基于ITS2条形码的乌头属藏药植物鉴别 被引量：7

1

作者 任瑶瑶 蔡子君 +3 位作者 赵梅宇 宋良科 江南屏 谭睿 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第19期4614-4620,共7页

目的乌头属藏药植物变异极为复杂,品种繁多,商品来源复杂,极易造成药材混乱,且大多乌头属藏药具有较大的毒性,使安全用药面临巨大挑战。采用ITS2序列为DNA条形码,建立一种快速、准确鉴定乌头属藏药药材的方法。方法从青藏高原地区采集... 目的乌头属藏药植物变异极为复杂,品种繁多,商品来源复杂,极易造成药材混乱,且大多乌头属藏药具有较大的毒性,使安全用药面临巨大挑战。采用ITS2序列为DNA条形码,建立一种快速、准确鉴定乌头属藏药药材的方法。方法从青藏高原地区采集展花乌头、凉山乌头、工布乌头、露蕊乌头、铁棒锤、甘青乌头、木里乌头、弯喙乌头、多裂乌头、缩梗乌头等乌头属藏药样品50份,分别提取样品DNA,对ITS2目标序列进行PCR扩增、测序,获得其ITS2序列信息;运用MEGA 6.0对50条ITS2序列进行对比,计算种间、种内遗传距离,构建neighbor joining(NJ)系统进化树,并比较样本ITS2序列间的二级结构差异。结果乌头属藏药植物样本种间最小距离大于种内最大距离,NJ树显示各种乌头属植物种内之间各单独形成一个分支,ITS2序列二级结构也有明显差异,能够将乌头属各种植物区分开。结论 ITS2序列作为DNA条形码可以将乌头属藏药植物进行准确、快速的识别和鉴定,为乌头属藏药的安全使用提供可靠的技术手段。 展开更多

关键词 藏药 DNA条形码 its2序列 乌头属 鉴定

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基于ITS2序列的吴茱萸属植物亲缘关系及分子鉴别研究 被引量：6

2

作者 吴波 高丹 张寿文 《中华中医药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期3681-3684,共4页

目的:研究吴茱萸药材3种不同基原植物及伪品楝叶吴茱萸的亲缘关系和真伪鉴别。方法:采用DNA条形码技术,对ITS2区段进行PCR扩增和测序,使用MEGA 5.1软件计算种内、种间Kimura-2-parameter遗传距离,采用邻接(NJ)法构建其系统发育树。使用D... 目的:研究吴茱萸药材3种不同基原植物及伪品楝叶吴茱萸的亲缘关系和真伪鉴别。方法:采用DNA条形码技术,对ITS2区段进行PCR扩增和测序,使用MEGA 5.1软件计算种内、种间Kimura-2-parameter遗传距离,采用邻接(NJ)法构建其系统发育树。使用DNAstar 5.0软件比对特异性位点。结果:4个物种共18个样本的ITS2序列长度均为220bp,产生了17个单核苷酸多态性位点,其中特异性位点7个;正品吴茱萸药材的3种基原植物种内最大遗传距离为0.023,种间遗传距离为0.036-0.039,与楝叶吴茱萸的最小种间遗传距离为0.042;NJ系统发育树表明:基于ITS2序列聚类的吴茱萸基原植物可与楝叶吴茱萸有效区分,3种基原植物同一品种样本优先聚类,其次是同一产区聚类。结论:ITS2 DNA条形码可以准确有效地用于吴茱萸属植物亲缘关系研究和真伪品的鉴别。 展开更多

关键词 吴茱萸 its2序列 亲缘关系 分子鉴别

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基于ITS2序列和HPLC指纹图谱鉴别琴叶榕及其近缘种 被引量：1

3

作者 张声源 庄远杯 +3 位作者 杨秋娜 魏爱红 张超 杨亚利 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 2023年第4期640-647,676,共9页

