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基于多平台基因表达数据的水稻干旱和盐胁迫相关基因预测
被引量：
4
1
作者
刘亚文
张红燕
+1 位作者
曹丹
李兰芝
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第12期2423-2439,共17页
基于多平台基因表达数据挖掘水稻胁迫相关基因,可增加关键基因预测的可靠性,获得更具普适意义的结果。本研究从NCBI数据库中收集了与水稻非生物胁迫相关的94份affymetrix基因芯片数据和42份RNA-seq转录组数据。首先对同一类型同一胁迫...
基于多平台基因表达数据挖掘水稻胁迫相关基因,可增加关键基因预测的可靠性,获得更具普适意义的结果。本研究从NCBI数据库中收集了与水稻非生物胁迫相关的94份affymetrix基因芯片数据和42份RNA-seq转录组数据。首先对同一类型同一胁迫相关的多个数据集以数据转换法融合,得到干旱胁迫相关的affymetrix数据集D_affy和RNA-seq数据集D_rnaseq,盐胁迫相关的affymetrix数据集S_affy和RNA-seq数据集S_rnaseq;接着对4个数据集分别基于Pearson线性相关系数的经典WGCNA法和基于MIC非线性相关系数的改进WGCNA法进行基因共表达网络分析,共获取胁迫相关的8个Hub基因集;进一步,对同一胁迫相关的Hub基因进行整合分析,得到最终的水稻干旱胁迫相关Hub基因1936个、盐胁迫相关的Hub基因1504个。最后,从预测性能、富集分析、文献报道、STRING在线互作分析和Cytoscape可视化分析等多角度解析Hub基因的生物学意义。结果显示:Hub基因整体预测性能较优,且大多富集到了与干旱/盐胁迫相关的通路上,其中有文献已报道的干旱胁迫响应基因31个和盐胁迫响应基因22个。此外,通过对Hub基因的互作分析,预测得到11个干旱胁迫候选基因和5个盐胁迫候选基因。本研究为“高维度、小样本”的农作物基因测序数据的有效分析提供了新思路,实验结果为抗逆水稻品种研究提供了参考。
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关键词
水稻
多平台
干旱胁迫
盐胁迫
WGCNA-
mic
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职称材料
3D大涡模拟(Leslie3d)的并行优化
2
作者
韩林
李骁
+1 位作者
李颖颖
王鹏翔
《信息工程大学学报》
2017年第3期359-363,369,共6页
大涡模拟的思想是直接数值模拟大尺度紊流运动,利用亚格子模型模拟小尺度紊流运动对大尺度紊流运动的影响。大涡模拟在计算时间和计算费用方面优于直接数值模拟,在信息完整性方面优于雷诺平均模型。首先实现了3D大涡模拟程序(Leslie3d)...
大涡模拟的思想是直接数值模拟大尺度紊流运动,利用亚格子模型模拟小尺度紊流运动对大尺度紊流运动的影响。大涡模拟在计算时间和计算费用方面优于直接数值模拟,在信息完整性方面优于雷诺平均模型。首先实现了3D大涡模拟程序(Leslie3d)在异构平台(CPU+MIC)的正确运行,然后分别对CPU端和MIC端的代码进行了优化,包括利用了多线程、SIMD向量化以及循环展开等编译优化手段,最后通过负载均衡实现了CPU+MIC的协同优化。相对原始发行版代码,优化后的代码在异构平台上获得了24x的加速效果。程序的优化思路对大涡模拟程序在国产异构平台上的优化具有指导意义。
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关键词
大涡模拟
并行优化
mic
平台
异构协同
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职称材料
基于超算平台和Hadoop的并行转码方案设计
被引量：
5
3
作者
刘炳均
戴云松
《电视技术》
北大核心
2014年第7期123-126,共4页
随着三网的快速发展和融合,海量视频转码需求日益增长。在分析了目前主流的海量视频转码方案的基础上,提出一种基于超算平台和Hadoop的并行转码方案。在方案中,利用超算平台的计算节点搭建一个基于Hadoop的并行转码系统,在MapReduce框...
