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基因芯片技术及应用研究进展 被引量:53
1
作者 王升启 《生物工程进展》 CSCD 1999年第4期45-51,共7页
采用高速打印或光刻合成技术可在硅片、玻璃或尼龙膜上制造DNA微阵列。样品DNA/RNA通过PCR扩增、体外转录等技术掺入荧光标记分子,与微阵列杂交后通过荧光扫描仪器扫描及计算机分析即可获得样品中大量基因序列及表达的信... 采用高速打印或光刻合成技术可在硅片、玻璃或尼龙膜上制造DNA微阵列。样品DNA/RNA通过PCR扩增、体外转录等技术掺入荧光标记分子,与微阵列杂交后通过荧光扫描仪器扫描及计算机分析即可获得样品中大量基因序列及表达的信息。该技术可应用于高通量基因表达平行分析、大规模基因发现及序列分析。 展开更多
关键词 基因芯片 表达谱 基因组计划
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以药测证对肾虚和肾阳虚大鼠基因表达谱的比较研究 被引量:54
2
作者 沈自尹 黄建华 陈伟华 《中国中西医结合杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期135-137,共3页
目的在分子水平揭示肾虚和肾阳虚内涵的异同。方法肾虚证采用自然衰老大鼠模型,肾阳虚证采用皮质酮大鼠模型,均用淫羊藿总黄酮(epi mediumflavonids,EF)以药测证,分别取下丘脑、垂体、肾上腺、淋巴细胞(HPAT)组织,采用Affymetrix公司的... 目的在分子水平揭示肾虚和肾阳虚内涵的异同。方法肾虚证采用自然衰老大鼠模型,肾阳虚证采用皮质酮大鼠模型,均用淫羊藿总黄酮(epi mediumflavonids,EF)以药测证,分别取下丘脑、垂体、肾上腺、淋巴细胞(HPAT)组织,采用Affymetrix公司的大鼠全基因组芯片,各两次重复基因表达谱研究。结果老年大鼠和皮质酮大鼠与青年大鼠比较,在HPAT轴上首先是众多的神经递质显著下调,接下来是生长激素类和性激素类都显著下调,其表达下调的模式呈高度一致,EF能逆转上述基因的表达;但EF在皮质酮大鼠显著上调热休克蛋白(HSP)和细胞色素P450以及促甲状腺激素(TSH)大幅度上调。结论两组大鼠均具有肾虚的内涵,但肾阳的主要物质基础是甲状腺激素促进能量代谢的氧化磷酸化过程。 展开更多
关键词 肾虚 肾阳虚 下丘脑-垂体-肾上腺-胸腺轴 基因表达谱
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EF延缓HPAT轴衰老的基因表达谱研究 被引量:49
3
作者 沈自尹 陈瑜 +1 位作者 黄建华 胡作为 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期59-62,共4页
目的:淫羊藿总黄酮(EF)延缓下丘脑-垂体-肾上腺-胸腺(HPAT)轴衰老的分子机制。方法:利用基因芯片技术,分别检测淫羊藿总黄酮组、右归饮组、桃红四物汤组、老年大鼠对照组及青年大鼠对照组下丘脑、垂体、肾上腺、脾脏淋巴细胞的基因表达... 目的:淫羊藿总黄酮(EF)延缓下丘脑-垂体-肾上腺-胸腺(HPAT)轴衰老的分子机制。方法:利用基因芯片技术,分别检测淫羊藿总黄酮组、右归饮组、桃红四物汤组、老年大鼠对照组及青年大鼠对照组下丘脑、垂体、肾上腺、脾脏淋巴细胞的基因表达谱。结果:老年大鼠和青年大鼠相比,HPAT轴多种神经递质、激素、细胞因子或其受体表达下调;EF组HPAT轴多种神经递质、激素、细胞因子或其受体表达上调;右归饮组及桃红四物汤组未见广泛的调节作用。结论:老年大鼠HPAT轴与生长、发育、衰老相关的基因表达以衰退的表现为主;EF能上调神经递质受体的表达并通过NEI网络的下行通路激活神经内分泌和免疫系统;通过下调促凋亡、抗增殖基因,上调抗凋亡、促增殖基因的表达,重塑淋巴细胞基因表达的平衡,延缓免疫衰老。 展开更多
关键词 淫羊藿总黄酮 衰老 HPAT轴 基因表达谱
