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黄瓜绿斑驳花叶病毒辽宁分离物外壳蛋白基因与3′非编码区的序列分析 被引量:15
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作者 陈红运 白静 +2 位作者 朱水芳 赵文军 李明福 《中国病毒学》 CSCD 2006年第5期516-518,共3页
The coat protein gene and its 3′ noncoding region of a watermelon isolate of Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV-LN) in Liaoning, China was determined and compared with other isolates. The gene encoding the coa... The coat protein gene and its 3′ noncoding region of a watermelon isolate of Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV-LN) in Liaoning, China was determined and compared with other isolates. The gene encoding the coat protein of CGMMV-LN comprises of 486 nucleotides and encodes a putative protein of 161 amino acids. Sequence comparisons showed that the coat protein of this isolate was identical to that of seven CGMMV isolates infecting cucurbits in Europe and Asia. The 3′ noncoding region of CGMMV-LN consists of 176 nucleotides, which is same as that of CGMMV-KOM, CGMMV-KW and CGMMV–SH. 展开更多
关键词 外壳蛋白基因 烟草花叶病毒 非编码区 序列分析 黄瓜 亚基因组RNA 分离物 病毒基因组
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真核生物DNA非编码区的组分分析 被引量:7
2
作者 刘蓉 齐震 +2 位作者 朱小蓬 凌伦奖 韩汝珊 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第4期583-587,共5页
在全基因组水平上 ,用直方图、混沌表示灰度图、距离差异度和信息熵差异度四种方法 ,研究了拟南芥、线虫、果蝇的DNA内含子、基因间隔区DNA、外显子三种区域的核苷酸短序列组分及组分复杂度 .结果表明 :a 不同基因组之间 ,不管基因数目... 在全基因组水平上 ,用直方图、混沌表示灰度图、距离差异度和信息熵差异度四种方法 ,研究了拟南芥、线虫、果蝇的DNA内含子、基因间隔区DNA、外显子三种区域的核苷酸短序列组分及组分复杂度 .结果表明 :a 不同基因组之间 ,不管基因数目多少 ,用 4种方法得到的外显子部分其组分复杂度都比较接近 ,而非编码区部分的组分复杂度却很大 .这一点定量地说明了物种之间的复杂程度 ,主要不体现在编码区部分 ,而体现在非编码区部分 .b 同一基因组中 ,内含子的核苷酸短序列组分复杂度都是相似的 ,外显子和intergenicDNA部分的组分复杂度也是相似的 .c 内含子和intergenicDNA在转录、剪切、二级结构等方面有很大的不同 ,但它们在核苷酸短序列组分上的差异却很小 ,说明内含子和intergenicDNA在转录、剪切、二级结构上的不同并不通过核苷酸短序列组分来进行限制 . 展开更多
关键词 真核生物 DNA非编码区 组分分析
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适应性演化的分子遗传机制:以高海拔适应为例 被引量:5
3
作者 郝艳 雷富民 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期635-654,共20页
