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一个中国汉族ABO血型B亚型家系中发现新的B等位基因 被引量:37
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作者 喻琼 吴国光 +2 位作者 梁延连 邓志辉 苏宇清 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期129-133,共5页
目的 研究中国汉族人群ABO血型中B亚型的分子遗传背景,发现并鉴定ABO新等位基因。方法 随机选择10个正常的B型志愿捐血者样本作对照,对6例血型血清学鉴定为B亚型的样本,采用序列特异性引物-聚合酶链反应方法、ABO基因第6及第7外显子PC... 目的 研究中国汉族人群ABO血型中B亚型的分子遗传背景,发现并鉴定ABO新等位基因。方法 随机选择10个正常的B型志愿捐血者样本作对照,对6例血型血清学鉴定为B亚型的样本,采用序列特异性引物-聚合酶链反应方法、ABO基因第6及第7外显子PCR产物直接测序,进行基因定型;并对B等位基因的第6外显子、第6内含子及第7外显子进行基因克隆和单倍体测序分析。结果 2例血清学为Bx、BW的B亚型样本中,发现一个新的B等位基因。该等位基因与B1 0 1 等位基因相比,差异仅在第7外显子nt6 95位T>C突变。进一步对其中一个Bx 血型的个体进行家系调查,结果该家系的11人中,7人带有该新B等位基因。而其余的4例B亚型样本及10例对照样本,ABO基因的第6、7外显子未发现新的点突变。结论 首次发现6 95 T>C变异的新B等位基因,该等位基因nt6 95位由T转变为C,2 32位氨基酸由亮氨酸转变为脯氨酸,可导致糖基转移酶活性的降低,表明ABO基因的第2 32位氨基酸对决定糖基转移酶活性至关重要。 展开更多
关键词 ABO血型 B亚型 聚合酶链反应方法 第7外显子 ABO基因 序列特异性引物 中国汉族人群 新等位基因 血清学鉴定 PCR产物 第6外显子 遗传背景 直接测序 基因定型 测序分析 基因克隆 家系调查 Bx血型 首次发现 氨基酸 酶活性
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栽培大豆农艺性状的关联分析及优异等位变异挖掘 被引量:25
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作者 杨胜先 牛远 +4 位作者 李梦 魏世平 刘晓芬 吕海燕 章元明 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第20期3941-3952,共12页
【目的】发掘大豆农艺性状稳定表达的QTL、优异等位变异及其携带优异等位变异的载体材料,为大豆分子标记辅助选择和分子设计育种等后续研究提供重要依据。【方法】利用大豆基因组上均匀分布的135对SSR引物对通过分层随机抽取的6大生态区... 【目的】发掘大豆农艺性状稳定表达的QTL、优异等位变异及其携带优异等位变异的载体材料,为大豆分子标记辅助选择和分子设计育种等后续研究提供重要依据。【方法】利用大豆基因组上均匀分布的135对SSR引物对通过分层随机抽取的6大生态区的257个栽培大豆品种进行全基因组扫描以获得分子标记信息,2009年和2010年在南京农业大学江浦农场对供试群体株高、分枝数、主茎节数、茎粗和单株荚数进行表型鉴定以获得数量性状表型观测值,用广义线性模型、优化压缩混合线性模型和上位性关联分析3种方法,实施农艺性状表型与SSR标记基因型间的关联分析。【结果】供试品种株高、分枝数、主茎节数、茎粗和单株荚数变异系数介于24.62%—52.34%,品种间和品种与环境互作差异极显著;广义线性模型、优化压缩混合线性模型和上位性关联分析3种方法分别检测到年份间稳定表达的上述5性状的47、11和58个QTL,其中,2种方法间和3种方法间分别有34和4个共同QTL,上位性关联分析检测到1对上位性QTL和32个环境互作QTL;检测得到的主效QTL中,有18个主效QTL与前人鉴定的QTL位置一致或紧密连锁;发掘了一批农艺性状的优异等位基因及携带优异等位基因的载体材料,其中,satt669-145bp、satt102-154bp、satt382-395 bp和satt534-161bp分别是主茎节数、分枝数、茎粗和株高的增效效应最大的等位基因,其载体材料分别为白花豆、合肥两塘焦双青豆、油葫芦和浦霞大豆。【结论】检测到年份间或方法间稳定表达的株高、分枝数、主茎节数、茎粗和单株荚数5个农艺性状的107个主效QTL。 展开更多
关键词 大豆 农艺性状 SSR 关联分析 数量性状基因座 优异等位基因
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五指山猪近交系群体中DRA和DRB基因的SSCP检测 被引量:16
3
作者 孙俊丽 牟玉莲 +2 位作者 顾茂松 刘小林 冯书堂 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2005年第8期1458-1461,共4页