基于ITS2序列和HPLC指纹图谱建立琴叶榕及其近缘种的鉴别方法,为琴叶榕质量控制提供参考。采用MEGA6.0软件分析ITS2序列,计算K2P遗传距离,构建NJ树,ITS2 database在线分析二级结构。采用HPLC建立指纹图谱并测定补骨脂素和佛手柑内酯含... 基于ITS2序列和HPLC指纹图谱建立琴叶榕及其近缘种的鉴别方法,为琴叶榕质量控制提供参考。采用MEGA6.0软件分析ITS2序列,计算K2P遗传距离,构建NJ树,ITS2 database在线分析二级结构。采用HPLC建立指纹图谱并测定补骨脂素和佛手柑内酯含量。琴叶榕ITS2序列长度210 bp,平均GC含量62.37%;近缘种的ITS2序列长度范围为218~232 bp,GC含量范围为60.25%~64.03%;琴叶榕种内K2P平均遗传距离小于琴叶榕与近缘种种间的平均K2P遗传距离;NJ树可将琴叶榕及其近缘种区分,且ITS2二级结构的臂数目、臂长度、臂上茎环数目、臂与臂的夹角均有明显差异。不同产地琴叶榕的HPLC指纹图谱相似度为0.902~0.981,确定10个共有峰,8号峰为补骨脂素、9号峰为佛手柑内酯,含量分别为1.01~4.80、0.96~4.88 mg/g;近缘种与琴叶榕对照图谱的相似度均小于0.807,全缘琴叶榕、条叶榕、粗叶榕的补骨脂素含量分别为0.38~0.63、1.08~1.32、2.45~14.73 mg/g,条叶榕、粗叶榕的佛手柑内酯含量分别为0.25~0.34、0.13~0.74 mg/g,全缘琴叶榕未检出佛手柑内酯。结果表明ITS2序列和HPLC指纹图谱可用于鉴定琴叶榕与近缘种,建立的HPLC指纹图谱简便,专属性强,重现性良好,为琴叶榕的质量评价提供了参考。 展开更多

关键词 琴叶榕 its2序列 HPLC指纹图谱 近缘种

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基于ITS2和psbA-trnH序列鉴别金线兰及其近缘种 被引量：3

4

作者 吴岩斌 张超 +2 位作者 吴建国 吴锦忠 郑承剑 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2022年第18期5807-5812,共6页

目的 应用ITS2和psbA-trnH条形码鉴定金线兰Anoectochilus roxburghii及其近缘种。方法 提取金线兰及其近缘种的DNA,对ITS2和psbA-trnH序列进行扩增和测序,计算物种种内、种间遗传距离,构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统聚类树直观... 目的 应用ITS2和psbA-trnH条形码鉴定金线兰Anoectochilus roxburghii及其近缘种。方法 提取金线兰及其近缘种的DNA,对ITS2和psbA-trnH序列进行扩增和测序,计算物种种内、种间遗传距离,构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统聚类树直观反映鉴定结果。结果 经PCR扩增后测序,金线兰及其近缘种ITS2序列长度为250~254bp,GC含量为48.2%~51.6%;psbA-trnH序列长度为636~704 bp,GC含量为31.8%~32.0%。根据K2P遗传距离计算,金线兰的种内遗传距离明显小于种间遗传距离。基于ITS2序列构建的NJ树结果显示,除长片金线兰A. longilobus外,金线兰与其余混伪品可以明显区分。基于psb A-trnH序列构建的NJ树结果显示,除长片金线兰和丽蕾金线兰A. lylei外,金线兰与其余金线兰属近缘种可以明显区分。结论 ITS2和psb A-trnH序列可以鉴别金线兰与其遗传距离较远的近缘种。 展开更多

关键词 金线兰属 金线兰 DNA条形码 its2序列 psbA-trnH序列

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芦竹属菌草的分子鉴定及适应性进化分析

5

作者 孙源长 王天友 +5 位作者 罗琳 蔡杨星 林辉 林冬梅 张积森 林占熺 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1568-1581,共14页