自达尔文时代起,解析适应性演化的机制一直是进化生物学和生态学领域研究最重要的科学问题之一。适应性演化通常指在自然选择驱动下,物种为提高适合度而演化出特定的表型。表型的适应表现在形态、生理生化、组织学、行为学等多个层级。... 自达尔文时代起,解析适应性演化的机制一直是进化生物学和生态学领域研究最重要的科学问题之一。适应性演化通常指在自然选择驱动下,物种为提高适合度而演化出特定的表型。表型的适应表现在形态、生理生化、组织学、行为学等多个层级。随着分子生物学和测序技术的发展,越来越多的研究揭示了适应性复杂性状的遗传基础。研究适应性演化的分子遗传机制有助于理解塑造生物多样性的进化驱动力以及阐明基因型、表型和环境之间的关联关系。目前已有主效基因、超基因、多基因遗传、非编码区调控、重复序列调控、基因渐渗等多种假说可以解释适应性演化的遗传机制。高海拔极端环境的强选择压力极大地促进了物种表型和遗传适应的发生,对多组学数据的剖析为物种适应性演化提供了新的见解。本文对适应性演化的遗传机制、高海拔极端环境适应研究进展以及目前面临的主要挑战进行了综述,并对未来的发展趋势进行了展望,以期为该领域的科研人员提供参考。 展开更多
关键词 表型 非编码区 多组学 调控 高海拔
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肺癌细胞系线粒体DNA非编码区序列变异研究 被引量:2
4
作者 孙恒文 胡义德 《中国肺癌杂志》 CAS 2007年第2期124-127,共4页
背景与目的线粒体DNA(mtDNA)非编码区在mtDNA转录过程中起重要的调控作用,mtDNA非编码区的突变将直接影响其转录和翻译,从而改变细胞的能量代谢。本研究的目的是分析7种肺癌细胞系mtDNA非编码区序列的变异情况并探讨其意义,为肺癌细胞系... 背景与目的线粒体DNA(mtDNA)非编码区在mtDNA转录过程中起重要的调控作用,mtDNA非编码区的突变将直接影响其转录和翻译,从而改变细胞的能量代谢。本研究的目的是分析7种肺癌细胞系mtDNA非编码区序列的变异情况并探讨其意义,为肺癌细胞系mtDNA变异研究提供基础信息。方法培养7种常用肺癌细胞系,包括人肺腺癌A549、SPC-A-1、Calu-3、LTEP-a-2,人肺扁平上皮癌QG-56,人高转移肺癌95-D以及人小细胞肺癌NCI-H446,应用改良一步法提取7种肺癌细胞系mtDNA,以剑桥mtDNA序列为标准,分析非编码区序列变异情况。结果7种肺癌细胞系mtDNA非编码区存在不同程度的碱基变异,其中LTEP-a-2细胞系变异率最高,为1.82%,A549细胞系最低,为0.21%。结论率先成功完成了7种人肺癌细胞系mtDNA整个非编码区的测序,揭示了这7种肺癌细胞系mtDNA非编码区碱基变异背景,为后续实验研究提供了理论基础和参考依据。 展开更多
关键词 肺肿瘤 线粒体DNA 非编码区 核苷酸变异
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氯灭活水中脊髓灰质炎病毒机制的研究 被引量:4
5
作者 赵祖国 喻云梅 +2 位作者 金敏 王新为 李君文 《环境与健康杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期491-494,共4页
目的探讨氯对脊髓灰质炎病毒核酸和衣壳蛋白的破坏在灭活病毒中的作用,并对病毒基因组受损区域进行定位,阐明氯灭活脊髓灰质炎病毒的机制。方法以不同剂量(0.1、0.5、1.0、1.5和2.0mg/L)的有效氯对脊髓灰质炎病毒作用不同时间(0、15、30... 目的探讨氯对脊髓灰质炎病毒核酸和衣壳蛋白的破坏在灭活病毒中的作用,并对病毒基因组受损区域进行定位,阐明氯灭活脊髓灰质炎病毒的机制。方法以不同剂量(0.1、0.5、1.0、1.5和2.0mg/L)的有效氯对脊髓灰质炎病毒作用不同时间(0、15、30、45和60min),采用大片断逐步步移PCR(long-overlapping PCR)分析氯对病毒全基因组的损伤,以ELISA技术分析氯对病毒衣壳蛋白的破坏,以细胞培养检测病毒感染性。结果脊髓灰质炎病毒各部分对氯的抵抗力强弱存在如下关系:病毒衣壳>基因组蛋白编码区>基因组5′端非编码区(noncoding region,NCR)>基因组3′端NCR>poly A尾;脊髓灰质炎病毒的polyA尾和3'端NCR破坏可造成病毒的感染性下降,但不能完全灭活病毒;5′端NCR的破坏与病毒感染性的消失一致,损伤区域主要位于富含二级结构的区域。结论氯主要通过破坏脊髓灰质炎病毒核酸而非衣壳蛋白灭活病毒;病毒基因组5′NCR内二级结构区域的破坏对脊髓灰质炎病毒具有致死效应。 展开更多
关键词 消毒 脊髓灰质炎病毒 大片断逐步步移PCR 非编码区
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核酸序列的非均匀性分析 被引量:3
6
作者 李炜疆 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 1996年第5期729-730,F003,共3页