为确定五指山猪(WZSP)近交系群体SLA!ⅡDRA、DRB基因的等位基因数及其特性,利用PCR扩增SLA!ⅡDRA、DRB基因的第2外显子序列,经单链构象多态性即SSCP检测其等位基因数,选择纯合子个体的PCR产物直接测序。对所获得的序列与Genbank中所有... 为确定五指山猪(WZSP)近交系群体SLA!ⅡDRA、DRB基因的等位基因数及其特性,利用PCR扩增SLA!ⅡDRA、DRB基因的第2外显子序列,经单链构象多态性即SSCP检测其等位基因数,选择纯合子个体的PCR产物直接测序。对所获得的序列与Genbank中所有相应的序列进行比对和聚类分析,特别是SLA!DRB!C、SLA!DRB!D、HLA!DRB*09012、HLA!DRB*1201、HLA!DRA*0101等位基因。结果表明:在WZSP近交系群体中,DRA、DRB各有2个等位基因且发现1个DRB新等位基因。DRA第2外显子有很强的保守性,而DRB基因呈现出高度的多态性,在核苷酸水平同源性为85%以上,氨基酸水平同源性为70%以上。该试验成功地检测了WZSP近交系SLA!DRA、DRB基因的等位基因及其特性,为建立WZSPSLA!DR基因抗原的分子分型及特异单倍型猪的培育研究奠定基础。 展开更多
关键词 五指山猪 SLA-Ⅱ DRA DRB SSCP 新等位基因
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直接测序法用于四川骨髓库汉族人群HLA-C等位基因分布的研究 被引量:16
4
作者 夏玲 王珏 +4 位作者 罗玫 纪欣 杨刘 陈雪黎 陈强 《中国输血杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期596-601,共6页
目的建立HLA-C等位基因通用引物直接测序法,研究中华骨髓库四川分库(简称四川骨髓库)中川籍汉族人群HLA-C等位基因分布。方法在四川骨髓库已获HLA-A/B/DRB1高分辨分型结果的600余份川籍汉族街头无关自愿捐献者标本中,随机选择244份标本... 目的建立HLA-C等位基因通用引物直接测序法,研究中华骨髓库四川分库(简称四川骨髓库)中川籍汉族人群HLA-C等位基因分布。方法在四川骨髓库已获HLA-A/B/DRB1高分辨分型结果的600余份川籍汉族街头无关自愿捐献者标本中,随机选择244份标本,采用PCR-SBT对HLA-C位点测序分型,通用引物测序后产生的模棱两可分型结果,分别采用加测相应外显子和组特异性测序方法确认;获得所有标本确切的高分结果后,计算HLA-C各等位基因分布频率,并与其他人群比较。结果 244份标本中直接出HLA-C位点高分辨结果的比例为27.87%(68/244),须加测外显子1、5、6和7的为61.07%(149/244),须组特异性测序的为47.54%(116/244);共检出HLA-C等位基因25个,其中等位基因频率>10%的3个:C*01∶02、C*07∶02和C*03∶04,等位基因频率>1%的12个,累计频率95.69%;四川汉族人群HLA-C等位基因的分布与中国南方人群最为接近,与美国高加索人群和黑人的差异最大。另外,发现了1例新等位基因C*06∶45,它与同源性最高的C*06∶02在第187位碱基存在1个点突变:G>T,使密码子39由GAC>TAC,导致编码的氨基酸由天门冬氨酸(Asp)>酪氨酸(Tyr);此位点在此之前尚未发现过碱基突变。结论建立了针对HLA-C基因第2—4外显子的通用引物直接测序法,并提出了模棱两可结果的解决策略,所测标本均获得确切高分结果;四川汉族人群中HLA-C等位基因呈现多样性并存在自身特点。 展开更多
关键词 HLA-C等位基因 四川汉族 中华骨髓库 直接测序 通用引物测序 组特异性测序 C^*06∶45 新等位基因
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甘蓝型油菜油酸、亚油酸和亚麻酸含量的关联分析 被引量:15
5
作者 蔡东芳 张书芬 +2 位作者 肖英杰 吴江生 刘克德 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期397-405,共9页
关联分析是一种分辨率较高的高效QTL定位方法。为初步揭示甘蓝型油菜油酸、亚油酸和亚麻酸的遗传基础,挖掘可能控制该性状的候选基因位点,选取192份甘蓝型油菜品种和自交系构建自然群体,利用1 109个SSR和AFLP标记对菜籽中油酸、亚油酸... 关联分析是一种分辨率较高的高效QTL定位方法。为初步揭示甘蓝型油菜油酸、亚油酸和亚麻酸的遗传基础,挖掘可能控制该性状的候选基因位点,选取192份甘蓝型油菜品种和自交系构建自然群体,利用1 109个SSR和AFLP标记对菜籽中油酸、亚油酸、亚麻酸进行了初步全基因组关联分析。在最优的Q+K模型下,2009-2011年3年共检测到93个显著关联的标记位点,对表型解释的效应值在3.04%-38.34%之间,其中有49个标记在2年或3年中被同时检测到(P〈0.001)。共检测到15个标记与多个性状共关联,其中有9个与油酸和亚油酸共关联。同时也检测到一些对油酸具有正向贡献的优异等位基因。这些优异等位基因的聚合将有助于改良甘蓝型油菜的脂肪酸成分。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 脂肪酸成分 关联分析 优异等位基因