目前芦竹属(Arundo)菌草形态学的鉴定方法已经建立,但是在分子水平上的研究较少。对芦竹属菌草进行分子鉴定与选择压力分析可为菌草的杂交育种奠定基础。本研究通过PCR扩增得到芦竹属菌草的ITS2基因序列,并对它们的叶片进行转录组测序,... 目前芦竹属(Arundo)菌草形态学的鉴定方法已经建立,但是在分子水平上的研究较少。对芦竹属菌草进行分子鉴定与选择压力分析可为菌草的杂交育种奠定基础。本研究通过PCR扩增得到芦竹属菌草的ITS2基因序列,并对它们的叶片进行转录组测序,通过生物信息学方法对其进行分子鉴定与选择压力分析。结果表明:在6.21百万年-9.75百万年前,以及5.14百万年-8.07百万年前分别进行了两次大规模的分化,将它们分为3大类(‘绿洲3号’‘绿洲5号’‘绿洲6号’‘绿洲8号’、‘绿洲2号’‘绿洲4号’‘绿洲7号’‘绿洲12号’和其他菌草)。选择压力分析筛选出‘绿洲1号’和‘绿洲3号’的正选择基因,它们大部分与转录调控、抗逆与发育相关。研究结果揭示了芦竹属菌草品种之间的关系和受到正向选择的基因与位点,为芦竹属菌草的适应性进化提供见解,也为今后的遗传改良提供靶点。 展开更多

关键词 芦竹 its2序列 系统发育 转录组 分歧时间 选择压力

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基于DNA条形码ITS2序列对阿魏属药用植物的鉴别研究 被引量：2

6

作者 刘冲 杨伟俊 +2 位作者 何江 程波 地力努尔.吐尔逊江 《中国药房》 CAS 北大核心 2017年第7期878-880,共3页

目的:建立一种快速、准确和标准化的中药材阿魏属植物DNA条形码鉴别方法。方法:提取新疆阿魏(Ferula sinkiangensis K.M.Shen)和阜康阿魏(Ferula fukanensis K.M.Shen)基因组DNA,扩增ITS2序列并测序;运用分析相似性搜索法,下载Gen Bank... 目的:建立一种快速、准确和标准化的中药材阿魏属植物DNA条形码鉴别方法。方法:提取新疆阿魏(Ferula sinkiangensis K.M.Shen)和阜康阿魏(Ferula fukanensis K.M.Shen)基因组DNA,扩增ITS2序列并测序;运用分析相似性搜索法,下载Gen Bank数据库中阿魏属植物13个物种26个样本基因ITS2序列并进行比对分析,计算种间种内遗传距离并构建系统进化树进行聚类分析。结果:通过计算,15个物种遗传距离分布范围为0.009~0.230,平均遗传距离为0.018;聚类分析结果显示DNA条形码ITS2序列能够将阿魏属32种植物聚为不同的类。结论:建立的阿魏药材DNA条形码ITS2序列鉴别方法可准确、快速地鉴别出阿魏属药材的正品和混淆品。 展开更多

关键词 阿魏属 DNA条形码 its2序列 药材 鉴别

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基于高分辨率熔解曲线分析技术鉴别杭白菊和黄山贡菊的初步研究 被引量：1

7

作者 陈绍宁 顾小川 +1 位作者 姜鹏辉 李晴妍 《浙江理工大学学报（自然科学版）》 2018年第3期346-351,共6页

杭白菊和贡菊同为药茶两用的药材,种植较多,种质相近。然而两者保健功效、药用成分各有不同,饮用或入药时需加以区分,传统鉴别方法主观性强,往往难以精确区分。文章提出一种中药材分子鉴定方法,采用高分辨率熔解曲线(High resolution me... 杭白菊和贡菊同为药茶两用的药材,种植较多,种质相近。然而两者保健功效、药用成分各有不同,饮用或入药时需加以区分,传统鉴别方法主观性强,往往难以精确区分。文章提出一种中药材分子鉴定方法,采用高分辨率熔解曲线(High resolution melting,HRM),并结合DNA条形码ITS2序列对杭白菊和黄山贡菊进行快速鉴别。以杭白菊及黄山贡菊干燥药材为样品,ITS2序列作为DNA条形码,获得ITS2序列的高分辨率熔解曲线;建立检测鉴定杭白菊与黄山贡菊的HRM-荧光定量PCR方法和杭白菊和黄山贡菊高分辨率熔解曲线模型;在HRMPCR条件下,建立杭白菊和黄山贡菊的标准化高分辨率熔解曲线图、高分辨率熔解曲线衍生差异图,并应用该方法检测市售杭白菊和黄山贡菊共10份样品。结果表明:利用高分辨率熔解曲线技术能够有效地区分开杭白菊和黄山贡菊,为进一步应用高分辨率熔解曲线分析技术鉴定中药材提供理论基础和技术依据。 展开更多

