H9N2亚型猪流感病毒山东分离株的分离鉴定及其HA、NP、NS基因序列分析 被引量：15

1

作者 许传田 赵宏坤 范伟兴 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期528-530,共3页

从山东地区疑似流感发病猪分离到 10株流感病毒 ,经国家流感中心鉴定均为 A型流感病毒 H9N2亚型。将其中 1株 Sw/ SD/ 1/ 2 0 0 3(H9N2 )的血凝素基因 (HA)、核蛋白基因 (NP)和非结构蛋白基因 (NS)进行克隆与测序 ,与Gen Bank收录的其... 从山东地区疑似流感发病猪分离到 10株流感病毒 ,经国家流感中心鉴定均为 A型流感病毒 H9N2亚型。将其中 1株 Sw/ SD/ 1/ 2 0 0 3(H9N2 )的血凝素基因 (HA)、核蛋白基因 (NP)和非结构蛋白基因 (NS)进行克隆与测序 ,与Gen Bank收录的其他猪流感和禽流感 H9N2亚型的相关基因进行比较 ,推测 Sw/ SD/ 1/ 2 0 0 3(H9N2 )可能源于禽流感病毒 H9N2亚型和 H5 N1亚型的重组病毒 ;Sw/ SD/ 1/ 2 0 0 3的 HA氨基酸裂解位点与其他 H9N2亚型不同 ,Sw/ SD/1/ 2 0 0 3的 HA氨基酸裂解位点是 R- S- L- R- G,而其他猪流感和禽流感 H9N2亚型都是 R- S- S- R- G。 展开更多

关键词 H9N2亚型 猪 流感病毒 山东分离株 分离鉴定 ha NP NS基因 序列分析

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北京市西城区2009年-2011年H3N2甲型流感病毒HA1基因特性分析 被引量：4

2

作者 张晶波 张家淮 +4 位作者 胡晓芬 李达 苗芳 王永全 吉彦莉 《中国卫生检验杂志》 北大核心 2013年第3期661-663,共3页

目的:了解2009年6月-2011年6月期间北京市西城区H3N2甲型流感病毒HA1基因的变异情况。方法:采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增分离到的H3N2甲型流感病毒HA1基因,对基因片段进行测序,获得的序列与WHO推荐的疫苗株进行基因进化特性分析... 目的:了解2009年6月-2011年6月期间北京市西城区H3N2甲型流感病毒HA1基因的变异情况。方法:采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增分离到的H3N2甲型流感病毒HA1基因,对基因片段进行测序,获得的序列与WHO推荐的疫苗株进行基因进化特性分析。结果:HA1基因进化树分析表明2009年、2010年、2011年基本上分为三个分支,并且每个分支与当年的疫苗株都不在同一分支上;HA1氨基酸变异中,抗原决定簇约有10.6%发生了变化,受体结合位点194位有改变。结论:2009年-2011年北京市西城区分离到的H3N2亚型流感病毒的抗原性及基因特性发生了变化,这种变化与世界各地的变化趋势大体吻合。 展开更多

关键词 H3N2甲型流感病毒 ha1基因 基因序列分析

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金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离及HA基因序列分析 被引量：3

3

作者 吴斌 陈志清 +1 位作者 张兵 方琼楼 《中国预防医学杂志》 CAS 2010年第10期1000-1002,共3页

目的分离甲型H1N1流感病毒,分析金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因序列特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和real-time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其HA基因... 目的分离甲型H1N1流感病毒,分析金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因序列特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和real-time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其HA基因片段,测定核苷酸序列;利用GeneBank中相关序列对病毒分离株A/Jinhua/01/2009(H1N1)进行基因进化树分析。结果从3份咽拭子样本中分离出1株甲型H1N1流感病毒。HA基因序列分析证明:该毒株与2009年大流行株高度同源,与古典型猪流感亲缘性较近,与欧亚地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。结论金华市首例甲型H1N1流感死亡病例分离病毒株与北美流行株高度同源,可能是由古典型猪流感进化而来,与WHO选定的甲型H1N1疫苗候选株同源性较高,对于人季节性流感A/H1N1疫苗可能不敏感。 展开更多

关键词 甲型H1N1流感 病毒分离 ha基因序列 序列分析 进化树

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一例混合感染病例中季节性H3N2亚型流感病毒HA1和NA基因特异性分析 被引量：2

