上海部分地区儿童艰难梭菌相关性腹泻的临床分析 被引量：16

1

作者 冯云 王传清 +1 位作者 金嘉琳 张文宏 《微生物与感染》 2010年第3期151-155,共5页

本文旨在监测儿童腹泻中艰难梭菌相关性腹泻(CDAD)的发病情况,并对其进行回顾性临床分析。对复旦大学附属儿科医院2007年2月～9月111例腹泻患儿的粪便标本进行艰难梭菌毒素A检测及粪便厌氧菌培养,对所有患儿进行回顾性病史采集及分析,... 本文旨在监测儿童腹泻中艰难梭菌相关性腹泻(CDAD)的发病情况,并对其进行回顾性临床分析。对复旦大学附属儿科医院2007年2月～9月111例腹泻患儿的粪便标本进行艰难梭菌毒素A检测及粪便厌氧菌培养,对所有患儿进行回顾性病史采集及分析,并对粪便培养所得的4株艰难梭菌菌株用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)技术进行同源性分析。111例患者中,艰难梭菌毒素A检测及艰难梭菌培养均为阳性者无,艰难梭菌毒素A阳性而艰难梭菌培养阴性者16例,艰难梭菌毒素A阴性而艰难梭菌培养阳性者4例,艰难梭菌毒素A及艰难梭菌培养均阴性者91例。比较院内、院外组3种不同病程腹泻CDAD的发病率,无显著差异。MLVA分析发现粪便培养得到的4株艰难梭菌菌株有部分同源性。结果提示,目前上海部分地区儿童CDAD发病情况为散发,但彼此之间有部分同源性;院内、外获得性腹泻的CDAD发病率无显著差异;艰难梭菌毒素A阳性或艰难梭菌培养阳性的病例在临床表现上与艰难梭菌毒素A阴性且艰难梭菌培养阴性的腹泻病例无显著差异。 展开更多

关键词 艰难梭菌 毒素A 腹泻 多位点可变数目串联重复序列分析 儿童

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云南省鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列分析 被引量：12

2

作者 朱俊洁 王鹏 +3 位作者 张蓉 海荣 梁莹 宋志忠 《疾病监测》 CAS 2013年第10期848-852,共5页

目的通过多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)方法,对云南省鼠疫菌株进行基因分型。方法采用聚合酶链反应(PCR)和毛细管电泳,通过BioNumerics软件进行处理,分析云南省158株鼠... 目的通过多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)方法,对云南省鼠疫菌株进行基因分型。方法采用聚合酶链反应(PCR)和毛细管电泳,通过BioNumerics软件进行处理,分析云南省158株鼠疫耶尔森菌基因型。结果选取鼠疫菌的14个VNTR位点,5个VNTR位点对云南省鼠疫菌具有多态性分析意义,利用这5个位点对云南菌株进行分析,云南158株鼠疫菌可分为2个群,3个簇,5个基因型,野鼠鼠疫菌属于A簇,丽江玉龙鼠疫菌属于B簇,家鼠鼠疫菌属于C簇,与传统的生态分型结果吻合。结论本次试验筛选的5个位点可以用于云南省鼠疫菌的分型,云南家鼠鼠疫菌、野鼠鼠疫菌及玉龙鼠疫菌分属不同的基因簇,玉龙鼠疫菌与野鼠鼠疫菌同属一个群,聚类结果与实际的地理相关性很好。 展开更多

