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松材线虫rDNA的测序和 PCR-SSCP分析 被引量：63
1
作者 张立海 廖金铃 冯志新 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期84-89,共6页
本文为克服形态鉴定的不足 ,用分子生物学的方法鉴别松材线虫。线虫核糖体 DNA(r DNA)的内部转录间隔区 (ITS1)区 (约 30 8bp)的测序结果显示 :松材线虫种内区别很小 ,不超过 1bp;拟松材线虫种内区别较大 ,最大达 7bp;这 2种线虫的种间... 本文为克服形态鉴定的不足 ,用分子生物学的方法鉴别松材线虫。线虫核糖体 DNA(r DNA)的内部转录间隔区 (ITS1)区 (约 30 8bp)的测序结果显示 :松材线虫种内区别很小 ,不超过 1bp;拟松材线虫种内区别较大 ,最大达 7bp;这 2种线虫的种间区别为 32～ 39bp。根据以上测序结果 ,本文结合单条线虫 DNA的提取技术 ,对 14个松材线虫和拟松材线虫样本进行了单链构象多态性 (PCR-SSCP)分析 ,结果表明 PCR- SSCP分析技术可明确区分这 2种线虫 ,该技术可为单条松材线虫的鉴定提供一套灵敏而可靠的方法。 展开更多
关键词 松材线虫 测序 核糖体DNA its PCR-SSCP分析 鉴定方法 森林病害
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中日产川芎的matK、ITS基因序列及其物种间的亲缘关系 被引量：32
2
作者 刘玉萍 曹晖 +2 位作者 韩桂茹 伏见裕利 小松かつ子 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期63-68,共6页
目的　分析中国产川芎LigusticumchuanxiongHort.及日本产川芎CnidiumofficinaleMakino的核基因组ITS和叶绿体基因组matK序列 ,为探讨中日产川芎物种间的亲缘关系提供分子依据。方法　采用PCR直接测序技术测定川芎和日本川芎的ITS基因和... 目的　分析中国产川芎LigusticumchuanxiongHort.及日本产川芎CnidiumofficinaleMakino的核基因组ITS和叶绿体基因组matK序列 ,为探讨中日产川芎物种间的亲缘关系提供分子依据。方法　采用PCR直接测序技术测定川芎和日本川芎的ITS基因和matK基因核苷酸序列并作序列变异分析。结果　川芎和日本川芎的matK序列长度均为 12 68bp ,编码 4 2 2个氨基酸。ITS1 5 8S ITS2序列长度均为 699bp ,其中 18SrRNA基因 3′端序列 5 4bp ,ITS1序列 2 15bp ,5 8SrRNA基因序列 162bp ,ITS2序列 2 2 2bp ,2 6SrRNA基因 5′端序列 4 6bp。根据排序比较 ,川芎原植物与其商品药材间的matK基因和ITS基因序列完全相同 ,而川芎与日本川芎间matK基因则仅有 1个变异位点 ,即在上游 95 9nt处 1个转换替代 (T→C) ,反映在氨基酸序列则发生一个非同义取代V(GTG)→A(GCG) ;ITS基因也仅有 1个变异位点 ,即在ITS1上游 5 4nt处 1个转换替代 (T→C)。结论　通过进化速率较快的基因序列同源性分析 ,基本可以认为中日所产川芎基原一致 ,日本川芎学名似应改为LigusticumchuanxiongHort. 展开更多
关键词 川芎 日本川芎 MATK基因 its基因 核苷酸测序
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烟曲霉rRNA基因ITS区的克隆测序分析 被引量：19
3
作者 骆志成 王端礼 +3 位作者 孔繁荣 李冬梅 李若瑜 李世荫 《菌物系统》 CSCD 北大核心 2000年第3期336-341,共6页
对烟曲霉rRNA基因内转录间区（ITS区）进行了克隆测序，并将之与其他几种常见曲霉的相应序列进行了比较。发现3株烟曲霉的ITSⅠ区完全相同，而其中1株烟曲霉的ITSⅡ区与一条已知相应序列仅有2个碱基的变异。提示烟曲霉rRNA基因的两个IT... 对烟曲霉rRNA基因内转录间区（ITS区）进行了克隆测序，并将之与其他几种常见曲霉的相应序列进行了比较。发现3株烟曲霉的ITSⅠ区完全相同，而其中1株烟曲霉的ITSⅡ区与一条已知相应序列仅有2个碱基的变异。提示烟曲霉rRNA基因的两个ITS区序列均十分保守，而且与黄曲霉、黑曲霉、土曲霉及构巢曲霉的相应序列相比较，均有一定程度的变异。 展开更多
