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小麦粒重基因TaGW2-6A等位变异的组成分析及育种选择 被引量:14
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作者 寇程 高欣 +3 位作者 李立群 李扬 王中华 李学军 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1640-1647,共8页
位于6A染色体的Ta GW2是控制小麦籽粒大小的关键基因,已发现其第8外显子有一个T碱基插入等位变异,其启动子区存在Hap-6A?A及Hap-6A?G等位变异。利用高分辨率熔解曲线分析技术(high resolution melting curve analysis,HRM)和Hap-6A-P1/P... 位于6A染色体的Ta GW2是控制小麦籽粒大小的关键基因,已发现其第8外显子有一个T碱基插入等位变异,其启动子区存在Hap-6A?A及Hap-6A?G等位变异。利用高分辨率熔解曲线分析技术(high resolution melting curve analysis,HRM)和Hap-6A-P1/P2分子标记检测了316份小麦品种(系)的Ta GW2-6A基因在上述2个位点的等位变异,分析了其不同等位变异与粒长、粒宽和千粒重的相关性,并以大面积推广的大粒品种周麦22为例,解析Ta GW2-6A基因优异等位变异在系谱选育中的遗传传递。共检测到61份T碱基插入等位变异(命名为977T基因型)和255份无T碱基插入的等位变异(977?基因型)材料;在977T基因型中,Hap-6A?A(TA)和Hap-6A?G(TG)单倍型材料分别为29份和32份,在977?基因型中,Hap-6A?A(?A)和Hap-6A?G(?G)单倍型材料分别为160份和95份。关联分析表明,977T基因型与977?基因型的粒长(P<0.05)、粒宽(P<0.001)和千粒重(P<0.001)均有显著差异,Hap-6A?A单倍型与Hap-6A?G单倍型的粒长(P<0.05)、粒宽(P<0.05)和千粒重(P<0.001)也有显著差异。Ta GW2-6A基因编码区和启动子区等位变异之间存在相互作用,共同调控小麦籽粒的大小,其中TA单倍型比TG、?A、?G单倍型更能增加小麦的粒宽和粒重,是优异的等位变异组合。周麦22为TA单倍型,系谱分析表明,该等位变异并非来源于亲本周8425B,而是来源于亲本辉县红,且TA单倍型能够稳定遗传,但是在常规育种选择过程中可能会丢失。本研究筛选出的Ta GW2-6A优异等位变异TA单倍型材料及高通量分子检测方法为分子标记辅助育种提供材料和方法依据。 展开更多
关键词 小麦籽粒性状 TaGW2基因 等位变异 高分辨率熔解曲线(hrm) 分子标记辅助选择
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小麦粒重基因等位变异的高通量分子检测及组合分析 被引量:7
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作者 仝靖洋 李少鹏 +7 位作者 刘胜杰 张琳雪 梁园园 张哲 聂小军 李学军 王中华 高欣 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1300-1308,共9页
TaCwi-A1、TaGW2-6A及TaSus2-2B基因是调控小麦粒重的基因,目前已发现TaCwi-A1基因存在TaCwi-A1a和TaCwi-A1b两种等位变异,TaGW2-6A存在启动子区Hap-6A-A和Hap-6A-G及编码区一个T碱基插入等位变异,TaSus2-2B存在SUS2-2B-H和SUS2-2B-L两... TaCwi-A1、TaGW2-6A及TaSus2-2B基因是调控小麦粒重的基因,目前已发现TaCwi-A1基因存在TaCwi-A1a和TaCwi-A1b两种等位变异,TaGW2-6A存在启动子区Hap-6A-A和Hap-6A-G及编码区一个T碱基插入等位变异,TaSus2-2B存在SUS2-2B-H和SUS2-2B-L两种等位变异。为了探究小麦粒重基因的综合效应,为粒重基因的分子辅助聚合育种提供方法依据与优异材料,本研究利用高分辨率熔解曲线分析(high-resolution melting curve analysis,HRM)技术分别检测了上述4个位点在262份小麦微核心种质材料中的变异类型,分析了不同变异及变异组合与粒长、粒宽和千粒重的相关性,并对变异组合在我国十个麦区的分布情况进行了分析。结果表明,TaCwi-A1a单倍型品种的千粒重显著高于TaCwi-A1b(P<0.05);Hap-6A-A单倍型与Hap-6A-G单倍型品种的粒长、粒宽及千粒重均无显著差异,T碱基插入等位变异(命名为TT单倍型)材料的粒宽和千粒重显著高于无T碱基插入等位变异(tt)材料(P<0.05);SUS2-2B-H单倍型品种的粒长和粒宽显著(P<0.05)高于SUS2-2B-L单倍型品种,千粒重极显著(P<0.01)高于SUS2-2B-L单倍型品种。对变异组合的分析表明,262份材料中仅出现了8种组合类型,变异组合与粒长及千粒重呈极显著相关(P<0.01),与粒宽相关不显著,其中Ⅳ型组合(TaCwi-A1a/Hap-6A-G/tt/SUS2-2B-H)为最优组合,Ⅲ型组合(TaCwi-A1a/Hap-6A-G/TT/SUS2-2B-L)为最差组合。我国十个麦区中七个麦区Ⅲ型组合分布频率最高,仅青藏麦区Ⅳ型组合分布频率较高。 展开更多