关键词 鼠疫耶尔森菌 MLVA分型方法 基因型 生态分型

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肺炎支原体耐药性及分子流行病学研究进展 被引量：11

3

作者 潘芬 张泓 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期1248-1253,共6页

肺炎支原体是临床上非典型性肺炎常见的致病菌,主要采用大环内酯类抗菌药物治疗。近年来,肺炎支原体对大环内酯类耐药性日趋严重,且全世界各地耐药率存在差异,目前认为其耐药机制主要与23S rRNA V区基因位点突变(2 063位和2 064位)相关... 肺炎支原体是临床上非典型性肺炎常见的致病菌,主要采用大环内酯类抗菌药物治疗。近年来,肺炎支原体对大环内酯类耐药性日趋严重,且全世界各地耐药率存在差异,目前认为其耐药机制主要与23S rRNA V区基因位点突变(2 063位和2 064位)相关。根据肺炎支原体菌株P1基因序列的不同,应用聚合酶链式反应-限制片段长度多态性分析(PCR-RFLP)可分为Ⅰ型和Ⅱ型,其流行基因型随地区和时间的不同而不同。另外,为了解肺炎支原体耐药菌株之间是否存在克隆传播,可采用多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法分析肺炎支原体克隆型。加强肺炎支原体的耐药性及流行基因型的监测,有助于了解肺炎支原体的流行病学特点,为新型抗菌药物及疫苗的研发提供依据。 展开更多

关键词 肺炎支原体 耐药 P1基因 多位点可变数量串联重复序列分析

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用MLVA技术和多重PCR对犬种布氏菌基因分型 被引量：10

4

作者 姜海 崔步云 +2 位作者 李兰玉 赵鸿雁 朴东日 《生物技术通讯》 CAS 2009年第3期336-338,共3页

目的:对犬种布氏菌的遗传关系进行不同分子分型方法的对比研究,为犬布病分子流行病溯源提供有效方法。方法:采用多重PCR和多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法对24株犬种布氏菌的遗传关系进行比较研究。结果:多重PCR只鉴定出1株... 目的:对犬种布氏菌的遗传关系进行不同分子分型方法的对比研究,为犬布病分子流行病溯源提供有效方法。方法:采用多重PCR和多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法对24株犬种布氏菌的遗传关系进行比较研究。结果:多重PCR只鉴定出1株犬种布氏菌,其余23株均鉴定为猪种鲁氏菌,但不能鉴定型别;MLVA方法对已鉴定为猪种的布氏菌仍可再细分为型,87%(20/23)为猪3型,13%(3/20)为猪1型。结论:MLVA可以对布氏菌种(生物型)进行基因分型鉴定,可以作为传统表型鉴定方法的补充。 展开更多

关键词 犬种布氏菌 多重PCR 多位点可变数量串联重复序列分析 分型

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云南省鹤庆县2017年分离鼠疫菌分子溯源 被引量：7

5

作者 石丽媛 丁奕博 +5 位作者 谭红丽 郭英 张海鹏 段存娟 李伟 王鹏 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期983-987,共5页

目的了解2017年云南省鹤庆县新分离的鼠疫菌的基因分型，为该地的鼠疫防控提供科学依据。方法采用差异片段（DFR）、规律成簇的间隔短回文重复序列（cRJsPRs）和多位点可变数目串联重复序列分析（MLvA）3种方法对10株鹤庆县新分离鼠疫... 目的了解2017年云南省鹤庆县新分离的鼠疫菌的基因分型，为该地的鼠疫防控提供科学依据。方法采用差异片段（DFR）、规律成簇的间隔短回文重复序列（cRJsPRs）和多位点可变数目串联重复序列分析（MLvA）3种方法对10株鹤庆县新分离鼠疫菌进行分型，并将10株鼠疫菌及邻近疫源地鼠疫菌株93株纳入聚类分析。结果鹤庆鼠疫菌株与丽江鼠疫疫源地菌株具有相同的DFR型（Genomovar05型）及CRISPRs型（Ca7簇，22型），在MLVA聚类分析中，鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫菌株位于同一个簇，两者之间仅有2个位点（N2117，M23）的差异。结论2017年云南省鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫疫源地菌株具有很高的同源性，鹤庆县疫情可能是丽江鼠疫进一步向南扩散的结果。 展开更多