关键词 烟曲霉 RRNA 致病菌 its区 基因克隆 基因测序
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16S/18S/ITS扩增子高通量测序引物的生物信息学评估和改进 被引量：27
4
作者 吴悦妮 冯凯 +3 位作者 厉舒祯 王朱珺 张照婧 邓晔 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期2897-2912,共16页
【背景】在过去的十几年里,基于核糖体RNA基因的扩增子测序技术被广泛用于各种生态系统中微生物群落的多样性检测。扩增子测序的使用极大地促进了土壤、水体、空气等环境中微生物生态的相关研究。【目的】随着高通量测序技术的不断发展... 【背景】在过去的十几年里,基于核糖体RNA基因的扩增子测序技术被广泛用于各种生态系统中微生物群落的多样性检测。扩增子测序的使用极大地促进了土壤、水体、空气等环境中微生物生态的相关研究。【目的】随着高通量测序技术的不断发展和参考数据库的不断更新,针对不同的环境样本的引物选择和改进仍然需要更深入的校验。【方法】本文收集了目前在微生物群落研究中被广泛采用的标记基因扩增通用引物,包括16S rRNA基因扩增常用的8对通用引物和2对古菌引物、9对真菌转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)基因扩增引物,以及18S rRNA基因扩增的4对真核微生物通用引物和1对真菌特异性引物。这些引物中包括了地球微生物组计划(Earth Microbiome Project,EMP)推荐的2对16S rRNA基因扩增引物、1对ITS1基因扩增引物和1对18S rRNA基因扩增引物。采用最近更新的标准数据库对这些引物进行了覆盖度和特异性评价。【结果】EMP推荐的引物依然具有较高的覆盖度,而其他引物在覆盖度及对特定环境或类群的特异性上也各有特点。此外,最近有研究对这些通用引物进行了一些改进,而我们也发现,一个碱基的变化都可能会导致评价结果或扩增产物发生明显变化,简并碱基的引入既可以覆盖更多的物种,但同时也会在一定程度上降低关注物种的特异性。【结论】研究结果为微生态研究中标记基因的引物选择提供了一个广泛的指导,但在关注具体科学问题时,引物的选择仍需数据指导与实验尝试。 展开更多
关键词 扩增子测序 16S rRNA基因 its基因 18S rRNA基因 PCR扩增 引物 引物覆盖度 引物特异性 扩增产物片段长度
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基于nrDNA ITS序列的18份宁夏枸杞资源的遗传多样性 被引量：22
5
作者 石志刚 安巍 +2 位作者 焦恩宁 赵建华 王亚军 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第24期10379-10380,共2页
[目的]利用nrDNA ITS序列，探讨18份宁夏枸杞资源的遗传多样性。[方法]采用改进CTAB法提取枸杞叶片基因组DNA，利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆，对目的片段测序分析并对测序结果进行聚类分析。[结果]通过测序首... [目的]利用nrDNA ITS序列，探讨18份宁夏枸杞资源的遗传多样性。[方法]采用改进CTAB法提取枸杞叶片基因组DNA，利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆，对目的片段测序分析并对测序结果进行聚类分析。[结果]通过测序首次获得了18种宁夏枸杞nrDNA ITS区碱基序列，整个ITS序列长度变异范围为559～634bp，平均为612bp，整个转录间隔区（ITS1＋ITS2）对位排列后总长度为480bp，包括194个变异住点，占40．4％；286个保守位点，占59．6％。聚类结果表明了18份宁夏枸杞的亲缘关系与差异，并将其分为3个大类。[结论]基于nrDNA ITS区序列分析在研究枸杞种质遗传多样性方面具有一定的优越性。 展开更多
关键词 枸杞属 its序列 遗传多样性
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太平洋牡蛎核糖体DNA转录间隔子和线粒体基因片段序列测定(英文) 被引量：21