关键词 高分辨率熔解曲线 杭白菊 贡菊 DNA条形码 its2序列

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基于ITS2序列的禹州漏芦和漏芦药材基因识别 被引量：1

8

作者 陈江平 侯典云 +4 位作者 严绪华 胡志强 魏蒙 胡志刚 汪乐原 《世界科学技术-中医药现代化》 2016年第2期202-208,共7页

目的:应用ITS2序列鉴别禹州漏芦和漏芦药材的真伪,为临床准确用药提供可靠的基因识别方法。方法:收集多基原药材禹州漏芦基原物种蓝刺头和华东蓝刺头共14份样品和漏芦药材基原物种祁州漏芦8份样品,经实验获取ITS2序列,结合GenBank中20... 目的:应用ITS2序列鉴别禹州漏芦和漏芦药材的真伪,为临床准确用药提供可靠的基因识别方法。方法:收集多基原药材禹州漏芦基原物种蓝刺头和华东蓝刺头共14份样品和漏芦药材基原物种祁州漏芦8份样品,经实验获取ITS2序列,结合GenBank中20条相关近缘混伪品序列,建立以上物种和混伪品的DNA条形码鉴定方法;将从市场上收集的11份禹州漏芦和20份漏芦药材的ITS2序列与以上序列进行比对分析和构建系统NJ树。结果:禹州漏芦两个基原物种的序列主导单倍型相同;禹州漏芦和漏芦药材基原物种最大K2P距离均小于其与混伪品的种间最小K2P距离;系统NJ树分析均能准确区分禹州漏芦和漏芦药材与各自混伪品。药材检测结果表明,11份禹州漏芦中10份为正品,1份为伪品;20份漏芦中2份为正品,18份为伪品。结论:本研究建立了基于ITS2序列的禹州漏芦和漏芦药材DNA条形码鉴定方法,可用于快速鉴别禹州漏芦和漏芦药材真伪。 展开更多

关键词 禹州漏芦 漏芦 its2序列 基因识别 近缘混伪品

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峨眉山地区天南星科药用植物ITS2序列及二级结构分析

9

作者 郑颖 庞思奇 +1 位作者 马嘉擎 任瑶瑶 《中国中医药信息杂志》 CAS CSCD 2020年第12期64-69,共6页

目的利用第二内部转录间隔区(ITS2)序列作为DNA条形码及其二级结构,对峨眉山地区天南星科药用植物进行鉴定及聚类分析。方法于四川峨眉山地区采集20个不同种天南星科药用植物样本,提取基因组DNA,对ITS2序列进行PCR扩增测序,从GenBank下... 目的利用第二内部转录间隔区(ITS2)序列作为DNA条形码及其二级结构,对峨眉山地区天南星科药用植物进行鉴定及聚类分析。方法于四川峨眉山地区采集20个不同种天南星科药用植物样本,提取基因组DNA,对ITS2序列进行PCR扩增测序,从GenBank下载26条天南星科植物ITS2序列;利用MEGA7.0计算分析所有序列种内遗传距离及种间遗传距离,并采用邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统进化树;根据ITS2数据库信息预测并比较所有不同种样本的ITS2序列二级结构差异。结果样本种间K2P最小遗传距离(0.049)大于种内最大距离(0.021),有明显的条码间隔;NJ树显示各属样本各聚为一大支,各属内各种样本又各聚为小枝;各属及各种样本ITS2二级结构均存在显著差异。结论将ITS2序列作为DNA条形码及其二级结构,可快速准确鉴定天南星科药用植物。 展开更多

