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含磷嘧啶类CDK9抑制剂的分子对接、3D-QSAR和分子动力学模拟 被引量:3
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作者 唐光辉 张娅 +3 位作者 张玉萍 周朋朋 林治华 王远强 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第11期2061-2069,共9页
选取64个具有潜力的含磷嘧啶类细胞周期依赖性蛋白激酶(CDK9)小分子抑制剂,采用分子对接方法研究了该类小分子与CDK9的结合作用,结果表明,分子构象、氢键形成、疏水性和氨基酸残基Cys106在此类抑制剂与CDK9的结合过程中具有重要作用.在... 选取64个具有潜力的含磷嘧啶类细胞周期依赖性蛋白激酶(CDK9)小分子抑制剂,采用分子对接方法研究了该类小分子与CDK9的结合作用,结果表明,分子构象、氢键形成、疏水性和氨基酸残基Cys106在此类抑制剂与CDK9的结合过程中具有重要作用.在配体叠合的基础上,运用比较分子力场分析(Co MFA)、比较分子相似性指数分析(Co MSIA)和Topomer Co MFA(T-COMFA)研究了分子结构与抑制活性的关系,发现由训练集立体场、静电场和疏水场组合的Co MSIA模型为最优模型,其内部交叉验证相关系数(Q2=0.557)、非交叉验证相关系数(R2=0.959)和外部预测相关系数(r2=0.863)具有统计学意义,该模型的三维等值线图直观显示了化合物的活性与其三维结构的关系.根据这些结果设计了10个具有新结构的含磷嘧啶类化合物,分子对接和分子动力学模拟结果表明,新化合物和CDK9的结合模式与原化合物64相同,自由能分析从理论上证明了新化合物64d的CDK9抑制活性优于化合物64,并且显示含磷基团与残基Asp109的静电场能在化合物与CDK9作用过程中有重要作用. 展开更多
关键词 含磷嘧啶类细胞周期依赖性蛋白激酶抑制剂 分子对接 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析 Topomer COMFA 分子动力学
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纳秒电脉冲作用下KcsA-膜蛋白体系电穿孔的分子动力学模拟(英文) 被引量:3
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作者 唐靖超 殷海荣 +4 位作者 马佳路 薄文斐 杨阳 徐进 宫玉彬 《真空电子技术》 2019年第1期14-20,共7页
电穿孔是由外加电场诱导细胞膜产生孔洞的过程,目前已经广泛地用于生命科学相关的实验研究中,同时在临床应用方面显示出了越来越多的潜力。真空电子器件可产生强电磁脉冲,从而可以用来引起细胞膜的电穿孔,为了从分子层面研究KcsA-膜蛋... 电穿孔是由外加电场诱导细胞膜产生孔洞的过程,目前已经广泛地用于生命科学相关的实验研究中,同时在临床应用方面显示出了越来越多的潜力。真空电子器件可产生强电磁脉冲,从而可以用来引起细胞膜的电穿孔,为了从分子层面研究KcsA-膜蛋白体系电穿孔的物理机制,利用分子动力学的方法,计算模拟了不同幅值纳秒电脉冲作用下KcsA-膜蛋白体系的穿孔过程。结果表明,随着纳秒电脉冲幅值的增大,体系穿孔完成所需的时间减小,同时孔出现的位置距KcsA蛋白较远,这一研究为电穿孔在生物医学方面的应用提供了相应的理论指导。 展开更多
关键词 电穿孔 纳秒电脉冲 KcsA-膜蛋白体系 分子动力学 真空电子器件
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基于分子动力学的硫酸钙晶须改性沥青拉伸黏附机理研究
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作者 赵辉 《现代交通技术》 2023年第5期18-24,共7页
基于分子动力学模拟方法,建立了硫酸钙晶须(calcium sulfate whisker,CSW)改性沥青模型,研究了温度、拉伸力对表面改性前后硫酸钙晶须与沥青界面拉伸应力-位移曲线的影响。探讨了硫酸钙晶须-沥青界面的拉伸破坏形式和黏附机理,提出了一... 基于分子动力学模拟方法,建立了硫酸钙晶须(calcium sulfate whisker,CSW)改性沥青模型,研究了温度、拉伸力对表面改性前后硫酸钙晶须与沥青界面拉伸应力-位移曲线的影响。探讨了硫酸钙晶须-沥青界面的拉伸破坏形式和黏附机理,提出了一种可用于宏观分析的内聚力模型。分析结果表明:表面改性硫酸钙晶须(modified calcium sulfate whisker,MCSW)-沥青体系的应力峰值大于CSW-沥青体系;温度越高,晶须与沥青的应力峰值越低;拉伸力较大时,晶须与沥青破坏模式以黏附破坏为主;拉伸力较小时,晶须与沥青体系主要表现为黏聚破坏,改性沥青的拉伸应力在达到界面拉伸应力峰值前保持良好的力学性能,且变形可逆;当拉伸应力达到应力峰值后,界面体系的损伤不可逆;说明沥青与MCSW的界面强度更高,即改性沥青的界面力学性能更加优异。 展开更多
关键词 硫酸钙晶须-沥青界面 拉伸作用 内聚力模型 黏附机理 分子动力学
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基于分子动力学方法的复杂合金Grüneisen状态方程参数计算及验证:以GH4169合金为例
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作者 张圣来 丁军 +3 位作者 童权 黄霞 宋鹍 路世青 《重庆理工大学学报(自然科学)》 CAS 北大核心 2021年第7期115-124,共10页