6
作者 孔晓瑜 张留所 +2 位作者 喻子牛 刘亚军 王清印 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期304-308,共5页
以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段... 以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (16SrDNA) ,2 2 .71%、39.4 3%、2 0 .4 3%和 17.4 3% (COI)。实验证明ITS 1和ITS 2引物在贝类中通用性良好。文中同时讨论了 展开更多
关键词 太平洋牡蛎 核糖体 DNA转录 间隔子 线粒体 基因片段 序列测定
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rDNA-ITS序列分析法与传统分类法相结合在真菌鉴定中的应用 被引量：19
7
作者 朱洪庆 王盼盼 +2 位作者 张萌 陈嘉慧 丁祥 《西华师范大学学报（自然科学版）》 2016年第3期264-269,共6页
采集了四川马尔康地区3种真菌,根据其形态学特征结合卯晓岚的《中国大型真菌》图谱,初步确定其疑似为黄菇、松乳菇、红菇3个种。为提高鉴定的准确性,通过构建基因池;用特异性引物进行PCR扩增,并对扩增产物进行测序;将测得的实验样品的... 采集了四川马尔康地区3种真菌,根据其形态学特征结合卯晓岚的《中国大型真菌》图谱,初步确定其疑似为黄菇、松乳菇、红菇3个种。为提高鉴定的准确性,通过构建基因池;用特异性引物进行PCR扩增,并对扩增产物进行测序;将测得的实验样品的序列在Gene Bank中进行BLAST比对;并与相似性较高的已知的种,利用DNAMAN、Clustalx1.83和MEGA5.0软件采用N-J法构建进化树,探寻他们与已知物种的相关关系。结果表明,三种疑似菌株扩增出的目的条带为500—750bp,J1、J2、J3号菌株分别与臭黄菇、松乳菇、红菇的序列相似度最高。并利用序列的相似性做出了它们各自的进化树。最终得出结论:J1号菌株为臭黄菇(Russula foetens),J2号菌株为松乳菇(Lactarius deliciosus),J3号菌株为红菇(Russula.)。利用r DNA-ITS序列分析法和形态学分类法相结合的方法鉴定菌种,不仅丰富了三种真菌的基因库,而且也克服了单纯的r DNA-ITS序列分析法因受基因库的完善程度、高度相似性序列的多少以及具体物种ITS区的可变程度等限制而不能鉴定出所有真菌的缺点,提高了真菌分类鉴定中一些模糊性状的区分度。 展开更多
关键词 真菌 鉴定 RDNA its PCR 测序
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rDNA-ITS序列分析法和传统分类法对真菌进行分类鉴定 被引量：13
8
作者 苟凡铖 侯怡铃 +3 位作者 宋波 黄曦文 宋志强 丁祥 《西华师范大学学报（自然科学版）》 2017年第4期382-386,共5页
通过对四川马尔康地区采集到的三株菌株的子实体进行测定,分别以三株菌种的DNA为模板,利用特异性引物做PCR扩增并测序,测序结果在Gene Bank中进行BLAST比对,找到与之同源性较高的已知菌种,通过运用DNAMAN、MEGA7.0和Clustal X2软件选择... 通过对四川马尔康地区采集到的三株菌株的子实体进行测定,分别以三株菌种的DNA为模板,利用特异性引物做PCR扩增并测序,测序结果在Gene Bank中进行BLAST比对,找到与之同源性较高的已知菌种,通过运用DNAMAN、MEGA7.0和Clustal X2软件选择N-J法和ML法构建进化树,确定三株菌株种属。再辅以传统的形态学方法结合《中国大型真菌》图谱对菌株进行鉴定。结果表明:F1为皮革黄丝膜菌(Cortinariusmalachius(Fr.:Fr.)Fr.),F2为大丝膜菌(Cortinariuslargus Fr.),F3为黄斑蘑菇(Agaricusxanthodermus Quèl.)。rDNA-ITS序列分析法的应用虽然受核酸序列数据库完善程度的影响,但同时也丰富了数据库信息,提高了真菌分类鉴定模糊性状的区分度。相较于传统的分类法,形态学分类法和rDNA-ITS序列分析法共同对菌株进行鉴定的结果更精准,操作也更省时、快捷。 展开更多