4

作者 万勇 郑宝璐 +2 位作者 孔梅 李晓燕 汤华 《中国卫生检验杂志》 北大核心 2014年第4期546-548,共3页

目的了解一例新甲型H1N1和季节性H3N2亚型流感混合感染病例中季节性H3N2亚型流感病毒HA1和NA基因的变异情况。方法分离病毒毒株,提取核酸经反转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增HA1和NA基因,获得测序结果与WHO推荐2009年-2014年各年的疫... 目的了解一例新甲型H1N1和季节性H3N2亚型流感混合感染病例中季节性H3N2亚型流感病毒HA1和NA基因的变异情况。方法分离病毒毒株,提取核酸经反转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增HA1和NA基因,获得测序结果与WHO推荐2009年-2014年各年的疫苗株和疫苗相似毒株同源比对,使用生物信息软件绘制种系发生树。结果 HA1基因进化树分析表明该毒株与2013年各地区筛选毒株集中于同一分支,与2013年-2014年疫苗株比对共有8个位点的氨基酸发生变化。NA基因与2013年-2014年推荐疫苗相似株同源性比对有2个位点氨基酸发生变化,未出现耐药位点的变异。结论本次研究所分离毒株与2013年-2014年疫苗株和疫苗相似株比对其HA1和NA基因都有变异,并未发现耐药位点的变异。 展开更多

关键词 流感病毒 混合感染 ha基因 NA基因 生物信息学 基因序列分析

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H9N2亚型禽流感病毒陕西分离株的鉴定及HA、NP、NA全序列测定 被引量：2

5

作者 曹维伟 陈杰 +4 位作者 张燕霞 黄保续 洪军 陈德坤 李晓成 《中国动物检疫》 CAS 北大核心 2006年第1期25-27,43,共4页

从陕西地区疑似流感发病鸡分离到4株流感病毒,经国家流感中心鉴定均为A型流感病毒H9N2亚型。将其中1株A/Chicken/Shaanxi/3/2002(H9N2)的血凝素基因核蛋白基因和神经氨酸酶基因进行克隆和测序,与GenBank收录的其它流感H9N2亚型的相关基... 从陕西地区疑似流感发病鸡分离到4株流感病毒,经国家流感中心鉴定均为A型流感病毒H9N2亚型。将其中1株A/Chicken/Shaanxi/3/2002(H9N2)的血凝素基因核蛋白基因和神经氨酸酶基因进行克隆和测序,与GenBank收录的其它流感H9N2亚型的相关基因进行比较,结果表明,A/Chicken/Shaanxi/3/2002(H9N2)的NA序列与A/Chicken/Shanghai/F/98(H9N2)的NA序列同源性较高,为98.9%,但其HA序列与香港人流感病毒A/HongKong/1073/99、A/HongKong/1074/99(H9N2)的HA序列同源性较低,为85.9%。另外,氨基酸进化树分析结果显示,A/Chicken/Shaanxi/3/2002(H9N2)与A/chicken/HongKong/CSW153/03(H9N2)的亲缘关系最近,两者形成独立的分支。 展开更多

关键词 H9N2亚型 禽流感病毒 ha NP NA 序列比较

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禽流感病毒WUDI-H9N2株的分离鉴定及HA基因的分子特征研究 被引量：1

6

作者 谢银禄 张玉 刁富花 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第10期87-90,共4页

本研究于2011年8月从山东省某鸡场鸡群中分离一株病毒,通过对分离株进行病毒血凝试验及血凝抑制试验、RT-PCR、动物回归试验等方法证实已分离到禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)H9N2,命名为WUDI-H9N2株。根据GenBank上发表的AIV H... 本研究于2011年8月从山东省某鸡场鸡群中分离一株病毒,通过对分离株进行病毒血凝试验及血凝抑制试验、RT-PCR、动物回归试验等方法证实已分离到禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)H9N2,命名为WUDI-H9N2株。根据GenBank上发表的AIV H9病毒的HA基因序列,用Oligo 6.0生物学软件设计引物,对分离株WUDI-H9N2株HA基因进行扩增、测序及序列分析。将分离的AIV H9毒株与其他血清型代表参考毒株分别进行核苷酸和氨基酸系统发生进化关系分析。WUDI-H9N2株HA基因全序列长为1708bp,无核苷酸的插入和缺失,cDNA包含了1个完整的开放阅读框(ORF),编码区由1683bp组成,共编码560个氨基酸。HA序列与国内参考毒株的核苷酸序列的同源性在92.9%～98.1%之间,其中与安徽分离株A/chicken/China/AH-10-012010(H9N2)同源性为98.1%。 展开更多

