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三江源和祁连山国家公园雪豹种群的遗传结构分析 被引量：8
1
作者 张于光 Charlotte Hacker +7 位作者 张宇 薛亚东 乌力吉 代云川 罗平 谢然尼玛 Jan E Janecka 李迪强 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期442-449,共8页
掌握遗传信息对濒危物种的保护和管理具有重要意义。本研究在我国雪豹重要分布区祁连山和三江源国家公园分别采集粪便样品,利用mtDNA的cyt b基因、微卫星多态性位点进行了雪豹的物种鉴定、个体识别和种群遗传结构评估。在采集286份疑似... 掌握遗传信息对濒危物种的保护和管理具有重要意义。本研究在我国雪豹重要分布区祁连山和三江源国家公园分别采集粪便样品,利用mtDNA的cyt b基因、微卫星多态性位点进行了雪豹的物种鉴定、个体识别和种群遗传结构评估。在采集286份疑似雪豹粪便样品中,成功的对86份雪豹样品进行了扩增鉴定,利用微卫星位点进行个体识别获得41只雪豹个体,其中祁连山国家公园26只,三江源国家公园15只。通过等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量等指标进行种群遗传多样性评估,认为雪豹种群遗传多样性相对较低,但祁连山国家公园雪豹种群遗传多样性相对较高。STRUCTURE进行群体遗传结构分析表明,4个种群可以划分为3个遗传类群,祁连山国家公园的种群(YCW和QLS)与三江源国家公园种群(DC和SJ)的遗传差异,可能与种群间的地理隔离存在明显的相似性。 展开更多
关键词 遗传多样性 微卫星标记 线粒体cyt B基因 粪便DNA技术
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外阴阴道念珠菌病患者感染致病真菌的分布特点及基因型分析 被引量：5
2
作者 潘小虹 郭亮生 +2 位作者 刘利芬 张亚慧 贾素红 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2022年第3期321-324,共4页
目的研究外阴阴道念珠菌病(VVC)患者感染致病真菌的分布特点及基因型。方法本院2018年1月至2021年1月收治的VVC患者112例,其中单纯VVC60例,复杂VVC52例。采集患者阴道分泌期物,培养、分离并鉴定致病菌株,应用微卫星基因分型技术对鉴定... 目的研究外阴阴道念珠菌病(VVC)患者感染致病真菌的分布特点及基因型。方法本院2018年1月至2021年1月收治的VVC患者112例,其中单纯VVC60例,复杂VVC52例。采集患者阴道分泌期物,培养、分离并鉴定致病菌株,应用微卫星基因分型技术对鉴定为白念珠菌的菌株进行基因分型,确定白念珠菌的基因型。结果共采集112份标本,分离出念株菌112株,其中白念珠菌99株,占88.39%;非白念珠菌13株,占11.61%,包括光滑念珠菌11株,近平滑念珠菌2株。对99株白念珠菌进行基因分型,共得到25种基因型,主要基因型为30-45、32-45及31-45,三者占白念珠菌的61.62%。60例单纯性VVC患者的阴道分泌物共分离出60株致病菌,全部为白念珠菌,分为19种基因型。52例复杂性VVC患者的阴道分泌物共分离出52株致病菌,其中39株为白念珠菌,分为16种基因型。复杂性VVC及单纯性VVC患者感染的白念珠菌主要基因型均为30-45、32-45及31-45。16-16、17-17及22-22基因型白念珠菌均分离自单纯性VVC患者,可能为单纯VVC的优势基因。99株白念珠菌中有16株对氟康唑耐药,对其进行基因分型,共得到10种基因型,以30-45、32-45两种基因型菌株较多。有11株白念珠菌对伏立康唑耐药,对其进行基因分型,共得到8种基因型,以31-45基因型菌株较多。结论VVC患者感染的病原菌多为白念珠菌,主要基因型为30-45、32-45及31-45,且氟康唑、伏立康唑耐药白念珠菌以及复杂性VVC白念珠菌主要为上述3种基因型。 展开更多
关键词 外阴阴道念珠菌病 致病菌分布 微卫星基因型分析技术 基因分型
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利用SLAF-seq技术开发带鱼(Trichiurus japonicus)微卫星标记以及跨物种扩增检测 被引量：6
3
作者 张浩冉 梁镇邦 +6 位作者 吴仁协 牛素芳 柯宗宇 宿帅 韦欢 王权 孙贝 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期574-585,共12页