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肥胖人痰湿体质外周血基因表达谱特征研究 被引量:45
4
作者 王琦 龚海洋 高京宏 《中医杂志》 CSCD 北大核心 2006年第11期851-853,858,共4页
目的采用基因芯片技术对痰湿型体质人的外周血基因表达谱进行研究。方法挑选3例非痰湿型体质肥胖人、2例痰湿型体质肥胖人和3例正常体重者,取上述受试者的外周血,提取总RNA并进行扩增和标记,检测受试样品的质量,进行基因表达谱观察,从... 目的采用基因芯片技术对痰湿型体质人的外周血基因表达谱进行研究。方法挑选3例非痰湿型体质肥胖人、2例痰湿型体质肥胖人和3例正常体重者,取上述受试者的外周血,提取总RNA并进行扩增和标记,检测受试样品的质量,进行基因表达谱观察,从基因序列中查出具有显著统计学意义的序列所标志的基因。结果痰湿型体质与非痰湿型体质相比,有115个差异表达探针组。结论本研究发现痰湿型体质人的外周血相关基因表达与非痰湿型体质人有明显差异。 展开更多
关键词 肥胖症/遗传学 痰湿/遗传学 @基因表达谱
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用基因表达谱芯片研究人正常肝和肝细胞癌中差异表达的基因 被引量:32
5
作者 李瑶 裘敏燕 +7 位作者 吴超群 曹跃琼 唐榕 陈沁 石学银 胡志前 谢毅 毛裕民 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2000年第12期1042-1048,共7页
以基因表达谱芯片对人正常肝及肝癌组织基因表达的差异性进行了研究比较。将4096条人cDNA用点样仪点在特制玻片上制备成表达谱芯片;利用肝和肝癌组织的mRNA通过逆转录方法,将Cy3和Cy5 2种荧光分别标记到两种组织的cDNA上,制备成cDNA... 以基因表达谱芯片对人正常肝及肝癌组织基因表达的差异性进行了研究比较。将4096条人cDNA用点样仪点在特制玻片上制备成表达谱芯片;利用肝和肝癌组织的mRNA通过逆转录方法,将Cy3和Cy5 2种荧光分别标记到两种组织的cDNA上,制备成cDNA探针,并与表达谱芯片进行杂交及扫描,重复4次实验,通过计算机数据处理判定基因是否在上述2种组织中有表达差异,筛选出差异表达的基因共903条。基因芯片技术可同时定量研究数以千计的基因表达水平,从而鉴定参与肿瘤发生的基因。 展开更多
关键词 基因 基因芯片 表达谱 肝细胞癌
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小麦幼苗期水分胁迫所诱导基因表达谱的初步分析 被引量:31
6
作者 王转 臧庆伟 +1 位作者 郭志爱 景蕊莲 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第8期842-849,共8页
利用抑制差减杂交 (SuppressionSubtractiveHybridization ,SSH)和高密度点阵膜技术研究小麦 2叶幼苗期水分胁迫诱导表达基因。通过筛选具有 15 30个克隆的SSH文库 ,获得 181个阳性克隆。序列同源性比较和功能查询结果发现 ,83 2 %的水... 利用抑制差减杂交 (SuppressionSubtractiveHybridization ,SSH)和高密度点阵膜技术研究小麦 2叶幼苗期水分胁迫诱导表达基因。通过筛选具有 15 30个克隆的SSH文库 ,获得 181个阳性克隆。序列同源性比较和功能查询结果发现 ,83 2 %的水分胁迫诱导表达基因分别与不同逆境胁迫条件下表达的基因具有较高的同源性 ,这些基因在生物体内的功能都是直接或间接对细胞遭受逆境胁迫起保护作用。其中 17个EST未找到同源性较高的匹配序列 ,已经在GenBank注册。用反向Northern、RT PCR和Northern进一步检验所获得的功能已知EST 。 展开更多
关键词 小麦幼苗 水分胁迫 抑制差减文库 基因表达谱