关键词 天南星科 DNA条形码 its2序列 二级结构 鉴定 资源调查

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我国尖音库蚊复合组蚊虫核糖体DNA第2内转录间隔区序列测定与分析 被引量：14

10

作者 宋社吾 赵彤言 +1 位作者 蒋书楠 陆宝麟 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2003年第2期74-82,共9页

通过对我国尖音库蚊复合组蚊虫及三带喙库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区 (rDNA ITS2 )的序列测定 ,表明rDNA ITS2序列在我国尖音库蚊复合组种内亚种间和亚种内的变异存在有重叠现象。分子系统关系分析没有发现与形态学亚种阶元分类地位... 通过对我国尖音库蚊复合组蚊虫及三带喙库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区 (rDNA ITS2 )的序列测定 ,表明rDNA ITS2序列在我国尖音库蚊复合组种内亚种间和亚种内的变异存在有重叠现象。分子系统关系分析没有发现与形态学亚种阶元分类地位的一致性 ,但在种间差异明显。 展开更多

关键词 尖音库蚊复合组 核糖体DNA第2内转录间隔区 序列测定 序列分析 RDNA-its2

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PYTHIUM SYLVATICUM鉴定及其专一性PCR引物 被引量：6

11

作者 楼兵干 张炳欣 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期356-365,共10页

从杭州采集的水稻、棉花和大豆猝倒苗中分离到国内新记录腐霉种Pythium sylvaticum.该腐霉为异宗配合种,菌丝膨大体球形或柠檬形,雄器异丝生,藏卵器光滑,每个藏卵器上1～3个雄器,雄器常在接近藏卵器处形成二叉状分枝,卵孢子不满器.测定... 从杭州采集的水稻、棉花和大豆猝倒苗中分离到国内新记录腐霉种Pythium sylvaticum.该腐霉为异宗配合种,菌丝膨大体球形或柠檬形,雄器异丝生,藏卵器光滑,每个藏卵器上1～3个雄器,雄器常在接近藏卵器处形成二叉状分枝,卵孢子不满器.测定了该种4个菌株的核糖体内转录间隔区(ITS)的序列,根据与59种腐霉ITS序列的比较,设计了P. sylvaticum种专一性引物PSF1和PSR2.实际结果表明:该引物能从11种共14株腐霉DNA中特异性地扩增P.sylvaticum,从而与其它10种腐霉区分. 展开更多

关键词 核糖体内转录间隔区序列 腐霉种 菌丝膨大体 雄器 卵孢子 PCR引物

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日本血吸虫和斯氏并殖吸虫的rDNA-ITS2遗传多态性研究 被引量：3

12

作者 何谐 张锡林 +1 位作者 牛靖萱 陈琳 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第21期2073-2077,共5页

目的分析日本血吸虫和斯氏并殖吸虫的核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因的遗传变异。方法采集2种吸虫成虫标本,提取其基因组DNA,PCR特异性扩增rDNA-ITS2基因并测序;Clusterx软件进行多序列对比;MEGA4软件计算遗传距离,NJ法和MP... 目的分析日本血吸虫和斯氏并殖吸虫的核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因的遗传变异。方法采集2种吸虫成虫标本,提取其基因组DNA,PCR特异性扩增rDNA-ITS2基因并测序;Clusterx软件进行多序列对比;MEGA4软件计算遗传距离,NJ法和MP法构建系统进化树;DNAsis软件对rDNA-ITS2序列片段进行模序分析。结果2种方法构建的遗传系统进化树基本结构相似,日本血吸虫与斯氏并殖吸虫间存在较远的遗传距离,但二吸虫ITS2序列间有42.7%的相似性。利用DNAsis软件在日本血吸虫和斯氏并殖吸虫的rDNA-ITS2序列中发现AP_2_CS6、bHLH_CS和CAP_site3种相同的转录因子。结论日本血吸虫和斯氏并殖吸虫虽然在rDNA-ITS2基因水平上存在明显种间差异,但在rDNA-ITS2序列、转录因子方面具有重要的相似性。 展开更多