关键词 鼠疫 鹤庆县 多位点可变数目串联重复序列分析

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多位点可变数量串联重复序列分析在细菌分子分型中的应用 被引量：6

6

作者 王晔茹 徐潇 +1 位作者 崔生辉 李凤琴 《中国食品卫生杂志》 北大核心 2013年第2期185-189,共5页

多位点可变数量串联重复序列分析(multiple-locus variable number tandem repeat analysis,MLVA)是通过基因组中可变数量串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)的特征来实现分型的分子分型技术,其特征是简单、快速、通量... 多位点可变数量串联重复序列分析(multiple-locus variable number tandem repeat analysis,MLVA)是通过基因组中可变数量串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)的特征来实现分型的分子分型技术,其特征是简单、快速、通量高、分辨力强,目前已广泛用于多种细菌分子分型。本文就MLVA技术的原理、在细菌分子分型中的应用及与其他分型方法的比较进行综述。 展开更多

关键词 多位点可变数量串联重复序列分析 分子分型 细菌

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昆明市东川区突发皮肤炭疽的实验室检测分析 被引量：5

7

作者 李桂满 张烜榕 +3 位作者 王慧雯 颜军 李文龙 侯敏 《中国卫生检验杂志》 CAS 2016年第19期2786-2788,共3页

目的通过对2015年昆明市东川区突发皮肤炭疽疫情的处理和实验室检测,提供处置此类事件的一种科学准确的方法和依据,以提供借鉴。方法用WS 283—2008炭疽诊断标准进行病原菌分离培养,用real-time PCR方法进行炭疽芽胞杆菌染色体编码的rp... 目的通过对2015年昆明市东川区突发皮肤炭疽疫情的处理和实验室检测,提供处置此类事件的一种科学准确的方法和依据,以提供借鉴。方法用WS 283—2008炭疽诊断标准进行病原菌分离培养,用real-time PCR方法进行炭疽芽胞杆菌染色体编码的rpo B基因及质粒pXO1上pag A基因、pXO2上cap基因的检测及单核苷酸多态性(SNP)测定,用毛细管电泳进行多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)。结果从4例疑似皮肤炭疽患者的疱疹液中分离得到2株炭疽芽胞杆菌,且此2株菌的rpo B基因、pagA基因和cap基因均为阳性,对照分类表为A.Br.001/002亚群。结论此次皮肤炭疽疫情是由当地村民宰杀携带炭疽芽胞杆菌强毒株的病牛引起,与云南地区曾经存在的炭疽芽胞杆菌类型一致。 展开更多

关键词 皮肤炭疽 分离培养 实时荧光定量PCR 毒力基因 单核苷酸多态性 多位点可变数目串联重复序列分析

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云南省剑川县鼠疫疫源地分离菌株基因组多态性 被引量：5

8

作者 石丽媛 丁奕博 +6 位作者 张海鹏 郭英 段存娟 谭红丽 董珊珊 钟佑宏 王鹏 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期20-24,共5页

目的阐明云南剑川野鼠疫源地鼠疫菌种群的演化及其与云南省其他疫源地菌株之间的遗传进化关系。方法按不同时间、不同疫点、不同分离源,随机选取24株剑川分离鼠疫菌进行研究;采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)... 目的阐明云南剑川野鼠疫源地鼠疫菌种群的演化及其与云南省其他疫源地菌株之间的遗传进化关系。方法按不同时间、不同疫点、不同分离源,随机选取24株剑川分离鼠疫菌进行研究;采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)进行基因组多态性分析;以DFR+CRISPRs聚类分析划分簇,再以MLVA26对簇进行聚类分析。结果24株剑川菌株中,20株菌聚为一个簇(剑川野鼠鼠疫簇);2017年疫情分离3株菌位于丽江野鼠鼠疫簇,与丽江菌株(2017LZ)存在2个位点的差异(N2577,M23);剩余1株为一个独立株;50年代菌株与其邻近的80年代菌株间位点差异未超过3。结论剑川原野鼠疫源地的发现时间可往前推至上世纪50年代,同时疫情还波及过家鼠和人群;剑川县境内存在2种类型的野鼠疫源地,其鼠疫防控具有复杂性,应继续加强鼠间鼠疫的动态监测。 展开更多