核酸序列的非均匀性分析李炜疆(内蒙古大学物理学系,010021,呼和浩特)关键词非均匀性,核酸序列,编码区,非编码区中图资料分类号Q71OZ13.9HeterogeneityAnalysisofNucleotideS... 核酸序列的非均匀性分析李炜疆(内蒙古大学物理学系,010021,呼和浩特)关键词非均匀性,核酸序列,编码区,非编码区中图资料分类号Q71OZ13.9HeterogeneityAnalysisofNucleotideSequences¥LiWeijia... 展开更多
关键词 非均匀性 核酸序列 编码区 非编码区
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CDH1基因Exon1非编码区插入/缺失多态性与膀胱移行细胞癌易感性的关系 被引量:1
7
作者 马鑫 郑涛 +5 位作者 李宏召 张军 傅斌 郎斌 许凯 张旭 《临床泌尿外科杂志》 2007年第1期57-59,62,共4页
目的:探讨上皮钙粘素(E-cadherin,CDH1)基因Exon1非编码区234bp位点插入/缺失多态性与膀胱移行细胞癌(TCCB)生物学行为之间的关系。方法:从TCCB组180例,对照组健康人110例的血液中提取人基因组DNA,PCR获取包含CDH1基因启动子近侧序列-16... 目的:探讨上皮钙粘素(E-cadherin,CDH1)基因Exon1非编码区234bp位点插入/缺失多态性与膀胱移行细胞癌(TCCB)生物学行为之间的关系。方法:从TCCB组180例,对照组健康人110例的血液中提取人基因组DNA,PCR获取包含CDH1基因启动子近侧序列-160位点和Exon1的DNA片段,DNA测序方法测得上述DNA片断的基因序列。选择χ2检验进行统计学分析,Woolf法计算OR值(odd sratio,OR)和95%CI。结果:CDH1基因Exon1非编码区234bp位点插入片断碱基序列为5'-CCGTGCCCCAGCC-3',其插入/缺失多态性基因型分为插入\插入纯合子(I/I)、缺失\缺失纯合子(D/D)和插入\重复插入杂合子(I/2I)三种。TCCB组该位点I/2I基因型频率(0.54)高于对照组(0.35)(P<0.01),提示I/2I基因型患TCCB风险较高(OR=2.15,95%CI1.32~3.52)。结论:CDH1基因Exon1非编码区234bp位点2I等位基因频率与膀胱移行细胞癌的发生密切相关。-160A/A-234I/2I基因型与膀胱移行细胞癌的发生密切相关。 展开更多
关键词 上皮钙粘素 基因 非编码区 插入/缺失多态性 膀胱肿瘤
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一种在核苷酸水平检测自然选择的新方法 被引量:2
8
作者 李昕 陈宏 王文 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期225-229,共5页
非编码区序列在基因表达调控中起着重要作用,但其在进化过程中是否受到选择作用一直较难检测。最近有一些研究使用平均的核苷酸替换速率与中性序列的核苷酸替换速率的比值(ω)作为检测非编码区总体受选择作用的指标;但是对于非编码区而... 非编码区序列在基因表达调控中起着重要作用,但其在进化过程中是否受到选择作用一直较难检测。最近有一些研究使用平均的核苷酸替换速率与中性序列的核苷酸替换速率的比值(ω)作为检测非编码区总体受选择作用的指标;但是对于非编码区而言,了解具体哪些核苷酸受到选择作用更具有意义。我们借鉴Nielsen&Yang(1998)检测单个氨基酸位点是否受选择作用的思路,在最大似然法的模型下,提出一种在核苷酸位点水平上对自然选择作用检测的方法。本方法能够检测在进化过程中对功能分化有重要贡献的核苷酸位点,包括编码和非编码区。将此方法应用于熟知的受到正选择作用的蛋白编码基因序列(HIV-1包装蛋白基因编码区),均能够检测到那些已知的受到正选择的核苷酸(密码子)位点,说明此方法可以有效地在核苷酸位点水平检测选择作用;又将此方法应用于非编码区(CTGF基因5′UTR),也得到了良好的结果。 展开更多
关键词 自然选择 非编码区 最大似然法
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LNAzyme特异性阻断丙肝病毒5'-NCR/C基因表达 被引量:2
9
作者 邓益斌 农乐根 +1 位作者 梁祚仁 覃羽华 《基础医学与临床》 CSCD 2015年第7期938-942,共5页