关键词 小麦 粒重基因 等位变异 高分辨率熔解曲线(hrm)
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小麦粒重基因TaGW2-6A等位变异的高通量分子检测 被引量:3
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作者 寇程 李学军 +5 位作者 高欣 吕千 杜登峰 程显 李扬 李立群 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1467-1475,共9页
为了开发出一种高通量的TaGW2-6A基因等位变异分子检测技术,利用高分辨率熔解曲线分析技术(High resolution melting curve analysis,HRM)检测了316份小麦材料的TaGW2-6A基因编码区T碱基插入等位变异以及启动子区Hap-6A-A(-593A和-739G)... 为了开发出一种高通量的TaGW2-6A基因等位变异分子检测技术,利用高分辨率熔解曲线分析技术(High resolution melting curve analysis,HRM)检测了316份小麦材料的TaGW2-6A基因编码区T碱基插入等位变异以及启动子区Hap-6A-A(-593A和-739G)和Hap-6A-G(-593G和-739A)等位变异,同时利用桑格测序和Hap-6A-P1/P2分子标记验证HRM的分析结果。结果表明,HRM技术能够准确、高效的检测TaGW2-6A基因的等位变异。在316份材料中,检测到61份T碱基插入等位变异材料(命名为TT基因型)和255份无T碱基插入的等位变异材料(命名为tt基因型);其中,189份为Hap-6A-A单倍型材料,127份为Hap-6A-G单倍型材料。 展开更多
关键词 小麦 TaGW2-6A基因 等位变异 高分辨率熔解曲线(hrm)
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基于PCR-HRM的水稻氮高效基因NRT1.1B功能标记开发及应用
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作者 房文文 王海凤 +4 位作者 郭涛 薛芳 姜艳芳 张焕霞 张士永 《山东农业科学》 北大核心 2023年第8期21-26,共6页
水稻对氮肥的高效与合理利用是发展绿色农业的重要保障。培育含有氮高效基因的水稻品种,是提高氮肥利用率最经济有效的途径。本研究开发了一个用于HRM(高分辨率熔解曲线)高通量检测硝酸盐转运蛋白基因NRT1.1B的分子功能标记。利用此标记... 水稻对氮肥的高效与合理利用是发展绿色农业的重要保障。培育含有氮高效基因的水稻品种,是提高氮肥利用率最经济有效的途径。本研究开发了一个用于HRM(高分辨率熔解曲线)高通量检测硝酸盐转运蛋白基因NRT1.1B的分子功能标记。利用此标记对78份山东地方水稻品种进行NRT1.1B基因分型,发现有13个水稻品种为含有NRT1.1B的高效单倍型,表明NRT1.1B在山东省水稻品种中分布较少。利用测序分析验证,测序结果与本标记分型结果一致。可见,本研究开发的功能标记能够快速准确鉴定出NRT1.1B基因型,可为筛选和培育氮高效水稻新品种提供有力的技术支撑。 展开更多
关键词 水稻 高分辨率熔解曲线(hrm) 氮高效基因NRT1.1B 分子功能标记
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高分辨熔解曲线技术检测HLA-G14bp插入/缺失突变方法的建立及初步应用 被引量:1
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作者 陈晓晴 余玲玲 +2 位作者 王慧燕 田可港 郑晓群 《中国卫生检验杂志》 北大核心 2014年第5期719-722,725,共5页
目的建立高分辨率熔解(HRM)技术检测人类白细胞抗原G(HLA-G)14 bp插入/缺失突变的方法,并初步探讨其临床应用价值。方法对HRM进行方法学评价。对100例EV71感染重症手足口病(HFMD)患儿、80例EBV感染传染性单核细胞增多症(IM)患儿和100例... 目的建立高分辨率熔解(HRM)技术检测人类白细胞抗原G(HLA-G)14 bp插入/缺失突变的方法,并初步探讨其临床应用价值。方法对HRM进行方法学评价。对100例EV71感染重症手足口病(HFMD)患儿、80例EBV感染传染性单核细胞增多症(IM)患儿和100例对照组进行HLA-G 14 bp插入/缺失突变的检测;用聚合酶链反应结合聚丙烯酰胺凝胶电泳(PCR-PAGE)法和产物测序法验证HRM分型。结果不同基因型HRM检测的批内、批间熔解温度(Tm)值的变异系数(CV)均<0.1%;HRM与PAGE及直接测序所得基因型相符。100份EV71感染HFMD患儿DNA样本经检测,10份为14 bp+/+纯合子基因型,42份为14 bp+/-杂合子基因型,48份为14 bp-/-纯合子基因型,与对照组比较差别有统计学意义(χ2=6.181,P<0.05),80份EBV感染IM患儿DNA样本与对照组比较差别亦有统计学意义(χ2=8.531,P<0.05)。结论本研究建立的HRM技术可用于HLA-G 14 bp插入/缺失基因突变的检测。 展开更多