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栀子苷对局灶性脑缺血大鼠脑组织基因表达谱的影响 被引量:34
7
作者 张小燕 张占军 +2 位作者 王忠 应康 左明雪 《中国中西医结合杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期42-44,共3页
目的研究栀子苷对局灶性脑缺血大鼠脑组织基因表达谱的影响 ,探索栀子苷治疗脑缺血的药理作用机制。方法分别从局灶性脑缺血组、栀子苷治疗组SD大鼠的脑组织中抽提总RNA ,Cy3、Cy5荧光标记 ,反转录分别合成cDNA探针后 ,与含有 4 0 96条... 目的研究栀子苷对局灶性脑缺血大鼠脑组织基因表达谱的影响 ,探索栀子苷治疗脑缺血的药理作用机制。方法分别从局灶性脑缺血组、栀子苷治疗组SD大鼠的脑组织中抽提总RNA ,Cy3、Cy5荧光标记 ,反转录分别合成cDNA探针后 ,与含有 4 0 96条大鼠基因的BioStar基因表达谱芯片杂交 ,AxonGenepix 4 0 0 0B扫描仪扫描 ,GenePixPro 3 0软件分析表达信号。 结果栀子苷治疗后差异表达的基因有70条 ,其中有 6 8条基因上调 ,2条基因下调。结论栀子苷对局灶性脑缺血大鼠脑组织基因表达具有调控作用 ,从分子水平阐释了中药清开灵注射液成分栀子苷的药理作用机制。 展开更多
关键词 栀子苷 局灶性脑缺血 脑组织 大鼠 基因表达谱 药理作用 治疗 对局 结论 机制
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淋巴细胞基因表达谱揭示淫羊藿总黄酮重建衰老免疫稳态的分子机制 被引量:32
8
作者 陈瑜 沈自尹 陈伟华 《中国中西医结合杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期59-62,共4页
目的 :探讨淫羊藿总黄酮重建衰老免疫稳态的基因调控模式。方法 :(1)采用流式细胞技术定量分析老年组、年轻组及淫羊藿总黄酮组大鼠脾淋巴细胞凋亡百分率。 (2 )采用基因芯片技术分析各组淋巴细胞基因表达谱。结果 :(1)细胞凋亡百分率 ... 目的 :探讨淫羊藿总黄酮重建衰老免疫稳态的基因调控模式。方法 :(1)采用流式细胞技术定量分析老年组、年轻组及淫羊藿总黄酮组大鼠脾淋巴细胞凋亡百分率。 (2 )采用基因芯片技术分析各组淋巴细胞基因表达谱。结果 :(1)细胞凋亡百分率 :老年组与年轻组比较 ,淫羊藿总黄酮与老年组比较 ,差异均有显著性 (P <0 0 1)。 (2 )基因表达 :与年轻组比较 ,老年组上调的基因有 116个 ,下调的基因有 2 15个。与老年组比较 ,淫羊藿总黄酮上调的基因有 4 47个 ,下调的基因有 4 5 6个。涉及细胞凋亡、细胞增殖调控等方面。结论 :(1)以促凋亡基因表达上调、抗凋亡基因表达下调为主要特征的表达模式是衰老免疫稳态失衡的重要基因背景。 (2 )淫羊藿总黄酮的作用规律在于逆转功能对立的促凋亡基因与抗凋亡基因、促增殖基因与抗增殖基因在衰老淋巴细胞中表达的异常 ,重塑基因表达的良性平衡 ,重建衰老免疫稳态。 展开更多
关键词 淋巴细胞 基因表达谱 淫羊藿总黄酮 衰老 免疫稳态 分子机制
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大黄对糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达谱的影响 被引量:23
9
作者 崔春黎 马骏 +9 位作者 李素 来阳 蒋晓峰 肖自力 周珂杨 李瑶 吴昆祥 裘敏燕 谢毅 毛裕民 《中华肾脏病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期285-290,共6页
