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电子克隆技术及其在植物基因工程中的应用 被引量：59
1
作者 王冬冬 朱延明 +2 位作者 李勇 李杰 柏锡 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 2006年第3期403-408,共6页
电子克隆是随着基因组计划和EST计划的实施而发展起来的,是利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。它具有投入低、速度快、技术要求低和针对性强等优点。因此,电子克隆技术必将成为植物基因工程中获得新基因的重要手段。阐述了电子... 电子克隆是随着基因组计划和EST计划的实施而发展起来的,是利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。它具有投入低、速度快、技术要求低和针对性强等优点。因此,电子克隆技术必将成为植物基因工程中获得新基因的重要手段。阐述了电子克隆应用所依据的数据库与生物信息资源,介绍了利用电子克隆获得功能基因的方法,及其在植物基因工程中的应用现状与前景。 展开更多
关键词 电子克隆 植物基因工程 表达序列标签EST 生物信息学
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人类SR蛋白超家族新成员——SFRS12(SRrp508)的基因克隆和特性分析 被引量：43
2
作者 张德礼 孙晓静 +2 位作者 凌伦奖 陈润生 马大龙 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第5期377-383,共7页
采用生物信息学方法克隆出全长 3811bp的人类RC5 0 8cDNA片段 ,经核酸和蛋白质分析为人类新基因 (Gen Bank登记号 :AF4 5 90 94 ) ,利用RT PCR方法从人类胰脏组织中扩增出包含编码 5 0 8个氨基酸残基最大开放读码框架 (ORF)的 16 80bpc... 采用生物信息学方法克隆出全长 3811bp的人类RC5 0 8cDNA片段 ,经核酸和蛋白质分析为人类新基因 (Gen Bank登记号 :AF4 5 90 94 ) ,利用RT PCR方法从人类胰脏组织中扩增出包含编码 5 0 8个氨基酸残基最大开放读码框架 (ORF)的 16 80bpcDNA片段 ,经核酸测序证明与电子克隆结果完全一致。该基因具有启动子和TATA box,ORF前同一相位有多个终子码 ,后有加尾信号 ,显示为客观存在基因。该基因含有 12个外显子 (96～ 2 0 93bp)和 11个内含子 (14 0～ 5 15 3bp) ,定位于人类 5号染色体 5q11.2～q12 .1,无任何连锁基因存在。该基因ORF 342～ 186 8(15 2 7)横跨10个外显子 ,所编码 5 0 8氨基酸蛋白的全长序列与大鼠丝氨酸 精氨酸二肽富含性 (SR)剪切调控蛋白 86 (SRrp86 )高度同源 ,在核酸和蛋白水平的同源性分别为 84 %和 86 % ,与其他已知蛋白无论在核酸水平还是在氨基酸水平几乎均无整体的同源性。结果表明 ,所克隆的 5 0 8氨基酸蛋白才是大鼠SRrp86的人类同源物 ,从而修正了Barnard(2 0 0 0 )所指出的人类同源物为人类精氨酸富含性核蛋白 5 4 (p5 4 )这一论断 ,并提示它是日益增长的SR蛋白超家族的又一个新成员。该基因组织表达谱广泛 ,有可能具有转录因子活性 ,暂命名为SR相关剪切调控蛋白 5 0 8(SRrp5 0 展开更多
关键词 人类SR蛋白超家族 SRrp508 基因克隆 特性分析
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甘蔗KNOX基因(Sckn1)的电子克隆及生物信息学分析 被引量：51
3
作者 李旭娟 刘洪博 +3 位作者 林秀琴 吴转娣 徐超华 刘新龙 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期136-142,共7页
KNOX基因对植物顶端分生组织的形成和维持有至关重要的作用。本文选择功能已知的水稻KNOX基因(OSH1,Oskn1)为参考序列,采用电子克隆技术克隆到甘蔗中与OSH1同源的一个KNOX基因Sckn1,并通过生物信息学分析预测该基因的结构、功能。结果表... KNOX基因对植物顶端分生组织的形成和维持有至关重要的作用。本文选择功能已知的水稻KNOX基因(OSH1,Oskn1)为参考序列,采用电子克隆技术克隆到甘蔗中与OSH1同源的一个KNOX基因Sckn1,并通过生物信息学分析预测该基因的结构、功能。结果表明:该基因包含一个1 071 bp的开放阅读框,编码356个氨基酸,分子量为39.36 kD,理论等电点为6.47。该基因很可能定位于细胞核,起转录调控作用,序列比对发现该基因编码蛋白与高粱、玉米、小米草等KN1蛋白高度相似。以上分析结果为进一步研究Sckn1基因的功能奠定了坚实的基础。 展开更多
