从福建主栽品种屏优一号PY分离到2个不能正常出菇的单孢菌株PYd21、PYd15,二者配对杂交得到可正常出菇异核菌株H15-21。用solexa测序技术对PYd21基因组从头测序(de novo sequencing),对PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体分别进行数字基因表...从福建主栽品种屏优一号PY分离到2个不能正常出菇的单孢菌株PYd21、PYd15,二者配对杂交得到可正常出菇异核菌株H15-21。用solexa测序技术对PYd21基因组从头测序(de novo sequencing),对PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体分别进行数字基因表达谱测序,对8个样品(PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体,H15-21出菇后的原基、钮扣期菌柄、蛋形期菌柄、伸长期菌柄和成熟期菌柄)mRNA等量混合物进行转录组测序。克隆测序了PYd21与PYd15中磷酸果糖激酶(PFK)基因,比对结果表明二者序列一致。利用转录组数据对PFK基因结构进行分析,结果表明:该基因全长3,494bp,有12个外显子、11个内含子;开放阅读框(ORF)全长2,457bp,编码818个氨基酸,5′端非翻译区(5′UTR)长度281bp,3′端非翻译区(3′UTR)全长103bp;RNA在加工过程中存在1种可变剪切类型、6个可变剪切位点。数字基因表达谱分析结果表明,PFK基因在PYd21、PYd15及H15-21中的标准表达量分别为71.08、120.61、251.85(transcriptper million cleantags,TPM),表达量依次升高,与菌丝生长速度显著正相关。并且异核菌株H15-21表达量高于2个单孢菌株之和,基因表达存在协同增效作用。采用实时荧光定量PCR技术对基因表达量进行验证,表达谱数据切实可靠。展开更多
以福建农林大学菌物研究中心保存的草菇单孢菌株PYd21、PYd15及二者的杂交配对异核菌株H15-21为研究材料,利用本中心草菇的基因组、转录组及表达谱测序数据,对草菇磷酸甘油酸变位酶(PGAM)基因进行基因克隆,并对其结构与表达量进行研究...以福建农林大学菌物研究中心保存的草菇单孢菌株PYd21、PYd15及二者的杂交配对异核菌株H15-21为研究材料,利用本中心草菇的基因组、转录组及表达谱测序数据,对草菇磷酸甘油酸变位酶(PGAM)基因进行基因克隆,并对其结构与表达量进行研究。克隆测序了PYd21与PYd15中PGAM基因并进行比对,比对结果表明2个菌株的PGAM基因序列一致。利用转录组数据对PGAM基因结构进行分析,分析结果显示:该基因全长2 118bp,含有10个外显子、9个内含子,其中6个内含子存在内含子保留的可变剪切类型;开放阅读框(ORF)全长1 611bp、编码536个氨基酸。数字基因表达谱分析结果表明,PGAM基因在PYd21、PYd15及H15-21中的标准表达量分别为35.29、127.91、302.89TPM(Transcript Per Million Clean Tags),表达量依次升高,与菌丝生长速度显著正相关,且异核菌株H15-21中的表达量显著高于2个单孢菌株,暗示了异核体H15-21中两种不同的细胞核存在相互作用,影响了PGAM基因的表达。采用实时荧光定量PCR技术对基因表达量进行验证,与表达谱数据相符合。展开更多
切割野生型棉花枯萎病菌Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum菌落的菌丝尖端，得到菌株Ag149，该菌株是一个异核体，其菌落出现明显角变，自角变处经单孢分离和继代培养，得到三种表观性状稳定的分离子：Ag149-I、Ag149-II和Ag149-II...切割野生型棉花枯萎病菌Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum菌落的菌丝尖端，得到菌株Ag149，该菌株是一个异核体，其菌落出现明显角变，自角变处经单孢分离和继代培养，得到三种表观性状稳定的分离子：Ag149-I、Ag149-II和Ag149-III。它们在色素产生、菌落质地、孢子产量以及致病性上存在明显差异，但对这三种核型分离子核DNA进行RAPD分析，未发现明显差异。展开更多
Optimal charcoal concentrations were examined for tuff formation of SBIs （single-basidiospore isolates） obtained from Rhizoctonia solani AG-1 IC, AG-2-2 IV and AG-2-3, and SPIs （single-protoplast isolates） from AG...Optimal charcoal concentrations were examined for tuff formation of SBIs （single-basidiospore isolates） obtained from Rhizoctonia solani AG-1 IC, AG-2-2 IV and AG-2-3, and SPIs （single-protoplast isolates） from AG-1 IA by using PDCA with different charcoal concentrations. The best charcoal concentration for SBIs from AG-1 IC was 0.5%, from AG-2-3 was 1%, and from AG-2-2 IV was 2%. The optimal concentration was 0% for SPIs from AG-1 IA. The optimal charcoal concentrations used for tuff formation between SBIs and between SPIs are quite varied, depending on the different AGs. The results of AFLP haplotypes suggest that tuff isolates formed between SBIs/SPIs are heterokaryon.展开更多