目的探讨针对HCV 5'-NCR/C双靶基因位点的锁核酸核酶对病毒基因复制与表达的特异性抑制作用。方法实验分对照组和实验组。对照组分别为空白对照组和脂质体对照组。实验组分别为单靶区NCR组、单靶区C组和双靶区NCR/C组。半乳糖配体... 目的探讨针对HCV 5'-NCR/C双靶基因位点的锁核酸核酶对病毒基因复制与表达的特异性抑制作用。方法实验分对照组和实验组。对照组分别为空白对照组和脂质体对照组。实验组分别为单靶区NCR组、单靶区C组和双靶区NCR/C组。半乳糖配体介导转染Hep G2.9706细胞,用荧光定量PCR检测细胞培养液中HCV mRNA表达;化学发光技术检测细胞培养液中荧光素酶基因表达;荧光显微镜系统检测细胞内荧光蛋白表达;四甲基偶氮唑蓝法检测细胞代谢。应用SPSS 19.0统计学软件分析。各组间比较采用重复测量方差分析的SNK检验和Kruskal Wallis H检验。结果加入锁核酸核酶后,对HCV RNA的复制均显示有较强的抑制作用(F=77.50,P<0.05),单靶区NCR组、单靶区C组和双靶区NCR/C组的平均抑制率分别为62.12%、61.39%和75.37%;对荧光素酶的表达有抑制作用(F=48.65,P<0.05),平均抑制率分别为66.49%、65.06%和73.30%。给药后24、48和96 h,HCV mRNA的平均抑制率分别为52.36%、66.81%和75.05%;荧光素酶的平均抑制率分别为53.02%、62.98%和79.45%;细胞内的荧光蛋白表达阳性细胞数均较对照组明显减少(P<0.05)。结论针对5'-NCR/C基因位点的LNAzyme能特异性抑制丙型肝炎病毒的复制与表达,且双基因靶位优于单基因靶位。 展开更多
关键词 锁核酸核酶 丙型肝炎病毒 非编码区 基因治疗
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Point mutation of 5' noncoding region of BCL-6gene in primary gastric lymphomas
10
作者 Da-LiuMin Xiao-YanZhou Wen-TaoYang Hong-FenLu Tai-MingZhang Ai-HuaZhen Pei-ZhengCao Da-RenShi 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2005年第1期51-55,共5页
AIM: To investigate the mutations of the 5' noncoding region of BCL-6 gene in Chinese patients with primary gastric lymphomas. METHODS: PCR and direct DNA sequencing were used to identify BCL-6 gene mutations in t... AIM: To investigate the mutations of the 5' noncoding region of BCL-6 gene in Chinese patients with primary gastric lymphomas. METHODS: PCR and direct DNA sequencing were used to identify BCL-6 gene mutations in the 5' noncoding region in 29 cases of gastric diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) and 18 cases of gastric mucosa-associated lymphoid tissue (MALT) lymphoma as well as 10 cases of reactive hyperplasia of lymph node (LRH). RESULTS: Six of 29 gastric DLBCLs (20.7%), 4 of 18 gastric MALT lymphomas (22.2%) and 1 of 10 LRHs(10%) were found to have mutations. All mutations were single-base substitutions and the frequency of single-base changes was 0.20×1O^(-2)-1.02×1O^(-2)per bp. CONCLUSION: Point mutations in the 5' noncoding region of BCL-6 gene are found in Chinese patients with primary gastric DLBCLs and MALT lymphomas, suggesting that they may, in some extent, participate in the pathogenesis of primary gastric DLBCLs and MALT lymphomas. 展开更多
关键词 Gastric lymphomas BCL-6 gene 5' noncoding region Point mutation
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NCRS-GEP编程算法及其在统计建模中的应用