关键词 禽流感病毒 ha基因序列 开放阅读框 遗传进化分析

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甲型流感病毒的分离及HA基因的序列分析 被引量：1

7

作者 李先茜 李琦 +1 位作者 高虹 孙燕妮 《国际流行病学传染病学杂志》 CAS 2008年第1期7-11,共5页

目的分离临床流感患者的甲型流感病毒及对其HA基因进行序列测定，分析HA基因是否存在变异。方法采用流感病毒的增殖、血液凝集实验、RT-PCR、蓝白筛选、酶切、DNA序列测定方法，获得甲型流感病毒HA基因的序列，进行序列分析。结果甲型... 目的分离临床流感患者的甲型流感病毒及对其HA基因进行序列测定，分析HA基因是否存在变异。方法采用流感病毒的增殖、血液凝集实验、RT-PCR、蓝白筛选、酶切、DNA序列测定方法，获得甲型流感病毒HA基因的序列，进行序列分析。结果甲型流感病毒HA基因RT-PCR的电泳条带为1700bp；酶切后电泳条带为1700bp和3000bp；并获得甲型流感病毒HA基因的序列。结论从临床流感患者分离的流感病毒H1N1／H3N2其HA序列与以往的流感病毒序列无明显差异。 展开更多

关键词 流感病毒A型 ha基因 基因序列

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流感病毒A/FM/47(H1N1)血凝素基因克隆、序列分析

8

作者 王艳芳 闵晓莉 +3 位作者 杨子峰 何金洋 孙立 王新华 《热带医学杂志》 CAS 2007年第12期1153-1154,1193,共3页

目的对流感病毒A/Font Monmouth/47(H1N1)血凝素基因进行变异分析。方法用SPF鸡胚增殖毒株,提取病毒基因组总RNA,应用RT-PCR技术扩增该病毒株的HA基因,并克隆到pMD18-T载体上,测定HA基因核苷酸序列。结果该毒株的HA基因全长为1677bp,含... 目的对流感病毒A/Font Monmouth/47(H1N1)血凝素基因进行变异分析。方法用SPF鸡胚增殖毒株,提取病毒基因组总RNA,应用RT-PCR技术扩增该病毒株的HA基因,并克隆到pMD18-T载体上,测定HA基因核苷酸序列。结果该毒株的HA基因全长为1677bp,含有完整的阅读框架,编码545个氨基酸;BLAST序列比对结果显示,该毒株HA基因与其他H1基因核苷酸的同源性为98%。结论该毒株HA核苷酸序列发生了变异,出现多处碱基替换,可能是病毒毒力增强的原因。 展开更多

关键词 流感病毒 血凝素 基因序列

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不同抗原性甲3(H3N2)亚型流感病毒的鉴定及分子生物学研究 被引量：5

9

作者 周惠琼 江立敏 +4 位作者 张巧云 倪汉忠 杜志明 刘少梅 陈伟师 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期552-555,共4页

目的　对不能用当年标准血清进行鉴定的甲 3 (H3N2 )亚型流感病毒进行抗原性分析及分子生物学研究。方法　用交互血凝抑制试验对毒株进行抗原性分析 ,提取病毒RNA ,用一步法逆转录聚合酶链反应 (RT PCR)扩增HA1 (血凝素重链区 )基因片... 目的　对不能用当年标准血清进行鉴定的甲 3 (H3N2 )亚型流感病毒进行抗原性分析及分子生物学研究。方法　用交互血凝抑制试验对毒株进行抗原性分析 ,提取病毒RNA ,用一步法逆转录聚合酶链反应 (RT PCR)扩增HA1 (血凝素重链区 )基因片段 ,产物纯化后测序并分析结果。结果发现两株从鸡胚分离到的甲 3 (H3N2 )亚型“D”相毒株与 2株从MDCK细胞分离到的“O”相毒株抗原性已明显不同 ;其中 1 999年分离的“D”相与“O”相 2毒株的抗原比大于 2 56,氨基酸序列同源性为 93 % ,抗原决定簇A区和B区氨基酸位点相差分别为 50 %及 3 5% ;受体结合部位 (RBS)有 6个氨基酸位点发生变异 (左侧壁 1个、前壁 3个、右壁 2个 )。结论　人群中存在没有发生“O”相变异的甲 3 (H3N2 )亚型“D”相毒株 ,其抗原性与当前流行的“O”相变异株已明显不同 ,提示今后在鉴定甲 3 (H3N2 )亚型毒株时 ,需根据毒株的来源和相特性选择适合的标准血清进行鉴定。 展开更多

