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人源膜蛋白组跨膜螺旋蛋白的预测与分析(英文)
1
作者
赖超华
柳青
田长麟
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第12期1030-1037,共8页
我们对于两个主要人源基因组数据库(NCBI和UniprotKB/Swissprot)中已知功能的跨膜螺旋膜蛋白进行了系统化的预测和分析。首先应用TMHMM算法预测了每个膜蛋白跨膜螺旋的拓扑结构,应用SignalP预测算法剔除其中的含信号肽的分泌蛋白,并根...
我们对于两个主要人源基因组数据库(NCBI和UniprotKB/Swissprot)中已知功能的跨膜螺旋膜蛋白进行了系统化的预测和分析。首先应用TMHMM算法预测了每个膜蛋白跨膜螺旋的拓扑结构,应用SignalP预测算法剔除其中的含信号肽的分泌蛋白,并根据蛋白质的已知功能排除信号肽预测中的假阳性结果。同时,在整个跨膜螺旋膜蛋白组中,或者在不同功能类别中,进行了跨膜螺旋数量和分子量分布的分析;并在此基础上,进一步分析了每个跨膜螺旋的氨基酸分布及相对于细胞膜的不同位置上的氨基酸分布。对具有已知功能的人类螺旋膜蛋白的全基因组预测和分析为进一步研究膜蛋白三维结构、功能及蛋白质间的相互作用提供了良好的开端。
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关键词
人源膜蛋白组
螺旋拓扑预测
跨膜螺旋数量
跨膜螺旋长度
氨基酸分布
原文传递
题名
人源膜蛋白组跨膜螺旋蛋白的预测与分析(英文)
1
作者
赖超华
柳青
田长麟
机构
合肥微尺度物质科学国家实验室
中国科学技术大学生命科学学院
厦门大学生命科学学院
出处
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第12期1030-1037,共8页
基金
supported by grants from the"973"Program(2007CB914304)
"863"Program(2006AA02A321)~~
文摘
我们对于两个主要人源基因组数据库(NCBI和UniprotKB/Swissprot)中已知功能的跨膜螺旋膜蛋白进行了系统化的预测和分析。首先应用TMHMM算法预测了每个膜蛋白跨膜螺旋的拓扑结构,应用SignalP预测算法剔除其中的含信号肽的分泌蛋白,并根据蛋白质的已知功能排除信号肽预测中的假阳性结果。同时,在整个跨膜螺旋膜蛋白组中,或者在不同功能类别中,进行了跨膜螺旋数量和分子量分布的分析;并在此基础上,进一步分析了每个跨膜螺旋的氨基酸分布及相对于细胞膜的不同位置上的氨基酸分布。对具有已知功能的人类螺旋膜蛋白的全基因组预测和分析为进一步研究膜蛋白三维结构、功能及蛋白质间的相互作用提供了良好的开端。
关键词
人源膜蛋白组
螺旋拓扑预测
跨膜螺旋数量
跨膜螺旋长度
氨基酸分布
Keywords
Human
membrane
proteome
helical
topology
prediction
Number
of
transmembrane
helic
es
Length
of
atransmembrane
helix
Amino
acid
distribution
分类号
Q617 [生物学—生物物理学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
人源膜蛋白组跨膜螺旋蛋白的预测与分析(英文)
赖超华
柳青
田长麟
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011
0
原文传递
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