目的 研究大黄对糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达谱的影响及分析大黄对糖尿病肾病在基因水平上的作用机制。方法 20只雄性SD大鼠随机分为4组:正常对照组、用STZ诱导的糖尿病肾病组、糖尿病肾病大鼠给予大黄提取物治疗的大黄治疗组和糖尿... 目的 研究大黄对糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达谱的影响及分析大黄对糖尿病肾病在基因水平上的作用机制。方法 20只雄性SD大鼠随机分为4组:正常对照组、用STZ诱导的糖尿病肾病组、糖尿病肾病大鼠给予大黄提取物治疗的大黄治疗组和糖尿病肾病大鼠给予安慰剂的阴性对照组。从4组SD大鼠的肾皮质中抽提mRNA,分别用Cy3、Cy5荧光标记,经反转录分别合成正常对照组与糖尿病组、大黄治疗组和阴性对照组动物来源的cDNA探针;同时将Cy3、Cy5荧光标记的cDNA探针等量地与BioDoor基因表达谱芯片杂交,结果由扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果 正常对照组与糖尿病肾病组之问差异表达的基因有335条,占芯片基因总数的8.4%,其中12条基因在糖尿病肾病时表达量明显下降,而323条基因在糖尿病肾病时表达量明显上升。大黄治疗组与阴性对照组之间差异表达的基因有128条,占芯片基因总数的3.3%,其中有8条基因在大黄治疗以后明显上升,而120条基因在大黄治疗以后明显下降。并且,在糖尿病肾病中部分基因的表达变化在大黄治疗后可被逆转。结论 大黄能上调或下调部分差异表达的基因,并在一定程度上能逆转STZ诱导的基因表达谱。 展开更多
关键词 大鼠 肾皮质 大黄 基因表达谱 糖尿病肾病 cDNA微矩阵 作用机制
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建立胶质瘤细胞诱导分化相关基因谱 被引量:25
10
作者 孙立军 黄强 +3 位作者 王爱东 兰青 杜子威 胡赓熙 《中华肿瘤杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期222-225,共4页
目的 建立胶质瘤诱导分化相关基因表达谱。方法 用苯丁酸钠诱导胶质瘤细胞分化 ,cDNA阵列检测诱导前和诱导 2h、6d后的 180 0 0个基因表达 ,扫描仪分析结果 ,多点杂交验证。结果 在胶质瘤细胞诱导分化后 ,有 98个基因发生表达变化 ,... 目的 建立胶质瘤诱导分化相关基因表达谱。方法 用苯丁酸钠诱导胶质瘤细胞分化 ,cDNA阵列检测诱导前和诱导 2h、6d后的 180 0 0个基因表达 ,扫描仪分析结果 ,多点杂交验证。结果 在胶质瘤细胞诱导分化后 ,有 98个基因发生表达变化 ,一些转录和翻译系统相关基因和癌基因表达下调 ,而分化、凋亡基因上调。还有 18个未知基因EST片段分化前后表达差异。结论 含有98个基因的胶质瘤细胞诱导分化相关基因谱可为探讨其分化分子机制提供依据。 展开更多
关键词 胶质瘤 细胞分化 基因表达谱 CDNA阵列 肿瘤 诱导分化
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肿瘤转移相关基因cDNA芯片的制备与应用 被引量:24
11
作者 孙青 丁彦青 +2 位作者 高雪芹 闫实 韩金祥 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2002年第12期1070-1075,共6页
目的建立制备肿瘤转移相关基因cDNA基因芯片的方法,并探讨其在肿瘤转移表达谱应用方面的意义。方法选择了399个已知转移相关基因克隆,经PCR扩增纯化后,以Cartesian Pixsys 5500芯片点样仪点布于多聚赖氨酸包被的玻片上;采用Cy3-dUTP和Cy... 目的建立制备肿瘤转移相关基因cDNA基因芯片的方法,并探讨其在肿瘤转移表达谱应用方面的意义。方法选择了399个已知转移相关基因克隆,经PCR扩增纯化后,以Cartesian Pixsys 5500芯片点样仪点布于多聚赖氨酸包被的玻片上;采用Cy3-dUTP和Cy5-dUTP双重荧光标记人大肠癌和肺癌细胞、正常组织、大肠癌和肺癌组织总RNA并与阵列进行杂交。结果经ScanArrayTM 4000共聚焦荧光扫描仪检测,图像背景均匀,信号清晰,效果满意。对大肠癌细胞系和组织标本及肺癌标本表达基因扫描结果行联合聚类分析发现:两种癌的基因表达大多数相同,仅少数有差别,有30种在两种转移癌中呈持续上调或下调的基因,包括运动因子基因、粘附分子、蛋白水解酶、癌基因、抑癌基因、抑制或促进凋亡基因以及诱导血管增生和信号转导的基因等。结论优化的cDNA基因芯片制备技术用于基因表达分析有较高的效率和可靠的实用性能。检测的肿瘤转移相关基因的表达在两种癌无明显差别,表明不同癌其浸润和转移的分子机制大致相同。 展开更多