针对复杂合金缺乏相应势函数的情况,以GH4169为例,提出了一种计算复杂合金Hugoniot参数C_(0)和λ的方法。采用分子动力学模拟技术,研究了GH4169合金的Hugoniot曲线、0 K等温线和Mie-Grüneisen状态方程。将合金中各相Hugoniot参数... 针对复杂合金缺乏相应势函数的情况,以GH4169为例,提出了一种计算复杂合金Hugoniot参数C_(0)和λ的方法。采用分子动力学模拟技术,研究了GH4169合金的Hugoniot曲线、0 K等温线和Mie-Grüneisen状态方程。将合金中各相Hugoniot参数按质量百分比进行加权取值得到复杂合金Hugoniot参数。通过与现有文献实验数据对比,发现该方法计算得到的Hugoniot参数、Hugoniot曲线及0 K等温线均与已有数据吻合良好,证明了所提方法的可行性。 展开更多
关键词 Mie-Grüneisen状态方程 GH4169高温合金 HUGONIOT曲线 分子动力学
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HAN基ECSP凝胶模型的构建与分子动力学模拟 被引量:2
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作者 李门 李天鹏 +2 位作者 郭爱强 刘建国 高欣宝 《装备环境工程》 CAS 2024年第2期28-36,共9页
目的从微观分子的角度对硝酸羟胺(HAN)基电控固体推进剂(Electrically Controlled Solid Propellants,ECSP)的性能参数进行模拟与计算。方法利用分子表面静电势(ESP)对HAN分子2种可能的构型进行优化和稳定性分析。通过真空非周期性分子... 目的从微观分子的角度对硝酸羟胺(HAN)基电控固体推进剂(Electrically Controlled Solid Propellants,ECSP)的性能参数进行模拟与计算。方法利用分子表面静电势(ESP)对HAN分子2种可能的构型进行优化和稳定性分析。通过真空非周期性分子动力学模拟得到聚乙烯醇(PVA)分子稳定构型,并以HAN基ECSP的主要成分按一定比例构建凝胶模型。基于RESP(Restrained Electrostatic Potential)电荷生成更准确的凝胶模型拓扑文件,并进行凝胶模型的分子动力学模拟、模型稳定分析以及模型参数计算。结果凝胶模型总能量相对平均值的周期性波动不超过7%。由于三维PVA链的包裹,H_(2)O分子的扩散系数被大幅削弱。氢键分析和径向分布函数表明氢键键长主要分布在0.2826 nm附近,PVA与H_(2)O间的氢键较少,H_(2)O与HAN、H_(2)O与H_(2)O之间的氢键较多。模型密度为1.405 g/cm^(3),与实验值吻合度高。在283、293、303 K下,HAN基ECSP凝胶模型的拉伸模量依次降低,剪切模量先增后减。在15 K/600 ps冷却速率下,HAN基ECSP凝胶模型的拉伸模量和剪切模量均增大。结论ECSP制备结束后,冷却过程中的环境温度不宜过高,否则容易造成ECSP力学性能的快速下降,快速冷却可以提高ECSP的力学性能。 展开更多
关键词 电控固体推进剂 硝酸羟胺 聚乙烯醇 凝胶模型 分子动力学模拟 力学性能 静电势
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Control of surface wettability via strain engineering 被引量:1
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作者 Wei Xiong Jefferson Zhe Liu +1 位作者 Zhi-Liang Zhang Quan-Shui Zheng 《Acta Mechanica Sinica》 SCIE EI CAS CSCD 2013年第4期543-549,共7页
Reversible control of surface wettability has wide applications in lab-on-chip systems, tunable optical lenses, and microfluidic tools. Using a graphene sheet as a sam- ple material and molecular dynamic simulations, ... Reversible control of surface wettability has wide applications in lab-on-chip systems, tunable optical lenses, and microfluidic tools. Using a graphene sheet as a sam- ple material and molecular dynamic simulations, we demon- strate that strain engineering can serve as an effective way to control the surface wettability. The contact angles 0 of water droplets on a graphene vary from 72.5° to 106° under biaxial strains ranging from -10% to 10% that are applied on the graphene layer. For an intrinsic hydrophilic surface (at zero strain), the variation