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MiRfilter:一个预测病毒microRNA的计算工具
1
作者
张玉滨
赵洁苑
+1 位作者
龚云路
王翼飞
《上海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第1期75-80,共6页
采用生物信息学方法开发了一个预测病毒miRNA的计算机程序MiRfilter,通过提取已知的病毒miRNA的生物学特征,规定参数及参数范围,并以此为筛选标准,预测潜在的病毒miRNA.用EBV和RLCV两种病毒的正负样本对MiRfilter的预测精度进行检测.MiR...
采用生物信息学方法开发了一个预测病毒miRNA的计算机程序MiRfilter,通过提取已知的病毒miRNA的生物学特征,规定参数及参数范围,并以此为筛选标准,预测潜在的病毒miRNA.用EBV和RLCV两种病毒的正负样本对MiRfilter的预测精度进行检测.MiRfilter从39个EBV已知的miRNA中正确识别了30个,从116个负数据中检测到9个假阳性数据;从20个RLCV的miRNA中正确识别了15个,从108个负数据中检测到2个假阳性数据.用取自果蝇和线虫预测区域的186个负数据检测MiRfilter的特异性,在186个负数据中没有预测出假阳性序列.
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关键词
病毒miRNA
MiRfilter
生物基因组
发夹结构
生物学特征
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职称材料
基于MiRfilter系统的毛果杨miRNA预测
2
作者
赵洁苑
龚云路
王翼飞
《上海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第4期397-403,435,共8页
从参数训练、参数范围训练、候选成熟体打分等方面改进miRNA预测系统MiRfilter,使其适应拥有更长前体的植物miRNA的预测.预测毛果杨基因组上的miRNA,并对系统进行精度检验.利用MiRfilter系统共预测出3 860条候选miRNA;在110个正样本中,...
从参数训练、参数范围训练、候选成熟体打分等方面改进miRNA预测系统MiRfilter,使其适应拥有更长前体的植物miRNA的预测.预测毛果杨基因组上的miRNA,并对系统进行精度检验.利用MiRfilter系统共预测出3 860条候选miRNA;在110个正样本中,正确识别91条前体和80条成熟体,前体预测精度为82.73%,成熟体预测精度为72.73%;在毛果杨第4号染色体(LG_Ⅳ)上得到的1 968个负样本中,有12个数据可认为是miRNA,假阳性率为0.61%.
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关键词
植物MIRNA
MiRfilter
毛果杨基因组
一类分类法
K-最近邻分类器(KNN)
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职称材料
题名
MiRfilter:一个预测病毒microRNA的计算工具
1
作者
张玉滨
赵洁苑
龚云路
王翼飞
机构
上海大学理学院
出处
《上海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第1期75-80,共6页
基金
国家高技术研究发展计划(863计划)资助项目(2002AA02Z190)
文摘
采用生物信息学方法开发了一个预测病毒miRNA的计算机程序MiRfilter,通过提取已知的病毒miRNA的生物学特征,规定参数及参数范围,并以此为筛选标准,预测潜在的病毒miRNA.用EBV和RLCV两种病毒的正负样本对MiRfilter的预测精度进行检测.MiRfilter从39个EBV已知的miRNA中正确识别了30个,从116个负数据中检测到9个假阳性数据;从20个RLCV的miRNA中正确识别了15个,从108个负数据中检测到2个假阳性数据.用取自果蝇和线虫预测区域的186个负数据检测MiRfilter的特异性,在186个负数据中没有预测出假阳性序列.
关键词
病毒miRNA
MiRfilter
生物基因组
发夹结构
生物学特征
Keywords
virus miRNA
mirfiher
biology genome
hairpin structure
biological features
分类号
O224 [理学—运筹学与控制论]
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职称材料
题名
基于MiRfilter系统的毛果杨miRNA预测
2
作者
赵洁苑
龚云路
王翼飞
机构
上海大学理学院
出处
《上海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第4期397-403,435,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(30871341)
上海市重点学科建设资助项目(S30104)
上海市教委重点学科建设资助项目(J50101)
文摘
从参数训练、参数范围训练、候选成熟体打分等方面改进miRNA预测系统MiRfilter,使其适应拥有更长前体的植物miRNA的预测.预测毛果杨基因组上的miRNA,并对系统进行精度检验.利用MiRfilter系统共预测出3 860条候选miRNA;在110个正样本中,正确识别91条前体和80条成熟体,前体预测精度为82.73%,成熟体预测精度为72.73%;在毛果杨第4号染色体(LG_Ⅳ)上得到的1 968个负样本中,有12个数据可认为是miRNA,假阳性率为0.61%.
关键词
植物MIRNA
MiRfilter
毛果杨基因组
一类分类法
K-最近邻分类器(KNN)
Keywords
plant miRNA
mirfiher
Populus trichocarpa genome
one-class methods
K-nearest neighbor （KNN）
分类号
O224 [理学—运筹学与控制论]
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职称材料
题名
作者
出处
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1
MiRfilter:一个预测病毒microRNA的计算工具
张玉滨
赵洁苑
龚云路
王翼飞
《上海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010
0
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职称材料
2
基于MiRfilter系统的毛果杨miRNA预测
赵洁苑
龚云路
王翼飞
《上海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010
0
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职称材料
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