隔山消抗神经氨酸酶活性及化学成分研究 被引量：11

1

作者 曹雨 李金花 +4 位作者 刘海波 刘艾林 张翔 顾健 黄林芳 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2017年第21期4485-4492,共8页

目的研究民族药隔山消提取物的神经氨酸酶(NA)抑制活性及活性部位的化学成分,并通过分子对接技术和NA抑制实验进一步探究其活性成分的NA抑制作用。方法隔山消经石油醚渗漉、乙醇提取、醋酸乙酯萃取和水煎煮后,得到4个提取部位,采用荧光... 目的研究民族药隔山消提取物的神经氨酸酶(NA)抑制活性及活性部位的化学成分,并通过分子对接技术和NA抑制实验进一步探究其活性成分的NA抑制作用。方法隔山消经石油醚渗漉、乙醇提取、醋酸乙酯萃取和水煎煮后,得到4个提取部位,采用荧光法测定4个提取部位NA抑制活性。应用UPLC-Q-Exactive技术快速归属和鉴定最佳活性部位中的化学成分;利用MOE 2014软件,以NA为靶点,对该活性部位中7个主要成分进行分子对接;再通过荧光法测定该7个成分的NA抑制活性。结果隔山消醋酸乙酯部位NA抑制活性最佳,半数抑制浓度(IC50)为137.31μg/m L;高分辨质谱鉴定了该部位21个化学成分,包括酚酸类3个、黄酮类2个、鞣质类16个,其中7个化学成分经与对照品比对而准确鉴定,13个化合物在该植物中首次报道;分子对接实验表明五没食子酰葡萄糖、鞣花酸、原儿茶酸对接效果较好,进一步NA抑制验证实验表明7个化合物均有NA抑制活性,其中鞣花酸和五没食子酰葡萄糖效果最好,IC50分别为426.67、440.28μmol/L。结论隔山消提取物具有NA抑制活性,鞣花酸和五没食子酰葡萄糖为其主要活性成分。 展开更多

关键词 隔山消 UPLC-Q-Exactive 神经氨酸酶 分子对接技术 五没食子酰葡萄糖 鞣花酸

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基于网络药理学和分子对接技术探讨薏苡仁汤治疗膝骨关节炎的分子机制

2

作者 席敬琪 翁晨祎 +3 位作者 翁华宏 王勇 孟林 李宏宇 《临床医学研究与实践》 2024年第1期6-11,共6页

目的探讨薏苡仁汤治疗膝骨关节炎(KOA)的作用靶点及分子机制,为临床应用提供依据。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选薏苡仁汤的有效成分及相关靶基因,整合多个疾病数据库获取KOA相关靶基因,筛选交集靶点并进行... 目的探讨薏苡仁汤治疗膝骨关节炎(KOA)的作用靶点及分子机制,为临床应用提供依据。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选薏苡仁汤的有效成分及相关靶基因,整合多个疾病数据库获取KOA相关靶基因,筛选交集靶点并进行蛋白质相互作用(PPI)分析、GO和KEGG富集分析;采用Cytoscape软件构建“中药-活性成分-靶点”调控网络,最后进行分子对接验证。结果筛选得到1708个活性成分和17069个靶基因,涉及白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等通路。薏苡仁汤通过调控软骨细胞分化与衰老、抑制炎症因子提高人体免疫功能,进而达到治疗KOA的目的。结论薏苡仁汤在治疗KOA时具有“多成分、多靶基因和多通路协同作用”的分层网络特征,通过减少整体炎症反应,调整关节软骨的内环境及延缓退化,为后续实验研究提供方向。 展开更多

关键词 薏苡仁汤 膝骨关节炎 网络药理学 生物信息学 分子对接技术

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基于网络药理学和分子对接技术探讨阳和汤治疗肺结节的作用机制 被引量：2