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ABO血型新等位基因Ael08的分子生物学研究 被引量:14
6
作者 吕杭军 洪小珍 +3 位作者 应燕玲 许先国 朱发明 严力行 《中国输血杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期676-679,共4页
目的研究ABO新等位基因Ael08的分子机制。方法利用单克隆抗体检测先证者标本红细胞ABO血型抗原,标准A、B、O红细胞检测血清中的ABO抗体,吸收放散试验检测红细胞上微量抗原;采用PCR技术扩增先证者ABO基因的第5~7外显子序列,PCR产物... 目的研究ABO新等位基因Ael08的分子机制。方法利用单克隆抗体检测先证者标本红细胞ABO血型抗原,标准A、B、O红细胞检测血清中的ABO抗体,吸收放散试验检测红细胞上微量抗原;采用PCR技术扩增先证者ABO基因的第5~7外显子序列,PCR产物经双酶切后直接测序分析6和7外显子;扩增产物经TOPOTA克隆到质粒载体中获得单链,对所得克隆作ABO基因第6、7外显子双向测序分析;家系调查采集先证者父亲和哥哥的标本作血型血清学试验和ABO基因第6和7外显子直接测序分析。结果先证者红细胞上表达很弱的A抗原,只有通过吸收放散才能有效检出,同时其血浆中存在较强的抗-B和较弱的抗-A;直接测序分析发现:6号外显子第261位缺失杂合,7号外显子第297位A/G、467C/T、646T/A、681G/A、771C/T、829G/A、804insG/G杂合;克隆测序发现1个为常见的002等位基因,另1个为1种新的等位基因(已被dRBCNCBI命名为Ae抑8),与A102比较,Ael08在第804位碱基处插入G,这导致氨基酸第268位后阅读框架发生改变,编码产物比正常A1转移酶多37个氨基酸。家系调查显示:先证者Ael08等位基因从父亲遗传所得。结论发现1个ABO新等位基因Ael08,α-1,3-N.乙酰半乳糖胺基转移酶基因(A基因)第804位碱基处插入G突变导致产生Ael表型。 展开更多
关键词 Ael表型 ABO基因 抗-A 新等位基因
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人类白细胞抗原新等位基因DRB1*1219的确认及其序列分析 被引量:11
7
作者 聂向民 张毅 +4 位作者 房云海 宋永红 庄云龙 刘艳 朱传福 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期99-102,共4页
目的鉴定分析1个白血病患者家庭HLA~DRB1位点1个新等位基因。方法应用PCR-序列特异性引物及LuminexDNA杂交流式分型技术进行HLA分型,发现1个与HLA-DRB1*120201相关的未知基因。应用DNA测序技术进行鉴定分析并与已知序列比对分析。结... 目的鉴定分析1个白血病患者家庭HLA~DRB1位点1个新等位基因。方法应用PCR-序列特异性引物及LuminexDNA杂交流式分型技术进行HLA分型,发现1个与HLA-DRB1*120201相关的未知基因。应用DNA测序技术进行鉴定分析并与已知序列比对分析。结果先证者DRB1位点有1个等位基因的核苷酸序列与所有已知基因序列均不相同,与同源性最高的DRB1*120201相比,第2外显子第341位核苷酸碱基发生了C→T,结果导致相应85位密码子编码的丙氨酸变为缬氨酸。结论测序表明被测样本含有1个HLA-DRB1新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*1219(序列号EJ374889)。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 测序 新等位基因 DRB1*1219等位基因
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新等位基因HLA-B*40:96的确认及家系遗传 被引量:8
8
作者 朱传福 张毅 +3 位作者 庄云龙 宋永红 刘艳 聂向民 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期517-520,共4页
