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人葡萄膜黑色素瘤组织中差异表达基因及相关代谢通路的分析 被引量：2
1
作者 杜葵芳 顼晓琳 +2 位作者 李洋 王盈之 魏文斌 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期996-1003,共8页
背景人葡萄膜黑色素瘤（UM）组织与正常组织中存在差异表达基因，但国外不同文献报道的结果不尽一致，而国内对人UM基因表达的改变及其相关的作用通路的研究较少。目的应用基因芯片技术探讨人UM中差异表达的基因，分析差异基因参与的重... 背景人葡萄膜黑色素瘤（UM）组织与正常组织中存在差异表达基因，但国外不同文献报道的结果不尽一致，而国内对人UM基因表达的改变及其相关的作用通路的研究较少。目的应用基因芯片技术探讨人UM中差异表达的基因，分析差异基因参与的重要信号通路。方法收集在北京同仁医院因原发性UM行眼球摘除并经组织病理学证实为梭形细胞型UM的组织标本4例，以正常供体葡萄膜组织作为对照组。利用HumanGenomeU133Plus2．0芯片技术筛查2种组织中基因表达的差异，并使用GOEAST富集分析软件对差异基因的重要生物学功能及参与的通路进行分析。结果与正常的葡萄膜组织对比，人UM中有4165个差异基因，占12．50％，其中包含1236个上调基因和2929个下调基因，分别占3．71％和8．79％。人UM组织中上调5倍或以上基因为113个，下调50％的基因为1053个；上调10倍或以上的基因为21个，下调90％或以上的基因为422个；上调50倍或以上的基因为1个，下调98％或以上的基因为33个；上调100倍或以上的基因为1个，下调99％或以上的基因为5个。按功能学分类表明，差异表达基因中包括细胞分化与增生基因、发育相关基因、细胞黏附相关基因、免疫应答基因、调节转录基因、信号转导相关基因、凋亡以及抗凋亡相关基因等；差异表达基因参与的代谢通路涉及血管形成过程的代谢通路、细胞周期相关的蛋白激酶通路以及B淋巴细胞或T淋巴细胞的代谢通路等。结论人UM组织与正常人葡萄膜组织中基因表达谱明显不同，这些差异表达的基因除参与血管生成、激酶通路等已知的UM发育有关的代谢通路外，还涉及免疫系统的变化。人UM的发生和进展是多种基因、多种通路共同作用的结果。 展开更多
关键词 黑色素瘤/基因 葡萄膜肿瘤 基因表达谱 肿瘤基因表达调控 基因组学/方法 聚类分析 表达谱芯片 人
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棉花黄萎病菌致病的分子机理 被引量：11
2
作者 汪敏 焦睿 +2 位作者 邢小萍 房卫平 李洪连 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2011年第3期272-278,共7页
阐述了大丽轮枝菌(Verticillium dahliae Kleb)产生的细胞壁降解酶、蛋白酶和毒素在致病中的作用及微菌核形成机制,全面分析了基因组学途径、RNA干涉和农杆菌介导的转化等真菌功能基因组学技术在大丽轮枝菌致病分子机理研究上的进展。
关键词 棉花 大丽轮枝菌 致病机理 基因组学途径 RNA干涉 农杆菌介导转化
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植物内生固氮菌系统发育进化新进展 被引量：10
3
作者 黄淑芬 郜晨 +2 位作者 刘丽辉 谭志远 彭桂香 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期181-190,共10页