关键词 鼠疫 剑川 多位点可变数目串联重复序列分析

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老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离株多位点可变数目串联重复序列基因分型特征分析 被引量：5

9

作者 张媛媛 徐雅萍 +5 位作者 杜鹏程 强裕俊 张雯 陈晨 于季红 郭军 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期434-437,共4页

目的探讨老年住院患者肺炎克雷伯菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析的基因分型特点。方法收集解放军总医院南楼临床部老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离菌株184株,提取基因组DNA,采用多重PCR和毛细管电泳对7个位点进行分析,利用Bi... 目的探讨老年住院患者肺炎克雷伯菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析的基因分型特点。方法收集解放军总医院南楼临床部老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离菌株184株,提取基因组DNA,采用多重PCR和毛细管电泳对7个位点进行分析,利用Bio Numerics 5.1软件进行聚类分析。结果 184株肺炎克雷伯菌临床分离株共产生139种基因型,呈现明显的基因多态性;聚类分析结果显示,全部菌株可分为3个基因群,其中Ⅰ群包含93.06%的菌株。结论本医疗中心老年住院患者的肺炎克雷伯菌临床分离株具有明显的优势菌群,其感染来源仍以院内感染为主。 展开更多

关键词 老年住院患者 感染 肺炎克雷伯菌 多位点可变数目串联重复序列分析

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宁夏布鲁氏菌多位点串联重复序列分型研究 被引量：4

10

作者 马学平 高建炜 +6 位作者 韩坤 杨聪 海娥 朴东日 姜海 崔步云 赵建华 《宁夏医学杂志》 CAS 2020年第5期397-401,共5页

目的分析宁夏布鲁氏菌多位点串联重复序列分型特征。方法采用传统细菌学和分子生物学方法鉴定菌株,对16个可变数目串联重复序列位点进行PCR扩增,产物经毛细管电泳测序,生物信息学软件Bio Numerics进行聚类分析。结果经细菌学和分子生物... 目的分析宁夏布鲁氏菌多位点串联重复序列分型特征。方法采用传统细菌学和分子生物学方法鉴定菌株,对16个可变数目串联重复序列位点进行PCR扩增,产物经毛细管电泳测序,生物信息学软件Bio Numerics进行聚类分析。结果经细菌学和分子生物学方法鉴定近期宁夏人群感染分离44株布鲁氏菌均为羊种布鲁氏菌,对选取的20世纪分离的24株菌重新鉴定结果为羊种12株、牛种3株和猪种9株。多位点串联重复序列分析方法(MLVA)分型结果显示,68株菌被分为8大基因群39个基因型,并将羊种、牛种和猪种布鲁氏菌分成3个基因群,其中56株羊种菌分为33个基因型,基因型存在地域性分布特点,同一基因型的部分菌株具有流行病学关联。结论 MLVA分型方法能将布鲁氏菌在种的水平上区分,宁夏感染人体布鲁氏菌具有丰富的遗传多样性,部分菌株采用MLVA分型方法结合流行病学资料可溯源。 展开更多

关键词 布鲁氏菌分离株 宁夏 多位点串联重复序列分析 分型

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贵州省一起人间布鲁氏菌病疫情高危人群调查及分离菌遗传特征分析 被引量：3

11

作者 王月 陈红 +8 位作者 李沛丽 刘英 马青 周敬祝 余春 黄艳 唐光鹏 王定明 李世军 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2016年第4期345-349,共5页

