为加速分子标记在翦股颖中的应用,利用GenBank中翦股颖EST数据信息,展开了翦股颖EST-SSR信息分析和标记开发研究。在16992条翦股颖EST序列中,共发现微卫星序列254条,占整个EST总数的1.49%。EST序列总长为12717kb,平均每50.07kb含有1个SS...为加速分子标记在翦股颖中的应用,利用GenBank中翦股颖EST数据信息,展开了翦股颖EST-SSR信息分析和标记开发研究。在16992条翦股颖EST序列中,共发现微卫星序列254条,占整个EST总数的1.49%。EST序列总长为12717kb,平均每50.07kb含有1个SSR。EST-SSR分布特征分析表明,在所有SSR中,六核苷酸基序最多(37.80%),三核苷酸基序(31.10%)次之;六核苷酸基序以TGCGGC/ACGCCG出现频率最高(3.15%),TCCAGC/AGGTCG次之(2.36%);三核苷酸基序以CAG/GTC出现频率最高(10.63%),其次分别为GCA/CGT(3.54%)、GAT/CTA(2.36%)和AAG/TTC(2.36%)。根据这些含有SSR的EST序列,利用Pri mer 5.0软件,设计了77对EST-SSR引物,并选择其中15对引物进行合成。15对引物在翦股颖中均有PCR扩增条带。利用这些引物,选用8个翦股颖品种进行多态性研究,其中9对EST-SSR引物有多态性,共检测到23个多态性位点,平均每对引物产生2.56个多态性位点。展开更多
文摘利用蒺藜苜蓿(Medicagotruncatula)EST数据库开发新的EST-SSRs标记,分析EST-SSRs的分布特征。利用SSRIT软件对NCBI上公布的285 285条蒺藜苜蓿EST序列进行SSR序列的检测,共检测出6 688个SSR序列,分布于6 512个EST中,占整个EST数据库的2.28%。其中二核苷酸重复基元出现的频率最高,占总EST-SSRs的34.4%(2 301条),其次是三核苷酸重复基元,占29.6%(1 982条),4～6核苷酸重复基元所占比例均较小。利用Pri mer Premier 5.0随机设计100对EST-SSRs引物,PCR扩增结果表明,85对引物在蒺藜苜蓿RIL群体亲本A17和A20上有清晰的扩增条带,占合成引物总数的85%,在RIL-8群体中检测到29个EST-SSRs引物有多态性,占可扩增引物的34.1%。本研究开发了85个蒺藜苜蓿EST-SSRs新标记。
文摘为加速分子标记在翦股颖中的应用,利用GenBank中翦股颖EST数据信息,展开了翦股颖EST-SSR信息分析和标记开发研究。在16992条翦股颖EST序列中,共发现微卫星序列254条,占整个EST总数的1.49%。EST序列总长为12717kb,平均每50.07kb含有1个SSR。EST-SSR分布特征分析表明,在所有SSR中,六核苷酸基序最多(37.80%),三核苷酸基序(31.10%)次之;六核苷酸基序以TGCGGC/ACGCCG出现频率最高(3.15%),TCCAGC/AGGTCG次之(2.36%);三核苷酸基序以CAG/GTC出现频率最高(10.63%),其次分别为GCA/CGT(3.54%)、GAT/CTA(2.36%)和AAG/TTC(2.36%)。根据这些含有SSR的EST序列,利用Pri mer 5.0软件,设计了77对EST-SSR引物,并选择其中15对引物进行合成。15对引物在翦股颖中均有PCR扩增条带。利用这些引物,选用8个翦股颖品种进行多态性研究,其中9对EST-SSR引物有多态性,共检测到23个多态性位点,平均每对引物产生2.56个多态性位点。