关键词 肿瘤转移 生物信息学 肿瘤基因 CDNA芯片 肠肿瘤 肺癌 基因表达谱
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一种基于递归分类树的集成特征基因选择方法 被引量:26
12
作者 李霞 张田文 郭政 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2004年第5期675-682,共8页
利用DNA芯片基因表达谱信息识别疾病相关基因 ,对癌症等疾病分型、诊断及病理学研究有非常重要的实际意义 .该文提出了一种基于递归分类树的特征基因选择的集成方法EFST (EnsembleFeatureSelectionbasedonRecursivePartition Tree) .EFS... 利用DNA芯片基因表达谱信息识别疾病相关基因 ,对癌症等疾病分型、诊断及病理学研究有非常重要的实际意义 .该文提出了一种基于递归分类树的特征基因选择的集成方法EFST (EnsembleFeatureSelectionbasedonRecursivePartition Tree) .EFST可选择多组基于不同样本分布结构的特征基因 ,结合有监督机器学习中的多分类器集成 (ensemble)决策技术 ,利用提出的衡量特征基因稳定性与显著性测度 ,集成各特征基因组选择最终的特征基因 .应用结肠癌 2 0 0 0个基因的表达谱实验数据分析结果显示 :EFST方法不仅具有寻找疾病相关基因的能力和较强的数据维数压缩能力 ,而且由支持向量机 (SVM)等 4种模式分类方法证实EFST方法可以明显地提高疾病鉴别分类的准确率 . 展开更多
关键词 递归分类树 特征选择 集成决策 EFST 基因表达谱 生物技术 基因芯片 信息识别
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基因芯片的制备研究 被引量:20
13
作者 李瑶 陈菊祥 +7 位作者 裘敏燕 应康 陈沁 符薇 王品 沈娴 谢毅 毛裕民 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第9期812-814,I002,共4页
目的 :建立基因芯片的制备技术。 方法 :基因样本准备 ,将带荧光标记的 PCR产物用点样仪点于玻片介质上 ,并经过点样后处理制备成基因芯片 ,用扫描仪测定处理前后芯片上荧光强度的变化 ,计算 DNA固定率。分别设计了 5种玻片 3种固定条件... 目的 :建立基因芯片的制备技术。 方法 :基因样本准备 ,将带荧光标记的 PCR产物用点样仪点于玻片介质上 ,并经过点样后处理制备成基因芯片 ,用扫描仪测定处理前后芯片上荧光强度的变化 ,计算 DNA固定率。分别设计了 5种玻片 3种固定条件和 6种点样后处理方法的固定率测定。结果 :对芯片制备的各种条件和方法优化实验表明 ,c DNA的氨基修饰 ,点样后的 UV交联和芯片室温干燥处理能有效提高 DNA的固定率。结论 :本研究建立的基因芯片制备技术有较高的效率和可靠的实用性能。 展开更多
关键词 微矩阵基因芯片 基因表达谱 DNA固定率 制备
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通心络对同型半胱氨酸损伤的内皮细胞的基因表达谱的影响 被引量:27
14
作者 陈燕铭 吴琳 +7 位作者 刘勇 周彬 王敏 刘定辉 廖火城 吴伟康 吴以岭 钱孝贤 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期42-47,共6页
