝细菌氮代谢调控转录因子NtcA的DNA结合能力影响的结构研究
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作者 赵梦溪 江永亮 +1 位作者 何永兴 周丛照 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第S1期376-377,共2页
蓝细菌(Anabaena PCC7210)中的NtcA是属于cAMP受体蛋白(CAP)家族的一个转录因子。蓝细菌中缺乏α-酮戊二酸(2-OG)脱氢酶。
关键词 蓝细菌 ntca 转录因子 2-OG DNA结合
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林县人尿中的亚硝基异脯氨酸对NIH3T3细胞的恶性转化作用
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作者 崔小邢 陆士新 《中华肿瘤杂志》 CAS CSCD 北大核心 1989年第2期101-103,共3页
关键词 ntca 恶性转化 致瘤性 食管癌
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鱼腥藻PCC 7120 ntcA基因研究进展
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作者 蔡雁 高宏 《安徽农业科学》 CAS 2012年第10期5792-5794,5796,共4页
自1990年鱼腥藻PCC 7120中ntcA基因编码的蛋白被发现和鉴定以来,对其研究已取得一系列重要进展,其研究成果主要集中于ntcA基因及其编码蛋白的结构、功能及作用机制等方面,为更全面的了解鱼腥藻PCC 7120中的氮代谢和异形胞分化提供了线... 自1990年鱼腥藻PCC 7120中ntcA基因编码的蛋白被发现和鉴定以来,对其研究已取得一系列重要进展,其研究成果主要集中于ntcA基因及其编码蛋白的结构、功能及作用机制等方面,为更全面的了解鱼腥藻PCC 7120中的氮代谢和异形胞分化提供了线索。该研究分别从ntcA基因结构、其编码蛋白的功能、作用机制及作用范围等4个方面对鱼腥藻PCC 7120 ntcA基因的研究进展进行了简要综述。 展开更多
关键词 鱼腥藻PCC 7120 ntca基因 α酮戊二酸
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