关键词 甘蔗 KNOX基因 电子克隆 生物信息学分析
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水稻功能基因的电子克隆策略 被引量：31
4
作者 黄骥 张红生 +2 位作者 曹雅君 钱晓茵 杨金水 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期295-298,共4页
电子克隆是随着基因组计划和 EST计划实施发展起来的 ,利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。已经公布的水稻基因组序列框架图 ,使得水稻的电子克隆路线得以实施。介绍了水稻电子克隆的基本原另、应用实例、相关的生物信息资源。
关键词 水稻 电子克隆 生物信息学 功能基因
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水稻葡萄糖-6-磷酸脱氢酶cDNA的电子克隆 被引量：35
5
作者 黄骥 王建飞 +4 位作者 张红生 曹雅君 林长发 王东 杨金水 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第11期1012-1016,共5页
电子克隆是基因克隆的新策略。以小麦胞质葡萄糖 6 磷酸脱氢酶cDNA (Tagpdl克隆 )序列为信息探针 ,在GenBank水稻nr数据库中找到高度同源的水稻基因组序列 ,通过人工序列拼接及RT PCR确认得到了水稻该基因的全长cDNA序列 ,命名为OsG6PD... 电子克隆是基因克隆的新策略。以小麦胞质葡萄糖 6 磷酸脱氢酶cDNA (Tagpdl克隆 )序列为信息探针 ,在GenBank水稻nr数据库中找到高度同源的水稻基因组序列 ,通过人工序列拼接及RT PCR确认得到了水稻该基因的全长cDNA序列 ,命名为OsG6PDH。OsG6PDH与小麦Tagpdl克隆的DNA一致率为 88% ,推导的氨基酸序列与小麦、番茄、烟草的胞质葡萄糖 6 磷酸脱氢酶基因的一致率分别为 89%、79%、80 %。经RT PCR表达谱分析 ,OsG6PDH在水稻幼穗、胚、根、叶中都有表达 ,在幼穗与根中表达略高。另外 。 展开更多
关键词 水稻 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶 CDNA 电子克隆
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甜杨抗冻转录因子ICE1基因的in silico克隆及其分析 被引量：38
6
作者 林元震 张志毅 +3 位作者 刘纯鑫 郭海 朱保庆 陈晓阳 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第3期424-430,共7页
ICE1基因编码类似MYC的bHLH转录因子,可特异地结合到CBF3启动子的MYC作用元件并诱导CBF/DREB1下游基因的转录表达。本文采用电子克隆的方法,以拟南芥ICE1蛋白序列为信息探针,利用杨树EST数据库和毛果杨基因组序列拼接的结果,设计引物并... ICE1基因编码类似MYC的bHLH转录因子,可特异地结合到CBF3启动子的MYC作用元件并诱导CBF/DREB1下游基因的转录表达。本文采用电子克隆的方法,以拟南芥ICE1蛋白序列为信息探针,利用杨树EST数据库和毛果杨基因组序列拼接的结果,设计引物并通过RT-PCR从甜杨克隆了杨树的第一个ICE1基因。其cDNA长1706bp,含有完整的开放阅读框,可编码543个氨基酸的MYC类蛋白。编码蛋白序列含有bHLH区,核定位信号(NLS)区,富S区和转膜区各1个。Blast分析表明,cDNA序列及其推导的氨基酸序列均与拟南芥和芥菜的ICE1存在着较高的同源性,说明所获得的cDNA可能是甜杨ICE1基因(PsICE1,DQ481236)。通过网络服务器平台进行PsICE1的功能预测,结果显示PsICE1含有bHLH保守功能域,具有多个磷酸化位点和跨膜区域。另外,ICE1的电子表达谱分析结果发现,ICE1几乎可在植物中整株表达,在多种组织和不同发育过程均表达,这也在一定程度上说明了ICE1是组成型表达,以及ICE1可能在植物的生长发育中也起着重要作用。 展开更多
关键词 PsICE1 in silico克隆 甜杨 转录因子 抗冻性
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人类新基因C17orf32的电子克隆和编码区序列RT-PCR验证 被引量：22
7
作者 张德礼 丁培国 +2 位作者 凌伦奖 陈润生 马大龙 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第4期543-549,共7页