3

作者 尹宝婷 余建玮 +2 位作者 李陶 黄帅亮 周妮 《中医临床研究》 2023年第22期1-8,共8页

目的:基于网络药理学分析方法探讨阳和汤治疗肺结节的作用靶点与通路,并利用分子对接技术进行验证,为阳和汤的基础研究提供依据,并为肺结节的新药开发提供新方向。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM数据库获... 目的:基于网络药理学分析方法探讨阳和汤治疗肺结节的作用靶点与通路,并利用分子对接技术进行验证,为阳和汤的基础研究提供依据,并为肺结节的新药开发提供新方向。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM数据库获取阳和汤的各中药成分的主要化合物与作用靶点,利用GenCards、OMIM数据库获取肺结节治疗相关的主要靶点,利用STRING平台构建阳和汤和肺结节相互作用靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络,DAVID数据库进行功能和信号通路的富集分析。将上述所得交映靶点导入Cytoscape 3.8.2软件进一步挖掘其核心蛋白质,构建成分、靶点、通路之间的相互作用网络图。最后通过AutoDock Vina软件进行分子对接验证上述结果的可行性,利用PyMOL将最佳对接结果可视化处理。结果:阳和汤治疗肺结节的核心活性成分为槲皮素、山柰酚、柚皮素、美迪紫檀素、谷甾醇等;核心靶点有信号转导因子和转录激活因子3(Signal Transducer and Activator of Transcription 3,STAT3)、JUN原癌基因(Jun Proto-Oncogene,JUN)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)等;主要生物学作用通路集中在癌症相关通路、磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路等。结论:本研究初步揭示了阳和汤可以通过各成分、靶点及其通路参与肺结节相关细胞的增殖、浸润与凋亡等生物过程的调控。 展开更多

关键词 阳和汤 肺结节 活性成分 生物信号通路 分子对接

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射干麻黄汤与定喘汤治疗支气管哮喘寒热证候的药理学分析

4

作者 陈丽平 韩立 +1 位作者 卞华 庞立业 《中国临床药理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第16期2413-2417,共5页

目的分析射干麻黄汤与定喘汤治疗支气管哮喘寒热证候的机制差异。方法用中药系统药理学数据库与分析平台分别筛选射干麻黄汤与定喘汤中各组成药物的有效成分及作用靶点。通过基因与疾病关联数据库和人类基因信息数据库获取支气管哮喘对... 目的分析射干麻黄汤与定喘汤治疗支气管哮喘寒热证候的机制差异。方法用中药系统药理学数据库与分析平台分别筛选射干麻黄汤与定喘汤中各组成药物的有效成分及作用靶点。通过基因与疾病关联数据库和人类基因信息数据库获取支气管哮喘对应的基因靶点,分别筛选射干麻黄汤与冷哮、定喘汤与热哮的核心作用靶点及成分,并用网络分析在线平台进行网络拓扑分析,通过在R软件中用“org.Hs.eg.db”软件包进行基因本体(GO)与京都基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,预测其不同作用机制,并用Autodock Vina软件对核心活性成分和核心靶点进行分子对接技术分析验证。结果射干麻黄汤药物活性成分130个,定喘汤药物活性成分236个,相同活性成分54个。在与支气管哮喘相关靶点中,射干麻黄汤有52个潜在治疗靶点,定喘汤有45个潜在靶点。GO与KEGG分析显示:射干麻黄汤与定喘汤在血小板活化、脂肪细胞因子信号通路、酒精性肝病、瞬时受体电位通道的炎症介质调节、炎症性肠病、心肌细胞中的肾上腺素能信号、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B等信号通路等存在差异。射干麻黄汤中核心化合物鸢尾甲黄素9CI、鸢尾甲黄素A与定喘汤中核心化合物花生四烯酸、甘草查尔酮A等存在差异;定喘汤治疗热哮与射干麻黄汤治疗冷哮药物作用机制在信号转导与转录活化因子3(STAT3)、辣椒素受体(TRPV1)与Ras同源基因(RHO)靶点存在差异。结论2种中药方剂调节哮喘寒热证候引起的不同分子和生物过程反映了冷哮和热哮2种中医证候之间的生物学差异。 展开更多

关键词 射干麻黄汤 定喘汤 冷哮 热哮 网络药理学 分子对接技术

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基于网络药理学及分子对接技术探讨归脾汤治疗儿童过敏性紫癜的作用机制 被引量：2