目的:探讨通心络对同型半胱氨酸(Hcy)损伤的人脐静脉内皮细胞(HUVECs)的基因表达谱的影响。方法:原代培养的HUVECs,随机分为对照组、Hcy组和通心络组,提取总RNA并纯化,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,采用高通量Affymetric... 目的:探讨通心络对同型半胱氨酸(Hcy)损伤的人脐静脉内皮细胞(HUVECs)的基因表达谱的影响。方法:原代培养的HUVECs,随机分为对照组、Hcy组和通心络组,提取总RNA并纯化,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,采用高通量Affymetric人类全基因组寡核苷酸微阵列芯片(含47 000个基因或基因片段)杂交,杂交信号经扫描和数字化处理,通过生物信息学数据分析推测通心络对同型半胱氨酸损伤的HUVECs细胞功能的影响以及可能的信号通路。结果:与对照组相比,Hcy组有4 343个基因表达上调,316个基因表达下调;与Hcy组相比,通心络组有3 409个基因表达上调,121个基因表达下调。这些共同的差异基因生物功能涉及转录因子调控、激酶、细胞骨架与蛋白合成、转运功能、细胞因子、细胞-细胞受体相互作用和细胞黏附因子等。参与的信号通路主要是与血管新生、凋亡、氧化应激、凝血纤溶和炎症等相关的信号通路,如mTOR信号通路、MAPK信号通路和Toll样受体信号通路。结论:通心络能导致同型半胱氨酸损伤内皮细胞基因表达谱的改变,这些基因改变可能参与了细胞凋亡、氧化应激和凝血纤溶等过程。 展开更多
关键词 人脐静脉内皮细胞 高半胱氨酸 通心络 基因芯片 基因表达谱
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葡萄苯丙氨酸解氨酶基因家族的全基因组鉴定及表达分析 被引量:27
15
作者 孙润泽 张雪 +6 位作者 成果 李强 朱燕溶 陈武 潘秋红 段长青 王军 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期195-208,共14页
苯丙氨酸解氨酶(PAL)作为苯丙烷途径的入口酶,与植物生长发育以及生物和非生物胁迫响应等生物过程密切相关。本研究通过生物信息学方法,在已测序的葡萄基因组中预测得到17个PAL基因,其中13个串联分布在第11和16号染色体的2个重复基因群... 苯丙氨酸解氨酶(PAL)作为苯丙烷途径的入口酶,与植物生长发育以及生物和非生物胁迫响应等生物过程密切相关。本研究通过生物信息学方法,在已测序的葡萄基因组中预测得到17个PAL基因,其中13个串联分布在第11和16号染色体的2个重复基因群中,4个随机分布于其他染色体。系统发育树分析表明,葡萄大部分PAL基因与双子叶植物PAL基因聚为一类,而串联分布于第11号染色体的4个PAL基因与单、双子叶植物PAL基因亲缘关系较远。利用‘赤霞珠’葡萄果实转录组数据克隆获得5个PAL基因的全长编码序列,序列分析显示,这些PAL基因能够编码具有完整结构域的PAL蛋白。表达谱分析及产物检测结果表明,VviPAL2和VviPAL15在葡萄果实和其他组织中的表达量相对较高,且在不同发育期果实中的表达与酚类物质的积累密切相关。此外,果实曝光和遮光处理分别促进和抑制VviPAL2、VviPAL4和VviPAL7的表达及相应产物的积累。 展开更多
关键词 '赤霞珠’ 苯丙氨酸解氨酶 基因家族 表达谱 酚类物质
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基于基因表达谱数据建立肾虚证量化数学模型 被引量:23
16
作者 沈自尹 张新民 +4 位作者 林伟 吴斌 黄建华 刘小雨 许世雄 《中国中西医结合杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期131-134,共4页