利用生物信息学与实验验证的技术路线 ,成功地克隆了人类新基因C17orf32的cDNA (GenBank登记号 :AY0 74 90 7和TPA :BK0 0 0 2 6 0 ) ,发现C17orf32的完整开放阅读框架 (ORF ,31～ 6 5 7bp)cDNA (6 2 7bp)与人类假定基因LOC12 4 919ORF ... 利用生物信息学与实验验证的技术路线 ,成功地克隆了人类新基因C17orf32的cDNA (GenBank登记号 :AY0 74 90 7和TPA :BK0 0 0 2 6 0 ) ,发现C17orf32的完整开放阅读框架 (ORF ,31～ 6 5 7bp)cDNA (6 2 7bp)与人类假定基因LOC12 4 919ORF (2 5～ 80 7bp)的 2 5～ 6 5 1位只有一个碱基不同 .经RT PCR验证并cDNA测序、人类表达序列标签 (EST)数据库的BLAST检索和基因组成规律分析三方面的结果 ,均支持C17orf32的序列 ,而不支持LOC12 4 919的编码序列 .C17orf32基因组序列全长 4 6 10kb ,含有 6个外显子和 5个内含子 ,cDNA序列全长 16 79bp ,ORF横跨全部 6个外显子 .该基因ORF翻译起始处符合Kozak规则 ,ORF起始码上游同一相位有终止码 ,ORF后有 2个加尾信号和PolyA尾 .C17orf32基因的成功克隆表明 ,NCBIGENOMEAnnotationProject在 2 0 0 1年 12月预测的人类假定蛋白XP- 0 5 886 5编码基因LOC12 4 919的模式参考序列XM- 0 5 886 5中存在偏差 ,即在C17orf32基因cDNA的 4 0 6与 4 0 7位碱基之间错误插入一个碱基G ,从而导致在插入位点后 ,ORF编码 12 5位氨基酸以后蛋白质序列的改变 ,出现 2 6 0个氨基酸的多肽 .因此 ,应慎重看待计算机注释的人类基因组编码序列 . 展开更多
关键词 人类新基因 C17orf32 电子克隆 编码区序列 RT-PCR 验证
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甘蔗过氧化氢酶基因的电子克隆及生物信息学分析 被引量：20
8
作者 陈珊珊 郭晋隆 +2 位作者 李国印 阙友雄 许莉萍 《生物信息学》 2012年第1期65-70,共6页
应用电子克隆技术,获得甘蔗中一个过氧化氢酶基因的cDNA序列全长,命名为S-CAT。该基因全长2160bp,包含一个1479bp的开放阅读框,编码492个氨基酸。通过PSORT工具,预测甘蔗S-CAT蛋白存在于过氧化物酶体中。同源比对分析显示,S-CAT基因编... 应用电子克隆技术,获得甘蔗中一个过氧化氢酶基因的cDNA序列全长,命名为S-CAT。该基因全长2160bp,包含一个1479bp的开放阅读框,编码492个氨基酸。通过PSORT工具,预测甘蔗S-CAT蛋白存在于过氧化物酶体中。同源比对分析显示,S-CAT基因编码的氨基酸序列与水稻、玉米、高粱、朝鲜碱茅、葡萄等植物中过氧化氢酶基因所编码的氨基酸序列高度同源,同源性分别为97%,97%,95%,91%和92%。研究结果为该基因的实验克隆奠定基础。 展开更多
关键词 甘蔗 CAT基因 电子克隆 生物信息学
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甘蔗MYB2转录因子的电子克隆和生物信息学分析 被引量：20
9
作者 李国印 阙友雄 +3 位作者 许莉萍 郭晋隆 闫学兵 陈如凯 《生物信息学》 2011年第1期24-27,共4页
用电子克隆方法获得甘蔗MYB2基因,采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、亚细胞定位、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明:甘蔗MYB2基因全长991bp,包含570bp的ORF,编... 用电子克隆方法获得甘蔗MYB2基因,采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、亚细胞定位、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明:甘蔗MYB2基因全长991bp,包含570bp的ORF,编码189个氨基酸。甘蔗MYB2基因包含有MYB功能域,在序列组成、高级结构及活性位点等方面,与玉米等其它植物的MYB2基因具有高度的相似性。研究结果为该基因的实验克隆奠定基础。 展开更多
关键词 甘蔗 MYB2基因 电子克隆 生物信息学
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甘蔗几丁质酶基因的电子克隆与生物信息学分析 被引量：17
10