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作者 李康顺 程海丹 +1 位作者 张文生 张雁 《武汉理工大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期122-130,共9页
为了克服传统基因表达式编程算法容易陷入局部最优的缺点,在传统基因表达式编程(GEP)算法的基础上设计了一种基于IS插串和RIS插串的非编码区域插串算子NCRS插串,再根据NCRS插串提出一种改进的基因表达式编程算法NCRS-GEP。该算法针对基... 为了克服传统基因表达式编程算法容易陷入局部最优的缺点,在传统基因表达式编程(GEP)算法的基础上设计了一种基于IS插串和RIS插串的非编码区域插串算子NCRS插串,再根据NCRS插串提出一种改进的基因表达式编程算法NCRS-GEP。该算法针对基因表达式编程的非编码区域能带来无限搜索空间的特点进行了算子设计的改进,通过增加种群分布的多样性,克服了传统GEP算法容易陷入局部最优的缺点,提高了算法的建模精度。数据实验表明,与传统GEP算法相比,NCRS-GEP能够更准确地收敛到建模问题的全局最优解,从而使建模误差更小。 展开更多
关键词 基因表达式编程 非编码区域 有效长度 NCRS-GEP 统计建模
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Analysis of hypermutation of the 5' noncoding region in the BCL-6 gene
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作者 王林 刘建湘 +9 位作者 黄薇 王辉东 王建民 顾柏炜 陈竺 陈赛娟 许良中 杨文涛 金晓龙 柳红 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2001年第3期62-66,107,共6页
ObjectiveTo investigate BCL 6 gene mutations in Chinese populations with B cell non Hodgkin's lymphoma Methods Polymerase chain reaction (PCR), denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and direct D... ObjectiveTo investigate BCL 6 gene mutations in Chinese populations with B cell non Hodgkin's lymphoma Methods Polymerase chain reaction (PCR), denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and direct DNA sequencing were used to identify mutations in the 5' noncoding region of the BCL 6 gene in a total of 40 cases of diffuse large cell lymphoma (DLCL) and follicular lymphoma (FL) Results Nine cases were found to have base substitutions The incidence of BCL 6 gene mutation and the frequency of single base changes were approximately 25 7% and (0 56-1 10)×10 2 /bp, respectively Conclusions The 5' regulatory region of the BCL 6 gene undergoes frequent somatic hypermutation during lymphomagenesis and the identification of BCL 6 gene hypermutations provides a molecular marker for confirmatory diagnosis of B NHL 展开更多
关键词 BCL 6 gene · 5' noncoding region · hypermutation · diffuse large cell lymphoma · follicular lymphoma
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南瓜果实中黄瓜绿斑驳花叶病毒的RT-PCR检测及cp基因序列分析 被引量:18