关键词 RDNA its PCR 测序 真菌 鉴定
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泽泻18S-26SrRNA及其ITS片断的克隆及序列分析 被引量：9
9
作者 陈志彤 陈坚 +1 位作者 郑伟文 肖华山 《闽西职业大学学报》 2004年第2期111-115,共5页
对采集自福建、江西、四川3个地区4个泽泻样品的18S-26SrRNA及其ITS片断进行克隆及序列分析,结果表明福建高叶泽泻、福建矮叶泽泻和江泽泻的18S-26SrRNA及ITS片断的序列完全一致,与川泽泻则有2个碱基的区别。
关键词 泽泻 克隆 序列分析 its片断 测序 植物药 连接反应
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枸杞nrDNA ITS测序鉴定的初步研究 被引量：11
10
作者 石志刚 安巍 +3 位作者 樊云芳 焦恩宁 赵建华 王亚军 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第16期6687-6688,6690,共3页
[目的]对枸杞nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)序列进行分析,从而在分子水平对枸杞做出鉴定。[方法]采用改良CTAB法提取枸杞叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析。[结果]克隆到枸杞n... [目的]对枸杞nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)序列进行分析,从而在分子水平对枸杞做出鉴定。[方法]采用改良CTAB法提取枸杞叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析。[结果]克隆到枸杞nrDNA ITS片段并获得其碱基序列,成功找到3个供试枸杞种质材料的nrDNA ITS序列差异。[结论]枸杞nrDNAITS区的扩增和测序可以在分子水平对枸杞不同种质进行鉴别。 展开更多
关键词 枸杞属 its序列 DNA测序 鉴定
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扩增子测序技术分析红茶菌中优势微生物的研究 被引量：10
11
作者 张泽生 王春龙 +1 位作者 刘清岱 王宝林 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2016年第16期185-188,共4页
红茶菌作为一种传统健康保健饮品,由于发酵过程中需要多种微生物的参与,因此需要对混合菌种进行高效的分离鉴定。本文通过提取红茶菌中的基因组DNA,采用高通量测序的方法对16S rDNA和ITS的扩增子进行测序,实现对红茶菌中优势微生物的分... 红茶菌作为一种传统健康保健饮品,由于发酵过程中需要多种微生物的参与,因此需要对混合菌种进行高效的分离鉴定。本文通过提取红茶菌中的基因组DNA,采用高通量测序的方法对16S rDNA和ITS的扩增子进行测序,实现对红茶菌中优势微生物的分析鉴定。通过对可操作分类单元进行丰度分析和物种分类树统计,最终得到主要的细菌组成为:醋酸菌89.11%,拟杆菌5.56%,颤螺旋杆菌1.77%;优势真菌组成为:酵母菌为93.48%,其中嗜酒假丝酵母61.76%,酵母菌Blastobotrys adeninivorans 30.97%;α多样性分析结果显示:测序数据较为合理,测序数据量大,可以反映样品中绝大多数的微生物物种信息。 展开更多
关键词 红茶菌 扩增子测序 16S its
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冬虫夏草与其混伪品北虫草的ITS测序鉴别 被引量：9
12
作者 翁榕安 李树华 《湖南师范大学学报（医学版）》 2008年第3期42-45,共4页
目的:从分子水平鉴别冬虫夏草与其混淆品北虫草。方法:从冬虫夏草及其常见混淆品北虫草中提取DNA,以核基因组通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果:测得各样品rDNA的ITS及5.8S rDNA完全序列,18S... 目的:从分子水平鉴别冬虫夏草与其混淆品北虫草。方法:从冬虫夏草及其常见混淆品北虫草中提取DNA,以核基因组通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果:测得各样品rDNA的ITS及5.8S rDNA完全序列,18S和28S rDNA部分序列,分别为冬虫夏草459bp、北虫草548bp;二者ITS具显著差异,其中ITS1差异性达33.31%、ITS2差异性达26.67%。结论:ITS序列可有效地鉴别冬虫夏草及其混淆品北虫草。 展开更多