在植物内生固氮菌系统发育进化关系研究中,常用的方法有形态学与蛋白质水平法、数值分类和自动化鉴定法、化学分类法、分子遗传学方法等。本文简要介绍了常用方法的关键技术,并归纳了它们的优缺点。生物学的研究进入基因组时代后,随着... 在植物内生固氮菌系统发育进化关系研究中,常用的方法有形态学与蛋白质水平法、数值分类和自动化鉴定法、化学分类法、分子遗传学方法等。本文简要介绍了常用方法的关键技术,并归纳了它们的优缺点。生物学的研究进入基因组时代后,随着高通量DNA测序技术在微生物学领域应用的迅速发展,全基因组测序被应用到微生物系统发育进化研究中,然而目前并未发现对已测全基因组序列的植物内生固氮菌进行系统总结。本文在对已测序植物内生固氮菌进行归纳的基础上,又详细研究了基于基因组数据的几种具有代表性的新方法(ANI分析法、最大唯一匹配指数法、核心基因组分析、组分矢量法、基因流动性分析),并结合目前系统发育进化研究常用方法,对植物内生固氮菌系统发育进化研究趋势进行总结和展望,旨在使植物内生固氮菌的系统发育进化关系研究在精确度、可靠性等方面有所突破。 展开更多
关键词 内生固氮菌 系统发育进化 高通量测序 基因组分析方法
原文传递
基因组研究进展
4
作者 吴友芝 项一宁 《贵州科学》 1995年第4期49-52,64,共5页
基因组结构和遗传语言的研究是现代生物学的前沿和竞争的焦点,对未来生物学、医学、农学和生物技术的发展有十分重要的意义。分子生物学技术的进步为基因组的研究提供了有用的工具。本文对非细胞生物体、原核生物、真核生物的基因组结... 基因组结构和遗传语言的研究是现代生物学的前沿和竞争的焦点,对未来生物学、医学、农学和生物技术的发展有十分重要的意义。分子生物学技术的进步为基因组的研究提供了有用的工具。本文对非细胞生物体、原核生物、真核生物的基因组结构研究现状,特别是人类基因组计划的进展和前景进行了综述。 展开更多
关键词 基因组 遗传信息 无性系 分子生物学
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杨梅基因组DNA提取方法筛选和优化研究 被引量：7
5
作者 孙志栋 柴春燕 +3 位作者 袁妮娜 黄胜利 徐永江 徐小君 《生物技术通报》 CAS CSCD 2007年第6期105-107,112,共4页
选择具有代表性的杨梅品种20份,分别采用CTAB法和SDS法,选取嫩叶进行基因组DNA提取比较研究,结果表明,由于叶片中含有较高的酚类物质,相对来说CTAB法优于SDS法,提取的基因组DNA色泽白亮且数量多,而且同一提取方法如CTAB法,不同品种之间... 选择具有代表性的杨梅品种20份,分别采用CTAB法和SDS法,选取嫩叶进行基因组DNA提取比较研究,结果表明,由于叶片中含有较高的酚类物质,相对来说CTAB法优于SDS法,提取的基因组DNA色泽白亮且数量多,而且同一提取方法如CTAB法,不同品种之间提取得率也有较大差异。在CTAB法的基础上,选取两个品种研究水浴时间对DNA提取的影响,发现DNA得率随水浴时间的延长呈现抛物线态势,最佳水浴时间随样品颗粒的大小而变化,一般最佳时间为30～40min,样品颗粒较细时水浴时间以30min为最佳,较粗时则为40min。添加异丙醇量以2/3为好,析出DNA的最佳离心速度和时间分别为5 000r/min和10～15min。 展开更多
关键词 基因组DNA 提取方法 筛选 优化 杨梅
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短小芽孢杆菌BA06的比较基因组分析 被引量：2
6
作者 刘云山 田应明 李校 《四川大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1324-1330,共7页
将短小芽孢杆菌BA06与其他18个短小芽孢杆菌菌株进行全基因组比较,鉴定出BA06基因组中有包括抗性岛、毒力岛、共生岛在内的12个基因组岛或噬菌体序列.基因家族分析鉴定出BA06有3个特异性基因家族,9个基因家族发生扩张,3个基因家族有所收... 将短小芽孢杆菌BA06与其他18个短小芽孢杆菌菌株进行全基因组比较,鉴定出BA06基因组中有包括抗性岛、毒力岛、共生岛在内的12个基因组岛或噬菌体序列.基因家族分析鉴定出BA06有3个特异性基因家族,9个基因家族发生扩张,3个基因家族有所收缩.表明BA06在短小芽孢杆菌这一菌种中具有突出的抗药性与运动能力,并具有除皮革脱毛外更多的生物学特性. 展开更多
关键词 短小芽孢杆菌 比较基因组学 基因组岛 基因家族
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