5

作者 叶书含 赵润元 廖永州 《广西医学》 CAS 2023年第10期1193-1199,共7页

目的基于网络药理学及分子对接技术探讨归脾汤治疗儿童过敏性紫癜的作用机制。方法通过BATMAN-TCM数据库检索归脾汤中12味中药的活性成分及其作用靶点,通过GeneCards数据库获取儿童过敏性紫癜相关靶点,取二者交集的靶点作为归脾汤治疗... 目的基于网络药理学及分子对接技术探讨归脾汤治疗儿童过敏性紫癜的作用机制。方法通过BATMAN-TCM数据库检索归脾汤中12味中药的活性成分及其作用靶点,通过GeneCards数据库获取儿童过敏性紫癜相关靶点,取二者交集的靶点作为归脾汤治疗儿童过敏性紫癜的相关靶点。使用Cytoscape 3.5.3软件构建归脾汤治疗儿童过敏性紫癜的“成分-靶点”网络以筛选主要活性成分。通过STRING数据库及Cytoscape 3.5.3软件构建交集靶点的蛋白-蛋白相互作用网络,并通过拓扑参数分析筛选出核心靶点。运用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用AutoDock Vina软件对选取的核心靶点及其对应活性成分进行分子对接。结果共获得归脾汤的活性成分411个及其作用靶点2193个,儿童过敏性紫癜相关靶点715个,取交集后获得223个归脾汤治疗儿童过敏性紫癜的相关靶点。交集靶点对应的活性成分有230个,通过构建“成分-靶点”网络获得桦木醇、β-紫罗兰酮等10个主要活性成分。筛选出TGF-β1、IL-6、TNF、IL-17A、FOXP3等35个核心靶点。GO功能富集分析结果显示,核心靶点涉及的生物过程主要与炎症反应、免疫应答、内皮的保护等有关,涉及的细胞组分主要与溶酶体和滤泡的生成有关,涉及的分子功能主要与各种激酶的活性代谢和血小板的活性有关。KEGG通路富集分析结果显示,核心靶点主要富集在TLR、NF-κB、MAPK、JAK/STAT、PI3K/AKT等信号通路。选取核心靶点TGF-β1进行分子对接,结果显示,有11个活性成分与TGF-β1的结合活性较好(结合能<-5 kal/mol)。结论归脾汤治疗儿童过敏性紫癜的作用机制可能与其多种活性成分通过调控TGF-β1、IL-6、TNF、IL-17A、FOXP3等靶点及TLR、NF-κB、MAPK、JAK/STAT、PI3K/AKT等信号通路,来调节Th17/调节性T淋巴细胞平衡� 展开更多

关键词 儿童过敏性紫癜 归脾汤 作用机制 网络药理学 分子对接技术

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网络药理学和分子对接研究姜黄素治疗胃癌的作用机制

6

作者 唐祖丽 《黑龙江科学》 2024年第18期120-123,127,共5页

通过网络药理学和分子对接技术探讨姜黄素治疗胃癌的作用机制。姜黄素靶点通过Super Pred与Swiss Target Prediction数据库进行筛选,胃癌作用靶点通过Dis GeNET、Therapeutic Target Database和Gene Cards数据库进行筛选,将姜黄素靶点... 通过网络药理学和分子对接技术探讨姜黄素治疗胃癌的作用机制。姜黄素靶点通过Super Pred与Swiss Target Prediction数据库进行筛选,胃癌作用靶点通过Dis GeNET、Therapeutic Target Database和Gene Cards数据库进行筛选,将姜黄素靶点与胃癌靶点取交集,上传至STRING数据库中构建PPI网络,利用Metascape数据库对核心靶点进行GO和KEGG富集分析,明确其可能的治疗机制。利用TCMSP和PDB数据库获取姜黄素的三维分子结构及核心靶点的三维晶体结构,采用分子对接技术进行对接验证。结果显示,筛选出姜黄素的作用靶点149个,胃癌作用靶点1447个,取交集得到的姜黄素治疗胃癌的核心靶点69个。经过GO及KEGG通路分析,姜黄素通过PI3K/AKT和HIF-1等信号通路对胃癌发挥治疗作用。研究结果表明,姜黄素可能通过AKT1、EGFR、STAT3、HIF1A、EP300等核心靶点以及PI3K/AKT和HIF-1等信号通路对胃癌发挥治疗作用。本研究初步探索了姜黄素治疗胃癌所涉及的相关靶点及通路,为进一步临床实验研究提供了理论依据。 展开更多