关键词 冬虫夏草 混伪品 its序列 中药鉴别
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基于nrDNA-ITS序列的10种枸杞属植物亲缘关系研究 被引量：9
13
作者 李小刚 王有科 +3 位作者 李捷 张晓娜 葛晶 何丽娟 《中国农学通报》 CSCD 2014年第25期128-135,共8页
以10种枸杞属植物为材料,利用nrDNA-ITS序列,探讨其遗传多样性及亲缘关系。采用改进CTAB法提取枸杞叶片基因组DNA,利用合成的ITS4和ITS5为引物对其DNA中的nrDNA-ITS区进行扩增、对目的片段测序,并对测序结果进行聚类分析。测序结果表明... 以10种枸杞属植物为材料,利用nrDNA-ITS序列,探讨其遗传多样性及亲缘关系。采用改进CTAB法提取枸杞叶片基因组DNA,利用合成的ITS4和ITS5为引物对其DNA中的nrDNA-ITS区进行扩增、对目的片段测序,并对测序结果进行聚类分析。测序结果表明,10种枸杞属植物ITS的长度为582-656 bp,保守位点（C）560个,变异位点（V）95个,其中简约信息位点（Pi）70个,单核苷酸变异位点（S）25个;5.8S序列的长度均为154 bp,保守位点（C）136个,变异位点（V）18个,其中简约信息位点（Pi）12个,单核苷酸变异位点（S）6个。10条序列聚类图明显地分为2大类5个小组,‘0901’与‘蒙杞1号’处于同一分支,亲缘关系最近,‘宁杞3号’和‘宁杞7号’为同一分支,亲缘关系最近,‘宁杞5号’和青海诺木洪黑果枸杞单独为一分支,与其他几个枸杞品种的亲缘关系最远。10条枸杞属植物的ITS序列已上传至NCBI,登录号为KJ189761-KJ189770。本研究测序和分析了10种枸杞属植物的ITS序列,聚类结果表明了它们之间的亲缘关系与差异,为枸杞遗传多样性和系统发育研究奠定了基础。 展开更多
关键词 枸杞属 its序列 测序 亲缘关系
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rRNA基因ITS区序列分析在粘帚霉属生防菌株种级分类上的应用 被引量：6
14
作者 马桂珍 张拥华 +1 位作者 李世东 谢丙炎 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期704-707,共4页
对分离自不同地域的粘帚霉属不同种类的生防菌株rRNA基因转录间区进行了克隆测序,用Clustal X软件进行自动排序,用Njplot程序构建系统进化树.供试26个粘帚霉菌株分在4个组,与传统形态分类结果一致,同一种类的不同来源的菌株差异不明显.... 对分离自不同地域的粘帚霉属不同种类的生防菌株rRNA基因转录间区进行了克隆测序,用Clustal X软件进行自动排序,用Njplot程序构建系统进化树.供试26个粘帚霉菌株分在4个组,与传统形态分类结果一致,同一种类的不同来源的菌株差异不明显.研究表明,可以根据ITS区DNA序列差异对粘帚霉属进行种级分类,但不能用于区分种内不同地域的菌株之间的差别. 展开更多
关键词 粘帚霉 rRNA基因转录间区 克隆 序列
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rDNA-ITS序列分析法鉴定桑椹菌核病病原菌 被引量：8
15
作者 曾益春 危玲 +6 位作者 黄盖群 朱洪庆 曾贞 刘刚 殷浩 王香君 夏川林 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期962-967,共6页
