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香樟MK基因的克隆与生物信息学分析 被引量：7
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作者 曹先爽 王进 +5 位作者 张瑶瑶 王煜炜 马晓江 宋丽 汤锋 岳永德 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2017年第12期2302-2309,共8页
本研究基于香樟转录组测序数据,设计特异性引物进行扩增,应用反转录RT-PCR技术,克隆获得香樟合成甲羟戊酸激酶(Mevalonate kinase,MK)的开放读码框ORF序列全长。根据Gibison同源重组的方法将目的基因克隆至pSMART-LCKan载体上,将鉴定为... 本研究基于香樟转录组测序数据,设计特异性引物进行扩增,应用反转录RT-PCR技术,克隆获得香樟合成甲羟戊酸激酶(Mevalonate kinase,MK)的开放读码框ORF序列全长。根据Gibison同源重组的方法将目的基因克隆至pSMART-LCKan载体上,将鉴定为阳性的重组质粒进行测序分析以及生物信息学分析。测序结果表明:CcMK基因ORF全长为1 194 bp,编码397个氨基酸。理化分析可知CcMK蛋白分子式为C_(1852)H_(3027)N_(487)O_(574)S_(17),相对分子质量为41 845.34,等电点为5.30。CcMK蛋白是一个定位于细胞质,不含信号肽的亲水性稳定蛋白,且含有保守结构域GHMP激酶家族特异性的N末端和C末端。分子进化树分析结果表明,香樟CcMK蛋白与红掌、川贝母、野芭蕉、海枣、油棕等植物的蛋白处于同一分支上,亲缘关系较近。利用实时荧光定量PCR方法检测CcMK基因在香樟的叶、茎和根中的表达情况,结果表明,CcMK基因在香樟的叶中表达丰度最高。本研究首次从香樟中克隆了CcMK基因,并对其进行了生物信息学分析,为进一步研究CcMK基因在香樟萜类合成途径中的作用奠定了理论基础。 展开更多
关键词 香樟 甲羟戊酸激酶 基因克隆 生物信息学分析
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