关键词 姜黄素 胃癌 网络药理学 分子对接技术

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基于网络药理学和分子对接技术探讨经方黄芩汤治疗溃疡性结肠炎机制研究 被引量：4

7

作者 顾立梅 刘培钊 +3 位作者 孔维乾 潘程宇 李慧 田耀洲 《辽宁中医药大学学报》 CAS 2022年第10期84-89,共6页

目的基于网络药理学方法,探讨中医经典名方黄芩汤治疗溃疡性结肠炎的潜在分子作用机制,为其临床运用及研发提供一定的参考。方法基于TCMSP数据库检索获取黄芩汤的有效活性成分及其潜在的作用靶点,通过GeneCard、OMIM数据库检索溃疡性结... 目的基于网络药理学方法,探讨中医经典名方黄芩汤治疗溃疡性结肠炎的潜在分子作用机制,为其临床运用及研发提供一定的参考。方法基于TCMSP数据库检索获取黄芩汤的有效活性成分及其潜在的作用靶点,通过GeneCard、OMIM数据库检索溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)疾病相关靶点,将两者取交集获得黄芩汤治疗UC的潜在靶点93个,继而将获得的有效活性成分及潜在作用靶点导入Cytoscape软件,绘制“黄芩汤-活性化合物-UC作用靶点”的网络图,筛选关键活性成分;并将潜在靶点导入STRING数据库,构建PPI网络,筛选黄芩汤治疗UC的核心靶点;同时利用Metascape平台对核心靶点进行GO生物学过程富集分析和KEGG通路注释分析。结果黄芩汤治疗UC的主要活性成分为槲皮素(quercetin)、山柰酚(kaempferol)、汉黄芩素(wogonin)、黄芩素(baicalein)、β-胡萝卜素(β-carotene)等;可作用于AKT1、JUN、IL-6、VEGFA、STAT3、CASP3、EGFR等关键靶点,激活或抑制PI3K/Akt、MAPK、endocrine resistance、Th17 cell differentiation、NF-κB、AGE-RAGE、JAK-STATs等相关通路,涉及内毒素反应、调节小分子代谢、调节活性氧代谢、调控凋亡信号通路、负调控细胞增殖等生物过程。同时,通过Swissdock平台分子对接验证表明:黄芩汤的关键活性成分kaempferol、quercetin、wogonin与核心作用靶点AKT1结合能均小于-5.0 kJ/mol。结论研究初步揭示了黄芩汤治疗UC的多成分、多靶点、多通路的作用机制,为经方黄芩汤的临床开发以及应用提供科学依据。 展开更多

关键词 网络药理学 分子对接 黄芩汤 溃疡性结肠炎 潜在作用机制

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基于UPLC-Q-TOF/MS代谢组学和分子对接技术探索胆黄连“清肝胆实火”的物质基础 被引量：1

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作者 董兆威 田茂颖 +2 位作者 杨宇 王瑾 黄勤挽 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第23期140-149,共10页

目的:采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF/MS)代谢组学及分子对接技术研究胆黄连清肝胆实火的物质基础。方法:采用UPLC-Q-TOF/MS代谢组学技术分析黄连、清炒黄连和胆黄连的整体化学成分,流动相0.1%甲酸水溶液(A)... 目的:采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF/MS)代谢组学及分子对接技术研究胆黄连清肝胆实火的物质基础。方法:采用UPLC-Q-TOF/MS代谢组学技术分析黄连、清炒黄连和胆黄连的整体化学成分,流动相0.1%甲酸水溶液(A)-乙腈(B)梯度洗脱(0~2 min,5%B;2~20 min,5%~65%B;20~40 min,65%~10%B;40~45 min,10%B;45~46 min,10%~95%B;46~49 min,95%B),电喷雾离子源(ESI),正、负离子模式扫描,扫描范围m/z 80~1200。在此基础上,结合偏最小二乘法-判别分析(PLS-DA)和方差分析筛选不同黄连炮制品之间的差异化合物。利用网络药理学和分子对接技术验证差异化合物与肝胆实火证的关联程度。结果:共鉴定了33个化学成分,包括2个酚酸类、5个结合型胆汁酸类、26个生物碱类。PLS-DA和方差分析确认差异化合物16个,其中11个生物碱、5个结合型胆汁酸。在京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库进行通路富集分析得到差异成分与“肝胆实火”相关的疾病通路8条,“成分-靶点-通路”网络分析得到关键靶点磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α亚型(PIK3CA);分子对接结果显示,11种生物碱成分与PIK3CA均具有良好的结合能力。结论:猪胆汁在胆黄连炮制中具有独特性,可以促进小檗红碱、二氢白屈菜红碱等11种生物碱的生成和溶出。结合分子对接结果和文献结果可认为小檗红碱、二氢白屈菜红碱、牛磺猪去氧胆酸等16个差异化合物是胆黄连清肝胆实火的物质基础。 展开更多