目的对贵州省威宁县一起人间布鲁氏菌病(布病)疫情中的高危人群进行血清学调查、菌株分离鉴定及遗传特征分析,为布病疫情的防控提供科学依据。方法采用试管凝集试验对疫情中的高危人群进行抗体检测,采用虎红平板试验检测该起疫情中羊群... 目的对贵州省威宁县一起人间布鲁氏菌病(布病)疫情中的高危人群进行血清学调查、菌株分离鉴定及遗传特征分析,为布病疫情的防控提供科学依据。方法采用试管凝集试验对疫情中的高危人群进行抗体检测,采用虎红平板试验检测该起疫情中羊群血液布鲁氏菌抗体情况,分离抗体阳性患者病原菌进行培养,应用传统方法和布鲁氏菌属特异性PCR(BCSP31-PCR)、种/型特异性PCR(AMOS-PCR)对分离菌株进行鉴定,利用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA-16)和多位点序列分型(MLST)对菌株进行分子流行病学特征分析。结果 43名高危人群中布鲁氏菌抗体阳性6名,抽取该疫情羊群血液302份经虎红平板试验检测结果显示,阳性64份,阳性率为21.19%。1名抗体阳性者分离出布鲁氏菌可疑菌,鉴定为羊种生物3型布鲁氏菌,MLVA-16结果显示与布鲁氏菌羊种生物3型聚类最近,MLST分析显示分离菌株为ST8型。结论分离自该起疫情的菌株遗传特征和鉴定结果符合羊种生物3型布鲁氏菌,MLST结果为ST8型。尽管抗体阳性并分离出布鲁氏菌,但是无相关症状,均为布鲁氏菌隐性感染者。疑似因贩运羊只引入疫畜而导致布病疫情,应引起医生、卫生及动物检验检疫等相关部门重视。 展开更多

关键词 布鲁氏菌 多位点可变数目串联重复序列分析 多位点序列分型

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甘肃省鼠疫菌株多位点可变数目串联重复序列分析及流行病学特征分析 被引量：2

12

作者 郭丽民 席进孝 +5 位作者 张宏 苗克军 吴斌 葛亚俊 徐大琴 周晓艳 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期297-298,共2页

本研究利用中国疾病预防控制中心传染病预防控制所鼠疫室选出的15对多位点可变数量串联重复序列分析（MLVA）引物应用于甘肃省鼠疫菌株的分析。 1．材料与方法： （1）材料：202株鼠疫菌均分离于1962-2009年甘肃省鼠疫疫源地境内，保... 本研究利用中国疾病预防控制中心传染病预防控制所鼠疫室选出的15对多位点可变数量串联重复序列分析（MLVA）引物应用于甘肃省鼠疫菌株的分析。 1．材料与方法： （1）材料：202株鼠疫菌均分离于1962-2009年甘肃省鼠疫疫源地境内，保存于甘肃省疾病预防控制中心鼠疫菌库。 展开更多

关键词 鼠疫菌 多位点可变数目串联重复序列分析

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中国土拉弗朗西斯菌holarctica亚种的遗传多样性 被引量：2

13

作者 王艳华 彭遥 夏连续 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期1410-1414,共5页

目的 研究国内外土拉弗朗西斯菌的遗传进化关系.方法 选择17个单核苷酸多态性、4个插入/缺失和12个可变数目串联重复,采用单核苷酸多态性和插入/缺失、多位点可变数目串联重复分析方法单独和组合起来对39株土拉菌（10株中国土拉菌和29... 目的 研究国内外土拉弗朗西斯菌的遗传进化关系.方法 选择17个单核苷酸多态性、4个插入/缺失和12个可变数目串联重复,采用单核苷酸多态性和插入/缺失、多位点可变数目串联重复分析方法单独和组合起来对39株土拉菌（10株中国土拉菌和29株已公布测序的土拉菌）进行系统进化分析.结果 组合分析显示,3株中国土拉菌和日本的FSC022被分配到B5;剩余3株中国土拉菌和瑞典的FSC200被分配到B1;3株和美国的OSU18被分配到B2;1株和法国的FTNF002-00、德国的F92与美国的OR96246一起被分配到B4.10株中国土拉菌分为4种亚型,研究表明中国土拉菌具有广泛的遗传多样性.结论 本研究针对土拉菌B型建立了一套简易高效的分型方法,并以此为基础得出土拉菌B型的起源可能是亚洲地区. 展开更多

