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基于Solexa高通量测序的黄曲条跳甲转录组学研究
被引量:
16
1
作者
贺华良
宾淑英
+1 位作者
吴仲真
林进添
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期1-11,共11页
黄曲条跳甲Phyllotretastriolata(Fabricius)是十字花科蔬菜的重要害虫。为深入了解其遗传信息,本研究应用新一代高通量测序技术Illumina'sSolexa平台对黄曲条跳甲成虫的转录组进行测序,并结合SOAPdenovo拼接聚类等分析软件,获取大...
黄曲条跳甲Phyllotretastriolata(Fabricius)是十字花科蔬菜的重要害虫。为深入了解其遗传信息,本研究应用新一代高通量测序技术Illumina'sSolexa平台对黄曲条跳甲成虫的转录组进行测序,并结合SOAPdenovo拼接聚类等分析软件,获取大量的EST和挖掘功能基因。本文最终获得了4924条序列重叠群(contig),其中包含2209种与黑腹果蝇Drosophilamelanogaster蛋白基因具直系同源的独立基因(unigene)和610种黄曲条跳甲物种特有的unigene。结合GeneOntology(GO)数据库进行分析,发现大部分的unigene具结合能力(bindingcapability)和催化活性(catalyticactivity);上百种unigene可聚类于生物学过程分类中的配子发生、生殖腺发育和交配行为等重要功能。另外,结合KEGGPathway数据库分析发现,共有363种unigene参与或涉及了40种代谢路径,其中生物钟调控路径和植物次生代谢物路径等相关基因的发现,有助于深入研究黄曲条跳甲行为发生的内在机理。Solexa高通量测序技术作为昆虫功能基因组研究的重要手段,为发掘黄曲条跳甲功能基因发挥了重要作用,也为在分子水平上研发黄曲条跳甲的防治新策略提供了更翔实的基因信息。
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关键词
黄曲条跳甲
solexa
测序
序列重叠群
独立基因
转录组
下载PDF
职称材料
高通量测序分析系统性红斑狼疮患者外周血单个核细胞microRNAs表达谱差异
被引量:
1
2
作者
彭武建
黄建溶
+1 位作者
欧阳昕
王红蕾
《齐齐哈尔医学院学报》
2016年第10期1261-1264,共4页
目的探讨系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)外周血单个核细胞microRNA(miRNA)表达谱的差异及新miRNA序列。方法采用Solexa高通量测序技术,对SLE组与正常对照组(NC)测序,比较两组外周血单个核细胞差异性表达miRNAs,进行...
目的探讨系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)外周血单个核细胞microRNA(miRNA)表达谱的差异及新miRNA序列。方法采用Solexa高通量测序技术,对SLE组与正常对照组(NC)测序,比较两组外周血单个核细胞差异性表达miRNAs,进行生物信息学分析,并对部分差异表达基因通过Real-time PCR进行验证。结果 SLE组41种新miRNAs显著差异表达,33种上调,8种下调。结论差异表达的新miRNAs在SLE的发生发展过程中起重要的调控作用,可能成为早期诊断SLE的新的生物标志物。
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关键词
系统性红斑狼疮
小核糖核苷酸
外周血单个核细胞
solexa
测序技术
下载PDF
职称材料
题名
基于Solexa高通量测序的黄曲条跳甲转录组学研究
被引量:
16
1
作者
贺华良
宾淑英
吴仲真
林进添
机构
仲恺农业工程学院外来有害生物预警与控制研究所
出处
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期1-11,共11页
基金
国家自然科学基金青年科学基金项目(31101500)
文摘
黄曲条跳甲Phyllotretastriolata(Fabricius)是十字花科蔬菜的重要害虫。为深入了解其遗传信息,本研究应用新一代高通量测序技术Illumina'sSolexa平台对黄曲条跳甲成虫的转录组进行测序,并结合SOAPdenovo拼接聚类等分析软件,获取大量的EST和挖掘功能基因。本文最终获得了4924条序列重叠群(contig),其中包含2209种与黑腹果蝇Drosophilamelanogaster蛋白基因具直系同源的独立基因(unigene)和610种黄曲条跳甲物种特有的unigene。结合GeneOntology(GO)数据库进行分析,发现大部分的unigene具结合能力(bindingcapability)和催化活性(catalyticactivity);上百种unigene可聚类于生物学过程分类中的配子发生、生殖腺发育和交配行为等重要功能。另外,结合KEGGPathway数据库分析发现,共有363种unigene参与或涉及了40种代谢路径,其中生物钟调控路径和植物次生代谢物路径等相关基因的发现,有助于深入研究黄曲条跳甲行为发生的内在机理。Solexa高通量测序技术作为昆虫功能基因组研究的重要手段,为发掘黄曲条跳甲功能基因发挥了重要作用,也为在分子水平上研发黄曲条跳甲的防治新策略提供了更翔实的基因信息。
关键词
黄曲条跳甲
solexa
测序
序列重叠群
独立基因
转录组
Keywords
Phyllotreta
striolata
illumina
's
solexa
sequencing
technology
contig
unigene
transcriptome
分类号
Q966 [生物学—昆虫学]
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职称材料
题名
高通量测序分析系统性红斑狼疮患者外周血单个核细胞microRNAs表达谱差异
被引量:
1
2
作者
彭武建
黄建溶
欧阳昕
王红蕾
机构
深圳市第三人民医院
深圳市坪山新区人民医院
南方医科大学附属第三医院
出处
《齐齐哈尔医学院学报》
2016年第10期1261-1264,共4页
基金
深圳市卫生计生系统科研项目基金资助(No.201402033)
文摘
目的探讨系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)外周血单个核细胞microRNA(miRNA)表达谱的差异及新miRNA序列。方法采用Solexa高通量测序技术,对SLE组与正常对照组(NC)测序,比较两组外周血单个核细胞差异性表达miRNAs,进行生物信息学分析,并对部分差异表达基因通过Real-time PCR进行验证。结果 SLE组41种新miRNAs显著差异表达,33种上调,8种下调。结论差异表达的新miRNAs在SLE的发生发展过程中起重要的调控作用,可能成为早期诊断SLE的新的生物标志物。
关键词
系统性红斑狼疮
小核糖核苷酸
外周血单个核细胞
solexa
测序技术
Keywords
Systemic
lupus
erythematosus
MicroRNAs
Peripheral
blood
mononuclear
cells
illumina
's
solexa
sequencing
technology
分类号
R512.62 [医药卫生—内科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于Solexa高通量测序的黄曲条跳甲转录组学研究
贺华良
宾淑英
吴仲真
林进添
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012
16
下载PDF
职称材料
2
高通量测序分析系统性红斑狼疮患者外周血单个核细胞microRNAs表达谱差异
彭武建
黄建溶
欧阳昕
王红蕾
《齐齐哈尔医学院学报》
2016
1
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
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