目的利用基因表达谱数据,建立量化肾虚证程度的数学模型。方法采用4、10、18、24月龄SD大鼠,以24月龄大鼠加淫羊藿总黄酮(EF)干预,摘取大鼠下丘脑、垂体、肾上腺、淋巴细胞、骨、肝、肾、脾,利用基因芯片技术,检测全基因组mRNA表达,用... 目的利用基因表达谱数据,建立量化肾虚证程度的数学模型。方法采用4、10、18、24月龄SD大鼠,以24月龄大鼠加淫羊藿总黄酮(EF)干预,摘取大鼠下丘脑、垂体、肾上腺、淋巴细胞、骨、肝、肾、脾,利用基因芯片技术,检测全基因组mRNA表达,用不同月龄大鼠的基因表达谱数据建立神经网络模型,然后用此模型评价EF干预肾虚证的效果。结果7个组织共筛选到199个基因表达具年龄依赖特征,其中相当一部分为神经内分泌免疫相关基因。模型预判发现EF作用后,24月龄老龄大鼠下丘脑、垂体、肾上腺、肝、肾、骨、脾的基因表达与8~13月龄大鼠相似,分别为12.64、10.87、8.10、12.70、11.93、13.14、10.13月龄。结论基于基因表达谱数据能建立量化肾虚证程度的模型,并能预测补肾药的效果,研究也表明EF能使老年状态基因表达向年轻化靠近,提示其具有改善肾虚、延缓衰老的作用。 展开更多
关键词 肾虚证 基因表达谱 淫羊藿总黄酮 数学模型
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蒺藜苜蓿全基因组中WRKY转录因子的鉴定与分析 被引量:24
17
作者 宋辉 南志标 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期152-168,共17页
WRKY基因家族是植物基因组内一类重要的转录因子,参与植物许多生理生化过程,如植物发育、代谢以及生物和非生物胁迫。目前,已在多种植物中鉴定出WRKY基因家族,但是关于蒺藜苜蓿(Medicago truncatula L.)WRKY基因家族的系统分析鲜有报道... WRKY基因家族是植物基因组内一类重要的转录因子,参与植物许多生理生化过程,如植物发育、代谢以及生物和非生物胁迫。目前,已在多种植物中鉴定出WRKY基因家族,但是关于蒺藜苜蓿(Medicago truncatula L.)WRKY基因家族的系统分析鲜有报道。文章利用生物信息学方法,从蒺藜苜蓿全基因组中共鉴定出93个WRKY基因,包括81个标准的WRKY基因(19个Ⅰ型基因,49个Ⅱ型基因以及13个Ⅲ型基因)和12个非标准类型的WRKY基因。对这些WRKY基因进行了基因重复、染色体定位、基因结构、保守基序和系统进化等方面的分析。蒺藜苜蓿WRKY基因家族中最近共发生了11次基因重复事件,共涉及24个基因,占全部WRKY基因的26%。染色体物理定位分析表明,蒺藜苜蓿WRKY基因在染色体上呈不均匀分布,存在6个基因簇。对WRKYⅢ型基因的进化分析表明,它们在长期的进化过程中受纯化选择压力。 展开更多
关键词 WRKY 蒺藜苜蓿 基因重复 系统进化 EST表达模式
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利血平脾虚证模型海马基因表达谱变化的研究 被引量:20
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作者 王肃 邹世洁 +1 位作者 陈小野 岗卫娟 《现代中西医结合杂志》 CAS 2004年第7期841-844,共4页
目的 应用基因芯片技术研究利血平脾虚证大鼠模型海马基因表达谱的变化。方法 雌性Wistar大鼠 3 0只 ,按体质量均衡随机分为实验组和对照组 ,实验组用利血平注射液背部皮下注射 ,造模第 1~ 9天 0 .15mg/ (kg·d) ,第 10~ 12天 0... 目的 应用基因芯片技术研究利血平脾虚证大鼠模型海马基因表达谱的变化。方法 雌性Wistar大鼠 3 0只 ,按体质量均衡随机分为实验组和对照组 ,实验组用利血平注射液背部皮下注射 ,造模第 1~ 9天 0 .15mg/ (kg·d) ,第 10~ 12天 0 .2 5mg/ (kg·d) ,第 13天 0 .5mg/(kg·d)。对照组同法注射同量注射用水。