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题名基于ChIP-seq的差异组蛋白修饰区域的筛选
被引量：1
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作者
祝让飞
刘洪波
苏建忠
王芳
崔颖
张岩
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机构
哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院
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出处
《生物信息学》
2014年第2期151-156,共6页
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基金
黑龙江省大学生创新创业训练计划(201210226010)资助
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文摘
组蛋白修饰是在基因组水平上起到重要调控作用的表观遗传修饰,随着ChIP-Seq的广泛使用,高通量数据的积累,为从全基因组研究组蛋白修饰模式奠定了基础。但目前缺乏在多样本间筛选疾病相关的调控区域的方法,因而本文开发了一种多细胞系的差异筛选算法来识别差异组蛋白修饰区域。本文通过窗口移动法来估计组蛋白修饰水平,并根据信息熵理论定量各个细胞系之间的差异。基于随机背景来确定差异显著性阈值。利用此算法来筛选人类全基因组9个细胞系间H3K4me3差异的区域,结果显示这些区域显著富集在基因启动子上和其他重要的染色质状态上,且与先前人们发现的活性启动子染色质状态显著重叠。通过文献挖掘进一步证实了与白血病相关的基因组标记。这些结果表明基于熵的策略可有效地挖掘多细胞系间以及与疾病相关的差异组蛋白修饰。
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关键词
组蛋白修饰差异
高通量数据处理
表观遗传修饰
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Keywords
Histone modification
high-throughput data processing
epigenetic modification
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分类号
Q81
[生物学—生物工程]
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题名基于LabVIEW的高通量角度数据处理方法
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作者
李志伟
赵连玉
王成林
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机构
天津理工大学天津市先进机电系统设计与智能控制重点实验室
天津理工大学机电工程国家级实验教学示范中心
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出处
《天津理工大学学报》
2023年第3期27-32,共6页
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基金
国家重点研发计划(2017YFF0108104)
天津市重点研发计划(20YFZCGX00550)
天津市新一代人工智能重大项目(7020300201)。
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文摘
为实现高精度和高吞吐率动态角度数据采集,提出一种新型角度数据处理方法。以圆光栅测角原理为基础,基于LabVIEW环境开发了一套专用的角度采集系统,搭建了高吞吐率动态角度数据采集平台;通过分析角度数据采集过程和处理方法,解决了角度数据处理过程中可能遇到的问题,实现了现场可编程逻辑门阵列(field programmable gate array,FPGA)模块中角度采集的全双工同步串行总线通信(basic interoperable scrambling system,BiSS)协议解码,建立了角度误差模型,并对该动态角度数据采集系统进行了静态试验。结果表明:FPGA静态端与实时(real time,RT)系统静态端测试数据较稳定,角度数据信息保存完整,未出现数据丢失情况。
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关键词
高通量角度数据处理
LABVIEW
现场可编程逻辑门阵列
全双工同步串行总线通信协议
数据采集
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Keywords
high throughput angle data processing
LabVIEW
FPGA
BiSS protocol
data acquisition
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分类号
TP23
[自动化与计算机技术—检测技术与自动化装置]
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