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作者 李红霞 白静 +2 位作者 陈红运 朱水芳 谭天伟 《植物检疫》 2007年第5期268-270,共3页
以来自甘肃的南瓜果实样品中提取的总RNA为模板进行RT-PCR扩增,序列测定和分析结果表明:扩增片段包含CGMMV的外壳蛋白基因和3’非编码区,证明南瓜果实中存在黄瓜绿斑驳花叶病毒,将其cp基因序列与来自国内不同地区的其他CGMMV分离物进行... 以来自甘肃的南瓜果实样品中提取的总RNA为模板进行RT-PCR扩增,序列测定和分析结果表明:扩增片段包含CGMMV的外壳蛋白基因和3’非编码区,证明南瓜果实中存在黄瓜绿斑驳花叶病毒,将其cp基因序列与来自国内不同地区的其他CGMMV分离物进行序列比对,发现国内各分离物间的同源率高,有很近的亲缘关系。 展开更多
关键词 黄瓜绿斑驳花叶病毒 外壳蛋白基因 非编码区
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中国南部和西南地区HCV感染的基因型分布特征 被引量:10
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作者 刘丽君 张瑞 +3 位作者 李俊强 田园 杜绍财 魏来 《中国现代医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第19期2337-2340,共4页
目的了解中国南部和西南地区HCV感染基因型分布特点。方法用丙型肝炎病毒(HCV)5'非编码区ABC复合酶切分型的方法,对49例广州和重庆HCV感染者进行基因分型,并对检出的6a型产物进行测序。将所得序列与GenBank参考序列比对,并作同源性... 目的了解中国南部和西南地区HCV感染基因型分布特点。方法用丙型肝炎病毒(HCV)5'非编码区ABC复合酶切分型的方法,对49例广州和重庆HCV感染者进行基因分型,并对检出的6a型产物进行测序。将所得序列与GenBank参考序列比对,并作同源性分析。结果49例样品中共检出4例6a型,序列分析表明这4例样品都具有6a型特征性,即第-145位的CA插入,并与6a型参考序列同源性最高。分型结果表明,34例广州样品中,1b型25例(72.53%)、2a型5例(14.71%)、3b型1例(2.94%)、6a型2例(5.88%)、1b和2a混合型1例(2.94%);15例重庆样品中1b型8例(53.33%)、2a型1例(6.67%)、3a型1例(6.67%)、3b型3例(20.00%)、6a型2例(13.33%)。结论广州和重庆两个城市的基因型分布都以1b型为主,并首次在广州检出6a型感染,但感染率低于2a型;而重庆则为2a、3a、3b和6a型等多种基因型分布的特点,说明我国南部和西南地区HCV基因型分布与中国大陆其他地区的流行模式存在差异,这可能与其地理位置及静脉药瘾者的迅速增多有关。 展开更多
关键词 肝炎病毒 基因型 5’非编码区
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番茄花叶病毒外壳蛋白基因及3′端非编码区的克隆、序列分析及其表达 被引量:3
15
作者 薛朝阳 周雪平 +1 位作者 刘勇 李德葆 《中国病毒学》 CSCD 1998年第2期150-155,共6页
根据已报道的番茄花叶病毒L株系(ToMVL)序列人工合成引物,经RTPCR扩增并克隆了我国番茄花叶病毒分离物(ToMVS1)的外壳蛋白CP基因及3′端非编码区。序列测定结果表明,所得cDNA共长682个核苷酸,... 根据已报道的番茄花叶病毒L株系(ToMVL)序列人工合成引物,经RTPCR扩增并克隆了我国番茄花叶病毒分离物(ToMVS1)的外壳蛋白CP基因及3′端非编码区。序列测定结果表明,所得cDNA共长682个核苷酸,其中CP基因含480个核苷酸,编码158个氨基酸,3′端非编码区含202个核苷酸,其核苷酸序列与ToMVL株系具有99.5%的同源率。将该基因片段克隆到pGEMEX1载体中,转入E.coli后诱导表达,经Westernblot检测证明,该基因已在大肠杆菌中正确表达。这是我国首次报道ToMVCP基因序列。 展开更多
关键词 番茄花叶病毒 外壳蛋白 基因 3'端非编码区 序列
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HCV脱氧核酶在表达荧光素酶HepG2细胞中的活性 被引量:5
16
作者 于乐成 顾长海 +3 位作者 王升启 毛青 陈忠斌 王宇明 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第10期870-873,共4页