关键词 土拉弗朗西斯菌 土拉热 系统进化 单核苷酸多态性 插入/缺失 多位点可变串联重复分析

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中国土拉弗朗西斯菌数目可变串联重复多态性位点特有重复数的研究 被引量：2

14

作者 王艳华 彭遥 夏连续 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2015年第6期541-544,共4页

目的采用多位点可变数目串联重复分析(MLVA)方法研究中国土拉弗朗西斯菌(土拉菌)的遗传特征。方法根据以往文献,选取对B型土拉菌分辨力较高的12个数目可变串联重复多态性(VNTR),对10株中国土拉菌和29株已公布测序的参考菌株进行MLVA分... 目的采用多位点可变数目串联重复分析(MLVA)方法研究中国土拉弗朗西斯菌(土拉菌)的遗传特征。方法根据以往文献,选取对B型土拉菌分辨力较高的12个数目可变串联重复多态性(VNTR),对10株中国土拉菌和29株已公布测序的参考菌株进行MLVA分型研究。结果 MLVA分析显示,中国菌株在4个VNTR位点具有特有的重复数:Ft-M3重复数是5,Ft-M18重复数是1,Ft-M20重复数是2,Ft-M21重复数是2。12个VNTR位点组合分析,得出重复数比较接近的是:410108和日本FSC022;410112、410113和德国F92;410116、410117和美国OSU18、俄罗斯LVS。结论根据特有的重复数,通过检测Ft-M3、Ft-M18、Ft-M20和Ft-M21位点,可以把中国本土土拉菌和国外土拉菌区分开。另外,相对于欧美国家和日本,中国土拉菌具有更多的遗传多样性。 展开更多

关键词 土拉弗朗西斯菌holarctica亚种 土拉热 多位点可变数目串联重复分析 数目可变串联重复多态性

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婴幼儿淋巴结核病原体及多位点可变数目串联重复序列分析 被引量：2

15

作者 邓桂林 钱雪琴 +4 位作者 武洁 沈鑫 张军 卢水华 沈芳 《微生物与感染》 2014年第2期89-95,共7页

为了解婴幼儿淋巴结核的主要病原体及其分子生物学信息，对分离自73例0～3岁淋巴结核患儿的79份淋巴结穿刺液阳性培养物进行结核分枝杆菌鉴定、3个不同区域片段（RD1、RD9、RD10）扩增及多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）。结果... 为了解婴幼儿淋巴结核的主要病原体及其分子生物学信息，对分离自73例0～3岁淋巴结核患儿的79份淋巴结穿刺液阳性培养物进行结核分枝杆菌鉴定、3个不同区域片段（RD1、RD9、RD10）扩增及多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）。结果显示，婴幼儿淋巴结核以卡介苗（BCG）感染为主（95．9％），其次为人型结核分枝杆菌感染（4．1％）。通过MLVA分离出4个基因型，3个为独立基因型、1个为成簇基因型。76株属成簇基因型，均为BCG ；3个独立基因型均为人型结核分枝杆菌。研究表明，BCG是引起婴幼儿淋巴结核的主要病原体，临床分离的BCG MLVA分型无差异。 展开更多

关键词 淋巴结核 多位点可变数目串联重复序列分析 卡介苗

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辽宁省1株犬种布鲁氏菌分离株的分子生物学鉴定 被引量：2