文摘从福建主栽品种屏优一号PY分离到2个不能正常出菇的单孢菌株PYd21、PYd15,二者配对杂交得到可正常出菇异核菌株H15-21。用solexa测序技术对PYd21基因组从头测序(de novo sequencing),对PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体分别进行数字基因表达谱测序,对8个样品(PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体,H15-21出菇后的原基、钮扣期菌柄、蛋形期菌柄、伸长期菌柄和成熟期菌柄)mRNA等量混合物进行转录组测序。克隆测序了PYd21与PYd15中磷酸果糖激酶(PFK)基因,比对结果表明二者序列一致。利用转录组数据对PFK基因结构进行分析,结果表明:该基因全长3,494bp,有12个外显子、11个内含子;开放阅读框(ORF)全长2,457bp,编码818个氨基酸,5′端非翻译区(5′UTR)长度281bp,3′端非翻译区(3′UTR)全长103bp;RNA在加工过程中存在1种可变剪切类型、6个可变剪切位点。数字基因表达谱分析结果表明,PFK基因在PYd21、PYd15及H15-21中的标准表达量分别为71.08、120.61、251.85(transcriptper million cleantags,TPM),表达量依次升高,与菌丝生长速度显著正相关。并且异核菌株H15-21表达量高于2个单孢菌株之和,基因表达存在协同增效作用。采用实时荧光定量PCR技术对基因表达量进行验证,表达谱数据切实可靠。
文摘以福建农林大学菌物研究中心保存的草菇单孢菌株PYd21、PYd15及二者的杂交配对异核菌株H15-21为研究材料,利用本中心草菇的基因组、转录组及表达谱测序数据,对草菇磷酸甘油酸变位酶(PGAM)基因进行基因克隆,并对其结构与表达量进行研究。克隆测序了PYd21与PYd15中PGAM基因并进行比对,比对结果表明2个菌株的PGAM基因序列一致。利用转录组数据对PGAM基因结构进行分析,分析结果显示:该基因全长2 118bp,含有10个外显子、9个内含子,其中6个内含子存在内含子保留的可变剪切类型;开放阅读框(ORF)全长1 611bp、编码536个氨基酸。数字基因表达谱分析结果表明,PGAM基因在PYd21、PYd15及H15-21中的标准表达量分别为35.29、127.91、302.89TPM(Transcript Per Million Clean Tags),表达量依次升高,与菌丝生长速度显著正相关,且异核菌株H15-21中的表达量显著高于2个单孢菌株,暗示了异核体H15-21中两种不同的细胞核存在相互作用,影响了PGAM基因的表达。采用实时荧光定量PCR技术对基因表达量进行验证,与表达谱数据相符合。
文摘切割野生型棉花枯萎病菌Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum菌落的菌丝尖端，得到菌株Ag149，该菌株是一个异核体，其菌落出现明显角变，自角变处经单孢分离和继代培养，得到三种表观性状稳定的分离子：Ag149-I、Ag149-II和Ag149-III。它们在色素产生、菌落质地、孢子产量以及致病性上存在明显差异，但对这三种核型分离子核DNA进行RAPD分析，未发现明显差异。
基金Supported by the Key Scientific Research Fund of Hunan Provincial Education Department(No.08A044)National Natural Science Foundation of China(No.30770010)the Program for Excellent Talents in Hunan Normal University(No.2008-6)
文摘Optimal charcoal concentrations were examined for tuff formation of SBIs （single-basidiospore isolates） obtained from Rhizoctonia solani AG-1 IC, AG-2-2 IV and AG-2-3, and SPIs （single-protoplast isolates） from AG-1 IA by using PDCA with different charcoal concentrations. The best charcoal concentration for SBIs from AG-1 IC was 0.5%, from AG-2-3 was 1%, and from AG-2-2 IV was 2%. The optimal concentration was 0% for SPIs from AG-1 IA. The optimal charcoal concentrations used for tuff formation between SBIs and between SPIs are quite varied, depending on the different AGs. The results of AFLP haplotypes suggest that tuff isolates formed between SBIs/SPIs are heterokaryon.