目的鉴定一个中国汉族人群中发现的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因,调查该基因的家系遗传情况。方法应用Luminex DNA杂交流式分型技术进行HLA分型,发现1例HLA—B位点反应格局异常,采用DNA测序分型技术进... 目的鉴定一个中国汉族人群中发现的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因,调查该基因的家系遗传情况。方法应用Luminex DNA杂交流式分型技术进行HLA分型,发现1例HLA—B位点反应格局异常,采用DNA测序分型技术进行新等位基因鉴定并对该基因的先证者进行家系调查。结果DNA序列确定为一个新HLA-B等位基因序列,与同源性最高的HLA-B*40:06:01相比,在第2外显子有7个碱基不同,分别是302位G→A、309位G→C、311位A→C、313位C→G、314位T→C、317位G→T、319位G→C,并导致相应密码子编码的氨基酸发生了改变,密码子101位由丝氨酸(Ser)天冬氨酸(Asn)、104位由天冬氨酸(Asn)-苏氨酸(Thr)、105位由亮氨酸(Leu)→丙氨酸(Ala)、106位由精氨酸(Arg)→亮氨酸(Leu)、107位由甘氨酸(Gly)→精氨酸(Arg)。家系分析表明该新基因来自先证者父亲。结论鉴定了一个HLA-B新等位基因,2009年2月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA—B*40:96。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 新等位基因 人类白细胞抗原-B*40:96 家系调查
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HLA新等位基因HLA-B_*67:07测序分析及确认 被引量:4
9
作者 王天菊 陈利萍 +2 位作者 王小芳 王满妮 齐珺 《临床输血与检验》 CAS 2017年第5期482-486,共5页
目的人类白细胞抗原B新等位基因核苷酸序列分析及确认。方法采用序列特异性寡核苷酸探针技术(SSO)对2015年中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)人库数据进行HLA常规检测,结果显示有1个磁珠反应异常,进一步选择多聚酶链反应-测序(PCR-SBT)... 目的人类白细胞抗原B新等位基因核苷酸序列分析及确认。方法采用序列特异性寡核苷酸探针技术(SSO)对2015年中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)人库数据进行HLA常规检测,结果显示有1个磁珠反应异常,进一步选择多聚酶链反应-测序(PCR-SBT)分型发现1个与HLA-B*67相关的有1个碱基不匹配的等位基因,选择对应的组特异性引物对该等位基因进行2次分离式测序,确认突变的等位基因和突变位点。结果发现1个与HLA-B~*67:01:01序列相近的新等位基因,实验结果表明在HLA-B~*67:0:01第3外显子370位置G>A,其突变造成HLA-B~*67:01:01氨基酸序列中100位的氨基端由甘氨酸(Gly)变成丝氨酸(Ser)。结论本次实验确认了1个新的HLA等位基因,2016年3月30日被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B~*67:07。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 测序 组序列特异性引物 新等位基因
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中国南方汉族人群中一个常见型新等位基因HLA-C*08:22的基因频率调查和分析 被引量:3
10
作者 鲍自谦 王大明 +1 位作者 邓志辉 徐筠娉 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2011年第6期1493-1495,共3页
本研究调查南方汉族人群中1个常见型的HLA新等位基因C*08:22的基因频率。对163份南方汉族无血缘关系个体血样进行常规的HLA-C基因第2、第3和第4外显子测序分型;对所检出的32份带有C*08:01:01/08:22模棱两可结果的样本,进一步增加HLA-C... 本研究调查南方汉族人群中1个常见型的HLA新等位基因C*08:22的基因频率。对163份南方汉族无血缘关系个体血样进行常规的HLA-C基因第2、第3和第4外显子测序分型;对所检出的32份带有C*08:01:01/08:22模棱两可结果的样本,进一步增加HLA-C基因的第5和第6外显子测序。在C*08:22被发现和获得WHOHLA因子命名委员会认可前,对40例被鉴定携带C*08:01:01等位基因的无血缘关系供/受者进行HLA-C基因外显子2-6再测序。所有的序列均导入Assign 3.5 SBT软件,分析等位基因型。结果表明,32份无血缘关系个体检出C*08:01:01/08:22模棱两可结果的样本中,发现3例样本鉴定为C*08:22,南方汉族无血缘关系个体中C*08:22的基因频率为0.92%。回顾性分析以往40例携带C*08:01:01等位基因的无血缘关系供/受者对发现,其中2对供/受者实际为C*08:22。结论:C*08:22在南方汉族中为常见型的HLA等位基因,当测序分型出现C*08:01:01/08:22模棱两可的结果时,不能轻易视为罕见型等位基因而错误地排除。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 新等位基因 C*08 测序分型 基因频率