两组均第 14天处死 ,取海马 ,提取总RNA ,逆转录为cDNA ,用Cy3和Cy5两种荧光物质分别标记两组大鼠海马组织的cDNA ,制成探针以备检测。选用 2张BioDoorChip 40 96基因表达谱芯片 ,将探针与芯片杂交 ,计算机扫描后 ,用GenePixPro3 .0软件进行分析。结果 筛选出 2张芯片上 40 96条靶基因中 ,与脾虚证模型基因差异表达一致的基因 51条 ,占检测基因的 1.2 5% ,其中表达下调的基因 3 7条 ,已知基因 8条 ;表达上调的基因 14条 ,已知基因6条。模型大鼠海马的基因表达改变涉及免疫、炎症反应、蛋白聚糖、细胞骨架、离子通道、信号传导等多方面。结论脾虚证实质涉及海马的基因表达谱改变 。 展开更多
关键词 利血平 脾虚证模型 海马 基因表达谱
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参芪扶正注射液对小鼠肝转移癌组织基因表达谱的影响 被引量:22
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作者 丁治国 李乃卿 +6 位作者 陶德胜 刘东来 杨扬 史晓光 邢光明 魏永煜 李兰芳 《中国中西医结合杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期135-138,共4页
目的探讨参芪扶正注射液对小鼠肝转移癌组织基因表达谱的影响。方法20只小鼠采用将结肠癌C26细胞株瘤细胞液0.2mL注射于脾脏建立肝转移癌模型,随机分为两组,造模后5日,分别给予参芪扶正注射液(参芪组)和生理盐水(模型组)腹腔内注射,隔日... 目的探讨参芪扶正注射液对小鼠肝转移癌组织基因表达谱的影响。方法20只小鼠采用将结肠癌C26细胞株瘤细胞液0.2mL注射于脾脏建立肝转移癌模型,随机分为两组,造模后5日,分别给予参芪扶正注射液(参芪组)和生理盐水(模型组)腹腔内注射,隔日1次,共5次;造模后15日处死动物留取检测标本,应用小鼠全基因芯片分析两组肝癌组织基因表达谱。结果(1)造模成功率100%;(2)基因表达:与模型组比较,参芪组上调基因123个,其中Ensemble数据库登录52个;下调基因1个,其中Ensemble数据库登录0个。结论参芪扶正注射液主要是通过上调多种基因促进肿瘤细胞凋亡和稳定染色体而发挥抗肿瘤作用。 展开更多
关键词 参芪扶正注射液 基因表达谱 肝转移癌
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基因表达谱的生物信息学 被引量:7
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作者 李伍举 《军事医学科学院院刊》 CSCD 北大核心 2002年第1期73-76,共4页
DNA微阵列技术是继DNA重组技术、PCR扩增技术之后的又一重大生物技术。基于微阵列实验 ,可以同时观察在某一生命现象中成千上万个基因的动态表达水平。与过去的研究模式即单个基因的表达研究相比 ,分子生物学工作者的观念将由此发生巨... DNA微阵列技术是继DNA重组技术、PCR扩增技术之后的又一重大生物技术。基于微阵列实验 ,可以同时观察在某一生命现象中成千上万个基因的动态表达水平。与过去的研究模式即单个基因的表达研究相比 ,分子生物学工作者的观念将由此发生巨大改变 ,使得人们能够在基因组水平上以系统的、全局的观念去研究生命现象及其本质。目前 ,微阵列技术已应用到肿瘤分型、肿瘤分类、基因功能研究、基因之间调控网络构建、药物靶位识别等许多方面 ,但是 ,从本质上讲 ,通过微阵列实验所直接获得的是一个基因表达谱 (即基因表达矩阵 ,其行表示基因 ,列表示实验样本 ) ,微阵列的实际应用就是通过对基因表达矩阵的生物信息学处理来实现的 ,因此 ,在由微阵列技术为基础的分子生物学研究中 ,生物信息学是其中及其重要的一环 。 展开更多
关键词 基因表达谱 微阵列 生物信息学 DNA微阵列技术
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