关键词 胆黄连 肝胆实火 物质基础 代谢组学 分子对接技术 网络药理学 超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF/MS)

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基于网络药理学探讨八珍汤重塑食管癌肿瘤微环境的作用机制

9

作者 瞿颖 向科旭 +2 位作者 王蓓茹 侯铖宇 王继勇 《新中医》 CAS 2023年第24期119-128,共10页

目的:基于网络药理学和生物信息学探讨八珍汤重塑食管癌肿瘤微环境的作用机制。方法:收集中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中八珍汤组方药物的有效成分及其靶点,从TCGA数据库下载食管癌患者的转录组数据和临床信息,根据ESTIMATE... 目的:基于网络药理学和生物信息学探讨八珍汤重塑食管癌肿瘤微环境的作用机制。方法:收集中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中八珍汤组方药物的有效成分及其靶点,从TCGA数据库下载食管癌患者的转录组数据和临床信息,根据ESTIMATE算法计算食管癌样本的基质评分、免疫评分、综合评分,筛选食管癌肿瘤微环境预后相关基因,将这些基因作为重塑食管癌肿瘤微环境的相关靶点。最后将中药靶点和疾病靶点取并集,获得八珍汤重塑食管癌肿瘤微环境的相关靶点,并通过Cytoscape 3.9.1构建“中药-成分-靶点”网络。基于STRING 11.5数据库及Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并通过Cytoscape 3.9.1的插件CytoHubba筛选核心基因,运用DAVID数据库对中药与疾病共有靶点进行基因本体(GO)富集分析以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,并对药物有效成分和核心基因进行分子对接验证。结果:获得八珍汤重塑食管癌肿瘤微环境的31个相关基因,根据MCC算法筛选得到前5个较为重要的基因:ICAM1、CCL2、CXCL10、STAT1、VCAM1。GO功能、KEGG通路富集分析结果显示,中药-疾病共有靶点基因主要富集于趋化因子信号通路、TNF信号通路、NF-κB信号通路等。分子对接结果显示,八珍汤药物主要有效成分和核心靶点蛋白有良好的结合力。结论:八珍汤可能通过靶向ICAM1、CCL2、CXCL10、STAT1、VCAM1等关键基因调控趋化因子、TNF、NF-κB等信号通路重塑食管癌肿瘤微环境,从而影响食管癌细胞生长、侵袭转移、血管生成、化学耐药等。 展开更多

关键词 食管癌 肿瘤微环境 八珍汤 生物信息学 网络药理学 分子对接技术

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嘧啶衍生物与人血清白蛋白的相互作用 被引量：3

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作者 唐乾 苏晋红 +6 位作者 曹洪玉 王立皓 史飞 王爱玲 宫婷婷 金晓军 郑学仿 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第11期1982-1992,共11页