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人类白细胞抗原新等位基因HLA—A*31:22的序列分析及确认 被引量:3
11
作者 戚新 李归冀 +2 位作者 章旭 张坤莲 李晓丰 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1011-1014,共4页
目的序列分析及确认一例中国人群中的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因。方法应用基于Luminex平台的聚合酶链反应一序列特异性寡核苷酸探针(PCR—SSOP)基因分型法、PCR产物测序法和组特异性引物测序法,通... 目的序列分析及确认一例中国人群中的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因。方法应用基于Luminex平台的聚合酶链反应一序列特异性寡核苷酸探针(PCR—SSOP)基因分型法、PCR产物测序法和组特异性引物测序法,通过软件分析该样本DNA基因序列及与最相近HLA等位基因序列的差异。结果PCR-SSOP结果显示该样本HLA.A基因座的反应格局与已知HLA—A等位基因均不一致;DNA序列分析显示,在所检测的第2—4外显子中,该样本HLA.A基因座序列与所有已知HLA-A等位基因序列均不一致,与同源性最高的等位基因A*31:01:02的差异只在外显子2区域中产生了nt245A-c-个碱基取代,并导致相应的82位密码子由GAG—GCG,编码的氨基酸由谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala)。结论该基因为HLA新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA—A$31:22。 展开更多
关键词 HLA-A*31 22 新等位基因 序列分析
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HLA新等位基因A~*02:355序列及其编码蛋白分子三维结构模拟分析 被引量:3
12
作者 聂向民 朱海峰 +2 位作者 朱传福 乔文本 刘艳 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第13期1559-1563,共5页
目的:鉴定分析HLA新等位基因A*02:355的序列变异并预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构中的影响。方法:应用Luminex SSO流式、PCR-SBT及单等位基因特异性测序对1例A位点变异序列进行鉴定。应用Phyre2蛋白折叠识别在线... 目的:鉴定分析HLA新等位基因A*02:355的序列变异并预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构中的影响。方法:应用Luminex SSO流式、PCR-SBT及单等位基因特异性测序对1例A位点变异序列进行鉴定。应用Phyre2蛋白折叠识别在线服务器以及RasMol和PDB Protein Workshop分析软件,对其编码蛋白分子三级结构及其氨基酸残基改变特点在MHC分子三维空间结构中所处位置及可能影响进行模拟分析。结果:相较于A*02:03:01,其第98、102位核苷酸发生T->A、A->C替代,导致其编码氨基酸发生9F→Y改变。其编码蛋白分子三维结构模拟分析表明,该氨基酸变异位置位于α1和α2结构域抗原多肽结合凹槽β折叠片层底面的第1 β股链的中心位置,该位置亦参与构成抗原多肽结合凹袋B和凹袋C。结论:该等位基因序列被WHO HLA命名委员会正式命名为A*02:355。分析预测此编码氨基酸改变将可能影响其MHC分子的抗原多肽结合及呈递功能。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 测序分型 新等位基因 模拟分析
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HLA新等位基因HLA-A*11∶230序列分析及确认 被引量:3
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作者 齐珺 王天菊 +2 位作者 王满妮 陈利萍 王小芳 《山西医科大学学报》 CAS 2016年第12期1080-1085,共6页
