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槲皮素与尿嘧啶和胸腺嘧啶氢键的结合位点(英文) 被引量：9
1
作者 王长生 刘朋 于楠 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第6期1173-1182,共10页
深入理解药物分子和核酸碱基间的相互作用机制对合理设计研发新型高效药物有重要意义.本文运用密度泛函理论B3LYP方法对核酸碱基尿嘧啶和胸腺嘧啶与药物分子槲皮素间的氢键相互作用位点进行了研究.使用B3LYP/6-31G(d)方法优化得到了30... 深入理解药物分子和核酸碱基间的相互作用机制对合理设计研发新型高效药物有重要意义.本文运用密度泛函理论B3LYP方法对核酸碱基尿嘧啶和胸腺嘧啶与药物分子槲皮素间的氢键相互作用位点进行了研究.使用B3LYP/6-31G(d)方法优化得到了30个稳定的氢键复合物结构,使用B3LYP/6-311++G(3df,2p)方法计算了这些复合物的结合能.研究结果表明,槲皮素可以使用5个不同的结合位点与尿嘧啶或胸腺嘧啶形成氢键复合物,尿嘧啶或胸腺嘧啶可以使用3个不同的结合位点与槲皮素形成氢键复合物.当槲皮素的结合位点固定时,槲皮素与尿嘧啶的位点u1或胸腺嘧啶的位点t1形成的氢键作用最强,与位点u2或位点t2形成的氢键强度最弱;当尿嘧啶或胸腺嘧啶的作用位点固定时,二者与槲皮素的位点qu1形成的氢键作用最强,与位点qu5作用强度次之,与位点qu3的作用强度最弱.分子中原子(AIM)和自然键轨道(NBO)分析计算结果表明,轨道作用在氢键中起重要作用. 展开更多
关键词 槲皮素 尿嘧啶 胸腺嘧啶 氢键 结合能 自然键轨道分析 分子中原子分析
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取代基对1-甲基尿嘧啶与N-甲基乙酰胺氢键复合物中氢键强度的影响 被引量：5
2
作者 刘冬佳 王长生 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第12期2809-2816,共8页
使用密度泛函理论B3LYP方法和二阶微扰理论MP2方法对由1-甲基尿嘧啶与N-甲基乙酰胺所形成的氢键复合物中的氢键强度进行了理论研究,探讨了不同取代基取代氢键受体分子1-甲基尿嘧啶中的氢原子对氢键强度的影响和氢键的协同性.研究表明:... 使用密度泛函理论B3LYP方法和二阶微扰理论MP2方法对由1-甲基尿嘧啶与N-甲基乙酰胺所形成的氢键复合物中的氢键强度进行了理论研究,探讨了不同取代基取代氢键受体分子1-甲基尿嘧啶中的氢原子对氢键强度的影响和氢键的协同性.研究表明:供电子取代基使N-H…O=C氢键键长r(H…O)缩短,氢键强度增强;吸电子取代基使N-H…O=C氢键键长r(H…O)伸长,氢键强度减弱.自然键轨道(NBO)分析表明:供电子基团使参与形成氢键的氢原子的正电荷增加,使氧原子的负电荷增加,使质子供体和受体分子间的电荷转移量增多;吸电子基团则相反.供电子基团使N-H…O=C氢键中氧原子的孤对电子轨道n(O)对N-H的反键轨道σ*(N-H)的二阶相互作用稳定化能增强,吸电子基团使这种二阶相互作用稳定化能减弱.取代基对与其相近的N-H…O=C氢键影响更大. 展开更多
关键词 氢键复合物 取代基 氢键强度 自然键轨道分析 氢键协同性
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