关键词 日本血吸虫 斯氏并殖吸虫 RDNA-its2 序列 遗传多态性

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基于ITS2序列的人参及同属易混品西洋参种子的分子鉴定 被引量：19

13

作者 林凤越 曹辉 +1 位作者 任欢欢 姚丽 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期2188-2193,共6页

目的基于DNA条形码技术建立人参与西洋参种子的分子鉴别方法。方法采用生药鉴定方法研究其性状、显微特征,并结合DNA条形码技术,基于中药材DNA条形码数据库,通过ITS2序列比对、遗传距离比较和构建临接(NJ)系统发育树,对人参与西洋参的... 目的基于DNA条形码技术建立人参与西洋参种子的分子鉴别方法。方法采用生药鉴定方法研究其性状、显微特征,并结合DNA条形码技术,基于中药材DNA条形码数据库,通过ITS2序列比对、遗传距离比较和构建临接(NJ)系统发育树,对人参与西洋参的种子进行鉴别研究。结果人参与西洋参种子的种内遗传距离分别小于种间遗传距离,系统发育树图中各物种均聚为一支,来自9个产地的42份人参及西洋参的种子均为正品,且容易区分。结论基于ITS2序列DNA条形码技术可以快速、准确、有效地鉴别人参与西洋参种质资源。 展开更多

关键词 中药材种子 人参 西洋参 DNA条形码技术 its2序列

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中药材半夏及其混伪品的DNA条形码鉴定研究 被引量：14

14

作者 张雅琴 宋明 +6 位作者 孙伟 向丽 马孝熙 樊佳佳 王俊 张晓存 刘霞 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2014年第8期1725-1729,共5页

目的:采用ITS2序列对中药材半夏及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究,为规范中药材半夏的市场流通,保障临床用药安全及疗效提供参考依据。方法:对半夏及其混伪品共59份样品,通过DNA提取及聚合酶链式反应(PCR)扩增其ITS2序列,并采用Mega6.0... 目的:采用ITS2序列对中药材半夏及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究,为规范中药材半夏的市场流通,保障临床用药安全及疗效提供参考依据。方法:对半夏及其混伪品共59份样品,通过DNA提取及聚合酶链式反应(PCR)扩增其ITS2序列,并采用Mega6.0软件进行多序列比对,计算种内及种间K2P遗传距离,采用邻接(NJ)法构建NJ系统聚类树。采用相似性搜索法、最小距离法、NJ树法考察ITS2序列的鉴定能力。结果:半夏药材的ITS2序列长度为251 bp,应用相似性搜索法表明ITS2序列能够准确鉴定半夏药材及其混伪品;半夏种内最大K2P距离小于半夏与混伪品间的最小K2P距离;NJ树显示半夏药材可与其混伪品明显分开。结论:ITS2序列能准确、稳定鉴定中药材半夏药材及其混伪品。 展开更多

关键词 半夏 DNA条形码 its2序列 混伪品

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我国南黄海海域漂浮铜藻的分子生物学鉴定 被引量：14

15

作者 蔡永超 孙彬 +2 位作者 马家海 何培民 张勤 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2014年第2期102-106,共5页

为探究南黄海海域漂浮马尾藻属(Sargassum)的种类,以2013年5月采自南黄海海域漂浮马尾藻属藻类为研究对象。采用PCR技术扩增出其ITS2序列,并用Clustal X和Mega 4.0软件对其进行序列分析和N-J系统发育树的构建。结果表明,南黄海海域漂浮... 为探究南黄海海域漂浮马尾藻属(Sargassum)的种类,以2013年5月采自南黄海海域漂浮马尾藻属藻类为研究对象。采用PCR技术扩增出其ITS2序列,并用Clustal X和Mega 4.0软件对其进行序列分析和N-J系统发育树的构建。结果表明,南黄海海域漂浮的马尾藻属藻类为铜藻(Sargassum horneri),其ITS2序列大小为700 bp左右。 展开更多

关键词 南黄海海域 马尾藻属 its2序列 铜藻

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柴胡及其伪品的DNA条形码鉴定研究 被引量：11

16

作者 韩晓伟 严玉平 +4 位作者 吴兰芳 王红芳 宋军娜 王乾 郑玉光 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1583-1588,共6页