目的对人类白细胞抗原(HLA)-A*11新等位基因核苷酸序列分析及确认。方法采用多聚酶链反应-测序(PCR-SBT)在对2015年中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)入库数据进行HLA常规分型中,应用组序列特异性引物(GSSP)单链测序方法针对常规SBT检测... 目的对人类白细胞抗原(HLA)-A*11新等位基因核苷酸序列分析及确认。方法采用多聚酶链反应-测序(PCR-SBT)在对2015年中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)入库数据进行HLA常规分型中,应用组序列特异性引物(GSSP)单链测序方法针对常规SBT检测中A位点无匹配结果的2例无亲缘关系陕西汉族供者样本进一步进行确证实验,并运用聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)进行对照实验。结果经确证实验发现2例无亲缘关系供者携带同一HLA-A新等位基因序列,与同源基因HLA-A*11∶01序列相比,均在第2外显子98位置发生A>G突变,该突变造成氨基酸序列9位由酪氨酸(TAC)变成半胱氨酸(TGC);而2例样本的PCR-SSO结果均显示为HLA-A的常见等位基因组合,未见异常反应格局。结论经WHO HLA因子命名委员会正式命名的新等位基因HLA-A*11:230的发现和鉴定表明,对于常规测序无匹配结果的样本应进一步深入分析,即使以常见等位基因组合为分型结果的SSO方法仍存在HLA新等位基因漏检的可能,需引起注意。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 测序 组序列特异性引物 新等位基因
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HLA新等位基因HLA—A*2451的认定 被引量:3
14
作者 迟立平 李剑平 +6 位作者 刘显智 陈阳 李晓丰 曲喆 高景波 高华方 余福桥 《中国输血杂志》 CAS CSCD 2006年第4期275-277,共3页
目的发现和认定1个HLA新等位基因。方法应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的HLA新等位基因,PCR产物测序和基因克隆DNA测序,通过软件分析基因序列及与最同源HLA等位基因序列的差异。结果检出1样本,其HLA-A位点显示出多种不一致的结果,其... 目的发现和认定1个HLA新等位基因。方法应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的HLA新等位基因,PCR产物测序和基因克隆DNA测序,通过软件分析基因序列及与最同源HLA等位基因序列的差异。结果检出1样本,其HLA-A位点显示出多种不一致的结果,其中包括与已知所有HLA-A等位基因谱型不一致的新谱型,其HLA-A位点第3外显子序列与所有已知HLA-A等位基因序列不一致。软件分析表明该基因序列与同源性最高等位基因A*2415的差异只是在外显子3区域中的363位碱基发生了G→A1个碱基替代,并导致相应的121密码子由ATG(M)→ATA(I)。结论该等位基因为HLA-A位点的1个新等位基因,已被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*2451。 展开更多
关键词 HLA—A*2451 新等位基因 HLA PCR—SSO分型 序列分析
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新的Rh血型弱D变异体一例 被引量:3
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作者 贺云蕾 俞露 +2 位作者 许德义 郭雯玉 邓刚 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2019年第7期731-733,共3页
目的鉴定并确认在中国人中发现1例新的弱D型。方法对1例从宁波市中心血站无偿献血者中筛查出的RhD抗原弱表达标本,应用常规血清学试剂对其进行RhCE分型,应用D-screen试剂盒分析其RhD抗原表位。应用序列特异性引物聚合酶链反应检测RHD基... 目的鉴定并确认在中国人中发现1例新的弱D型。方法对1例从宁波市中心血站无偿献血者中筛查出的RhD抗原弱表达标本,应用常规血清学试剂对其进行RhCE分型,应用D-screen试剂盒分析其RhD抗原表位。应用序列特异性引物聚合酶链反应检测RHD基因合子型,并对RHD基因全部外显子及邻近内含子区域进行测序分析。结果在该献血者中发现了一种新的RHD等位基因:RHD(1022T>A),其D抗原表位检测结果与弱D型血清学特征一致。结论在中国人群中发现1种新的弱D等位基因。 展开更多
关键词 RH血型 弱D型 新等位基因
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新等位基因HLA-B*37:04.02的序列分析 被引量:3