在模拟生理条件下,运用荧光光谱、激光闪光光解(LFP)和分子对接等技术研究了8种具有抗肿瘤活性的嘧啶衍生物(PDs,其中PDs A 5-FU为成药,PDs B-H为实验室自制)与人血清白蛋白(HSA)的相互作用.利用Stern-Volmer方程和激光闪光光解技术分析... 在模拟生理条件下,运用荧光光谱、激光闪光光解(LFP)和分子对接等技术研究了8种具有抗肿瘤活性的嘧啶衍生物(PDs,其中PDs A 5-FU为成药,PDs B-H为实验室自制)与人血清白蛋白(HSA)的相互作用.利用Stern-Volmer方程和激光闪光光解技术分析了PDs对HSA的荧光猝灭机制,PDs A和B为静态猝灭,PDs G和H为动态猝灭.用双倒数曲线法得出5种PDs与HSA的结合常数Ka和结合位点数n,在测定条件下5种PDs与载体结合位点数均为1,且均以弱结合力结合,通过热力学参数ΔH,ΔS和ΔG推测出PDs B,C和E与HSA之间的作用力为静电作用力和疏水作用力,PDs A和D与HSA之间的作用力是氢键和范德华力,分子对接结果与其一致.根据F9rster非辐射能量转移理论(FRET)分析了HSA和PDs之间的结合距离(r),其结果均小于4 nm,符合能量转移理论.进一步利用同步荧光、三维荧光和圆二色光谱考察了PDs与HSA结合过程中HSA空间构象的变化,结果显示,仅PDs A和C对HSA的芳香族氨基酸周围的疏水性略有增强作用.体外实验结果表明,HSA可以作为优良的载体来运输和储存PDs A^E,这为嘧啶衍生物的后续研究提供了可参考的实验数据. 展开更多

关键词 人血清白蛋白 嘧啶衍生物 三维荧光技术 激光闪光光解 分子对接技术

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基于网络药理学及分子对接探讨清热活血方对心肌缺血再灌注损伤的保护作用机制 被引量：2

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作者 纪树亮 李睿 +3 位作者 孙治中 林莉雯 纪晓栋 吴伟 《中西医结合心脑血管病杂志》 2022年第19期3531-3537,共7页

目的通过网络药理学及分子对接方法,探讨清热活血方改善心肌缺血再灌注损伤(MIRI)的潜在作用机制。方法检索BAT-MAN数据库获得清热活血方药物活性成分及药物靶点;检索GeneCards数据库获得MIRI疾病靶点;将药物靶点与疾病靶点取交集,应用S... 目的通过网络药理学及分子对接方法,探讨清热活血方改善心肌缺血再灌注损伤(MIRI)的潜在作用机制。方法检索BAT-MAN数据库获得清热活血方药物活性成分及药物靶点;检索GeneCards数据库获得MIRI疾病靶点;将药物靶点与疾病靶点取交集,应用STRING数据库进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析,筛选出核心靶点,进行生物及通路富集分析;最后使用Auto Dock Vina进行分子对接验证。结果获得清热活血方药物活性成分149个,药物靶点1241个,MIRI疾病靶点1753个,共同作用靶点223个,核心靶点77个;生物及通路富集分析涉及炎症、氧化应激、凋亡、自噬等生物途径;靶点与药物活性成分的对接活性可验证网络药理学的预测结果。结论清热活血方可通过多成分、多靶点、多通路的协同机制,发挥保护MIRI的作用。 展开更多

关键词 心肌缺血再灌注损伤 清热活血方 分子对接技术 网络药理学 作用机制

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基于基因表达谱相似性的四物汤重定位及抗乳腺癌有效成分群辨识 被引量：2

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作者 陈国飞 沈媛 +1 位作者 宋琦 张百霞 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2021年第9期3217-3225,共9页

目的发现四物汤的新药理作用并辨识其有效成分群。方法于GEO和Cmap数据库获取四物汤和1309个小分子药物的基因表达谱,计算差异表达基因及四物汤与1309个小分子药物的基因表达谱间的相似性,相似性较高的小分子药物的药理作用为四物汤的... 目的发现四物汤的新药理作用并辨识其有效成分群。方法于GEO和Cmap数据库获取四物汤和1309个小分子药物的基因表达谱,计算差异表达基因及四物汤与1309个小分子药物的基因表达谱间的相似性,相似性较高的小分子药物的药理作用为四物汤的新药理作用。相似性较高的小分子药物的靶点作为四物汤发挥新药理作用的靶标,利用分子对接技术辨识四物汤的有效成分群。结果四物汤具有抗乳腺癌的作用,其有效成分群为荭草苷、芍药苷和半乳糖醛酸等,并通过文献调研验证了辨识结果的可靠性。结论本研究将为扩大四物汤的临床应用范围及质量控制奠定基础,为乳腺癌的治疗提供新方法。 展开更多