作者 苏亚春 李国印 +3 位作者 阙友雄 郭晋隆 徐景升 许莉萍 《生物信息学》 2011年第4期322-326,330,共6页
用电子克隆方法获得甘蔗几丁质酶基因SCCHI1,采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、亚细胞定位、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明:SCCHI1基因全长1236bp,包含一... 用电子克隆方法获得甘蔗几丁质酶基因SCCHI1,采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、亚细胞定位、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明:SCCHI1基因全长1236bp,包含一个完整的990bp的ORF,编码329个氨基酸。SCCHI1基因属于糖苷水解酶19家族,含有N-端信号肽、交连区、催化区,与高粱等其它植物的几丁质酶基因具有高度的相似性。为SCCHI1基因的分子克隆、功能鉴定和应用提供参考。 展开更多
关键词 甘蔗 几丁质酶基因 电子克隆 生物信息学
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大豆脱氢抗坏血酸还原酶基因的电子克隆及进化分析 被引量：13
11
作者 李晓晓 李蕊 +2 位作者 李雅轩 蔡民华 胡英考 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期45-50,共6页
利用生物信息学和实验验证的技术路线,以拟南芥脱氢抗坏血酸还原酶基因cDNA序列为信息探针,对大豆EST数据库进行同源搜索,经同源性比对和序列组装,获得全长为955bp的大豆脱氢抗坏血酸还原酶基因的cDNA序列(GenBank登录号为DQ006810),经R... 利用生物信息学和实验验证的技术路线,以拟南芥脱氢抗坏血酸还原酶基因cDNA序列为信息探针,对大豆EST数据库进行同源搜索,经同源性比对和序列组装,获得全长为955bp的大豆脱氢抗坏血酸还原酶基因的cDNA序列(GenBank登录号为DQ006810),经RT-PCR扩增,分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆完全一致。该cDNA序列具有完整的开放阅读框架(ORF,36bp-815bp),推测编码蛋白为259个氨基酸。通过与几种植物脱氢抗坏血酸还原酶蛋白序列的比较,发现该基因具有较高的保守性。结果表明根据物种间同源基因序列,对跨物种间EST数据库进行同源检索筛选,拼接,是新基因克隆的一条有效途径。 展开更多
关键词 大豆 电子克隆 RT-PCR脱氢抗坏血酸还原酶(DHAR) EST
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条锈菌诱导的小麦病程相关蛋白TaPR10基因的克隆及特征分析 被引量：13
12
作者 张岗 李依民 +5 位作者 张毅 董艳玲 王晓杰 魏国荣 黄丽丽 康振生 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期110-116,共7页
【目的】克隆条锈菌诱导的小麦病程相关蛋白PR10基因,研究其在小麦成株抗条锈病防御反应中的作用。【方法】采用电子克隆、RT-PCR技术,从条锈菌侵染的小麦兴资9104中,分离病程相关蛋白10基因;采用生物信息学技术预测分析该基因的DNA序... 【目的】克隆条锈菌诱导的小麦病程相关蛋白PR10基因,研究其在小麦成株抗条锈病防御反应中的作用。【方法】采用电子克隆、RT-PCR技术,从条锈菌侵染的小麦兴资9104中,分离病程相关蛋白10基因;采用生物信息学技术预测分析该基因的DNA序列结构及其编码蛋白的保守域及基本特性;利用实时荧光定量RT-PCR技术,分析该基因在小麦成株期和苗期受条锈菌CYR32侵染后的表达情况。【结果】分离到病程相关蛋白10基因,命名为TaPR10,ORF长483bp,编码由160个氨基酸组成的蛋白质TaPR10;TaPR10不含跨膜区、无信号肽、定位在胞内,除具有典型的病程相关蛋白Bet_v_I家族保守结构域外,还有其它4类功能保守域;与小麦、高粱、玉米和水稻等4种植物PR10蛋白的氨基酸序列相似性在80%左右;TaPR10 DNA序列内部存在188至271位84bp的内含子序列,其拼接位点序列具有GT-AG双核苷酸序列;TaPR10基因表达分析的结果表明,TaPR10基因在成株期和苗期反应中表达量均上调,成株期表达高于苗期。【结论】首次分离到一个条锈菌CYR32诱导的小麦TaPR10基因,该基因可能参与了小麦成株抗条锈病防御反应。 展开更多
关键词 条锈菌 病程相关蛋白 表达模式 基因克隆 电子克隆
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小麦TaLSD1锌指蛋白基因的电子克隆及序列分析 被引量：14