目的 对丙型肝炎病毒 (HepatitisCvirus ,HCV) 5′ 非编码区 ( 5′ Noncodingregion ,5′ NCR)靶向性脱氧核酶 (De oxyribozymes ,DRz)在靶基因调控性荧光素酶表达HepG2细胞中的活性进行评价。方法 根据HCV 5′ NCR中符合 5′…Y↓R... 目的 对丙型肝炎病毒 (HepatitisCvirus ,HCV) 5′ 非编码区 ( 5′ Noncodingregion ,5′ NCR)靶向性脱氧核酶 (De oxyribozymes ,DRz)在靶基因调控性荧光素酶表达HepG2细胞中的活性进行评价。方法 根据HCV 5′ NCR中符合 5′…Y↓R… 3′(Y =A/G ,R =U/C)特征的位点及 5′ NCR的二级结构选择靶位 ,采用 10 2 3DRz基序 ,设计并合成HCV靶向性脱氧核酶DRz 2 3 2、DRz 12 7、DRz 84、DRz1以及两端被硫代修饰的DRz(Phosphorothioatedeoxyribozymes ,TDRz)和活性中心区人工突变的硫代DRz(MutantphosphorothioateDRz ,MDRz)。直接将其加入体外培养的受HCV 5′ NCR调控的表达荧光素酶HepG2细胞 (HepG2 970 6细胞株 )中 ,或用脂质体转染法将其导入靶细胞。用化学发光法检测荧光素酶活性 ,计算抑制率。结果 转染终浓度为 0 5 μmol/L的药物 2 4h后 ,DRz 2 3 2 /TDRz 2 3 2、DRz 12 7/TDRz 12 7、DRz 84/TDRz 84和DRz1/TDRz1的抑制率分别约14 3 %/ 14 9%、5 3 2 %/ 5 0 6%、2 5 6%/ 2 3 8%和 44 7%/ 43 3 %,均高于对应的MRz ,其中DRz 12 7/TDRz 12 7与MRz 12 7( 4 1 2 %)相比抑制率有显著性差别 (P <0 0 5 )。直接将TDRz 12 7或MRz 12 7加入细胞培养体系中被动作用 5h和 2 4h ,抑制率无明显差别 ,? 展开更多
关键词 脱氧核酶 肝炎病毒 丙型 5′-非编码区 荧光素酶 基因治疗
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脱氧核酶对丙型肝炎病毒RNA的剪切活性 被引量:1
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作者 于乐成 顾长海 +3 位作者 毛青 陈忠斌 刘鸿凌 王升启 《中华肝脏病杂志》 CAS CSCD 2003年第3期156-158,共3页
目的 观察丙型肝炎病毒(HCV)RNA特异性脱氧核酶的体外剪切活性,探讨其用于抗病毒基因调控的可能性。 方法 以HCV 5’-非编码区及部分C区(5’-NCR-C)中两个具有5’…A ↓ U…3’特征的序列为靶位,以5’GGCTAGCTACAACGA3‘为活性中心,设... 目的 观察丙型肝炎病毒(HCV)RNA特异性脱氧核酶的体外剪切活性,探讨其用于抗病毒基因调控的可能性。 方法 以HCV 5’-非编码区及部分C区(5’-NCR-C)中两个具有5’…A ↓ U…3’特征的序列为靶位,以5’GGCTAGCTACAACGA3‘为活性中心,设计并合成两端经硫代修饰的脱氧核酶(TDRz),即TDRz-127和TDRz1。用Nar 1将质粒pHCV-neo完全线性化后,以之为模板体外转录获取HCV 5’-NCR-C;用碱性磷酸酶去除其5’端磷酸,再用T4聚核苷酸激酶和γ-32P-ATP进行5’端放射陛标记。在pH7.5、Mg2+10 mmol/L等条件下,将两种TDRz分别(5μmol/L)或共同(各2.5μmol/L)与底物RNA(200 nmol/L)混合,经变性、复性后于37℃孵育,分别于不同的时间点取出等份终止反应。以8%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和放射自显影分离、显示剪切产物,在凝胶成像分析仪上分析各条带光密度值并计算剪切百分率。 结果 在所设常用反应条件下于37℃孵育15、30、45、60、75、90min后,TDRz-127的剪切百分率分别达8.3%、16.1%、24.3%、26.2%、29.4%和31.1%,TDRzl的剪切百分率分别达7.4%,13.0%、15.6%、18.7%、19.4%和20.3%,两者同时剪切时的百分率约15.1%、29.6%、37.8%、39.1%、41.5%、42.6%。结论 TDRz-127和TDRzl对HCV 展开更多
关键词 脱氧核酶 丙型肝炎病毒 RNA 剪切活性 核糖核酸 5'-非编码区 基因治疗
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中国兰州地区丙型肝炎病毒感染的基因型分布特征 被引量:3
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作者 张文杰 刘丽君 +3 位作者 杜绍财 李朝霞 卢青云 杨少华 《临床肝胆病杂志》 CAS 2010年第3期290-291,294,共3页
