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从细胞色素b部分序列探讨石斑鱼属的分子系统发育关系 被引量:17
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作者 朱世华 杨迎春 +2 位作者 郑文娟 沈锡权 邹记兴 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期432-438,共7页
石斑鱼的分类在学术界尚存在很多争议。本文采用PCR技术,测定了分布于中国的点带石斑鱼(Epinepheluscoioiaes)、青石斑鱼(E.awoara)、六带石斑鱼(E.sexfasciatus)、褐石斑鱼(E.brunneus),长棘石斑鱼(E.longispinis),吻斑石斑鱼(E.spilot... 石斑鱼的分类在学术界尚存在很多争议。本文采用PCR技术,测定了分布于中国的点带石斑鱼(Epinepheluscoioiaes)、青石斑鱼(E.awoara)、六带石斑鱼(E.sexfasciatus)、褐石斑鱼(E.brunneus),长棘石斑鱼(E.longispinis),吻斑石斑鱼(E.spilotoceps),巨石斑鱼(E.tauvina)以及石斑鱼亚科侧牙鲈属的侧牙鲈(Variola louti)的线粒体细胞色素b基因402bp的序列,结合GenBank提供的7种中国无记录的石斑鱼:青铜石斑鱼(E.aeneus)、海丰石斑鱼(E.haifensis)、犬牙石斑鱼(E.caninus)、东大西洋石斑鱼(E.marginatus)、白斑石斑鱼(E.multinotatus)、德氏石斑鱼(E.drummondhayi)、淡点石斑鱼(E.labriformis),把这14种石斑鱼作为内群,对他们的序列组成和结构特点进行了分析;并以同为科(Serranidae)、石斑鱼亚科(Epinephelinae)的侧牙鲈属(Variola)的侧牙鲈作外群,分别用MP法、NJ法对内、外群构建了分子系统树,结果表明:(1)14种石斑鱼402bp的mtDNA Cytb部分序列的碱基组成上,A+T的含量为53.6%高于G+C含量(46.4%),序列中转换颠换比为4.78,没有突变饱和;(2)青石斑鱼与六带石斑鱼、点带石斑鱼与巨石斑鱼、长棘石斑鱼与吻斑石斑鱼分别聚在一起,与形态分类结果一致;(3)系统树中,大西洋与太平洋种类各枝交替汇合,表明石斑鱼的Cytb序列有严格的保守性,也可能是协同进化的结果;(4)揭示在良种选配或遗传管理时,避免居于同枝的石斑鱼混交,将大西洋种类与太平洋种类杂交可能是遗传改良的一种途径。 展开更多
关键词 细胞色素B 石斑鱼属 分子系统发育关系
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基于ITS和cpDNA序列的梭梭和白梭梭物种分化 被引量:9
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作者 孙芳芳 聂迎彬 +2 位作者 马松梅 魏博 吉万全 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第3期43-53,共11页
【目的】基于nrDNA和cpDNA 2种基因,探讨中国同域分布的梭梭和白梭梭的物种分化,分析2种基因的单片段及其片段组合对2种植物的物种鉴别力,并分析生态位分化的程度及其对物种进化的影响,为梭梭和白梭梭的系统发育和谱系地理等研究提供基... 【目的】基于nrDNA和cpDNA 2种基因,探讨中国同域分布的梭梭和白梭梭的物种分化,分析2种基因的单片段及其片段组合对2种植物的物种鉴别力,并分析生态位分化的程度及其对物种进化的影响,为梭梭和白梭梭的系统发育和谱系地理等研究提供基础数据。【方法】基于2个nrDNA序列(ITS2、ITS1-ITS4)和3个cpDNA非编码区序列(trnS-trnG、rps4和trnV),对古尔班通古特沙漠南缘同域分布的梭梭和白梭梭共30个个体进行序列分析;利用距离法(基于Kimura 2-parameter)研究2种植物的遗传分化;基于贝叶斯方法分析个体间的分子系统关系;并利用距离法、系统发育树法、BLAST比对法和诊断特征法评价ITS和cpDNA的单序列及其组合对2种植物的物种鉴别力。在此基础上,利用生态位分析软件ENMTools V1.4定量分析梭梭与白梭梭生态位分化的程度。【结果】1)对于梭梭和白梭梭,2个ITS序列拼接比对的总长均为1 117 bp,G+C含量平均分别为34.74%和34.82%,总的信息位点数分别占片段总长的2.33%和1.43%; 3个cpDNA序列拼接比对的总长均为2 344 bp,G+C含量平均分别为59.62%和59.39%,信息位点数分别占片段总长的0.68%和0.43%。2)基于ITS和cpDNA序列组合构建的贝叶斯系统发育树都表明梭梭和白梭梭各聚为一支。3)基于ITS和cpDNA序列组合计算的2种植物的种间最小遗传距离均大于种内的最大遗传距离,并且种间种内都存在1个明显的距离间隙,表明本研究所用的ITS和cpDNA的序列组合可以作为鉴定梭梭和白梭梭的DNA条形码序列。4)基于4种方法评价的ITS和cpDNA序列对梭梭和白梭梭的物种鉴别力表明:2个ITS的单序列及其序列组合的鉴别率均为100%; cpDNA序列中,rps4的单序列及其与trnS-trnG,trnV的两两序列组合的鉴别率均为0,而trnS-trnG,trnV的单序列及其序列组合,以及trnS-trnG+trnV+rps4组合的鉴别率均为100%。5)生态位参数D值和I值的观察值和一致性 展开更多
