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基因功能预测的整合算法及其在结核分枝杆菌基因表达谱分析中的应用
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作者 龚庆天 《复旦学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期67-78,共12页
基因功能预测是后基因组时代生物信息学领域的重要课题.生物学机理的阐释需要准确的基因功能的信息,但目前还缺少大规模测定基因功能的实验手段,这使得运用计算方法对基因功能进行预测显得尤为重要,对这些算法的效率和准确性要求也越来... 基因功能预测是后基因组时代生物信息学领域的重要课题.生物学机理的阐释需要准确的基因功能的信息,但目前还缺少大规模测定基因功能的实验手段,这使得运用计算方法对基因功能进行预测显得尤为重要,对这些算法的效率和准确性要求也越来越高.在本项研究中开发了一种新的整合算法,将3种比较典型的基于蛋白质序列预测基因功能的算法GOtcha、PFP和conFunc整合起来,并将其应用于结核分枝杆菌的全基因组功能预测中.预测结果通过不同的角度得到了验证,结果表明该整合方法不仅使得基于序列进行基因功能预测的算法可以达到较高的准确度,而且较原来3种方法大幅度提升了预测的性能.另外,预测结果也被用于分析结核分枝杆菌受到卷曲霉素处理前后的基因表达谱,功能富集分析揭示了卷曲霉素新的可能的抗菌作用机制,从而显示出基因功能预测重要的潜在应用价值. 展开更多
关键词 基因功能预测 序列分析 整合方法 结核分枝杆菌 功能富集分析
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构建SLE患者novel microRNA差异性表达谱及其靶基因的功能分析
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作者 陈文标 戴勇 +5 位作者 钟馨 叶素惠 何桂芳 缪蕙 丘衍博 李朝辉 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期225-230,共6页
目的构建系统性红斑狼疮(SLE)患者与健康对照者(NC)新小核糖核酸(novel microRNA)的差异性表达谱;对显著性差异表达的novel microRNA进行靶基因预测,对靶基因的GO(gene ontology)及KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)的功... 目的构建系统性红斑狼疮(SLE)患者与健康对照者(NC)新小核糖核酸(novel microRNA)的差异性表达谱;对显著性差异表达的novel microRNA进行靶基因预测,对靶基因的GO(gene ontology)及KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)的功能进行分析,探讨SLE的发病机制。方法运用高通量测序技术(high-throughput sequencing)获得SLE与NC总的RNA,对总RNA进行长度分布、基因比对、RNA分类注释、RNA特有及公共序列统计后,运用Mireap软件预测novel microRNA。得到novel microRNA进行差异性表达分析,寻找两组之间具有显著性表达的novel microRNA。采用Targetscan软件对差异性表达的novel microRNA进行靶基因预测,并选取靶基因借用DAVID功能注释软件对其参与的生物学过程进行GO富集及KEGG通路分析。结果 61个novel microRNAs在SLE与NC组之间具有显著差异性表达,其中43个上调表达,18个下调表达。差异性表达novel microRNA的靶基因主要富集在细胞与小分子结合、细胞器官与细胞膜、细胞代谢中。靶基因KEGG通路主要体现在粘附复合体通路中。结论 SLE与NC的novel microRNA存在差异性表达。差异性表达novel microRNA的靶基因可能在SLE的发病机制与临床症状中起着重要作用,可能作为特异性靶点深入研究。 展开更多
关键词 系统性红斑狼疮 新小核糖核酸 靶基因 差异性表达 GO富集 KEGG通路
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