目的鉴定河北中药材市场柴胡的真伪。方法对从河北中药材市场采购的28份柴胡药材的ITS2序列进行PCR扩增,同时从Gen Bank下载7个样本序列。采用Codon Code Aligner软件进行序列拼接,采用软件MEGA 6.0分析比对,计算其种间、种内的K2P距离... 目的鉴定河北中药材市场柴胡的真伪。方法对从河北中药材市场采购的28份柴胡药材的ITS2序列进行PCR扩增,同时从Gen Bank下载7个样本序列。采用Codon Code Aligner软件进行序列拼接,采用软件MEGA 6.0分析比对,计算其种间、种内的K2P距离以及各序列的变异位点并进行聚类分析。结果 28份样品中有21份为柴胡,3份为黑柴胡,4份为伪品。结论 ITS2序列能够作为柴胡药材鉴别的有效方法之一,对药材市场的规范和临床用药安全具有重要意义。 展开更多

关键词 柴胡 its2序列 药材 鉴别 条形码

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基于ITS2条形码序列鉴定中药材佩兰及其混伪品 被引量：8

17

作者 邬兰 陈科力 +5 位作者 孙伟 胡志刚 凃媛 马孝熙 林韵涵 周红 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2013年第3期410-414,共5页

目的:对中药材佩兰及其混伪品进行ITS2条形码鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法:提取佩兰的DNA,利用PCR技术扩增其ITS2序列,双向测序,所得序列经过CodonCodeAligner拼接后,用软件MEGA5进行相关数据分析,计算其种内、种间遗传距... 目的:对中药材佩兰及其混伪品进行ITS2条形码鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法:提取佩兰的DNA,利用PCR技术扩增其ITS2序列,双向测序,所得序列经过CodonCodeAligner拼接后,用软件MEGA5进行相关数据分析,计算其种内、种间遗传距离,并构建系统发育树。结果:佩兰药材的ITS2序列长度为218 bp;佩兰种内最大K2P距离为0.009,与混伪品种间最小K2P距离为0.024。ITS2序列的NJ系统聚类树可明显区分佩兰药材及其混伪品,表现出良好的单系性。结论:ITS2条形码序列能够成功鉴定中药材佩兰与其混伪品,为保障临床安全用药提供了新的技术方法。 展开更多

关键词 佩兰 its2序列 鉴定 混伪品

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基于多种标记技术的榴莲蜜种质的遗传多样性分析 被引量：1

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作者 吴金凤 李陈贵 +6 位作者 杨雨鑫 陈海涛 许云 吴文嫱 夏薇 黄东益 黄小龙 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第4期1133-1142,共10页

榴莲蜜为桑科木菠萝属热带稀有水果,原产马来半岛,近年在海南引种栽培成功。为了区分25份材料以及鉴定它们的亲缘关系的远近。本研究利用形态学,DNA条形码和ISSR分子标记技术对23份榴莲蜜和2份菠萝蜜种质进行种类鉴别以及亲缘关系分析,... 榴莲蜜为桑科木菠萝属热带稀有水果,原产马来半岛,近年在海南引种栽培成功。为了区分25份材料以及鉴定它们的亲缘关系的远近。本研究利用形态学,DNA条形码和ISSR分子标记技术对23份榴莲蜜和2份菠萝蜜种质进行种类鉴别以及亲缘关系分析,以探讨海南榴莲蜜种质资源的遗传多样性。结果表明通过对叶片刚毛性状的鉴定,可将25份种质资源分成3类。以ITS2序列和psbA-trnH序列作为DNA条形码,分别将25份种质资源分成5大类和3大类,2种序列都无法将25份材料完全进行区分,但都可将榴莲蜜LLM-10与其他榴莲蜜种质区分开来,其中,LLM-10与菠萝蜜的亲缘关系最近。从ITS2序列和psbA-trnH序列差异位点图来分析,psbA-trnH序列变异位点多,遗传变异信息丰富。ISSR分子标记技术分析了25份种质资源的遗传多样性,菠萝蜜和榴莲蜜样本的遗传相似系数在0.57~0.80,榴莲蜜样本之间的遗传相似系数在0.59~0.90,说明菠萝蜜种质与榴莲蜜种质之间,榴莲蜜与榴莲蜜种质之间的遗传变异幅度都较大;UPGMA聚类图将25份材料分成5大类,其中榴莲蜜LLM-10独自聚成1类,这与形态学和DNA条形码鉴定分类具有很高的一致性。本研究依据2种分子标记技术和形态学分类实现了25份木菠萝属种质资源的鉴定和分类,为榴莲蜜种质资源的鉴定和判别提供了技术支持和参考依据。 展开更多