采集四川南充、绵阳、乐山等地果桑园中的真菌12株,利用ITS引物扩增并进行测序,构建系统进化树,分析12个真菌样品与已知物种的亲缘关系。结果表明,12个真菌样品扩增出的目的条带长度为500 bp,J1、J2、J3、J4、J5、J7、J8、J12菌株与桑... 采集四川南充、绵阳、乐山等地果桑园中的真菌12株,利用ITS引物扩增并进行测序,构建系统进化树,分析12个真菌样品与已知物种的亲缘关系。结果表明,12个真菌样品扩增出的目的条带长度为500 bp,J1、J2、J3、J4、J5、J7、J8、J12菌株与桑实杯盘菌(Ciboria shiraiana)的序列相似度最高,J6、J9菌株与小核盘菌(Sclerotinia minor)的序列相似度最高,J10菌株与肉阜状杯盘菌(Ciboria carunculoides)的序列相似度最高,J11菌株与桑椹核地杖菌(Scleromitula shiraiana)的序列相似度最高,且序列比对分析结果同传统形态学鉴定结果完全一致。2种方法相结合最终得出结论:J1、J2、J3、J4、J5、J7、J8、J12菌株为桑实杯盘菌;J6、J9菌株为小核盘菌;J10菌株为肉阜状杯盘菌;J11菌株为桑椹核地杖菌。与传统形态学鉴定法相比,rDNA-ITS序列分析法具有准确度高,不受真菌样品生长情况、地理环境影响等优点,可避免因形态特征掌握不足而导致的不确定性,2种方法相结合在真菌鉴定中会有更广泛、更深入的应用。 展开更多
关键词 RDNA-its 测序 桑椹菌核病病原菌 鉴定
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仲彬草属植物ITS序列PCR产物直接测序与克隆测序比较分析 被引量：5
16
作者 曾建 张利 +3 位作者 凡星 张春 张海琴 周永红 《四川农业大学学报》 CSCD 2006年第4期369-374,共6页
通过PCR产物克隆测序和直接产物测序的方法对禾本科小麦族仲彬草属10个物种的rDNA内转录间隔区(ITS)及5.8SrDNA进行了序列测定和系统发育分析。结果表明:该属植物ITS区直接产物测序与克隆测序存在较大差异,克隆测序序列反映的系统发育... 通过PCR产物克隆测序和直接产物测序的方法对禾本科小麦族仲彬草属10个物种的rDNA内转录间隔区(ITS)及5.8SrDNA进行了序列测定和系统发育分析。结果表明:该属植物ITS区直接产物测序与克隆测序存在较大差异,克隆测序序列反映的系统发育关系与形态学、地理分布、细胞学、分子标记分析结果基本一致。因此,采用克隆测序的方法对仲彬草属植物系统发育分析比直接测序方法更为可靠。 展开更多
关键词 仲彬草属 its序列 序列测定 系统发育分析
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基于DNA序列分析的刚竹属系统树构建 被引量：8
17
作者 朱芳明 杜建伟 +1 位作者 周国贤 张汉尧 《西部林业科学》 CAS 2015年第2期63-68,共6页
提取刚竹属中毛金竹、毛竹、龟甲竹、人面竹、紫竹、白哺鸡竹、黄槽竹、芽竹、蓉城竹、红壳雷竹、假毛竹、金竹、黄纹竹等13个竹种的DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列以及maturase K(mat K)序列进行PCR扩增和序列测定。构建了与其亲缘关... 提取刚竹属中毛金竹、毛竹、龟甲竹、人面竹、紫竹、白哺鸡竹、黄槽竹、芽竹、蓉城竹、红壳雷竹、假毛竹、金竹、黄纹竹等13个竹种的DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列以及maturase K(mat K)序列进行PCR扩增和序列测定。构建了与其亲缘关系接近的刚竹属6个种、牡竹属3个种共22个竹种基于ITS序列的系统发育树和刚竹属7个种、牡竹属3个种共23个竹种基于mat K的系统发育树,并探讨了其亲缘关系。结果显示,实验所用的大部分竹种分类结果与传统分类类似,但黄纹竹、毛竹与其他刚竹属竹种的遗传距离较远,却与牡竹属的竹种聚类,与传统分类相左。通过测序分析认为其为杂种的可能性较高,并由此推测杂种的存在是造成竹子分子分类困难的一大原因。 展开更多
关键词 刚竹属 its MAT K 序列分析 系统发育树
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福建橄榄18S-26S rRNA及其ITS片段的克隆与序列分析 被引量：7
18
作者 宋亚娜 陈瑞庆 +1 位作者 周莉娟 郑伟文 《亚热带植物科学》 2007年第4期5-9,共5页