13
作者 黄新杰 郭军 +2 位作者 屈志鹏 黄丽丽 康振生 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第11期2147-2152,共6页
采用电子克隆与RT-PCR相结合的技术,在条锈菌(Pucciniastriiformis f.sp.tritici)侵染的小麦中克隆了一个LSD1型锌指蛋白基因,命名为TaLSD1(GenBank登录号为EF553327)。序列分析表明,该基因全长1024bp,编码生成1个包含3个保守LSD1型锌... 采用电子克隆与RT-PCR相结合的技术,在条锈菌(Pucciniastriiformis f.sp.tritici)侵染的小麦中克隆了一个LSD1型锌指蛋白基因,命名为TaLSD1(GenBank登录号为EF553327)。序列分析表明,该基因全长1024bp,编码生成1个包含3个保守LSD1型锌指结构(CxxCxRxxLMYxxGASxVxCxxC)且长度为146个氨基酸的多肽。进化树分析表明,TaLSD1与水稻(Oryza sativa)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)和芜菁(Brassica rapa)中部分含有3个保守LSD1型锌指结构的同源基因亲缘关系较近,而与其它包含不同数目的LSD1型锌指结构基因亲缘关系较远。推测TaLSD1在进化中丢失了部分序列,进而执行新的功能。半定量RT-PCR结果显示,该基因在亲和以及非亲和组合中的表达模式很相似,均表现在前期基因表达被抑制而后期恢复正常。初步推测TaLSD1在转录水平上的表达受光诱导,同时,作为一个细胞程序性死亡的负调控因子在小麦与条锈菌互作过程中起作用。 展开更多
关键词 条锈菌 电子克隆 进化树分析 半定量RT-PCR LSDl型锌指结构
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运用基因组和EST数据库进行电子克隆分离杨树功能基因的策略 被引量：13
14
作者 林元震 张志毅 +3 位作者 林善枝 张谦 刘纯鑫 郭海 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第4期583-587,共5页
杨树是重要的造林绿化树种,也是主要的工业用材树种,还是高大林木的模式树种。进行杨树功能基因的挖掘、克隆和功能的研究,是当前杨树基因组学的首要任务之一,不仅可为杨树品种改良和基因资源的有效利用奠定基础,而且对探讨林木的生理... 杨树是重要的造林绿化树种,也是主要的工业用材树种,还是高大林木的模式树种。进行杨树功能基因的挖掘、克隆和功能的研究,是当前杨树基因组学的首要任务之一,不仅可为杨树品种改良和基因资源的有效利用奠定基础,而且对探讨林木的生理及遗传特性分子机制也具有重要的理论意义。电子克隆是近年来伴随着基因组计划和EST计划发展起来的基因克隆新方法,具有成本低、速度快、技术要求低和针对性强等优点。丰富的杨树EST数据和公布的杨树基因组序列框架图,使得利用电子克隆技术开展杨树功能基因的分离和鉴定已经成为可能。本文阐述了电子克隆分离杨树功能基因的基本方法、相关的生物信息资源,并讨论了电子克隆技术存在的问题和未来发展。 展开更多
关键词 杨树 功能基因 基因组和EST数据库 电子克隆
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水稻线粒体丝氨酸羟甲基转移酶基因的电子克隆 被引量：12
15
作者 刘庆坡 冯英 董辉 《生物信息学》 2005年第1期5-9,共5页
采用基于EST的电子克隆方法得到了一段长 16 11bp的cDNA序列 ,以此为信息探针搜索HTGs数据库 ,找到一个与之高度匹配的基因组DNA序列———OSJNBa0 0 5 7G0 7克隆。用FGENESH分析该克隆中的联配区域得到一个包含 14个外显子和 13个内含... 采用基于EST的电子克隆方法得到了一段长 16 11bp的cDNA序列 ,以此为信息探针搜索HTGs数据库 ,找到一个与之高度匹配的基因组DNA序列———OSJNBa0 0 5 7G0 7克隆。用FGENESH分析该克隆中的联配区域得到一个包含 14个外显子和 13个内含子的基因。该基因位于水稻第 3染色体物理图谱的 136 .0～ 137.6cM区域。推导的ORF编码 4 98个氨基酸 ,经BLASTP搜索SWISS -PROT数据库和蛋白序列的亚细胞定位显示 ,该基因编码水稻的线粒体丝氨酸羟甲基转移酶 (mSHMT)。该基因受到EST序列的完全支持 ,其中不乏来自盐胁迫、稻瘟病菌侵染等逆境处理的EST序列 ,推测该基因与水稻对逆境的应答反应有关。 展开更多
关键词 水稻 线粒体 丝氨酸羟甲基转移酶 基因克隆 电子克隆 EST 逆境
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甘蔗二氨基庚二酸异构酶基因的克隆与表达分析 被引量：13