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作者 李晓丰 章旭 +2 位作者 张坤莲 林凤秋 李剑平 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期515-517,共3页
目的确定1名中国人的HLA新等位基因。方法应用聚合酶链反应一序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)基因分型技术和基于测序的分型方法(sequencing-based typing,... 目的确定1名中国人的HLA新等位基因。方法应用聚合酶链反应一序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)基因分型技术和基于测序的分型方法(sequencing-based typing,SBT)对1名中华骨髓库辽宁分库志愿捐献者的HLA基因进行分型,通过软件分析该基因序列及与最相近等位基因序列的差异。结果PCR-SSOP结果显示,该个体HLAB基因座反应格局出现异常;测序结果表明其B基因座第3外显子序列与所有已知HLA-B等位基因序列均不一致,与序列最相近的等位基因B*37:04:01在所检测的第2和3外显子中的差异只是在第3外显子发生了nt618G〉A1个核苷酸替代,导致相应的第206位密码子由GcG〉GCA,但第206位编码的丙氨酸并未改变。结论该基因为HLAB新等位基因,被世界卫生组织HLA因子专用术语命名委员会正式命名为HLA-B*37:04:02(GU391034)。 展开更多
关键词 新等位基因 HLA-B*37 04 02 基于序列的分型
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两个新的RHD等位基因的分子研究及家系分析 被引量:2
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作者 徐华 吴大洲 +4 位作者 刘孟黎 叶世辉 王满妮 贺晨 章迪 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期507-510,共4页
目的对新发现的2个RHD等位基因进行分型,并对其家系成员进行分型研究。方法应用单克隆抗体检测Rh血型抗原。对新发现的等位基因再用基因分型技术检测RHD基因型,扩增先证者及家系成员RHD基因10个外显子,作直接测序分析;并用序列特异... 目的对新发现的2个RHD等位基因进行分型,并对其家系成员进行分型研究。方法应用单克隆抗体检测Rh血型抗原。对新发现的等位基因再用基因分型技术检测RHD基因型,扩增先证者及家系成员RHD基因10个外显子,作直接测序分析;并用序列特异性引物聚合酶链反应(sequence specific primerpolymerase chain reaction,PCR—SSP)技术检测先证者2的家系成员。结果2例先证者均为RhD阴性。先证者1测序分析显示为RHD78delC,家系调查发现先证者1妹妹的Rh表现型和测序结果与先证者一致;先证者2测序分析为第4外显子520G/A,第8外显子1080始缺失10个碱基,家系调查的测序结果显示先证者的RHD520G〉A+1080 del 10基因来源于母亲。2个新的等位基因(RHD78 delC、RHD520G〉A+1080 del 10)已被GenBank受理(GQ477180、GU362076)。结论这两个新发现的RHD等位基因为RHD假基因,家系调查显示均可以稳定遗传。 展开更多
关键词 RHD等位基因 新等位基因 假基因 家系调查
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HLA新等位基因HLA-B* 13∶42的确认及序列分析 被引量:2
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作者 王振雷 苏蔓 +8 位作者 赵倩 胡光磊 李茵 王远花 郭霞 钱明明 赵佳 戚海 何路军 《中国输血杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期22-23,共2页
目的认定1个人类白细胞抗原(HLA)新等位基因并分析其核苷酸序列。方法应用PCR-SBT进行HLA常规分型发现1个与HLA-B*13相关的异常等位基因,用针对于B*13的位点特异性SSSP引物测序,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果发现1个... 目的认定1个人类白细胞抗原(HLA)新等位基因并分析其核苷酸序列。方法应用PCR-SBT进行HLA常规分型发现1个与HLA-B*13相关的异常等位基因,用针对于B*13的位点特异性SSSP引物测序,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果发现1个标本的HLA-B位点核苷酸序列与所有已知HLA-B位点等位基因核苷酸序列不一致,与同源性最高的等位基因B*13:02:01的差异是在第3外显子445位的G>T,其突变导致密码子GCC>TCC,结果造成B*13:02:01氨基酸序列中125位的Ala丙氨酸(A)变为丝氨酸(S)。结论该等位基因为HLA-B位点的1个新等位基因,该基因被世界卫生组织(WHO)HLA命名委员会命名为HLA-B*13:42。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 分型 HLA—B 新等位基因 测序