16

作者 毛玲玲 姚文清 +2 位作者 张旭 雷露 刘学升 《疾病监测》 CAS 2012年第5期385-387,399,共4页

目的对2010年辽宁省分离的1株疑似犬种布鲁氏菌进行生物型及分子生物学鉴定。方法采用布鲁氏菌常规鉴定分型方法,结合多重聚合酶链反应(PCR)和多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法。结果常规分型方法和MLVA方法鉴定该分离株为犬... 目的对2010年辽宁省分离的1株疑似犬种布鲁氏菌进行生物型及分子生物学鉴定。方法采用布鲁氏菌常规鉴定分型方法,结合多重聚合酶链反应(PCR)和多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法。结果常规分型方法和MLVA方法鉴定该分离株为犬种布鲁氏菌。结论采用传统分型方法,同时结合MLVA方法对布鲁氏菌进行分型鉴定,可以增加鉴定工作的稳定性与正确性。但多重PCR结果也提示犬种布鲁氏菌与猪种布鲁氏菌的亲缘关系较近。 展开更多

关键词 犬种布鲁氏菌 多重聚合酶链反应 多位点可变数量串联重复序列分析 分型

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可变数目串联重复序列分析与多位点序列分析在伯氏疏螺旋体分型研究中的应用 被引量：1

17

作者 周鑫 侯学霞 +3 位作者 耿震 张琳 郝琴 赵素莲 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2013年第2期98-102,共5页

目的评价多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和多位点序列分析(MLSA)两种方法在伯氏疏螺旋体分型研究中的应用。方法采用MLVA和MLSA两种方法对31株伯氏疏螺旋体分型结果进行比较分析。结果 31株伯氏疏螺旋体用MLVA方法分成4簇,24个... 目的评价多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和多位点序列分析(MLSA)两种方法在伯氏疏螺旋体分型研究中的应用。方法采用MLVA和MLSA两种方法对31株伯氏疏螺旋体分型结果进行比较分析。结果 31株伯氏疏螺旋体用MLVA方法分成4簇,24个基因型,其中21个独立基因型,成簇率达24/31,MLVA的分辨率达到0.969;MLSA可将31株伯氏疏螺旋体分成4簇,每株都可独立分析,但有3个节点步长值(Bootstrap value)<50%。结论 MLVA和MLSA两种方法均适合于伯氏疏螺旋体的分型研究,对于部分分型有异议的菌株,将MLVA与MLSA联合可有效进行伯氏疏螺旋体的分型鉴定。 展开更多

关键词 多位点序列分析 多位点可变数目串联重复序列分析 伯氏疏螺旋体 基因分型

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河北省1株犬种布鲁菌分离株的鉴定及遗传特征分析 被引量：1

18

作者 钱振宇 刘晓丽 +3 位作者 孙印旗 贾肇一 何宝花 姜霞 《中华地方病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期717-720,共4页

目的 对2015年河北省分离的1株疑似犬种布鲁菌菌株进行种型鉴定及遗传特征分析.方法 运用常规分型方法进行种型鉴定,进一步应用多重聚合酶链式反应（multiplex polymerase chain reaction,M-PCR）和多位点可变数目串联重复序列分析（mul... 目的 对2015年河北省分离的1株疑似犬种布鲁菌菌株进行种型鉴定及遗传特征分析.方法 运用常规分型方法进行种型鉴定,进一步应用多重聚合酶链式反应（multiplex polymerase chain reaction,M-PCR）和多位点可变数目串联重复序列分析（multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA）进行种的水平区分及遗传特征分析.结果 常规分型方法和M-PCR方法鉴定该分离菌株为犬种布鲁菌.MLVA结果显示该菌Panel 1为基因3型,Panel 2A为基因28型,与犬种菌聚类在一起,但在可变数目串联重复序列位点（variable-number tandem-repeat,VNTR）Bruce04、Bruce07、Bruce09和Bruce16存在串联重复数目差异.结论 传统分型方法结合分子生物学方法对布鲁菌进行种型鉴定,可以增加鉴定工作的正确性和稳定性.该菌株的遗传特征与犬种布鲁菌株最接近. 展开更多