关键词 榴莲蜜 its2序列 psbA-trnH序列 ISSR分子标记

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基于ITS2序列的球兰属植物种间鉴定研究 被引量：3

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作者 夏艺萌 尹杰 +4 位作者 曾丽珊 王艳鸽 詹若挺 林颖 张桂芳 《中药材》 CAS 北大核心 2023年第3期603-609,共7页

目的:利用ITS2序列对球兰属植物进行DNA分子鉴定,为其物种鉴定和遗传多样性研究寻求新路径。方法:提取80份球兰样品的DNA,通过PCR扩增ITS2序列并测序,预测其ITS2二级结构。运用MEGA6.0等软件构建邻接(NJ)系统发育树,计算各类别遗传距离... 目的:利用ITS2序列对球兰属植物进行DNA分子鉴定,为其物种鉴定和遗传多样性研究寻求新路径。方法:提取80份球兰样品的DNA,通过PCR扩增ITS2序列并测序,预测其ITS2二级结构。运用MEGA6.0等软件构建邻接(NJ)系统发育树,计算各类别遗传距离。通过叶片形态学特征对其聚类结果进行验证。结果:80份球兰属植物ITS2序列长度约为250 bp,样品CG含量在60.44%~72.88%之间,平均CG含量为68.12%。种内恒定位点数为32,变异位点数为217。NJ系统发育树中80份样品可聚类为11类。序列总体平均遗传距离为0.171,对80份球兰样品的鉴别成功率约为81.25%,结合ITS2序列二级结构可直观地将大部分球兰属植物区分。基于ITS2序列的NJ进化树可阐述球兰属植物的种间关系,聚为一类的球兰属植物叶片颜色和叶形较为相似,也在一定程度上验证了聚类树构建的合理性。结论:ITS2序列可作为解决球兰属植物物种鉴定难题的有效方法。 展开更多

关键词 球兰属植物 its2序列 DNA条形码 分子鉴定

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基于ITS2序列的鬼箭羽及其混伪品DNA条形码鉴定 被引量：2

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作者 郭丽嵘 赵伟 +3 位作者 杨丽 陈海娟 杨志刚 李一蒙 《中国中医药信息杂志》 CAS CSCD 2023年第2期124-128,共5页

目的建立快速鉴别鬼箭羽及其混伪品的方法,确保临床用药安全。方法采用DNA条形码分析的方法,对16批鬼箭羽药材进行核基因ITS2片段扩增、测序及序列拼接,用MEGA7.0软件进行序列分析,并构建鬼箭羽近源种及混伪品的系统发育分析树。结果16... 目的建立快速鉴别鬼箭羽及其混伪品的方法,确保临床用药安全。方法采用DNA条形码分析的方法,对16批鬼箭羽药材进行核基因ITS2片段扩增、测序及序列拼接,用MEGA7.0软件进行序列分析,并构建鬼箭羽近源种及混伪品的系统发育分析树。结果16批鬼箭羽药材中共检测到2种ITS2单倍型,单倍型之间仅有一个位点的突变,说明不同产地鬼箭羽种内保守性高,遗传稳定。系统聚类分析表明,鬼箭羽与其近源种并为一个大分支,而其混伪品自成一支,可相互区分。结论ITS2序列作为DNA条形码能够方便、快速地鉴别鬼箭羽及其混伪品。 展开更多

关键词 鬼箭羽 DNA条形码 its2序列 系统发育分析

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