16
作者 黄宁 张玉叶 +3 位作者 凌辉 罗俊 吴期滨 阙友雄 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2013年第11期2200-2208,共9页
以水稻A BA99594序列为探针,使用电子克隆技术,获得甘蔗二氨基庚二酸异构酶基因(Diaminopimelate epimerase,DAPE)的1条cDNA全长序列,命名为ScDAPE。经RT-PCR扩增和序列分析验证后,该基因序列与电子克隆结果一致,基因全长1 168 bp,包含1... 以水稻A BA99594序列为探针,使用电子克隆技术,获得甘蔗二氨基庚二酸异构酶基因(Diaminopimelate epimerase,DAPE)的1条cDNA全长序列,命名为ScDAPE。经RT-PCR扩增和序列分析验证后,该基因序列与电子克隆结果一致,基因全长1 168 bp,包含1个816 bp的开放阅读框,编码271个氨基酸残基,生物信息学分析预测该基因编码蛋白定位于内质网膜,为可溶性酸性蛋白,无信号肽,二级结构元件多为无规卷曲,含有2个保守功能域,主要功能为氨基酸合成。电子表达分析结果显示,该基因在甘蔗侧芽、花序、叶片和顶端分生组织中均有表达,花序中的表达量最高,且该基因的表达受温度调控。荧光定量PCR分析结果表明,该基因在甘蔗根、蔗髓、蔗皮、侧芽、叶片、叶鞘中均有表达,且在根中的表达量最高。此外,该基因的表达受水杨酸(salicylic acid,SA)、脱落酸(abscisic acid,ABA)、茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)、模拟干旱(PEG)、高盐(NaCl)和氯化镉(cadmium chloride,CdCl2)的胁迫诱导,其中受水杨酸胁迫后表达量最高,约为对照组的12.4倍,其次为聚乙二醇,约为对照组的2.72倍,推测该基因的表达与甘蔗抗病性和抗渗透胁迫有关。研究结果为甘蔗中不同DAPE基因的克隆和功能验证以及甘蔗ScDAPE基因在甘蔗基因工程中的应用奠定了一定的基础。 展开更多
关键词 甘蔗 DAPE基因 电子克隆 生物信息学 电子表达 荧光定量PCR
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甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因的电子克隆与分析 被引量：13
17
作者 方静平 苏亚春 +3 位作者 游倩 阙友雄 许莉萍 陈如凯 《生物信息学》 2012年第3期199-207,共9页
以高粱β-1,3-葡聚糖酶基因(β-1,3-glucanase gene)cDNA序列为探针,搜索甘蔗EST数据库,而后通过电子克隆技术,拼接获得甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因ScBG。采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、卷曲螺... 以高粱β-1,3-葡聚糖酶基因(β-1,3-glucanase gene)cDNA序列为探针,搜索甘蔗EST数据库,而后通过电子克隆技术,拼接获得甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因ScBG。采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、卷曲螺旋、亚细胞定位、信号肽、功能域及高级结构等方面进行了预测和分析。结果表明:ScBG基因全长1270bp,包含一个长达1011bp的完整开放读码框(open reading frame,ORF),编码336个氨基酸,分子量为34.8KD,理论等电点为4.98。该蛋白质很可能是胞外定位的诱导物释放型酸性葡聚糖酶,是一种稳定的分泌蛋白,且可信度达最高等级1。该蛋白属于糖苷水解酶第17家族,含有N端信号肽,在第7～29位氨基酸处含有跨膜信号区,在第31～321位氨基酸处含有糖苷水解酶17家族结构域,含2个主要的功能结构域。10个物种ScBG蛋白氨基酸序列的同源性分析表明,甘蔗ScBG基因编码蛋白与高粱β-1,3-葡聚糖酶基因的编码蛋白的同源性最高,达79.82%。以上研究结果为ScBG基因下一步的分子克隆、功能鉴定和应用提供基础。 展开更多
关键词 甘蔗 β-1 3-葡聚糖酶 电子克隆 生物信息学
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生物信息学研究进展 被引量：12
18
作者 何懿菡 孙坤 《青海师范大学学报（自然科学版）》 2011年第3期69-72,共4页
本文就目前生物信息学研究的热点问题做了简单的概述.对如何利用生物信息技术进行电子克隆、RNA二级结构的预测做了分析,并对现存的生物信息学问题进行了讨论.