利用18S-26S rRNA基因及其ITS片段的PCR扩增、克隆及测序分析,对福建14个橄榄品种进行分子标记及遗传分类。序列分析结果表明:14个品种可分为4个类别,以1号品种为参照,3、4、6、7、8、9、11号品种的ITS1、ITS2和5.8S共634个碱基序列完... 利用18S-26S rRNA基因及其ITS片段的PCR扩增、克隆及测序分析,对福建14个橄榄品种进行分子标记及遗传分类。序列分析结果表明:14个品种可分为4个类别,以1号品种为参照,3、4、6、7、8、9、11号品种的ITS1、ITS2和5.8S共634个碱基序列完全一致,与1号仅ITS2上有1个碱基差异,2号和1号品种的ITS1和5.8S序列完全一致,仅ITS2上有2个碱基差异,归为第一类;5号和14号的序列完全一致,与1号在ITS1和ITS2上各有1个碱基差异,归为第二类;10号和12号序列完全一致,与1号在ITS1上有2个碱基差异,归为第三类;13号品种5.8S的序列与1号相同,但在ITS1上有1个碱基差异,在ITS2上有24个碱基差异,归为第四类。使用DNAMAN软件建立的同源关系树说明了不同橄榄品种的变异程度。将橄榄18S-26S rRNA基因及其ITS序列登陆GenBank,登陆号:DQ517524。关键词:橄榄;ITS序列;克隆; 展开更多
关键词 橄榄 its序列 克隆 测序
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临床常见镰刀菌的鉴别 被引量：7
19
作者 窦红涛 李若瑜 +4 位作者 万哲 李然 孙旭光 卜定方 王端礼 《中国真菌学杂志》 2008年第5期276-279,284,共5页
目的从分子生物学角度寻找一种快速准确鉴定临床常见镰刀菌的方法。方法将受试镰刀菌接种于PDA培养基,观察其菌落及镜下形态,在此基础上PCR扩增受试镰刀菌的rDNA ITS并测其序列,在GenBank核酸序列数据库进行同源序列搜索及分析。选择限... 目的从分子生物学角度寻找一种快速准确鉴定临床常见镰刀菌的方法。方法将受试镰刀菌接种于PDA培养基,观察其菌落及镜下形态,在此基础上PCR扩增受试镰刀菌的rDNA ITS并测其序列,在GenBank核酸序列数据库进行同源序列搜索及分析。选择限制性内切酶Dra Ⅱ和Cfr13 Ⅰ进行RFLP。设计了茄病镰刀菌的种特异性引物Sol1、Sol2,初步验证其特异性。结果形态学鉴定结果显示,茄病镰刀菌所占比例最高,除2株串珠镰刀菌外,其余镰刀菌ITS序列分析的结果与形态学鉴定结果一致。茄病、层生和串珠镰刀菌的Dra Ⅱ、Cfr13 I酶切带形互不相同。用Sol1、Sol2扩增受试菌的rDNA ITS,只有茄病镰刀菌为阳性。结论rDNA ITS序列测定及其PCR-RFLP可用于初步鉴别几种临床常见镰刀菌,合适的种特异性引物可以初步快速鉴定茄病镰刀菌。 展开更多
关键词 镰刀菌 内转录间隔区(its) 序列测定 限制性片段长度多态性(RFLP) 种特异性引物
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葡萄炭疽病菌鉴定及同源性分析 被引量：7
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作者 刘丽 刘长远 +3 位作者 王辉 关天舒 于舒怡 李柏宏 《中国农学通报》 2017年第35期132-136,共5页
为揭示葡萄炭疽病菌种类和遗传特征,给深入研究该病提供科学理论依据。本研究对不同地区的26株葡萄炭疽病菌通过形态学和r DNA-ITS序列分析进行鉴定及同源性研究。利用真菌通用引物ITS4、ITS5对病菌基因组进行PCR扩增,将测序结果与NCBI... 为揭示葡萄炭疽病菌种类和遗传特征,给深入研究该病提供科学理论依据。本研究对不同地区的26株葡萄炭疽病菌通过形态学和r DNA-ITS序列分析进行鉴定及同源性研究。利用真菌通用引物ITS4、ITS5对病菌基因组进行PCR扩增,将测序结果与NCBI数据库上已知序列进行比对,同时利用Clustalx 1.83和MEGA 5.0软件进行聚类分析。结果表明:病菌菌落为白色或灰白色,菌丝呈绒状或絮状,分生孢子为圆柱形或圆筒状,单孢,无色;测得病菌ITS序列为500 bp左右,鉴定病原均为胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)。不同地区葡萄炭疽菌的r DNA-ITS序列同源性高,亲缘关系比较近,但是各菌株间存在着遗传差异,并且菌株之间差异与地理来源和品种无明显的相关性。 展开更多
关键词 葡萄炭疽病 形态学鉴定 its序列测定 同源性分析
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