带鱼(Trichiurus japonicus)是广泛分布于东亚大陆架海域的暖温性近底层鱼类,长期位居我国单鱼种渔获量第一位。自上世纪70年代以来,持续过度捕捞和海洋环境变化导致中国近海带鱼资源基础和遗传多样性受到严重影响,但有关带鱼种群的微卫... 带鱼(Trichiurus japonicus)是广泛分布于东亚大陆架海域的暖温性近底层鱼类,长期位居我国单鱼种渔获量第一位。自上世纪70年代以来,持续过度捕捞和海洋环境变化导致中国近海带鱼资源基础和遗传多样性受到严重影响,但有关带鱼种群的微卫星DNA标记研究却较为缺乏,不利于该物种遗传资源评估和保护。为此,本研究采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术,从带鱼的195 308个SLAF标签中识别出25 704个二至六碱基重复微卫星位点。经过引物扩增验证,最终筛选出36个具有多态性的微卫星标记。各位点等位基因数4～35,均值14.47。观测杂合度0.214～1.000,期望杂合度0.456～0.979,均值分别为0.620和0.803。所有位点的多态信息含量值均大于0.25。经Bonferroni校正,21个位点符合哈迪-温伯格平衡,且各位点间不存在连锁不平衡。这21个多态性微卫星标记可为带鱼的种群遗传资源研究提供新的有效分子标记和技术支撑。Bottleneck分析结果表明,宁波近海带鱼群体未检测到近期的遗传瓶颈效应,这可能与目前东海区带鱼野生群体数量还比较庞大、遗传变异仍然较为丰富有关。跨物种扩增结果显示,分别有12、16、4和3个带鱼微卫星标记在带鱼属(Trichiurus)、沙带鱼(Lepturacanthus savala)、窄颅带鱼(Tentoriceps cristatus)及小带鱼(Eupleurogrammus muticus)中具有较好的通用性,这些微卫星标记为今后带鱼科相应属、种的系统进化关系研究提供新的分析手段和契机。 展开更多
关键词 带鱼 微卫星DNA标记 高通量测序 SLAF-seq技术 跨物种扩增
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黄鳍棘鲷微卫星标记开发及其在鲷科鱼类中的跨物种扩增 被引量：5
4
作者 吴仁协 翟云 +4 位作者 肖瑶 牛素芳 张浩冉 黎晓 陈伟勇 《应用海洋学学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期356-364,共9页
采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术,开发出47个高多态性的黄鳍棘鲷( Acanthopagrus latus )微卫星标记,其中二碱基重复位点17个,三至六碱基重复位点30个。各位点的等位基因数为2~27(均值为10),观测杂合度( Ho )和期望杂合度( He )... 采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术,开发出47个高多态性的黄鳍棘鲷( Acanthopagrus latus )微卫星标记,其中二碱基重复位点17个,三至六碱基重复位点30个。各位点的等位基因数为2~27(均值为10),观测杂合度( Ho )和期望杂合度( He )分别为0.156~0.938(均值为0.682)和0.177~0.963(均值为0.741),多态信息含量( PIC )为0.166~0.946(均值为0.705)。经Bonferroni校正后,有43个位点符合哈迪-温伯格平衡(HWE),其余4个位点偏离HWE。这些多态性微卫星标记为黄鳍棘鲷遗传资源研究提供新的有效分子标记。跨物种扩增结果显示,共有31个黄鳍棘鲷微卫星标记可在9种鲷科鱼类中成功扩增。其中17个标记在太平洋棘鲷( Acanthopagrus pacificus )、黑棘鲷( Acanthopagrus schlegelii )和澳洲棘鲷( Acanthopagrus australis )中具有较好的通用性,这些标记可为棘鲷属( Acanthopagrus )的系统进化和种群遗传学分析提供新的标记来源;另有3个标记在二长棘梨齿鲷( Evynnis cardinalis )、真赤鲷( Pagrus major )、蓝点赤鲷( Pagrus caeruleostictus )及黄牙鲷( Dentex hypselosomus )中具有通用性。 展开更多
关键词 海洋生物学 黄鳍棘鲷 微卫星标记 SLAF-seq技术 跨物种扩增
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光对棉铃虫和烟青虫杂交的影响 被引量：2
5
作者 闫硕 李慧婷 +4 位作者 朱家林 刘彦君 张璟 张青文 刘小侠 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期988-995,共8页