目的了解中国兰州地区丙型肝炎病毒(HCV)感染基因型分布特点。方法筛选41例来自兰州的HCVRNA阳性患者血清样品,扩增HCV5′非编码区(5’NCR),得到257bp的聚合酶链反应(PCR)产物,并对这些产物进行测序。然后将所得序列与GenBank参考序列比... 目的了解中国兰州地区丙型肝炎病毒(HCV)感染基因型分布特点。方法筛选41例来自兰州的HCVRNA阳性患者血清样品,扩增HCV5′非编码区(5’NCR),得到257bp的聚合酶链反应(PCR)产物,并对这些产物进行测序。然后将所得序列与GenBank参考序列比对,并作同源性分析和进化分析。结果 41例样品中共检出1b型感染25例(61.0%),1c型感染8例(19.5%),2a型4例(9.8%),1a型3例(7.3%),3b型感染1例(2.4%)。结论兰州地区的基因型分布以1b型为主,并首次在中国检出1c型感染,且感染率仅低于1b型;此外还检出2a、1a和3b;未检出4、5和6型等基因型。 展开更多
关键词 肝炎病毒 肝炎 丙型 基因型 5’非编码区
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BamHI酶切位点变异区域性分布在HCV1b型5'非编码区的研究 被引量:3
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作者 张瑞 杜绍财 +2 位作者 田园 韩建德 魏来 《中国现代医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第20期3082-3084,共3页
目的研究丙型肝炎病毒(HCV)1b型5'非编码区BamHⅠ酶切位点变异的区域性分布。方法对来自中国4个不同地区的64例HCV1b基因型血清样品进行5'-NCR扩增后,分别用MboⅠ、BamHⅠ限制性内切酶酶切分析,比较不同地区变异株分布的差异。... 目的研究丙型肝炎病毒(HCV)1b型5'非编码区BamHⅠ酶切位点变异的区域性分布。方法对来自中国4个不同地区的64例HCV1b基因型血清样品进行5'-NCR扩增后,分别用MboⅠ、BamHⅠ限制性内切酶酶切分析,比较不同地区变异株分布的差异。结果测序证实中国HCV1b基因型在117位有BamHⅠ酶切位点。64例血清样品中,BamHⅠ单切点变异株,华南7例(28%),东北1例(10%),华北1例(11.1%),西南0例;MboⅠ及BamHⅠ切点均无的变异株,西南8例(40%),华南2例(4%),东北1例(10%),华北0例。结论证实HCV1b型BamHⅠ变异具有区域性分布特点,华南地区和西南地区变异较多,华北和东北变异较少。而这一变异是否与干扰素治疗耐药有关,尚有待于进一步研究。 展开更多
关键词 酶切位点 HCV 5’非编码区 遗传变异
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丙型肝炎病毒5'端非编码区和NS3蛋白酶共调控外分泌性碱性磷酸酶表达细胞模型的建立及意义 被引量:2
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作者 刘水平 谭德明 +1 位作者 杨永峰 侯周华 《中华肝脏病杂志》 CAS CSCD 2004年第9期552-554,共3页
目的 构建丙型肝炎病毒5'端非编码区(HCV 5'NCR)和NS3丝氨酸蛋白酶共调控外分泌性碱性磷酸酶(SEAP)表达细胞模型,并分析其用于抗HCV药物筛选和评价的可行性。 方法 用聚合酶链反应技术扩增HCV 5'NCR和NS3/4A片段,定向克隆... 目的 构建丙型肝炎病毒5'端非编码区(HCV 5'NCR)和NS3丝氨酸蛋白酶共调控外分泌性碱性磷酸酶(SEAP)表达细胞模型,并分析其用于抗HCV药物筛选和评价的可行性。 方法 用聚合酶链反应技术扩增HCV 5'NCR和NS3/4A片段,定向克隆至表达质粒pSEAP2-Control的SEAP基因上游,构建含HCV 5'NCR-NS3/4A-SEAP嵌合基因的重组表达质粒pNCR-NS3/4A-SEAP。将重组质粒转染至肝细胞株QSG7701,用化学发光法检测SEAP的表达,并观察HCV 5'NCR区对应的反义寡聚核苷酸(ASODN)和丝氨酸蛋白酶抑制剂TPCK对SEAP表达的影响。 结果 重组质粒pNCR-NS3/4A-SEAP有高强度SEAP表达,5μmol/L、10μmol/L ASODN和100μmol/L TPCK对SEAP表达有显著抑制作用(t值分别为4.315、6.985、6.949,P值均<0.01)。 结论 重组质粒pNCR-NS3/4A-SEAP的SEAP表达受HCV 5'NCR和NS 3蛋白酶共调控,建立的细胞模型可用于以HCV 5'NCR和NS3蛋白酶为靶位点的药物筛选和评价。 展开更多
关键词 HCV NS3蛋白酶 表达 细胞模型 分泌性 丙型肝炎病毒 碱性磷酸酶 靶位点 调控 重组质粒
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