of 0 upon the applied strains is more sensitive, i.e., from 0° to 74.8°. Overall the cosines of the contact angles exhibit a linear relation with respect to the strains. In light of the inherent dependence of the contact an- gle on liquid-solid interfacial energy, we develop an analytic model to show the cos 0 as a linear function of the adsorption energy Eads of a single water molecule over the substrate sur- face. This model agrees with our molecular dynamic results very well. Together with the linear dependence of Eads on bi- axial strains, we can thus understand the effect of strains on the surface wettability. Thanks to the ease of reversibly ap- plying mechanical strains in micro/nano-electromechanical systems, we believe that strain engineering can be a promis- ing means to achieve the reversibly control of surface wetta- bility. 展开更多
关键词 Wettability ~ Strain engineering ~ molecular dy-namics simulation
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基于分子动力学的相变沥青物理力学性能研究 被引量:1
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作者 白捷 田鑫 +2 位作者 肖楼 梁美琛 郭猛 《交通运输研究》 2022年第1期107-117,共11页
相变材料可以显著提升沥青的调温能力,减少路面温度病害。为从分子层面研究相变材料对沥青力学性能及调温能力的影响,通过分子动力学模拟技术对沥青四组分(饱和分、芳香分、胶质、沥青质)建模,使用四组分平均分子结构模型构建了沥青分... 相变材料可以显著提升沥青的调温能力,减少路面温度病害。为从分子层面研究相变材料对沥青力学性能及调温能力的影响,通过分子动力学模拟技术对沥青四组分(饱和分、芳香分、胶质、沥青质)建模,使用四组分平均分子结构模型构建了沥青分子结构模型并验证了其可靠性;进一步构建了沥青与相变材料共混体系模型,并对共混体系与沥青体系的力学性能参数、扩散系数、内聚能密度等参数进行对比。研究结果表明:通过沥青四组分平均分子结构“组装”的沥青分子模型具有合理性,能够真实体现沥青材料特性;相变材料的加入使得沥青体系的力学参数在一定程度上都有所提高,其中:体积模量提高了约36%,剪切模量提高了约17%,弹性模量提高了约8%;相变材料能提高沥青质的扩散速度,但对胶质、芳香分、饱和分的扩散能力有一定的削弱作用;相变材料使得沥青体系的内聚能密度增大,沥青的热稳定性得到加强;相变材料可以使沥青在吸收相同能量的情况下温度变化更小,有效发挥了对沥青温度的调控作用。 展开更多
关键词 道路工程 沥青路面 相变材料 分子动力学模拟 路面调温
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金属铜Cu凝固过程中晶体生长与团簇微观结构演变特性的模拟研究 被引量:1
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作者 易学华 卜寿亮 +3 位作者 钟庆湖 曾辉 温建平 杨伟志 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期430-436,共7页
采用分子动力学方法和Quantum Sutton-Chen(QS-C)多体势,对液态金属铜(Cu)凝固过程中的晶体生长规律及纳米团簇微观结构转变特性进行了模拟跟踪研究.运用Honeycutt-Andersen(HA)键型指数法和新的原子团类型指数法(CTIM-2)分析了金属Cu... 采用分子动力学方法和Quantum Sutton-Chen(QS-C)多体势,对液态金属铜(Cu)凝固过程中的晶体生长规律及纳米团簇微观结构转变特性进行了模拟跟踪研究.运用Honeycutt-Andersen(HA)键型指数法和新的原子团类型指数法(CTIM-2)分析了金属Cu原子的成键类型和原子团簇结构演变特性.结果发现:当以1.0×10^(13)K/s速率凝固时,系统最终形成晶体和非晶体混合共存结构;在以4.0×10^(12) K/s速度冷却时,系统从673 K就开始结晶,并形成以1421和1422二种键型为主的晶体结构;面心立方(FCC)和六角密集(HCP)结构在形成晶体铜时起着非常重要的作用,尤其是由1421键型构成的面心立方(12000120)基本原子团在晶体生长和纳米团簇结构形成过程中占主导地位. 展开更多
关键词 金属铜凝固 晶体生长 团簇结构演变 分子动力学模拟
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