关键词 甲3(H3N2)亚型流感病毒 抗原性 血凝素重链基因 氨基酸序列

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2011年-2014年我国部分省区H9N2亚型禽流感病毒HA基因序列分析 被引量：5

10

作者 陈顺艳 廖昌韬 +5 位作者 曾凡桂 严专强 苏晓娜 廖秋生 覃健萍 陈峰 《动物医学进展》 北大核心 2016年第2期32-37,共6页

本研究于2011年-2014年在我国部分省区鸡群中鉴定出49株H9N2亚型禽流感病毒,并对所有毒株的HA基因进行克隆、测序及序列分析。结果表明,49个毒株的HA基因开放阅读框全长均为1 683bp,编码560个氨基酸。所有分离株均属于以HK/Y280/97株为... 本研究于2011年-2014年在我国部分省区鸡群中鉴定出49株H9N2亚型禽流感病毒,并对所有毒株的HA基因进行克隆、测序及序列分析。结果表明,49个毒株的HA基因开放阅读框全长均为1 683bp,编码560个氨基酸。所有分离株均属于以HK/Y280/97株为代表的H9.4.2谱系,并明显分成2个亚分支（H9.4.2.5和H9.4.2.6）。分离株HA基因核苷酸同源性在87.1%～100%之间,与疫苗株SH/F/98株、GD/SS/94株和SD/6/96株核苷酸同源性在89.4%～92.5%之间。对HA基因的推导氨基酸序列分析表明,所有分离株裂解位点附近没有连续的碱性氨基酸插入,符合低致病力毒株特征,受体结合位点为PWTN＊LY形式,受体结合位点左沿为NGLM/QGL形式,右沿均为GTSKA形式。在49个分离株中共发现10个潜在糖基化位点,但只有6个糖基化位点保守。研究表明,近年来H9N2亚型禽流感在我国多个地区流行,2013年以后流行毒株趋势以H9.4.2.5为主,但病毒基因仍在不断发生变异,因此需要继续加强对H9N2亚型禽流感分子流行病学的监控。 展开更多

关键词 H9N2亚型禽流感病毒 ha基因 序列分析

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2006～2008年B型流感病毒泰山分离株血凝素基因序列分析 被引量：2

11

作者 杨会利 田大勇 +4 位作者 陆娟娟 侯佩强 刘运强 张爱华 张荣强 《中国病原生物学杂志》 CSCD 2010年第11期818-821,827,共5页

目的分析泰安市2006~2008年度分离的B型流感病毒HA1基因序列,探究其基因变异特点及种系进化分布,为流感防治提供技术支持。方法采集监测医院流感样病例鼻、咽拭子标本,分离流感病毒并进行型别鉴定,选取部分B型流感病毒株提取病毒RNA,采... 目的分析泰安市2006~2008年度分离的B型流感病毒HA1基因序列,探究其基因变异特点及种系进化分布,为流感防治提供技术支持。方法采集监测医院流感样病例鼻、咽拭子标本,分离流感病毒并进行型别鉴定,选取部分B型流感病毒株提取病毒RNA,采用逆转录-聚合酶链反应扩增血凝素基因,扩增产物经纯化后进行血凝素基因HAl区核苷酸序列测定并推导编码的氨基酸序列,然后用DNAsTAR MegAlign序列分析软件进行基因种系进化特性分析。结果 2006/2007年度分离的B型流感病毒均为Victroria系;2007/2008年度以Yamagata系为优势株,也有少量Victroria系活动。与B/Shanghai/361/2002/2和B/Tianjin/144/05比较,Yamagata系泰山分离株HA氨基酸替换数为8~10个,所有毒株均在7~9个相同氨基酸位点发生了相同替换;与疫苗推荐株B/Malaysia/2506/2004比较,Vic-troria系泰山分离株氨基酸替换数为2~3个,所有毒株均在HA2个相同氨基酸位点发生了相同替换。结论 Yama-gata系泰山分离株HA1基因特性已发生改变,从基因水平说明当地Yamagata系流行株抗原发生了变异;Victroria系分离株基因特性虽有所改变,但是否已成为有流行病学意义的变异株,尚有待进一步观察。2006/2007年度流感疫苗对当地B型流感应有一定预防作用,2007/2008年度疫苗对B型流感的预防效果欠佳。 展开更多

关键词 B型流感病毒 分离株 血凝素ha1基因 基因序列 种系进化树

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