关键词 四物汤 药物重定位 基因表达谱相似性 分子对接 有效成分群 乳腺癌

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基于网络药理学和分子对接技术探讨柴胡-黄芩药对治疗癌性发热的作用机制

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作者 谢虹亭 谢飞宇 +3 位作者 龙思丹 陈美池 薛鹏 朱世杰 《广西医学》 CAS 2022年第23期2771-2779,共9页

目的基于网络药理学和分子对接技术探讨柴胡-黄芩药对治疗癌性发热的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台搜索柴胡、黄芩的活性化学成分及其作用靶点,并应用GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库获得癌性发热相关靶点... 目的基于网络药理学和分子对接技术探讨柴胡-黄芩药对治疗癌性发热的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台搜索柴胡、黄芩的活性化学成分及其作用靶点,并应用GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库获得癌性发热相关靶点。对柴胡、黄芩活性化学成分相关靶点与癌性发热相关靶点进行取交集;针对交集靶点,利用STRING 11.0数据库及CytoScape 3.7.2软件建立蛋白质-蛋白质相互作用网络及推测网络中的潜在蛋白质功能模块,并基于Metascape平台进行基因本体论(GO)功能富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用CytoScape 3.7.2软件建立药物成分-交集靶点-通路网络图,并根据拓扑参数推断柴胡-黄芩药对治疗癌性发热的核心活性化学成分、核心靶点、核心通路;利用AutoDock1.5.6软件对上述核心活性化学成分和核心靶点进行分子对接。结果(1)共得到柴胡-黄芩药对的42个活性化学成分和178个作用靶点,癌性发热相关靶点1562个,交集靶点98个,2个潜在蛋白质功能模块。(2)GO功能富集分析提示交集靶点主要涉及对脂多糖、细菌和脂质的应答,以及对凋亡信号通路、血管形态形成等的调控。KEGG通路富集分析提示交集靶点主要涉及癌症相关通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素(IL)-17信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路和肝炎通路等。(3)柴胡的檞皮素、山奈酚和异鼠李素,以及黄芩的汉黄芩素和黄芩素为柴胡-黄芩治疗癌性发热的核心活性化学成分;前列腺素内过氧化物合成酶(PTGS)2、PTGS1、丝氨酸蛋白酶1(PRSS1)、Caspase-3、蛋白激酶Bα(AKT1)为治疗癌性发热的核心靶点;柴胡-黄芩药对主要通过癌症相关通路治疗癌性发热,同时也涉及肝炎通路、MAPK通路、TNF通路和IL-17通路。(4)分子对接技术结果显示,PRSS1、AKT1与檞皮素,AKT1与山奈酚,PTGS1 展开更多

关键词 癌性发热 柴胡 黄芩 和解少阳法 网络药理学 分子对接技术 作用机制

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小儿伤科泡腾颗粒中维持骨重塑稳态的生物活性分子筛选分析

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作者 尹小娟 温慧敏 +1 位作者 杨沙 杨芝芳 《儿科药学杂志》 2024年第1期6-10,共5页