关键词 生物信息学 电子克隆 高级结构 系统发育树
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小麦抗白粉病相关基因GST克隆与表达 被引量：12
19
作者 吴金华 张西平 +1 位作者 胡言光 吉万全 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期34-38,共5页
以从小麦抗白粉病相关基因差异表达分析中获得的EST-3(Genbank序列号EX567360)为标签,采用电子克隆的方法对其进行延伸,并对电子克隆结果进行半定量RT-PCR验证,最后对白粉菌不同侵染时间进行了表达分析。经RT-PCR扩增,EST-3表达的带型... 以从小麦抗白粉病相关基因差异表达分析中获得的EST-3(Genbank序列号EX567360)为标签,采用电子克隆的方法对其进行延伸,并对电子克隆结果进行半定量RT-PCR验证,最后对白粉菌不同侵染时间进行了表达分析。经RT-PCR扩增,EST-3表达的带型变化趋势与其在抑制性消减杂交SSH-cDNA的差异显示情况一致,且RT-PCR获得的序列与电子克隆的序列一致性达98%。生物信息学分析表明,该序列是由875bp核苷酸组成的,具有完整的开放阅读框架,编码蛋白为229个氨基酸,GenBank序列号JK841279,含有一个N端和C端谷胱甘肽硫转移酶结构域,该序列与小麦谷胱甘肽硫转移酶基因(GST)一致性较高,达97%。表达分析结果显示,白粉菌侵染24h表达受到抑制,48h开始表达,侵染72h表达最强,96h又开始下降,表明GST基因属于白粉菌诱导型相关基因,参与小麦对白粉病的应答反应。 展开更多
关键词 小麦 白粉病 小麦谷胱甘肽硫转移酶基因(GST) 电子克隆
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大豆吡哆醇生物合成蛋白基因(PDX)的电子克隆和进化分析 被引量：13
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作者 李蕊 孟宪萍 +2 位作者 胡英考 蔡民华 李雅轩 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2007年第1期64-68,共5页
电子克隆（In silicocloning）是随着基因组计划和EST计划实施而发展起来的利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。根据物种间同源基因相对保守的特点,以拟南芥（Arabidopsis thaliana）吡哆醇生物合成蛋白cDNA序列为信息探针,对大豆... 电子克隆（In silicocloning）是随着基因组计划和EST计划实施而发展起来的利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。根据物种间同源基因相对保守的特点,以拟南芥（Arabidopsis thaliana）吡哆醇生物合成蛋白cDNA序列为信息探针,对大豆（Glycine max）EST数据库进行同源搜索和序列拼接,获得了1 280 bp长的大豆吡哆醇生物合成蛋白的基因序列（GenBank登陆号为DQ139265）。经过RT-PCR扩增、基因组PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致。该基因具有完整的开放阅读框架（ORF,20~955 bp）,编码311个氨基酸。通过与水稻、日本百脉根、烟草、截形苜蓿等物种的吡哆醇生物合成蛋白序列比对,发现该基因具有高度的保守性。表明根据物种间同源基因序列,对跨物种间EST数据库进行同源检索、筛选、拼接,是克隆基因的有效途径。 展开更多
关键词 电子克隆 EST数据库 RT-PCR 基因组PCR 大豆 吡哆醇生物合成蛋白
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