关键词 梭梭 白梭梭 ITS序列 cpDNA序列 物种分化 分子系统关系 生态位分化
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不同品种金鱼和鲫鱼的分子系统发育关系研究 被引量:6
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作者 庄远红 周毅 +3 位作者 牛艳东 邓学建 周蒲荣 李建中 《激光生物学报》 CAS CSCD 2009年第1期46-49,共4页
为探讨不同品种金鱼的系统进化关系,利用PCR技术扩增了金鱼的7个代表品种红龙睛(Red dragon goldfish)、红帽子(Red cap goldfish)、虎头(Tiger head goldfish)、琉金(Gold plating goldfish)、墨龙睛(Black dragon goldfish... 为探讨不同品种金鱼的系统进化关系,利用PCR技术扩增了金鱼的7个代表品种红龙睛(Red dragon goldfish)、红帽子(Red cap goldfish)、虎头(Tiger head goldfish)、琉金(Gold plating goldfish)、墨龙睛(Black dragon goldfish)、水泡眼(Water vesicle goldfish)、珍珠(Genuine pearl goldfish)的线粒体DNA上细胞色素b的部分核苷酸序列,长度为597bp。结合GenBank中红鲫、野鲫、日本白鲫、银鲫、鲤鱼的序列进行比较分析,结果显示,这7个金鱼品种之间的同源性都很高,在99.5%-100%之间;7种金鱼和红鲫的同源性也很高,为99.5%~99.8%,与野鲫的同源性在96.8%~97.2%,与日本白鲫、银鲫的同源性为93.1%~94.3%,与鲤鱼的同源性相对较低,为88.3%-88.6%。利用DNAstar软件构建了不同品种金鱼和鲫鱼的分子系统树,从分子水平进一步证实了金鱼起源于野鲫。 展开更多
关键词 金鱼 细胞色素B 野鲫 红鲫 分子系统发育
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团藻目分子系统学研究进展 被引量:2
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作者 李中奎 胡鸿钧 李夜光 《植物学通报》 CSCD 北大核心 2002年第4期419-424,395,共7页
包含许多重要类群的团藻目在绿色植物系统演化中占有十分重要的地位。普遍认为现在的绿色植物起源于团藻目的绿色鞭毛类 ,有人认为鞭毛细胞表面覆盖有鳞片的塔胞藻类是绿色植物的祖先。团藻目是分子系统学研究比较多和比较深入的一个类... 包含许多重要类群的团藻目在绿色植物系统演化中占有十分重要的地位。普遍认为现在的绿色植物起源于团藻目的绿色鞭毛类 ,有人认为鞭毛细胞表面覆盖有鳞片的塔胞藻类是绿色植物的祖先。团藻目是分子系统学研究比较多和比较深入的一个类群 ,通过研究证实其有单一共同祖先 ,而莱茵衣藻在所有已经经过DNA测序分析系统发育的绿色单细胞类群中是最可能的种类。本文结合自己的工作 ,对国内外这一研究领域概况进行综述。 展开更多
关键词 团藻目 分子系统学 研究进展
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基于rpl16序列的中国野牡丹属植物分子系统关系初探 被引量:1
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作者 白岳峰 李淑娴 +3 位作者 江鸣涛 吴沙沙 翟俊文 彭东辉 《广东农业科学》 CAS 2015年第13期135-139,共5页
针对目前中国原产野牡丹属植物系统关系存在的争议,采用叶绿体基因上的rpl16序列,以野牡丹科野牡丹属之外的3个属4种植物为外类群,对中国野牡丹属植物进行了分子系统关系研究。结果表明,rpl16序列在野牡丹属植物中没有足够的变异位点,... 针对目前中国原产野牡丹属植物系统关系存在的争议,采用叶绿体基因上的rpl16序列,以野牡丹科野牡丹属之外的3个属4种植物为外类群,对中国野牡丹属植物进行了分子系统关系研究。结果表明,rpl16序列在野牡丹属植物中没有足够的变异位点,最大简约法(Maximum parsimony,MP)构建的分子系统树中,地菍(Melastoma dodecandrum)形成单独的一支,贝叶斯分析(Bayesian Inference,BI)构建的分子系统树中,整个野牡丹属植物形成一支;两种方法构建的分子系统树中,野牡丹科同一个属的植物都可以形成单独的分支。因此,rpl16序列并不适合野牡丹属植物的分子系统关系研究,可能比较适合野牡丹科植物属间的分子系统关系研究。 展开更多
关键词 野牡丹属植物 rpl16序列 分子系统关系
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