关键词 犬种布鲁菌 多重聚合酶链反应 多位点可变数目串联重复序列分析 遗传特征

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云南省家鼠疫源地鼠疫耶尔森氏菌分子流行病学特征研究 被引量：1

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作者 石丽媛 谭红丽 +7 位作者 郭英 董珊珊 丁奕博 张海鹏 段存娟 钟佑宏 李伟 王鹏 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2019年第10期1125-1129,1134,共6页

目的探讨云南家鼠疫源地鼠疫菌在云南鼠疫菌遗传进化上所处的位置,及其种群流行演化规律。方法按照不同地点、时间及分离源随机选取186株家鼠疫源地鼠疫菌,采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目... 目的探讨云南家鼠疫源地鼠疫菌在云南鼠疫菌遗传进化上所处的位置,及其种群流行演化规律。方法按照不同地点、时间及分离源随机选取186株家鼠疫源地鼠疫菌,采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)3种方法进行分子分型分析;以DFR+CRISPRs双重方法聚类分析划分基因簇,以MLVA26对基因簇再次聚类分析划分亚簇。结果 186株家鼠疫源地鼠疫菌中的184株聚为一个簇(家鼠鼠疫簇),其余2株为独立株;近史流行期、复燃流行期和2016年疫情分离株分别处于不同的亚簇,它们之间的位点差异至少有5个;复燃流行期菌株共有5个亚簇和6个独立株,其中2个亚簇为主要的基因亚簇,即滇西亚簇和滇西南-滇东-广西-贵州亚簇,它们之间有4个位点差异。结论家鼠鼠疫菌是云南鼠疫菌中最晚出现的菌株,近史流行期菌株与复燃流行期菌株菌株存在较大差异,而复燃流行期的鼠疫流行是复燃和扩散并存的结果。 展开更多

关键词 鼠疫 云南 家鼠 多位点可变数目串联重复序列分析

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新疆鼠疫菌株多位点可变数目串联重复序列基因分型研究 被引量：1

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作者 李博 崔燕 +5 位作者 刘遵季 古丽阿依·包凯西 罗勇军 麦迪娜·肖开提 王启果 雒涛 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS 北大核心 2021年第6期666-671,共6页

目的应用多位点可变数目串联重复序列基因分型方法,对新疆维吾尔自治区(新疆)4个类型鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)分离株进行基因分型研究,探析新疆分离株与我国其他鼠疫疫源地分离株之间的遗传进化关系。方法收集2015-2019年新... 目的应用多位点可变数目串联重复序列基因分型方法,对新疆维吾尔自治区(新疆)4个类型鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)分离株进行基因分型研究,探析新疆分离株与我国其他鼠疫疫源地分离株之间的遗传进化关系。方法收集2015-2019年新疆4个类型鼠疫自然疫源地18株分离株,提取鼠疫菌基因组DNA,采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)(14+12 VNTR位点)技术、多色毛细管电泳方法进行基因分型,运用BioNumerics 7.6软件对基因分型结果进行聚类分析。结果 18株鼠疫分离株被14位点MLVA分为3个群、12个基因型;被14+12位点MLVA分为3个群、15个基因型,且同类型鼠疫自然疫源地分离株聚为一个分支。不同时期、同类型鼠疫自然疫源地的分离株亲缘关系较近,基因型存在明显的地区聚集性,遗传性相对稳定。结论新疆4个类型鼠疫自然疫源地分离株基因型呈多态性,遗传性相对稳定;MLVA分型方法适宜新疆鼠疫分离株遗传进化与溯源研究。 展开更多

关键词 多位点可变数目串联重复序列分析 多色毛细管电泳 鼠疫耶尔森菌 新疆

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