目的:筛选小儿伤科泡腾颗粒中维持骨细胞骨重塑稳态的潜在中药质量标志物(Q-Marker)。方法:采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)方法对不同提取基相、批次的小儿伤科泡腾颗粒常温提取液进行活性化学药物成分色... 目的:筛选小儿伤科泡腾颗粒中维持骨细胞骨重塑稳态的潜在中药质量标志物(Q-Marker)。方法:采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)方法对不同提取基相、批次的小儿伤科泡腾颗粒常温提取液进行活性化学药物成分色谱、质谱解析。阳性对照采用伊班膦酸钠,绘制小儿伤科泡腾颗粒UPLC-Q-TOF-MS指纹图谱,结合SwissADME在线开源数据库对各成分主峰主要分子成分进行鉴定。筛选差异性分子图谱并与骨细胞Dickkopf相关蛋白1(DKK1)进行分子对接虚拟适配,以结合能<-15.0 kJ/mol为筛选条件,筛选小儿伤科泡腾颗粒治疗闭合性骨折的潜在Q-Marker。结果:对我院多批次小儿伤科泡腾颗粒原材料进行随机分布组合,共制备得到24批次小儿伤科泡腾颗粒样品,样品相似度分布区间0.901~0.976,有效成分具备一致性。小儿伤科泡腾颗粒总离子流图分析结果显示,共鉴定出18个共有峰,鉴别明确12种化合物:(+)-荷包牡丹碱、齐墩果酸、1182-94-1、赤霉素A4、白桦脂酸、植物甾醇、硫酸黄连碱、T25789、芍药新苷、二氢血根碱、人参皂苷Rh2、盐酸异黄连碱。其中,(+)-荷包牡丹碱、齐墩果酸、1182-94-1、硫酸黄连碱、T25789、芍药新苷、二氢血根碱、人参皂苷Rh2、盐酸异黄连碱9种化合物筛选作为小儿伤科泡腾颗粒的潜在Q-Marker。结论:(+)-荷包牡丹碱、齐墩果酸、1182-94-1、硫酸黄连碱、T25789、芍药新苷、二氢血根碱、人参皂苷Rh2、盐酸异黄连碱可能是小儿伤科泡腾颗粒维持骨细胞骨重塑稳态的主要活性成分,具备抑制DKK1活性并加速骨细胞重建的分子学潜能,可作为小儿伤科泡腾颗粒治疗闭合性骨折损伤的潜在Q-Marker。 展开更多

关键词 小儿伤科泡腾颗粒 超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱 分子对接虚拟技术 Dickkopf相关蛋白1 闭合性骨折 中医质量标志物 指纹图谱

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铜绿假单胞菌信号分子3-O-C_(12)-HSL与PPARγ-LBD的结合特性研究

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作者 张云燕 马刘合一 +3 位作者 陈敏怡 李有强 刘润梅 罗冬元 《天津医药》 CAS 北大核心 2022年第7期673-677,共5页

目的制备纯化的人过氧化物酶体增殖物激活受体-配体结合域(PPARγ-LBD)肽段并观察铜绿假单胞菌信号分子N-3-氧代十二烷酰-L-同型丝氨酸内酯(3-O-C_(12)-HSL)与PPARγ-LBD的结合强度。方法采用分子对接的方式预测3-O-C_(12)-HSL与PPARγ... 目的制备纯化的人过氧化物酶体增殖物激活受体-配体结合域(PPARγ-LBD)肽段并观察铜绿假单胞菌信号分子N-3-氧代十二烷酰-L-同型丝氨酸内酯(3-O-C_(12)-HSL)与PPARγ-LBD的结合强度。方法采用分子对接的方式预测3-O-C_(12)-HSL与PPARγ的结合位点。合成PPARγ-LBD基因序列并插入pET28b质粒,鉴定后通过异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达重组肽段,进行十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)及Western blot分析。表面等离子体共振技术检测3-O-C_(12)-HSL与PPARγ-LBD的结合动力学参数。结果分子对接结果显示3-O-C_(12)-HSL与PPARγ-LBD区的Tyr473和Tyr327形成氢键,3-O-C_(12)-HSL末端柔性碳链与PPARγ-LBD区的Met329、Leu330等残基形成疏水结合。制备获得人PPARγ-LBD肽段,经SDS-PAGE及Western blot检测在25~35 ku有一条蛋白的印迹,与PPARγ-LBD分子质量一致。3-O-C_(12)-HSL与PPARγ结合的亲和力常数为1.65×10^(-4) mol/L,结合速率常数为1.06×10^(2)/ms,解离速率常数为1.75×10^(-2)/s。结论3-O-C_(12)-HSL与PPARγ-LBD功能区结合能力强于PPARγ特异性拮抗剂GW9662,为制备针对3-O-C_(12)-HSL的特异性靶向药物提供了实验依据。 展开更多

关键词 铜绿假单胞菌 PPARΓ 分子对接模拟 表面等离子体共振技术 N-3-氧代十二烷酰-L-同型丝氨酸内酯 配体结合区域

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