【目的】力求建立一种准确鉴定室内棉铃虫Helicoverpa armigera(Hübner)、烟青虫H.assulta(Guenée)及其杂交种的分子技术,探讨棉铃虫和烟青虫杂交的可能。【方法】室内暗期设置0.5 lx黑光灯和白炽灯,测定不同配对模式下3日龄... 【目的】力求建立一种准确鉴定室内棉铃虫Helicoverpa armigera(Hübner)、烟青虫H.assulta(Guenée)及其杂交种的分子技术,探讨棉铃虫和烟青虫杂交的可能。【方法】室内暗期设置0.5 lx黑光灯和白炽灯,测定不同配对模式下3日龄处女棉铃虫和烟青虫的杂交率;筛选可区分室内建立的棉铃虫、烟青虫及杂交种家族的微卫星位点;于架设有黑光灯的温室内释放棉铃虫和烟青虫混合种群,利用微卫星分子标记技术检测子代微卫星位点大小。【结果】两种蛾类在任何一种配对模式下均可杂交,混合种群处理杂交率为2.92%,且均为烟青虫雌蛾与棉铃虫雄蛾配对交配;黑光灯、白炽灯和黑暗条件下杂交率无显著性差异;筛选出的Har SSR1、Har SSR9和Har SSR10在两种蛾类上的等位基因片段大小不一样;两年温室实验共鉴定360头子代,混合种群中未检测到杂交后代。【结论】交配笼中棉铃虫和烟青虫能进行种间杂交,弱光不能提高二者杂交率;混合种群处理只发现一种杂交配对模式,说明了棉铃虫雄蛾的交配竞争能力更强;成功利用微卫星分子标记技术鉴定室内建立的棉铃虫、烟青虫及杂种家族,提供了一种简单准确的分子鉴定手段;两年温室实验未检测到杂交种,说明2种蛾类之间存在着交配前生殖隔离机制。 展开更多
关键词 光强度 黑光灯 交配行为 微卫星分子标记 杂交
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利用微卫星标记对3个绵羊品种肉用性状多态性的研究
6
作者 林建坤 张兴国 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第17期7903-7903,7911,共2页
[目的]研究3个绵羊品种肉用性状的多态性。[方法]利用微卫星标记技术研究新疆地区无角陶塞特、萨福克与中国美利奴绵羊群体的遗传多态性，并对所列举微卫星位点的多态性进行统计分析。[结果]所测3个绵羊群体的基因频率分布不均匀，其有... [目的]研究3个绵羊品种肉用性状的多态性。[方法]利用微卫星标记技术研究新疆地区无角陶塞特、萨福克与中国美利奴绵羊群体的遗传多态性，并对所列举微卫星位点的多态性进行统计分析。[结果]所测3个绵羊群体的基因频率分布不均匀，其有效等位基因数在12～15，不同等位基因间片段大小的差异不等。3个品种绵羊群体的变异程度很高，各绵羊品种的杂合度为0．8214-0．9252。所选4个微卫星座位均表现出了高度多态性，多态信息含量（PIC）为0．7923～0．9167，是普遍适合于绵羊肉用生产性状的多态标记。[结论]该研究为进一步寻找与生产性能相关的遗传标记提供了理论依据。 展开更多
关键词 绵羊 微卫星标记技术 杂合度 遗传多态性
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多态性微卫星标记技术与重复序列PCR在近平滑念珠菌基因分型中的比较 被引量：1
7
作者 李贞 董丹凤 +2 位作者 章黎华 江岑 彭奕冰 《检验医学》 CAS 2015年第10期1017-1020,共4页
目的比较多态性微卫星标记（PMM）技术与重复序列聚合酶链反应（PCR）在近平滑念珠菌基因分型中的应用。方法收集2012年3月至2013年11月间上海5家医院临床分离的近平滑念珠菌55株,经内转录间隔区序列分析（ITS）进一步鉴定菌种,共有狭... 目的比较多态性微卫星标记（PMM）技术与重复序列聚合酶链反应（PCR）在近平滑念珠菌基因分型中的应用。方法收集2012年3月至2013年11月间上海5家医院临床分离的近平滑念珠菌55株,经内转录间隔区序列分析（ITS）进一步鉴定菌种,共有狭义近平滑念珠菌43株,之后采用重复序列PCR和PMM技术进行基因分型,比较2种分型方法的结果和效率。结果 43株狭义近平滑念珠菌经重复序列PCR分型只有1种基因型;经PMM技术分型有22种基因型,以Ⅰ型（10株）、Ⅱ型（6株）为主,Ⅲ~Ⅶ型见于2或3株菌,其余15种基因型均只有1株菌。结论 PMM技术用于狭义近平滑念珠菌的基因分型,分辨率高、重复性好,适用于狭义近平滑念珠菌基因组微进化的监测,而重复序列PCR不适用于狭义近平滑念珠菌的基因分型。 展开更多
关键词 近平滑念珠菌 基因分型 多态性微卫星标记技术 重复序列聚合酶链反应
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