关键词 高分辨熔解曲线技术 人类白细胞抗原G 基因突变 EV71病毒 Epstein—Barr病毒
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脊尾白虾线粒体基因组SNP位点的筛选及其特征分析
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作者 朱佶轩 戴琴 +4 位作者 段健诚 高娜 高威 阎斌伦 高焕 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期387-393,共7页
基于mtDNA全序列设计109对引物,利用高分辨率溶解曲线技术,对采自江苏省连云港和南通吕四港沿海地区养殖池塘中平均体长(5.23±0.33)cm的脊尾白虾潜在的单核苷酸多态性(SNP)位点进行筛查,以获得脊尾白虾线粒体基因组(mtDNA)上的SNP... 基于mtDNA全序列设计109对引物,利用高分辨率溶解曲线技术,对采自江苏省连云港和南通吕四港沿海地区养殖池塘中平均体长(5.23±0.33)cm的脊尾白虾潜在的单核苷酸多态性(SNP)位点进行筛查,以获得脊尾白虾线粒体基因组(mtDNA)上的SNP位点。结果显示,在109对引物中,有80对引物具有特异性扩增结果;高分辨率熔解曲线(HRM)检测分析表明,80对引物中有9对引物的扩增产物中含有SNP位点,共包含16个SNP位点。统计结果显示,脊尾白虾线粒体基因组中的SNP位点均为单倍型,分布频率为0.10/100 bp,其中转换突变(G/A和C/T)占全部SNP位点的87.5%,颠换突变(A/T)占12.5%,未出现插入、缺失等突变形式;定位分析发现,获得的16个SNP位点分布在脊尾白虾mtDNA的COX1、cob、COX2、tRNAAsp、nad1、nad4、nad57个区域,在COX1基因区域中SNP位点最多,有5个SNP位点,其次是在cob区域中有3个SNP位点;进一步比对SNP位点编码的对应氨基酸,结果显示同义SNP位点占总个数的43.7%,而非同义SNP位点相对较多,占56.3%,可能会导致蛋白质的性质和功能发生变化。本研究筛查出的SNP位点,将为进一步开展脊尾白虾的系谱鉴定和遗传多样性分析等工作提供帮助。 展开更多
关键词 脊尾白虾 SNP位点筛选 高分辨率熔解曲线 线粒体基因组
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鹌鹑FATP1、TBC1D1基因多态性及其与屠宰性状的关联分析
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作者 王强 朱梦婷 +3 位作者 郑炜 王晓路 张红玉 赵宗胜 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第13期133-136,139,共5页
FATP1和TBC1D1基因在禽类糖类代谢和脂肪代谢中扮演着重要的角色,在家禽选育过程中可作为影响屠宰性能的候选基因。为了提高鹌鹑的屠宰性能,本试验选择145只鹌鹑作为试验材料,通过非探针高分辨率熔解曲线(HRM)的方法对其进行FATP1和TBC... FATP1和TBC1D1基因在禽类糖类代谢和脂肪代谢中扮演着重要的角色,在家禽选育过程中可作为影响屠宰性能的候选基因。为了提高鹌鹑的屠宰性能,本试验选择145只鹌鹑作为试验材料,通过非探针高分辨率熔解曲线(HRM)的方法对其进行FATP1和TBC1D1基因分型,并与屠宰性状(活重、屠体重、腿肌重、胸肌重、全净膛重、半净膛重、胸肌率、腿肌率)进行关联分析。结果表明:FATP1基因有一个多态位点存在AA、AG、GG 3种基因型,AA基因型鹌鹑的活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿肌重和胸肌重显著高于AG、GG基因型(P<0.05),且AA基因型鹌鹑的屠宰性能均明显高于其他两种类型的鹌鹑;AG、GG基因型间差异不显著(P>0.05),AA基因型鹌鹑的胸肌率高于AG基因型和GG基因型,GG基因型腿肌率高于AA基因型和AG基因型,但差异均不显著(P>0.05)。TBC1D1基因在变异位点处存在TT、TG和GG 3种基因型,TT基因型鹌鹑的半净膛重、全净膛重和胸肌重均显著高于TG基因型(P<0.05);TT基因型鹌鹑的活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿肌重和胸肌重均显著高于GG基因型(P<0.05),TT基因型鹌鹑的腿肌率、胸肌率均高于TG基因型和GG基因型,但差异不显著(P>0.05)。说明AA、TT基因型有可能是影响朝鲜鹌鹑屠宰性状的主效基因型,在选种中可作为辅助选择的分子标记。 展开更多
关键词 鹌鹑 FATP1基因 TBC1D1基因 屠宰性状 多态性 非探针高分辨率熔解曲线(hrm)
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