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一例白血病患者及家系HLA-B基因全长序列及18个点突变分析 被引量:2
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作者 钟艳平 邹红岩 +2 位作者 全湛柔 邓志辉 洪文旭 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2020年第1期77-82,共6页
背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特... 背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序法(PCR-SBT)发现患者的HLA-B结果异常。为了鉴定该基因,采用下一代测序技术对该基因全长进行测序,同时采集患者父亲、母亲及2位同胞姐妹的血样进行HLA基因的遗传学分析。结果与结论:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交及聚合酶链反应-直接测序法均提示该样本HLA-B无完全匹配的基因型。应用下一代测序技术分析发现,与同源性最高的等位基因B*15:09:01相比,该基因在外显子、内含子和3′UTR共存在18个碱基突变。5个外显子碱基突变位于第3,4外显子,分别为:第486位G→C、第583位T→C、第636位T→C、第652位A→G和第756位C→T,导致5个相应密码子发生改变,其中2个碱基替换为错义突变,第171位酪氨酸(Tyr)→组氨酸(His)、第194位异亮氨酸(Ile)→缬氨酸(Val)。家系调查显示患者HLA-B新基因来源于父亲。新基因序列已递交给Genbank数据库(MG595995)。应用下一代测序技术鉴定了1个HLA-B新等位基因,该基因于2017年12月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:435。 展开更多
关键词 白血病 人类白细胞抗原 新等位基因 下一代测序技术 家系调查 碱基突变 序列特异性寡核苷酸探针杂交 聚合酶链反应-直接测序法
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三个新HLA等位基因A*24:224,A*24:225和A*24:257的测序鉴定 被引量:2
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作者 朱传福 张红卫 +1 位作者 张毅 聂向民 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期415-417,共3页
目的 鉴定3个在中国汉族人群中发现的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)A位点新等位基因A* 24:224、A* 24:225和A* 24:257.方法 应用双链直接测序分型技术进行中华骨髓库志愿者常规HLA分型,对其中HLA-A位点无完全匹... 目的 鉴定3个在中国汉族人群中发现的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)A位点新等位基因A* 24:224、A* 24:225和A* 24:257.方法 应用双链直接测序分型技术进行中华骨髓库志愿者常规HLA分型,对其中HLA-A位点无完全匹配结果者,采用等位基因特异性扩增测序分型方法进行新等位基因序列鉴定.结果 3例先证者在HLA-A位点分别有一个未知的新碱基序列,3个新序列均与HLA-A* 24:02:01:01最为相近,但在第2外显子分别出现了1或2个的碱基取代,并导致相应的密码子及其编码的氨基酸的改变.结论 3个新碱基序列均确认为HLA-A新等位基因,分别于2012年11月和2013年11月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A* 24:224、HLA-A*24:225和HLA-A* 24:257. 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 新等位基因 基于序列的分型技术
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