随着三网的快速发展和融合,海量视频转码需求日益增长。在分析了目前主流的海量视频转码方案的基础上,提出一种基于超算平台和Hadoop的并行转码方案。在方案中,利用超算平台的计算节点搭建一个基于Hadoop的并行转码系统,在MapReduce框架下完成对视频的分割、并行转码与合并。同时,结合超算平台的高运算能力、高主存容量、多核多线程等特点和MIC架构的强浮点运算能力和高度并行能力,提出特殊的技术实现策略,达到加速转码的目的。
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关键词
并行视频转码
超算平台
HADOOP
mic
架构
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职称材料
题名
基于多平台基因表达数据的水稻干旱和盐胁迫相关基因预测
被引量：
4
1
作者
刘亚文
张红燕
曹丹
李兰芝
机构
湖南农业大学信息与智能科学技术学院
湖南农业大学/湖南省农业大数据分析与决策工程技术研究中心
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第12期2423-2439,共17页
基金
湖南省教育厅科学研究重点项目(18A105)
长沙市工业科技特派员项目(201845)
湖南农业大学“双一流”建设项目(SYL2019075)资助。
文摘
基于多平台基因表达数据挖掘水稻胁迫相关基因,可增加关键基因预测的可靠性,获得更具普适意义的结果。本研究从NCBI数据库中收集了与水稻非生物胁迫相关的94份affymetrix基因芯片数据和42份RNA-seq转录组数据。首先对同一类型同一胁迫相关的多个数据集以数据转换法融合,得到干旱胁迫相关的affymetrix数据集D_affy和RNA-seq数据集D_rnaseq,盐胁迫相关的affymetrix数据集S_affy和RNA-seq数据集S_rnaseq;接着对4个数据集分别基于Pearson线性相关系数的经典WGCNA法和基于MIC非线性相关系数的改进WGCNA法进行基因共表达网络分析,共获取胁迫相关的8个Hub基因集;进一步,对同一胁迫相关的Hub基因进行整合分析,得到最终的水稻干旱胁迫相关Hub基因1936个、盐胁迫相关的Hub基因1504个。最后,从预测性能、富集分析、文献报道、STRING在线互作分析和Cytoscape可视化分析等多角度解析Hub基因的生物学意义。结果显示:Hub基因整体预测性能较优,且大多富集到了与干旱/盐胁迫相关的通路上,其中有文献已报道的干旱胁迫响应基因31个和盐胁迫响应基因22个。此外,通过对Hub基因的互作分析,预测得到11个干旱胁迫候选基因和5个盐胁迫候选基因。本研究为“高维度、小样本”的农作物基因测序数据的有效分析提供了新思路,实验结果为抗逆水稻品种研究提供了参考。
关键词
水稻
多平台
干旱胁迫
盐胁迫
WGCNA-
mic
Keywords
rice
multi-
platform
drought
stress
salt
stress
WGCNA-
mic
分类号
S511 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
3D大涡模拟(Leslie3d)的并行优化
2
作者
韩林
李骁
李颖颖
王鹏翔
机构
数学工程与先进计算国家重点实验室
[
出处
《信息工程大学学报》
2017年第3期359-363,369,共6页
基金
郑州市科技局前沿技术研究计划资助项目(141PQYJS558)
文摘
大涡模拟的思想是直接数值模拟大尺度紊流运动,利用亚格子模型模拟小尺度紊流运动对大尺度紊流运动的影响。大涡模拟在计算时间和计算费用方面优于直接数值模拟,在信息完整性方面优于雷诺平均模型。首先实现了3D大涡模拟程序(Leslie3d)在异构平台(CPU+MIC)的正确运行,然后分别对CPU端和MIC端的代码进行了优化,包括利用了多线程、SIMD向量化以及循环展开等编译优化手段,最后通过负载均衡实现了CPU+MIC的协同优化。相对原始发行版代码,优化后的代码在异构平台上获得了24x的加速效果。程序的优化思路对大涡模拟程序在国产异构平台上的优化具有指导意义。
关键词
大涡模拟
并行优化
mic
平台
异构协同
Keywords
large
eddy
simulation
parallel
optimization
mic
platform
heterogeneous
collaboration
分类号
TP314 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
基于超算平台和Hadoop的并行转码方案设计
被引量：
5
3
作者
刘炳均
戴云松
机构
中山大学软件学院
广州耘趣网络科技有限公司
出处
《电视技术》
北大核心
2014年第7期123-126,共4页
文摘
随着三网的快速发展和融合,海量视频转码需求日益增长。在分析了目前主流的海量视频转码方案的基础上,提出一种基于超算平台和Hadoop的并行转码方案。在方案中,利用超算平台的计算节点搭建一个基于Hadoop的并行转码系统,在MapReduce框架下完成对视频的分割、并行转码与合并。同时,结合超算平台的高运算能力、高主存容量、多核多线程等特点和MIC架构的强浮点运算能力和高度并行能力,提出特殊的技术实现策略,达到加速转码的目的。
关键词
并行视频转码
超算平台
HADOOP
mic
架构
Keywords
parallel
video
transcoding
super
computing
platform
Hadoop
mic
architecture
分类号
TN949 [电子电信—信号与信息处理]
TN943 [电子电信—信息与通信工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于多平台基因表达数据的水稻干旱和盐胁迫相关基因预测
刘亚文
张红燕
曹丹
李兰芝
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
4
下载PDF
职称材料
2
3D大涡模拟(Leslie3d)的并行优化
韩林
李骁
李颖颖
王鹏翔
《信息工程大学学报》
2017
0
下载PDF
职称材料
3
基于超算平台和Hadoop的并行转码方案设计
刘炳均
戴云松
《电视技术》
北大核心
2014
5
下载PDF
职称材料
已选择
0
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